src/gromacs/trajectoryanalysis/modules/select.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2011,2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   5  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   6  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
   7  * directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Declares trajectory analysis module for basic selection information.
  38  *
  39  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  40  * \ingroup module_trajectoryanalysis
  41  */
  42 #ifndef GMX_TRAJECTORYANALYSIS_MODULES_SELECT_H
  43 #define GMX_TRAJECTORYANALYSIS_MODULES_SELECT_H
  44
  45 #include <string>
  46 #include <vector>
  47
  48 #include "../analysismodule.h"
  49 #include "gromacs/analysisdata/analysisdata.h"
  50 #include "gromacs/analysisdata/modules/average.h"
  51 #include "gromacs/analysisdata/modules/lifetime.h"
  52 #include "gromacs/selection/selection.h"
  53
  54 namespace gmx
  55 {
  56
  57 class SelectionOptionInfo;
  58
  59 namespace analysismodules
  60 {
  61
  62 class Select : public TrajectoryAnalysisModule
  63 {
  64     public:
  65         static const char name[];
  66         static const char shortDescription[];
  67
  68         Select();
  69         virtual ~Select();
  70
  71         virtual void initOptions(Options                    *options,
  72                                  TrajectoryAnalysisSettings *settings);
  73         virtual void optionsFinished(Options                    *options,
  74                                      TrajectoryAnalysisSettings *settings);
  75         virtual void initAnalysis(const TrajectoryAnalysisSettings &settings,
  76                                   const TopologyInformation        &top);
  77
  78         virtual void analyzeFrame(int frnr, const t_trxframe &fr, t_pbc *pbc,
  79                                   TrajectoryAnalysisModuleData *pdata);
  80
  81         virtual void finishAnalysis(int nframes);
  82         virtual void writeOutput();
  83
  84     private:
  85         SelectionList                       sel_;
  86         SelectionOptionInfo                *selOpt_;
  87
  88         std::string                         fnSize_;
  89         std::string                         fnFrac_;
  90         std::string                         fnIndex_;
  91         std::string                         fnNdx_;
  92         std::string                         fnMask_;
  93         std::string                         fnOccupancy_;
  94         std::string                         fnPDB_;
  95         std::string                         fnLifetime_;
  96         bool                                bTotNorm_;
  97         bool                                bFracNorm_;
  98         bool                                bResInd_;
  99         bool                                bCumulativeLifetimes_;
 100         std::string                         resNumberType_;
 101         std::string                         pdbAtoms_;
 102
 103         const TopologyInformation          *top_;
 104         std::vector<int>                    totsize_;
 105         AnalysisData                        sdata_;
 106         AnalysisData                        cdata_;
 107         AnalysisData                        idata_;
 108         AnalysisData                        mdata_;
 109         AnalysisDataAverageModulePointer    occupancyModule_;
 110         AnalysisDataLifetimeModulePointer   lifetimeModule_;
 111 };
 112
 113 } // namespace analysismodules
 114
 115 } // namespace gmx
 116
 117 #endif