src/gromacs/trajectoryanalysis/runnercommon.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2010,2011,2012,2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Declares gmx::TrajectoryAnalysisRunnerCommon.
  38  *
  39  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  40  * \ingroup module_trajectoryanalysis
  41  */
  42 #ifndef GMX_TRAJECTORYANALYSIS_RUNNERCOMMON_H
  43 #define GMX_TRAJECTORYANALYSIS_RUNNERCOMMON_H
  44
  45 #include "gromacs/fileio/trx.h"
  46 #include "gromacs/utility/common.h"
  47
  48 namespace gmx
  49 {
  50
  51 class Options;
  52 class SelectionCollection;
  53 class TopologyInformation;
  54 class TrajectoryAnalysisSettings;
  55
  56 /*! \internal
  57  * \brief
  58  * Implements common trajectory analysis runner functionality.
  59  *
  60  * As there is currently only one runner (TrajectoryAnalysisCommandLineRunner),
  61  * the division of responsibilities is not yet very clear.
  62  *
  63  * \ingroup module_trajectoryanalysis
  64  */
  65 class TrajectoryAnalysisRunnerCommon
  66 {
  67     public:
  68         /*! \brief
  69          * Initializes a new runner helper.
  70          *
  71          * \param    settings  Settings object to use.
  72          */
  73         explicit TrajectoryAnalysisRunnerCommon(TrajectoryAnalysisSettings *settings);
  74         ~TrajectoryAnalysisRunnerCommon();
  75
  76         /*! \brief
  77          * Initializes common options for trajectory analysis.
  78          *
  79          * \param[in,out] options  Options object to add the options to.
  80          */
  81         void initOptions(Options *options);
  82         //! Scales time option values according to the time unit set.
  83         void scaleTimeOptions(Options *options);
  84         /*! \brief
  85          * Processes common option values after they have been parsed.
  86          *
  87          * \param[in,out] options Options object in which options are stored.
  88          */
  89         void optionsFinished(Options *options);
  90         //! Initialize index groups for selections.
  91         void initIndexGroups(SelectionCollection *selections,
  92                              bool                 bUseDefaults);
  93         //! Free memory allocated for index groups.
  94         void doneIndexGroups(SelectionCollection *selections);
  95         //! Load topology information if provided and/or required.
  96         void initTopology(SelectionCollection *selections);
  97         /*! \brief
  98          * Reads the first frame from the trajectory.
  99          *
 100          * After this call, frame() returns the first frame.
 101          */
 102         void initFirstFrame();
 103         /*! \brief
 104          * Reads the next frame from the trajectory.
 105          *
 106          * \returns false if there were no more frames.
 107          *
 108          * After this call, frame() returns the newly loaded frame.
 109          */
 110         bool readNextFrame();
 111         /*! \brief
 112          * Performs common initialization for the currently loaded frame.
 113          *
 114          * Currently, makes molecules whole if requested.
 115          */
 116         void initFrame();
 117
 118         //! Returns true if input data comes from a trajectory.
 119         bool hasTrajectory() const;
 120         //! Returns the topology information object.
 121         const TopologyInformation &topologyInformation() const;
 122         //! Returns the currently loaded frame.
 123         t_trxframe                &frame() const;
 124
 125     private:
 126         class Impl;
 127
 128         PrivateImplPointer<Impl> impl_;
 129 };
 130
 131 } // namespace gmx
 132
 133 #endif