src/gromacs/trajectoryanalysis/tests/distance.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2013,2014,2019,2021, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Tests for functionality of the "distance" trajectory analysis module.
  38  *
  39  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  40  * \ingroup module_trajectoryanalysis
  41  */
  42 #include "gmxpre.h"
  43
  44 #include "gromacs/trajectoryanalysis/modules/distance.h"
  45
  46 #include <gtest/gtest.h>
  47
  48 #include "testutils/cmdlinetest.h"
  49
  50 #include "moduletest.h"
  51
  52 namespace
  53 {
  54
  55 using gmx::test::CommandLine;
  56
  57 /********************************************************************
  58  * Tests for gmx::analysismodules::Distance.
  59  */
  60
  61 //! Test fixture for the angle analysis module.
  62 typedef gmx::test::TrajectoryAnalysisModuleTestFixture<gmx::analysismodules::DistanceInfo> DistanceModuleTest;
  63
  64 TEST_F(DistanceModuleTest, ComputesDistances)
  65 {
  66     const char* const cmdline[] = { "distance", "-select", "atomname S1 S2", "-len", "2",
  67                                     "-binw",    "0.5" };
  68     setTopology("simple.gro");
  69     runTest(CommandLine(cmdline));
  70 }
  71
  72 TEST_F(DistanceModuleTest, ComputesMultipleDistances)
  73 {
  74     const char* const cmdline[] = {
  75         "distance",       "-select",
  76         "atomname S1 S2", "resindex 1 to 4 and atomname CB merge resindex 2 to 5 and atomname CB",
  77         "-len",           "2",
  78         "-binw",          "0.5"
  79     };
  80     setTopology("simple.gro");
  81     runTest(CommandLine(cmdline));
  82 }
  83
  84 TEST_F(DistanceModuleTest, HandlesDynamicSelections)
  85 {
  86     const char* const cmdline[] = { "distance", "-select", "atomname S1 S2 and res_cog x < 2.8",
  87                                     "-len",     "2",       "-binw",
  88                                     "0.5" };
  89     setTopology("simple.gro");
  90     runTest(CommandLine(cmdline));
  91 }
  92
  93 TEST_F(DistanceModuleTest, HandlesSelectionFromGroup)
  94 {
  95     const char* const cmdline[] = { "distance", "-select", "group \"Contacts\"" };
  96     setInputFile("-n", "simple.ndx");
  97     setTopology("simple.gro");
  98     runTest(CommandLine(cmdline));
  99 }
 100
 101 TEST_F(DistanceModuleTest, HandlesSelectionFromLargeGroup)
 102 {
 103     const char* const cmdline[] = { "distance", "-select", "group \"ManyContacts\"" };
 104     setInputFile("-n", "simple.ndx");
 105     setTopology("simple.gro");
 106     runTest(CommandLine(cmdline));
 107 }
 108
 109 } // namespace