src/gromacs/trajectoryanalysis/tests/angle.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2012, by the GROMACS development team, led by
   5  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   6  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
   7  * directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Tests for functionality of the "angle" trajectory analysis module.
  38  *
  39  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  40  * \ingroup module_trajectoryanalysis
  41  */
  42 #include <gtest/gtest.h>
  43
  44 #include "gromacs/trajectoryanalysis/modules/angle.h"
  45
  46 #include "testutils/cmdlinetest.h"
  47
  48 #include "moduletest.h"
  49
  50 namespace
  51 {
  52
  53 using gmx::test::CommandLine;
  54
  55 /********************************************************************
  56  * Tests for gmx::analysismodules::Angle.
  57  */
  58
  59 //! Test fixture for the angle analysis module.
  60 typedef gmx::test::TrajectoryAnalysisModuleTestFixture<gmx::analysismodules::Angle>
  61     AngleModuleTest;
  62
  63 TEST_F(AngleModuleTest, ComputesSimpleAngles)
  64 {
  65     const char *const cmdline[] = {
  66         "angle",
  67         "-g1", "angle", "-group1", "resname RA1 RA2 and name A1 A2 A3"
  68     };
  69     setTopology("angle.gro");
  70     runTest(CommandLine::create(cmdline));
  71 }
  72
  73 TEST_F(AngleModuleTest, ComputesDihedrals)
  74 {
  75     const char *const cmdline[] = {
  76         "angle",
  77         "-g1", "dihedral", "-group1", "resname RD1 RD2 RD3 and name A1 A2 A3 A4"
  78     };
  79     setTopology("angle.gro");
  80     runTest(CommandLine::create(cmdline));
  81 }
  82
  83 TEST_F(AngleModuleTest, ComputesVectorPairAngles)
  84 {
  85     const char *const cmdline[] = {
  86         "angle",
  87         "-g1", "vector", "-group1", "resname RV1 RV2 and name A1 A2",
  88         "-g2", "vector", "-group2", "resname RV3 RV4 and name A1 A2"
  89     };
  90     setTopology("angle.gro");
  91     runTest(CommandLine::create(cmdline));
  92 }
  93
  94 TEST_F(AngleModuleTest, ComputesVectorPlanePairAngles)
  95 {
  96     const char *const cmdline[] = {
  97         "angle",
  98         "-g1", "vector", "-group1", "resname RV1 RV2 and name A1 A2",
  99         "-g2", "plane",  "-group2", "resname RP1 RP2 and name A1 A2 A3"
 100     };
 101     setTopology("angle.gro");
 102     runTest(CommandLine::create(cmdline));
 103 }
 104
 105 TEST_F(AngleModuleTest, ComputesPlaneZAxisAngles)
 106 {
 107     const char *const cmdline[] = {
 108         "angle",
 109         "-g1", "plane", "-group1", "resname RP1 RP2 and name A1 A2 A3",
 110         "-g2", "z"
 111     };
 112     setTopology("angle.gro");
 113     runTest(CommandLine::create(cmdline));
 114 }
 115
 116 TEST_F(AngleModuleTest, ComputesVectorSphereNormalZAxisAngles)
 117 {
 118     const char *const cmdline[] = {
 119         "angle",
 120         "-g1", "vector",  "-group1", "resname RV1 RV2 and name A1 A2",
 121         "-g2", "sphnorm", "-group2", "cog of resname RS"
 122     };
 123     setTopology("angle.gro");
 124     runTest(CommandLine::create(cmdline));
 125 }
 126
 127 TEST_F(AngleModuleTest, ComputesVectorTimeZeroAngles)
 128 {
 129     const char *const cmdline[] = {
 130         "angle",
 131         "-g1", "vector", "-group1", "resname RV1 RV2 RV3 RV4 and name A1 A2",
 132         "-g2", "t0"
 133     };
 134     setTopology("angle.gro");
 135     setTrajectory("angle.gro");
 136     runTest(CommandLine::create(cmdline));
 137 }
 138
 139 } // namespace