src/gromacs/trajectoryanalysis/tests/angle.cpp

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  10  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  11  * Copyright (c) 2001-2009, The GROMACS development team,
  12  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  13
  14  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  15  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  16  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  17  * of the License, or (at your option) any later version.
  18  *
  19  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  20  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  21  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  22  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  23  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  24  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  25  *
  26  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  27  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  28  *
  29  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  30  */
  31 /*! \internal \file
  32  * \brief
  33  * Tests for functionality of the "angle" trajectory analysis module.
  34  *
  35  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@cbr.su.se>
  36  * \ingroup module_trajectoryanalysis
  37  */
  38 #include <gtest/gtest.h>
  39
  40 #include "gromacs/trajectoryanalysis/modules/angle.h"
  41
  42 #include "testutils/cmdlinetest.h"
  43
  44 #include "moduletest.h"
  45
  46 namespace
  47 {
  48
  49 using gmx::test::CommandLine;
  50
  51 /********************************************************************
  52  * Tests for gmx::analysismodules::Angle.
  53  */
  54
  55 //! Test fixture for the angle analysis module.
  56 typedef gmx::test::TrajectoryAnalysisModuleTestFixture<gmx::analysismodules::Angle>
  57         AngleModuleTest;
  58
  59 TEST_F(AngleModuleTest, ComputesSimpleAngles)
  60 {
  61     const char *const cmdline[] = {
  62         "angle",
  63         "-g1", "angle", "-group1", "resname RA1 RA2 and name A1 A2 A3"
  64     };
  65     setTopology("angle.gro");
  66     runTest(CommandLine::create(cmdline));
  67 }
  68
  69 TEST_F(AngleModuleTest, ComputesDihedrals)
  70 {
  71     const char *const cmdline[] = {
  72         "angle",
  73         "-g1", "dihedral", "-group1", "resname RD1 RD2 RD3 and name A1 A2 A3 A4"
  74     };
  75     setTopology("angle.gro");
  76     runTest(CommandLine::create(cmdline));
  77 }
  78
  79 TEST_F(AngleModuleTest, ComputesVectorPairAngles)
  80 {
  81     const char *const cmdline[] = {
  82         "angle",
  83         "-g1", "vector", "-group1", "resname RV1 RV2 and name A1 A2",
  84         "-g2", "vector", "-group2", "resname RV3 RV4 and name A1 A2"
  85     };
  86     setTopology("angle.gro");
  87     runTest(CommandLine::create(cmdline));
  88 }
  89
  90 TEST_F(AngleModuleTest, ComputesVectorPlanePairAngles)
  91 {
  92     const char *const cmdline[] = {
  93         "angle",
  94         "-g1", "vector", "-group1", "resname RV1 RV2 and name A1 A2",
  95         "-g2", "plane",  "-group2", "resname RP1 RP2 and name A1 A2 A3"
  96     };
  97     setTopology("angle.gro");
  98     runTest(CommandLine::create(cmdline));
  99 }
 100
 101 TEST_F(AngleModuleTest, ComputesPlaneZAxisAngles)
 102 {
 103     const char *const cmdline[] = {
 104         "angle",
 105         "-g1", "plane", "-group1", "resname RP1 RP2 and name A1 A2 A3",
 106         "-g2", "z"
 107     };
 108     setTopology("angle.gro");
 109     runTest(CommandLine::create(cmdline));
 110 }
 111
 112 TEST_F(AngleModuleTest, ComputesVectorSphereNormalZAxisAngles)
 113 {
 114     const char *const cmdline[] = {
 115         "angle",
 116         "-g1", "vector",  "-group1", "resname RV1 RV2 and name A1 A2",
 117         "-g2", "sphnorm", "-group2", "cog of resname RS"
 118     };
 119     setTopology("angle.gro");
 120     runTest(CommandLine::create(cmdline));
 121 }
 122
 123 TEST_F(AngleModuleTest, ComputesVectorTimeZeroAngles)
 124 {
 125     const char *const cmdline[] = {
 126         "angle",
 127         "-g1", "vector", "-group1", "resname RV1 RV2 RV3 RV4 and name A1 A2",
 128         "-g2", "t0"
 129     };
 130     setTopology("angle.gro");
 131     setTrajectory("angle.gro");
 132     runTest(CommandLine::create(cmdline));
 133 }
 134
 135 } // namespace