src/gromacs/trajectoryanalysis/tests/select.cpp

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  10  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  11  * Copyright (c) 2001-2009, The GROMACS development team,
  12  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  13
  14  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  15  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  16  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  17  * of the License, or (at your option) any later version.
  18  *
  19  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  20  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  21  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  22  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  23  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  24  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  25  *
  26  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  27  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  28  *
  29  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  30  */
  31 /*! \internal \file
  32  * \brief
  33  * Tests for functionality of the "select" trajectory analysis module.
  34  *
  35  * These tests test most of the functionality of the module, but currently
  36  * missing are:
  37  *  - Tests related to -oc output.  This would require a more complex input
  38  *    structure for reasonable testing (the same structure could also be used
  39  *    in selection unit tests for 'insolidangle' keyword).
  40  *  - Tests for XVG labels.  This is a limitation of the current testing
  41  *    framework.
  42  *
  43  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@cbr.su.se>
  44  * \ingroup module_trajectoryanalysis
  45  */
  46 #include <gtest/gtest.h>
  47
  48 #include "gromacs/trajectoryanalysis/modules/select.h"
  49
  50 #include "testutils/cmdlinetest.h"
  51
  52 #include "moduletest.h"
  53
  54 namespace
  55 {
  56
  57 using gmx::test::CommandLine;
  58
  59 /********************************************************************
  60  * Tests for gmx::analysismodules::Select.
  61  */
  62
  63 //! Test fixture for the select analysis module.
  64 typedef gmx::test::TrajectoryAnalysisModuleTestFixture<gmx::analysismodules::Select>
  65         SelectModuleTest;
  66
  67 TEST_F(SelectModuleTest, BasicTest)
  68 {
  69     const char *const cmdline[] = {
  70         "select",
  71         "-select", "y < 2.5", "resname RA"
  72     };
  73     setTopology("simple.gro");
  74     setTrajectory("simple.gro");
  75     setOutputFile("-oi", "index.dat");
  76     setOutputFile("-on", "index.ndx");
  77     excludeDataset("cfrac");
  78     runTest(CommandLine::create(cmdline));
  79 }
  80
  81 TEST_F(SelectModuleTest, HandlesPDBOutputWithNonPDBInput)
  82 {
  83     const char *const cmdline[] = {
  84         "select",
  85         "-select", "resname RA RD and y < 2.5"
  86     };
  87     setTopology("simple.gro");
  88     setTrajectory("simple.gro");
  89     includeDataset("occupancy");
  90     setOutputFile("-ofpdb", "occupancy.pdb");
  91     runTest(CommandLine::create(cmdline));
  92 }
  93
  94 TEST_F(SelectModuleTest, HandlesPDBOutputWithPDBInput)
  95 {
  96     const char *const cmdline[] = {
  97         "select",
  98         "-select", "resname RA RD and y < 2.5"
  99     };
 100     setTopology("simple.pdb");
 101     setTrajectory("simple.gro");
 102     includeDataset("occupancy");
 103     setOutputFile("-ofpdb", "occupancy.pdb");
 104     runTest(CommandLine::create(cmdline));
 105 }
 106
 107 TEST_F(SelectModuleTest, HandlesMaxPDBOutput)
 108 {
 109     const char *const cmdline[] = {
 110         "select",
 111         "-select", "resname RA RD and y < 2.5",
 112         "-pdbatoms", "maxsel"
 113     };
 114     setTopology("simple.pdb");
 115     setTrajectory("simple.gro");
 116     includeDataset("occupancy");
 117     setOutputFile("-ofpdb", "occupancy.pdb");
 118     runTest(CommandLine::create(cmdline));
 119 }
 120
 121 TEST_F(SelectModuleTest, HandlesSelectedPDBOutput)
 122 {
 123     const char *const cmdline[] = {
 124         "select",
 125         "-select", "resname RA RD and y < 2.5",
 126         "-pdbatoms", "selected"
 127     };
 128     setTopology("simple.pdb");
 129     setTrajectory("simple.gro");
 130     includeDataset("occupancy");
 131     setOutputFile("-ofpdb", "occupancy.pdb");
 132     runTest(CommandLine::create(cmdline));
 133 }
 134
 135 TEST_F(SelectModuleTest, HandlesDumpOption)
 136 {
 137     const char *const cmdline[] = {
 138         "select",
 139         "-select", "y < 2.5",
 140         "-dump"
 141     };
 142     setTopology("simple.gro");
 143     setOutputFile("-oi", "index.dat");
 144     includeDataset("index");
 145     runTest(CommandLine::create(cmdline));
 146 }
 147
 148 TEST_F(SelectModuleTest, NormalizesSizes)
 149 {
 150     const char *const cmdline[] = {
 151         "select",
 152         "-select", "y < 2.5", "resname RA and y < 2.5", "resname RA",
 153         "-norm"
 154     };
 155     setTopology("simple.gro");
 156     includeDataset("size");
 157     runTest(CommandLine::create(cmdline));
 158 }
 159
 160 TEST_F(SelectModuleTest, WritesResidueNumbers)
 161 {
 162     const char *const cmdline[] = {
 163         "select",
 164         "-select", "res_com of resname RA RD"
 165     };
 166     setTopology("simple.gro");
 167     includeDataset("index");
 168     runTest(CommandLine::create(cmdline));
 169 }
 170
 171 TEST_F(SelectModuleTest, WritesResidueIndices)
 172 {
 173     const char *const cmdline[] = {
 174         "select",
 175         "-select", "res_com of resname RA RD",
 176         "-resnr", "index"
 177     };
 178     setTopology("simple.gro");
 179     includeDataset("index");
 180     runTest(CommandLine::create(cmdline));
 181 }
 182
 183 } // namespace