src/gromacs/trajectoryanalysis/tests/select.cpp

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  10  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  11  * Copyright (c) 2001-2009, The GROMACS development team,
  12  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  13
  14  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  15  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  16  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  17  * of the License, or (at your option) any later version.
  18  *
  19  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  20  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  21  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  22  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  23  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  24  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  25  *
  26  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  27  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  28  *
  29  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  30  */
  31 /*! \internal \file
  32  * \brief
  33  * Tests for functionality of the "select" trajectory analysis module.
  34  *
  35  * These tests test most of the functionality of the module, but currently
  36  * missing are:
  37  *  - Tests related to -oc output.  This would require a more complex input
  38  *    structure for reasonable testing (the same structure could also be used
  39  *    in selection unit tests for 'insolidangle' keyword).
  40  *  - Tests for XVG labels.  This is a limitation of the current testing
  41  *    framework.
  42  *
  43  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@cbr.su.se>
  44  * \ingroup module_trajectoryanalysis
  45  */
  46 #include <gtest/gtest.h>
  47
  48 #include "gromacs/trajectoryanalysis/modules/select.h"
  49
  50 #include "testutils/cmdlinetest.h"
  51
  52 #include "moduletest.h"
  53
  54 namespace
  55 {
  56
  57 using gmx::test::CommandLine;
  58
  59 /********************************************************************
  60  * Tests for gmx::analysismodules::Select.
  61  */
  62
  63 typedef gmx::test::TrajectoryAnalysisModuleTestFixture<gmx::analysismodules::Select>
  64         SelectModuleTest;
  65
  66 TEST_F(SelectModuleTest, BasicTest)
  67 {
  68     const char *const cmdline[] = {
  69         "select",
  70         "-select", "y < 2.5", "resname RA"
  71     };
  72     setTopology("simple.gro");
  73     setOutputFile("-oi", "index.dat");
  74     setOutputFile("-on", "index.ndx");
  75     excludeDataset("cfrac");
  76     runTest(CommandLine::create(cmdline));
  77 }
  78
  79 TEST_F(SelectModuleTest, HandlesDumpOption)
  80 {
  81     const char *const cmdline[] = {
  82         "select",
  83         "-select", "y < 2.5",
  84         "-dump"
  85     };
  86     setTopology("simple.gro");
  87     setOutputFile("-oi", "index.dat");
  88     includeDataset("index");
  89     runTest(CommandLine::create(cmdline));
  90 }
  91
  92 TEST_F(SelectModuleTest, NormalizesSizes)
  93 {
  94     const char *const cmdline[] = {
  95         "select",
  96         "-select", "y < 2.5", "resname RA and y < 2.5", "resname RA",
  97         "-norm"
  98     };
  99     setTopology("simple.gro");
 100     includeDataset("size");
 101     runTest(CommandLine::create(cmdline));
 102 }
 103
 104 TEST_F(SelectModuleTest, WritesResidueNumbers)
 105 {
 106     const char *const cmdline[] = {
 107         "select",
 108         "-select", "res_com of resname RA RD"
 109     };
 110     setTopology("simple.gro");
 111     includeDataset("index");
 112     runTest(CommandLine::create(cmdline));
 113 }
 114
 115 TEST_F(SelectModuleTest, WritesResidueIndices)
 116 {
 117     const char *const cmdline[] = {
 118         "select",
 119         "-select", "res_com of resname RA RD",
 120         "-resnr", "index"
 121     };
 122     setTopology("simple.gro");
 123     includeDataset("index");
 124     runTest(CommandLine::create(cmdline));
 125 }
 126
 127 } // namespace