src/gromacs/trajectoryanalysis/tests/sasa.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2014,2015,2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Tests for functionality of the "sasa" trajectory analysis module.
  38  *
  39  * These tests test the basic functionality of the tool itself, but currently
  40  * the tests related to -odg output are missing.  This would require a full tpr
  41  * file, and some investigation on what kind of tpr it should be to produce
  42  * reasonable output.
  43  *
  44  * The actual surface area algorithm is tested separately in surfacearea.cpp.
  45  *
  46  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  47  * \ingroup module_trajectoryanalysis
  48  */
  49 #include "gmxpre.h"
  50
  51 #include "gromacs/trajectoryanalysis/modules/sasa.h"
  52
  53 #include <gtest/gtest.h>
  54
  55 #include "testutils/cmdlinetest.h"
  56 #include "testutils/testasserts.h"
  57 #include "testutils/textblockmatchers.h"
  58 #include "testutils/xvgtest.h"
  59
  60 #include "moduletest.h"
  61
  62 namespace
  63 {
  64
  65 using gmx::test::CommandLine;
  66 using gmx::test::ExactTextMatch;
  67 using gmx::test::NoTextMatch;
  68 using gmx::test::XvgMatch;
  69
  70 /********************************************************************
  71  * Tests for gmx::analysismodules::Sasa.
  72  */
  73
  74 //! Test fixture for the `sasa` analysis module.
  75 typedef gmx::test::TrajectoryAnalysisModuleTestFixture<gmx::analysismodules::SasaInfo> SasaModuleTest;
  76
  77 TEST_F(SasaModuleTest, BasicTest)
  78 {
  79     const char* const cmdline[] = { "sasa", "-surface", "all", "-output", "name N CA C O H" };
  80     setTopology("lysozyme.gro");
  81     setOutputFile("-o", ".xvg", XvgMatch().testData(false));
  82     setOutputFile("-or", ".xvg", XvgMatch());
  83     setOutputFile("-oa", ".xvg", XvgMatch());
  84     setOutputFile("-tv", ".xvg", XvgMatch().testData(false));
  85     excludeDataset("dgsolv");
  86     setDatasetTolerance("area", gmx::test::ulpTolerance(8));
  87     setDatasetTolerance("volume", gmx::test::ulpTolerance(8));
  88     runTest(CommandLine(cmdline));
  89 }
  90
  91 TEST_F(SasaModuleTest, HandlesSelectedResidues)
  92 {
  93     const char* const cmdline[] = { "sasa", "-surface", "resnr 2 4 to 5 8" };
  94     setTopology("lysozyme.gro");
  95     setOutputFile("-o", ".xvg", XvgMatch().testData(false));
  96     setOutputFile("-or", ".xvg", XvgMatch());
  97     setOutputFile("-oa", ".xvg", XvgMatch());
  98     excludeDataset("dgsolv");
  99     excludeDataset("volume");
 100     setDatasetTolerance("area", gmx::test::ulpTolerance(8));
 101     runTest(CommandLine(cmdline));
 102 }
 103
 104 TEST_F(SasaModuleTest, WritesConnollySurfaceWithSolute)
 105 {
 106     const char* const cmdline[] = { "sasa", "-surface", "atomnr 1" };
 107     setTopology("lysozyme.gro");
 108     setOutputFile("-o", ".xvg", NoTextMatch());
 109     setOutputFile("-q", "connolly.pdb", ExactTextMatch());
 110     includeDataset("area");
 111     runTest(CommandLine(cmdline));
 112 }
 113
 114 // The CONECT records written to the output make this very difficult to test
 115 // without parsing the output file, since by construction, there are a lot of
 116 // dot pairs that are at exactly the same distance from each other in exact
 117 // arithmetic, and depending on rounding etc., different pairs get picked into
 118 // the output for single and double precision.
 119 #if 0
 120 TEST_F(SasaModuleTest, WritesConnollySurfaceWithoutSolute)
 121 {
 122     const char *const cmdline[] = {
 123         "sasa",
 124         "-surface", "atomnr 1",
 125         "-noprot"
 126     };
 127     setTopology("lysozyme.gro");
 128     setOutputFileNoTest("-o", "xvg");
 129     setOutputFile("-q", "connolly.pdb");
 130     includeDataset("area");
 131     runTest(CommandLine(cmdline));
 132 }
 133 #endif
 134
 135 TEST_F(SasaModuleTest, HandlesDynamicOutputGroup)
 136 {
 137     const char* const cmdline[] = { "sasa", "-surface", "all", "-output", "y > 1.5" };
 138     setTopology("lysozyme.gro");
 139     setOutputFile("-o", ".xvg", NoTextMatch());
 140     setOutputFile("-or", ".xvg", NoTextMatch());
 141     setOutputFile("-oa", ".xvg", NoTextMatch());
 142     excludeDataset("volume");
 143     excludeDataset("dgsolv");
 144     setDatasetTolerance("area", gmx::test::ulpTolerance(8));
 145     runTest(CommandLine(cmdline));
 146 }
 147
 148 TEST_F(SasaModuleTest, HandlesDynamicCalculationGroup)
 149 {
 150     const char* const cmdline[] = { "sasa", "-surface", "y > 1.5", "-output", "y > 1.5 and z > 0" };
 151     setTopology("lysozyme.gro");
 152     setOutputFile("-o", ".xvg", NoTextMatch());
 153     setOutputFile("-or", ".xvg", NoTextMatch());
 154     setOutputFile("-oa", ".xvg", NoTextMatch());
 155     excludeDataset("volume");
 156     excludeDataset("dgsolv");
 157     setDatasetTolerance("area", gmx::test::ulpTolerance(8));
 158     runTest(CommandLine(cmdline));
 159 }
 160
 161 } // namespace