src/gromacs/trajectoryanalysis/modules/select.h

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  10  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  11  * Copyright (c) 2001-2009, The GROMACS development team,
  12  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  13
  14  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  15  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  16  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  17  * of the License, or (at your option) any later version.
  18  *
  19  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  20  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  21  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  22  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  23  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  24  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  25  *
  26  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  27  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  28  *
  29  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  30  */
  31 /*! \internal \file
  32  * \brief
  33  * Declares trajectory analysis module for basic selection information.
  34  *
  35  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@cbr.su.se>
  36  * \ingroup module_trajectoryanalysis
  37  */
  38 #ifndef GMX_TRAJECTORYANALYSIS_MODULES_SELECT_H
  39 #define GMX_TRAJECTORYANALYSIS_MODULES_SELECT_H
  40
  41 #include <string>
  42 #include <vector>
  43
  44 #include "../analysismodule.h"
  45 #include "gromacs/analysisdata/analysisdata.h"
  46 #include "gromacs/options/options.h"
  47
  48 namespace gmx
  49 {
  50
  51 class AnalysisDataPlotModule;
  52 class Selection;
  53
  54 namespace analysismodules
  55 {
  56
  57 class Select : public TrajectoryAnalysisModule
  58 {
  59     public:
  60         Select();
  61         virtual ~Select();
  62
  63         static TrajectoryAnalysisModule *create();
  64
  65         virtual Options *initOptions(TrajectoryAnalysisSettings *settings);
  66         virtual void initAnalysis(const TrajectoryAnalysisSettings &settings,
  67                                   const TopologyInformation &top);
  68
  69         virtual TrajectoryAnalysisModuleData *startFrames(
  70                     const AnalysisDataParallelOptions &opt,
  71                     const SelectionCollection &selections);
  72         virtual void analyzeFrame(int frnr, const t_trxframe &fr, t_pbc *pbc,
  73                                   TrajectoryAnalysisModuleData *pdata);
  74
  75         virtual void finishAnalysis(int nframes);
  76         virtual void writeOutput();
  77
  78     private:
  79         class ModuleData;
  80
  81         Options                  _options;
  82         std::vector<Selection *> _sel;
  83
  84         std::string              _fnSize;
  85         std::string              _fnFrac;
  86         std::string              _fnIndex;
  87         std::string              _fnNdx;
  88         std::string              _fnMask;
  89         bool                     _bDump;
  90         bool                     _bTotNorm;
  91         bool                     _bFracNorm;
  92         bool                     _bResInd;
  93         std::string              _resNumberType;
  94
  95         t_topology              *_top;
  96         int                     *_totsize;
  97         AnalysisData             _sdata;
  98         AnalysisData             _cdata;
  99         AnalysisData             _idata;
 100         AnalysisData             _mdata;
 101         std::vector<std::string> _modnames;
 102 };
 103
 104 } // namespace analysismodules
 105
 106 } // namespace gmx
 107
 108 #endif