src/gromacs/trajectoryanalysis/tests/select.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2012,2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Tests for functionality of the "select" trajectory analysis module.
  38  *
  39  * These tests test most of the functionality of the module, but currently
  40  * missing are:
  41  *  - Tests related to -oc output.  This would require a more complex input
  42  *    structure for reasonable testing (the same structure could also be used
  43  *    in selection unit tests for 'insolidangle' keyword).
  44  *  - Tests for XVG labels.  This is a limitation of the current testing
  45  *    framework.
  46  *
  47  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  48  * \ingroup module_trajectoryanalysis
  49  */
  50 #include <gtest/gtest.h>
  51
  52 #include "gromacs/trajectoryanalysis/modules/select.h"
  53
  54 #include "testutils/cmdlinetest.h"
  55
  56 #include "moduletest.h"
  57
  58 namespace
  59 {
  60
  61 using gmx::test::CommandLine;
  62
  63 /********************************************************************
  64  * Tests for gmx::analysismodules::Select.
  65  */
  66
  67 //! Test fixture for the select analysis module.
  68 typedef gmx::test::TrajectoryAnalysisModuleTestFixture<gmx::analysismodules::SelectInfo>
  69     SelectModuleTest;
  70
  71 TEST_F(SelectModuleTest, BasicTest)
  72 {
  73     const char *const cmdline[] = {
  74         "select",
  75         "-select", "y < 2.5", "resname RA"
  76     };
  77     setTopology("simple.gro");
  78     setTrajectory("simple.gro");
  79     setOutputFile("-oi", "index.dat");
  80     setOutputFile("-on", "index.ndx");
  81     excludeDataset("cfrac");
  82     runTest(CommandLine(cmdline));
  83 }
  84
  85 TEST_F(SelectModuleTest, HandlesPDBOutputWithNonPDBInput)
  86 {
  87     const char *const cmdline[] = {
  88         "select",
  89         "-select", "resname RA RD and y < 2.5"
  90     };
  91     setTopology("simple.gro");
  92     setTrajectory("simple.gro");
  93     includeDataset("occupancy");
  94     setOutputFile("-ofpdb", "occupancy.pdb");
  95     runTest(CommandLine(cmdline));
  96 }
  97
  98 TEST_F(SelectModuleTest, HandlesPDBOutputWithPDBInput)
  99 {
 100     const char *const cmdline[] = {
 101         "select",
 102         "-select", "resname RA RD and y < 2.5"
 103     };
 104     setTopology("simple.pdb");
 105     setTrajectory("simple.gro");
 106     includeDataset("occupancy");
 107     setOutputFile("-ofpdb", "occupancy.pdb");
 108     runTest(CommandLine(cmdline));
 109 }
 110
 111 TEST_F(SelectModuleTest, HandlesMaxPDBOutput)
 112 {
 113     const char *const cmdline[] = {
 114         "select",
 115         "-select", "resname RA RD and y < 2.5", "resname RA RB",
 116         "-pdbatoms", "maxsel"
 117     };
 118     setTopology("simple.pdb");
 119     setTrajectory("simple.gro");
 120     includeDataset("occupancy");
 121     setOutputFile("-ofpdb", "occupancy.pdb");
 122     runTest(CommandLine(cmdline));
 123 }
 124
 125 TEST_F(SelectModuleTest, HandlesSelectedPDBOutput)
 126 {
 127     const char *const cmdline[] = {
 128         "select",
 129         "-select", "resname RA RD and y < 2.5", "resname RA RB",
 130         "-pdbatoms", "selected"
 131     };
 132     setTopology("simple.pdb");
 133     setTrajectory("simple.gro");
 134     includeDataset("occupancy");
 135     setOutputFile("-ofpdb", "occupancy.pdb");
 136     runTest(CommandLine(cmdline));
 137 }
 138
 139 TEST_F(SelectModuleTest, NormalizesSizes)
 140 {
 141     const char *const cmdline[] = {
 142         "select",
 143         "-select", "y < 2.5", "resname RA and y < 2.5", "resname RA",
 144         "-norm"
 145     };
 146     setTopology("simple.gro");
 147     includeDataset("size");
 148     runTest(CommandLine(cmdline));
 149 }
 150
 151 TEST_F(SelectModuleTest, WritesResidueNumbers)
 152 {
 153     const char *const cmdline[] = {
 154         "select",
 155         "-select", "res_com of resname RA RD"
 156     };
 157     setTopology("simple.gro");
 158     includeDataset("index");
 159     runTest(CommandLine(cmdline));
 160 }
 161
 162 TEST_F(SelectModuleTest, WritesResidueIndices)
 163 {
 164     const char *const cmdline[] = {
 165         "select",
 166         "-select", "res_com of resname RA RD",
 167         "-resnr", "index"
 168     };
 169     setTopology("simple.gro");
 170     includeDataset("index");
 171     runTest(CommandLine(cmdline));
 172 }
 173
 174 } // namespace