src/gromacs/trajectoryanalysis/tests/select.cpp

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  10  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  11  * Copyright (c) 2001-2009, The GROMACS development team,
  12  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  13
  14  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  15  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  16  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  17  * of the License, or (at your option) any later version.
  18  *
  19  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  20  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  21  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  22  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  23  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  24  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  25  *
  26  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  27  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  28  *
  29  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  30  */
  31 /*! \internal \file
  32  * \brief
  33  * Tests for functionality of the "select" trajectory analysis module.
  34  *
  35  * These tests test most of the functionality of the module, but currently
  36  * missing are:
  37  *  - Tests related to -oc output.  This would require a more complex input
  38  *    structure for reasonable testing (the same structure could also be used
  39  *    in selection unit tests for 'insolidangle' keyword).
  40  *  - Tests for XVG labels.  This is a limitation of the current testing
  41  *    framework.
  42  *
  43  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@cbr.su.se>
  44  * \ingroup module_trajectoryanalysis
  45  */
  46 #include <gtest/gtest.h>
  47
  48 #include "gromacs/trajectoryanalysis/modules/select.h"
  49
  50 #include "testutils/cmdlinetest.h"
  51
  52 #include "moduletest.h"
  53
  54 namespace
  55 {
  56
  57 using gmx::test::CommandLine;
  58
  59 /********************************************************************
  60  * Tests for gmx::analysismodules::Select.
  61  */
  62
  63 typedef gmx::test::TrajectoryAnalysisModuleTestFixture<gmx::analysismodules::Select>
  64         SelectModuleTest;
  65
  66 TEST_F(SelectModuleTest, BasicTest)
  67 {
  68     const char *const cmdline[] = {
  69         "select",
  70         "-select", "y < 2.5", "resname RA"
  71     };
  72     setTopology("simple.gro");
  73     setTrajectory("simple.gro");
  74     setOutputFile("-oi", "index.dat");
  75     setOutputFile("-on", "index.ndx");
  76     excludeDataset("cfrac");
  77     runTest(CommandLine::create(cmdline));
  78 }
  79
  80 TEST_F(SelectModuleTest, HandlesPDBOutputWithNonPDBInput)
  81 {
  82     const char *const cmdline[] = {
  83         "select",
  84         "-select", "resname RA RD and y < 2.5"
  85     };
  86     setTopology("simple.gro");
  87     setTrajectory("simple.gro");
  88     includeDataset("occupancy");
  89     setOutputFile("-ofpdb", "occupancy.pdb");
  90     runTest(CommandLine::create(cmdline));
  91 }
  92
  93 TEST_F(SelectModuleTest, HandlesPDBOutputWithPDBInput)
  94 {
  95     const char *const cmdline[] = {
  96         "select",
  97         "-select", "resname RA RD and y < 2.5"
  98     };
  99     setTopology("simple.pdb");
 100     setTrajectory("simple.gro");
 101     includeDataset("occupancy");
 102     setOutputFile("-ofpdb", "occupancy.pdb");
 103     runTest(CommandLine::create(cmdline));
 104 }
 105
 106 TEST_F(SelectModuleTest, HandlesMaxPDBOutput)
 107 {
 108     const char *const cmdline[] = {
 109         "select",
 110         "-select", "resname RA RD and y < 2.5",
 111         "-pdbatoms", "maxsel"
 112     };
 113     setTopology("simple.pdb");
 114     setTrajectory("simple.gro");
 115     includeDataset("occupancy");
 116     setOutputFile("-ofpdb", "occupancy.pdb");
 117     runTest(CommandLine::create(cmdline));
 118 }
 119
 120 TEST_F(SelectModuleTest, HandlesSelectedPDBOutput)
 121 {
 122     const char *const cmdline[] = {
 123         "select",
 124         "-select", "resname RA RD and y < 2.5",
 125         "-pdbatoms", "selected"
 126     };
 127     setTopology("simple.pdb");
 128     setTrajectory("simple.gro");
 129     includeDataset("occupancy");
 130     setOutputFile("-ofpdb", "occupancy.pdb");
 131     runTest(CommandLine::create(cmdline));
 132 }
 133
 134 TEST_F(SelectModuleTest, HandlesDumpOption)
 135 {
 136     const char *const cmdline[] = {
 137         "select",
 138         "-select", "y < 2.5",
 139         "-dump"
 140     };
 141     setTopology("simple.gro");
 142     setOutputFile("-oi", "index.dat");
 143     includeDataset("index");
 144     runTest(CommandLine::create(cmdline));
 145 }
 146
 147 TEST_F(SelectModuleTest, NormalizesSizes)
 148 {
 149     const char *const cmdline[] = {
 150         "select",
 151         "-select", "y < 2.5", "resname RA and y < 2.5", "resname RA",
 152         "-norm"
 153     };
 154     setTopology("simple.gro");
 155     includeDataset("size");
 156     runTest(CommandLine::create(cmdline));
 157 }
 158
 159 TEST_F(SelectModuleTest, WritesResidueNumbers)
 160 {
 161     const char *const cmdline[] = {
 162         "select",
 163         "-select", "res_com of resname RA RD"
 164     };
 165     setTopology("simple.gro");
 166     includeDataset("index");
 167     runTest(CommandLine::create(cmdline));
 168 }
 169
 170 TEST_F(SelectModuleTest, WritesResidueIndices)
 171 {
 172     const char *const cmdline[] = {
 173         "select",
 174         "-select", "res_com of resname RA RD",
 175         "-resnr", "index"
 176     };
 177     setTopology("simple.gro");
 178     includeDataset("index");
 179     runTest(CommandLine::create(cmdline));
 180 }
 181
 182 } // namespace