src/gromacs/trajectoryanalysis/tests/sasa.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Tests for functionality of the "sasa" trajectory analysis module.
  38  *
  39  * These tests test the basic functionality of the tool itself, but currently
  40  * the following are missing:
  41  *  - Tests related to -odg output.  This would require a full tpr file, and
  42  *    some investigation on what kind of tpr it should be to produce reasonable
  43  *    output.
  44  *  - Tests for the X axes in the area per atom/residue plots.  These could be
  45  *    added once better X axes are implemented.
  46  *  - Tests for XVG labels.  This is a limitation of the current testing
  47  *    framework.
  48  *
  49  * The actual surface area algorithm should be tested separately with a more
  50  * extensive set of data, but those fit better as a separate set of unit tests.
  51  *
  52  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  53  * \ingroup module_trajectoryanalysis
  54  */
  55 #include <gtest/gtest.h>
  56
  57 #include "gromacs/trajectoryanalysis/modules/sasa.h"
  58
  59 #include "testutils/cmdlinetest.h"
  60 #include "testutils/testasserts.h"
  61
  62 #include "moduletest.h"
  63
  64 namespace
  65 {
  66
  67 using gmx::test::CommandLine;
  68
  69 /********************************************************************
  70  * Tests for gmx::analysismodules::Sas.
  71  */
  72
  73 //! Test fixture for the select analysis module.
  74 typedef gmx::test::TrajectoryAnalysisModuleTestFixture<gmx::analysismodules::SasaInfo>
  75     SasaModuleTest;
  76
  77 TEST_F(SasaModuleTest, BasicTest)
  78 {
  79     const char *const cmdline[] = {
  80         "sasa",
  81         "-surface", "all",
  82         "-output", "name N CA C O H"
  83     };
  84     setTopology("lysozyme.gro");
  85     setOutputFileNoTest("-o", "xvg");
  86     setOutputFileNoTest("-or", "xvg");
  87     setOutputFileNoTest("-oa", "xvg");
  88     setOutputFileNoTest("-tv", "xvg");
  89     excludeDataset("dgsolv");
  90     setDatasetTolerance("area", gmx::test::ulpTolerance(8));
  91     setDatasetTolerance("volume", gmx::test::ulpTolerance(8));
  92     runTest(CommandLine(cmdline));
  93 }
  94
  95 TEST_F(SasaModuleTest, WritesConnollySurfaceWithSolute)
  96 {
  97     const char *const cmdline[] = {
  98         "sasa",
  99         "-surface", "atomnr 1"
 100     };
 101     setTopology("lysozyme.gro");
 102     setOutputFileNoTest("-o", "xvg");
 103     setOutputFile("-q", "connolly.pdb");
 104     includeDataset("area");
 105     runTest(CommandLine(cmdline));
 106 }
 107
 108 // The CONECT records written to the output make this very difficult to test
 109 // without parsing the output file, since by construction, there are a lot of
 110 // dot pairs that are at exactly the same distance from each other in exact
 111 // arithmetic, and depending on rounding etc., different pairs get picked into
 112 // the output for single and double precision.
 113 #if 0
 114 TEST_F(SasaModuleTest, WritesConnollySurfaceWithoutSolute)
 115 {
 116     const char *const cmdline[] = {
 117         "sasa",
 118         "-surface", "atomnr 1",
 119         "-noprot"
 120     };
 121     setTopology("lysozyme.gro");
 122     setOutputFileNoTest("-o", "xvg");
 123     setOutputFile("-q", "connolly.pdb");
 124     includeDataset("area");
 125     runTest(CommandLine(cmdline));
 126 }
 127 #endif
 128
 129 TEST_F(SasaModuleTest, HandlesDynamicOutputGroup)
 130 {
 131     const char *const cmdline[] = {
 132         "sasa",
 133         "-surface", "all",
 134         "-output", "y > 1.5"
 135     };
 136     setTopology("lysozyme.gro");
 137     setOutputFileNoTest("-o", "xvg");
 138     setOutputFileNoTest("-or", "xvg");
 139     setOutputFileNoTest("-oa", "xvg");
 140     excludeDataset("volume");
 141     excludeDataset("dgsolv");
 142     setDatasetTolerance("area", gmx::test::ulpTolerance(8));
 143     runTest(CommandLine(cmdline));
 144 }
 145
 146 TEST_F(SasaModuleTest, HandlesDynamicCalculationGroup)
 147 {
 148     const char *const cmdline[] = {
 149         "sasa",
 150         "-surface", "y > 1.5",
 151         "-output", "y > 1.5 and z > 0"
 152     };
 153     setTopology("lysozyme.gro");
 154     setOutputFileNoTest("-o", "xvg");
 155     setOutputFileNoTest("-or", "xvg");
 156     setOutputFileNoTest("-oa", "xvg");
 157     excludeDataset("volume");
 158     excludeDataset("dgsolv");
 159     setDatasetTolerance("area", gmx::test::ulpTolerance(8));
 160     runTest(CommandLine(cmdline));
 161 }
 162
 163 } // namespace