src/gromacs/trajectoryanalysis/tests/select.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2012,2013,2014,2015,2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Tests for functionality of the "select" trajectory analysis module.
  38  *
  39  * These tests test most of the functionality of the module, but currently
  40  * missing are:
  41  *  - Tests related to -oc output.  This would require a more complex input
  42  *    structure for reasonable testing (the same structure could also be used
  43  *    in selection unit tests for 'insolidangle' keyword).
  44  *  - Tests for XVG labels.  This is a limitation of the current testing
  45  *    framework.
  46  *
  47  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  48  * \ingroup module_trajectoryanalysis
  49  */
  50 #include "gmxpre.h"
  51
  52 #include "gromacs/trajectoryanalysis/modules/select.h"
  53
  54 #include <gtest/gtest.h>
  55
  56 #include "testutils/cmdlinetest.h"
  57 #include "testutils/textblockmatchers.h"
  58
  59 #include "moduletest.h"
  60
  61 namespace
  62 {
  63
  64 using gmx::test::CommandLine;
  65 using gmx::test::ExactTextMatch;
  66
  67 /********************************************************************
  68  * Tests for gmx::analysismodules::Select.
  69  */
  70
  71 //! Test fixture for the select analysis module.
  72 typedef gmx::test::TrajectoryAnalysisModuleTestFixture<gmx::analysismodules::SelectInfo> SelectModuleTest;
  73
  74 TEST_F(SelectModuleTest, BasicTest)
  75 {
  76     const char* const cmdline[] = { "select", "-select", "y < 2.5", "resname RA" };
  77     setTopology("simple.gro");
  78     setTrajectory("simple.gro");
  79     setOutputFile("-oi", "index.dat", ExactTextMatch());
  80     setOutputFile("-on", "index.ndx", ExactTextMatch());
  81     excludeDataset("cfrac");
  82     runTest(CommandLine(cmdline));
  83 }
  84
  85 TEST_F(SelectModuleTest, HandlesPDBOutputWithNonPDBInput)
  86 {
  87     const char* const cmdline[] = { "select", "-select", "resname RA RD and y < 2.5" };
  88     setTopology("simple.gro");
  89     setTrajectory("simple.gro");
  90     includeDataset("occupancy");
  91     setOutputFile("-ofpdb", "occupancy.pdb", ExactTextMatch());
  92     runTest(CommandLine(cmdline));
  93 }
  94
  95 TEST_F(SelectModuleTest, HandlesPDBOutputWithPDBInput)
  96 {
  97     const char* const cmdline[] = { "select", "-select", "resname RA RD and y < 2.5" };
  98     setTopology("simple.pdb");
  99     setTrajectory("simple.gro");
 100     includeDataset("occupancy");
 101     setOutputFile("-ofpdb", "occupancy.pdb", ExactTextMatch());
 102     runTest(CommandLine(cmdline));
 103 }
 104
 105 TEST_F(SelectModuleTest, HandlesMaxPDBOutput)
 106 {
 107     const char* const cmdline[] = { "select",        "-select",   "resname RA RD and y < 2.5",
 108                                     "resname RA RB", "-pdbatoms", "maxsel" };
 109     setTopology("simple.pdb");
 110     setTrajectory("simple.gro");
 111     includeDataset("occupancy");
 112     setOutputFile("-ofpdb", "occupancy.pdb", ExactTextMatch());
 113     runTest(CommandLine(cmdline));
 114 }
 115
 116 TEST_F(SelectModuleTest, HandlesSelectedPDBOutput)
 117 {
 118     const char* const cmdline[] = { "select",        "-select",   "resname RA RD and y < 2.5",
 119                                     "resname RA RB", "-pdbatoms", "selected" };
 120     setTopology("simple.pdb");
 121     setTrajectory("simple.gro");
 122     includeDataset("occupancy");
 123     setOutputFile("-ofpdb", "occupancy.pdb", ExactTextMatch());
 124     runTest(CommandLine(cmdline));
 125 }
 126
 127 TEST_F(SelectModuleTest, NormalizesSizes)
 128 {
 129     const char* const cmdline[] = { "select",     "-select", "y < 2.5", "resname RA and y < 2.5",
 130                                     "resname RA", "-norm" };
 131     setTopology("simple.gro");
 132     includeDataset("size");
 133     runTest(CommandLine(cmdline));
 134 }
 135
 136 TEST_F(SelectModuleTest, WritesResidueNumbers)
 137 {
 138     const char* const cmdline[] = { "select", "-select", "res_com of resname RA RD" };
 139     setTopology("simple.gro");
 140     includeDataset("index");
 141     runTest(CommandLine(cmdline));
 142 }
 143
 144 TEST_F(SelectModuleTest, WritesResidueIndices)
 145 {
 146     const char* const cmdline[] = { "select", "-select", "res_com of resname RA RD", "-resnr",
 147                                     "index" };
 148     setTopology("simple.gro");
 149     includeDataset("index");
 150     runTest(CommandLine(cmdline));
 151 }
 152
 153 } // namespace