src/gromacs/trajectoryanalysis/modules/select.h

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  10  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  11  * Copyright (c) 2001-2009, The GROMACS development team,
  12  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  13
  14  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  15  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  16  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  17  * of the License, or (at your option) any later version.
  18  *
  19  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  20  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  21  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  22  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  23  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  24  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  25  *
  26  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  27  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  28  *
  29  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  30  */
  31 /*! \internal \file
  32  * \brief
  33  * Declares trajectory analysis module for basic selection information.
  34  *
  35  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@cbr.su.se>
  36  * \ingroup module_trajectoryanalysis
  37  */
  38 #ifndef GMX_TRAJECTORYANALYSIS_MODULES_SELECT_H
  39 #define GMX_TRAJECTORYANALYSIS_MODULES_SELECT_H
  40
  41 #include <string>
  42
  43 #include "../analysismodule.h"
  44 #include "gromacs/analysisdata/analysisdata.h"
  45 #include "gromacs/options/options.h"
  46 #include "gromacs/selection/selection.h"
  47
  48 namespace gmx
  49 {
  50
  51 namespace analysismodules
  52 {
  53
  54 class Select : public TrajectoryAnalysisModule
  55 {
  56     public:
  57         Select();
  58         virtual ~Select();
  59
  60         static TrajectoryAnalysisModulePointer create();
  61
  62         virtual Options &initOptions(TrajectoryAnalysisSettings *settings);
  63         virtual void initAnalysis(const TrajectoryAnalysisSettings &settings,
  64                                   const TopologyInformation &top);
  65
  66         virtual TrajectoryAnalysisModuleDataPointer startFrames(
  67                     const AnalysisDataParallelOptions &opt,
  68                     const SelectionCollection &selections);
  69         virtual void analyzeFrame(int frnr, const t_trxframe &fr, t_pbc *pbc,
  70                                   TrajectoryAnalysisModuleData *pdata);
  71
  72         virtual void finishAnalysis(int nframes);
  73         virtual void writeOutput();
  74
  75     private:
  76         class ModuleData;
  77
  78         Options                  _options;
  79         SelectionList            _sel;
  80
  81         std::string              _fnSize;
  82         std::string              _fnFrac;
  83         std::string              _fnIndex;
  84         std::string              _fnNdx;
  85         std::string              _fnMask;
  86         bool                     _bDump;
  87         bool                     _bTotNorm;
  88         bool                     _bFracNorm;
  89         bool                     _bResInd;
  90         std::string              _resNumberType;
  91
  92         t_topology              *_top;
  93         int                     *_totsize;
  94         AnalysisData             _sdata;
  95         AnalysisData             _cdata;
  96         AnalysisData             _idata;
  97         AnalysisData             _mdata;
  98 };
  99
 100 } // namespace analysismodules
 101
 102 } // namespace gmx
 103
 104 #endif