src/gromacs/trajectoryanalysis/tests/angle.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2012,2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Tests for functionality of the "angle" trajectory analysis module.
  38  *
  39  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  40  * \ingroup module_trajectoryanalysis
  41  */
  42 #include <gtest/gtest.h>
  43
  44 #include "gromacs/trajectoryanalysis/modules/angle.h"
  45
  46 #include "testutils/cmdlinetest.h"
  47
  48 #include "moduletest.h"
  49
  50 namespace
  51 {
  52
  53 using gmx::test::CommandLine;
  54
  55 /********************************************************************
  56  * Tests for gmx::analysismodules::Angle.
  57  */
  58
  59 //! Test fixture for the angle analysis module.
  60 typedef gmx::test::TrajectoryAnalysisModuleTestFixture<gmx::analysismodules::AngleInfo>
  61     AngleModuleTest;
  62
  63 TEST_F(AngleModuleTest, ComputesSimpleAngles)
  64 {
  65     const char *const cmdline[] = {
  66         "angle",
  67         "-g1", "angle", "-group1", "resname RA1 RA2 and name A1 A2 A3",
  68         "-binw", "60"
  69     };
  70     setTopology("angle.gro");
  71     runTest(CommandLine(cmdline));
  72 }
  73
  74 TEST_F(AngleModuleTest, ComputesDihedrals)
  75 {
  76     const char *const cmdline[] = {
  77         "angle",
  78         "-g1", "dihedral", "-group1", "resname RD1 RD2 RD3 and name A1 A2 A3 A4",
  79         "-binw", "120"
  80     };
  81     setTopology("angle.gro");
  82     runTest(CommandLine(cmdline));
  83 }
  84
  85 TEST_F(AngleModuleTest, ComputesVectorPairAngles)
  86 {
  87     const char *const cmdline[] = {
  88         "angle",
  89         "-g1", "vector", "-group1", "resname RV1 RV2 and name A1 A2",
  90         "-g2", "vector", "-group2", "resname RV3 RV4 and name A1 A2",
  91         "-binw", "60"
  92     };
  93     setTopology("angle.gro");
  94     runTest(CommandLine(cmdline));
  95 }
  96
  97 TEST_F(AngleModuleTest, ComputesVectorPlanePairAngles)
  98 {
  99     const char *const cmdline[] = {
 100         "angle",
 101         "-g1", "vector", "-group1", "resname RV1 RV2 and name A1 A2",
 102         "-g2", "plane",  "-group2", "resname RP1 RP2 and name A1 A2 A3",
 103         "-binw", "60"
 104     };
 105     setTopology("angle.gro");
 106     runTest(CommandLine(cmdline));
 107 }
 108
 109 TEST_F(AngleModuleTest, ComputesPlaneZAxisAngles)
 110 {
 111     const char *const cmdline[] = {
 112         "angle",
 113         "-g1", "plane", "-group1", "resname RP1 RP2 and name A1 A2 A3",
 114         "-g2", "z",
 115         "-binw", "60"
 116     };
 117     setTopology("angle.gro");
 118     runTest(CommandLine(cmdline));
 119 }
 120
 121 TEST_F(AngleModuleTest, ComputesVectorSphereNormalZAxisAngles)
 122 {
 123     const char *const cmdline[] = {
 124         "angle",
 125         "-g1", "vector",  "-group1", "resname RV1 RV2 and name A1 A2",
 126         "-g2", "sphnorm", "-group2", "cog of resname RS",
 127         "-binw", "60"
 128     };
 129     setTopology("angle.gro");
 130     runTest(CommandLine(cmdline));
 131 }
 132
 133 TEST_F(AngleModuleTest, ComputesVectorTimeZeroAngles)
 134 {
 135     const char *const cmdline[] = {
 136         "angle",
 137         "-g1", "vector", "-group1", "resname RV1 RV2 RV3 RV4 and name A1 A2",
 138         "-g2", "t0",
 139         "-binw", "60"
 140     };
 141     setTopology("angle.gro");
 142     setTrajectory("angle.gro");
 143     runTest(CommandLine(cmdline));
 144 }
 145
 146 TEST_F(AngleModuleTest, ComputesMultipleAngles)
 147 {
 148     const char *const cmdline[] = {
 149         "angle",
 150         "-g1", "vector",
 151         "-group1",
 152         "resname RV1 RV2 and name A1 A2",
 153         "resname RV3 RV4 and name A1 A2",
 154         "-g2", "plane",
 155         "-group2",
 156         "resname RP1 RP2 and name A1 A2 A3",
 157         "resname RP1 RP2 and name A1 A2 A3",
 158         "-binw", "60"
 159     };
 160     setTopology("angle.gro");
 161     runTest(CommandLine(cmdline));
 162 }
 163
 164 TEST_F(AngleModuleTest, HandlesDynamicSelections)
 165 {
 166     const char *const cmdline[] = {
 167         "angle",
 168         "-g1", "angle", "-group1", "resname RA1 RA2 and name A1 A2 A3 and z < 0.5",
 169         "-binw", "60"
 170     };
 171     setTopology("angle.gro");
 172     runTest(CommandLine(cmdline));
 173 }
 174
 175 TEST_F(AngleModuleTest, HandlesOneVsMultipleVectorAngles)
 176 {
 177     const char *const cmdline[] = {
 178         "angle",
 179         "-g1", "vector", "-group1", "resname RV1 RV2 and name A1 A2",
 180         "-g2", "vector", "-group2", "resname RV3 and name A1 A2",
 181         "-binw", "60"
 182     };
 183     setTopology("angle.gro");
 184     runTest(CommandLine(cmdline));
 185 }
 186
 187 TEST_F(AngleModuleTest, HandlesOneVsMultipleVectorGroupsAngles)
 188 {
 189     const char *const cmdline[] = {
 190         "angle",
 191         "-g1", "vector",
 192         "-group1",
 193         "resname RV1 and name A1 A2",
 194         "resname RV3 RV4 and name A1 A2",
 195         "-g2", "plane",
 196         "-group2",
 197         "resname RP1 RP2 and name A1 A2 A3",
 198         "-binw", "60"
 199     };
 200     setTopology("angle.gro");
 201     runTest(CommandLine(cmdline));
 202 }
 203
 204 } // namespace