src/gromacs/trajectoryanalysis/tests/convert_trj.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Tests for functionality of the "convert-trj" trajectory analysis module.
  38  *
  39  * \author Paul Bauer <paul.bauer.q@gmail.com>
  40  * \ingroup module_trajectoryanalysis
  41  */
  42 #include "gmxpre.h"
  43
  44 #include "gromacs/trajectoryanalysis/modules/convert_trj.h"
  45
  46 #include <gtest/gtest.h>
  47
  48 #include "testutils/cmdlinetest.h"
  49 #include "testutils/filematchers.h"
  50 #include "testutils/textblockmatchers.h"
  51
  52 #include "moduletest.h"
  53
  54 namespace
  55 {
  56
  57 using gmx::test::CommandLine;
  58 using gmx::test::ExactTextMatch;
  59 using gmx::test::NoContentsMatch;
  60
  61 /********************************************************************
  62  * Tests for gmx::analysismodules::ConvertTrj.
  63  */
  64
  65 //! Test fixture for the convert-trj analysis module.
  66 typedef gmx::test::TrajectoryAnalysisModuleTestFixture<gmx::analysismodules::ConvertTrjInfo> ConvertTrjModuleTest;
  67
  68 TEST_F(ConvertTrjModuleTest, WritesNormalOutput)
  69 {
  70     const char* const cmdline[] = { "convert-trj" };
  71     setTopology("freevolume.tpr");
  72     setInputFile("-f", "freevolume.xtc");
  73     setOutputFile("-o", "test.trr", NoContentsMatch());
  74     runTest(CommandLine(cmdline));
  75 }
  76
  77 TEST_F(ConvertTrjModuleTest, WritesAtomSubset)
  78 {
  79     const char* const cmdline[] = { "convert-trj", "-select", "not resname = CO2" };
  80     setTopology("freevolume.tpr");
  81     setInputFile("-f", "freevolume.xtc");
  82     setOutputFile("-o", "test.trr", NoContentsMatch());
  83     runTest(CommandLine(cmdline));
  84 }
  85
  86 TEST_F(ConvertTrjModuleTest, WorksWithAtomAdding)
  87 {
  88     const char* const cmdline[] = { "convert-trj", "-atoms", "always-from-structure" };
  89     // TODO check output structures once this is supported.
  90     setTopology("clustsize.tpr");
  91     setInputFile("-f", "clustsize.pdb");
  92     setOutputFile("-o", "test.gro", ExactTextMatch());
  93     runTest(CommandLine(cmdline));
  94 }
  95
  96 TEST_F(ConvertTrjModuleTest, WorksWithAtomsAndSelection)
  97 {
  98     const char* const cmdline[] = { "convert-trj", "-atoms", "always-from-structure", "-select",
  99                                     "not resname = CO2" };
 100     // TODO check output structures once this is supported.
 101     setTopology("clustsize.tpr");
 102     setInputFile("-f", "clustsize.pdb");
 103     setOutputFile("-o", "test.gro", ExactTextMatch());
 104     runTest(CommandLine(cmdline));
 105 }
 106
 107 } // namespace