src/gromacs/utility/futil.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2018, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /*! \file
  38  * \brief
  39  * Low-level wrappers for OS-specific file handling with some \Gromacs
  40  * customizations.
  41  *
  42  * \inpublicapi
  43  * \ingroup module_utility
  44  */
  45 #ifndef GMX_UTILITY_FUTIL_H
  46 #define GMX_UTILITY_FUTIL_H
  47
  48 #include <limits.h>
  49 #include <stdio.h>
  50
  51 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  52
  53 /*! \def GMX_PATH_MAX
  54  * \brief
  55  * Maximum path length, if the OS provides one, otherwise a fixed constant.
  56  */
  57 #ifdef PATH_MAX
  58 #  define GMX_PATH_MAX PATH_MAX
  59 #elif defined MAX_PATH
  60 #  define GMX_PATH_MAX MAX_PATH
  61 #else
  62 #  define GMX_PATH_MAX 4096
  63 #endif
  64
  65 /** \Gromacs definition to use instead of `off_t`. */
  66 typedef int64_t    gmx_off_t;
  67
  68 /*! \brief
  69  * Turn off buffering for output files (which is default) for debugging
  70  * purposes.
  71  *
  72  * This only has effect on files opened with gmx_ffopen().
  73  */
  74 void gmx_disable_file_buffering(void);
  75
  76 /*! \brief
  77  * Enables backups with the specified number of maximum backups.
  78  *
  79  * If \p count == 0, disables backups.  If not called, this is the default.
  80  * If \p count == -1, reads the count from an environment variable.
  81  *
  82  * This is not currently thread-safe, as it is only called during
  83  * initialization code.
  84  */
  85 void gmx_set_max_backup_count(int count);
  86
  87 /*! \brief
  88  * Check whether a path exists.
  89  *
  90  * \returns `TRUE` when \p fname exists.
  91  *
  92  * Note that this returns `TRUE` even if \p fname is a directory instead of a
  93  * file.
  94  */
  95 gmx_bool gmx_fexist(const char *fname);
  96
  97 /*! \brief
  98  * Makes a backup of file if the file exists.
  99  */
 100 void make_backup(const char *file);
 101
 102 /*! \brief
 103  * Opens a file, with \Gromacs-specific additions.
 104  *
 105  * If the file is in compressed format, opens a pipe which uncompresses the
 106  * file on the fly.  For this to work, gmx_ffclose() and frewind() should
 107  * always be used for files opened with gmx_ffopen() instead of fclose() and
 108  * rewind().  For compressed files, the \p file parameter should be passed
 109  * without the compressed extension; if that file is not found, then a few
 110  * compression extensions are tried.
 111  * Creates a backup if a file opened for writing already exists before
 112  * overwriting it.
 113  * A fatal error results if the file cannot be opened, for whatever reason.
 114  */
 115 FILE *gmx_ffopen(const char *file, const char *mode);
 116
 117 /** Closes a file opened with gmx_ffopen(). */
 118 int gmx_ffclose(FILE *fp);
 119
 120 /*! \brief
 121  * Wraps rewind() for files opened with gmx_ffopen().
 122  *
 123  * A fatal error results if this function is called for a pipe (a compressed
 124  * input file).
 125  */
 126 void frewind(FILE *fp);
 127
 128 /** OS-independent 64-bit fseek(). */
 129 int gmx_fseek(FILE *stream, gmx_off_t offset, int whence);
 130
 131 /** OS-independent 64-bit ftell(). */
 132 gmx_off_t gmx_ftell(FILE *stream);
 133
 134 /** OS-independent truncate(). */
 135 int gmx_truncate(const char *filename, gmx_off_t length);
 136
 137 /*! \brief
 138  * Finds full path for a library file.
 139  *
 140  * Searches first in the current directory, and then in the configured library
 141  * directories.
 142  * Fatal error results if the file is not found in any location.
 143  * The caller is responsible of freeing the returned string.
 144  */
 145 char *gmxlibfn(const char *file);
 146
 147 /*! \brief
 148  * Opens a library file for reading.
 149  *
 150  * Works as gmxlibfn(), except that it opens the file and returns a file
 151  * handle.
 152  */
 153 FILE *libopen(const char *file);
 154
 155 /*! \brief
 156  * More flexible gmxlibfn().
 157  *
 158  * Works as gmxlibfn(), but provides control whether the current working
 159  * directory is searched or not, and whether a missing file is a fatal error or
 160  * not.
 161  */
 162 char *low_gmxlibfn(const char *file, gmx_bool bAddCWD, gmx_bool bFatal);
 163
 164 /*! \brief
 165  * Alternative for libopen() that optionally does not exit.
 166  *
 167  * Works as libopen(), but provides control whether a missing file is a fatal
 168  * error or not.
 169  */
 170 FILE *low_libopen(const char *file, gmx_bool bFatal);
 171
 172
 173 /*! \brief
 174  * Creates unique name for temp file (wrapper around mkstemp) and opens it.
 175  *
 176  * \p buf should be at least 7 bytes long
 177  */
 178 FILE *gmx_fopen_temporary(char *buf);
 179
 180 /*! \brief
 181  * Creates unique name for temp file (wrapper around mkstemp).
 182  *
 183  * \p buf should be at least 7 bytes long
 184  */
 185 void gmx_tmpnam(char *buf);
 186
 187 /*! \brief
 188  * OS-independent rename().
 189  *
 190  * Renames/moves a file atomically, if the OS makes that available.
 191  */
 192 int gmx_file_rename(const char *oldname, const char *newname);
 193
 194 /*! \brief
 195  * Copies a file (data only) oldname to newname.
 196  *
 197  * If \p copy_if_empty is `FALSE`, the file won't be copied if it's empty.
 198  */
 199 int gmx_file_copy(const char *oldname, const char *newname, gmx_bool copy_if_empty);
 200
 201 /*! \brief
 202  * OS-independent fsync().
 203  *
 204  * Only use this during checkpointing!
 205  */
 206 int gmx_fsync(FILE *fp);
 207
 208 /*! \brief
 209  * OS-independent chdir().
 210  *
 211  * Exits with a fatal error if changing the directory fails.
 212  */
 213 void gmx_chdir(const char *directory);
 214 /*! \brief
 215  * OS-independent getcwd().
 216  *
 217  * Exits with a fatal error if the call fails.
 218  */
 219 void gmx_getcwd(char *buffer, size_t size);
 220
 221 namespace gmx
 222 {
 223
 224 class DataFileFinder;
 225
 226 /*! \brief
 227  * Gets a finder for locating data files from share/top/.
 228  *
 229  * \returns Finder set with setLibraryFileFinder(), or a default finder.
 230  *
 231  * If setLibraryFileFinder() has not been called (or a `NULL` finder has been
 232  * set), a default finder is returned.
 233  * The default finder searches data files from the directory identified by the
 234  * global program context; it does not respect GMXLIB environment variable.
 235  * Calling initForCommandLine() sets a finder that respects GMXLIB.
 236  *
 237  * Does not throw.
 238  *
 239  * See setLibraryFileFinder() for thread safety.
 240  *
 241  * \ingroup module_utility
 242  */
 243 const DataFileFinder &getLibraryFileFinder();
 244 /*! \brief
 245  * Sets a finder for location data files from share/top/.
 246  *
 247  * \param[in] finder  finder to set
 248  *     (can be NULL to restore the default finder).
 249  *
 250  * The library does not take ownership of \p finder.
 251  * The provided object must remain valid until the global instance is changed
 252  * by another call to setLibraryFileFinder().
 253  *
 254  * The global instance is used by gmxlibfn() and libopen().
 255  *
 256  * This method is not thread-safe.  See setProgramContext(); the same
 257  * constraints apply here as well.
 258  *
 259  * Does not throw.
 260  */
 261 void setLibraryFileFinder(const DataFileFinder *finder);
 262
 263 } // namespace gmx
 264
 265 #endif