src/gromacs/trajectoryanalysis/modules/sasa.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2006, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2008,2009,2010,2011,2012,2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /*! \internal \file
  38  * \brief
  39  * Implements gmx::analysismodules::Sasa.
  40  *
  41  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com> (C++ conversion)
  42  * \ingroup module_trajectoryanalysis
  43  */
  44 #include "gmxpre.h"
  45
  46 #include "sasa.h"
  47
  48 #include <algorithm>
  49 #include <string>
  50 #include <vector>
  51
  52 #include "gromacs/analysisdata/analysisdata.h"
  53 #include "gromacs/analysisdata/modules/average.h"
  54 #include "gromacs/analysisdata/modules/plot.h"
  55 #include "gromacs/fileio/confio.h"
  56 #include "gromacs/fileio/pdbio.h"
  57 #include "gromacs/fileio/trx.h"
  58 #include "gromacs/legacyheaders/copyrite.h"
  59 #include "gromacs/math/units.h"
  60 #include "gromacs/math/vec.h"
  61 #include "gromacs/options/basicoptions.h"
  62 #include "gromacs/options/filenameoption.h"
  63 #include "gromacs/options/options.h"
  64 #include "gromacs/pbcutil/pbc.h"
  65 #include "gromacs/selection/selection.h"
  66 #include "gromacs/selection/selectionoption.h"
  67 #include "gromacs/topology/atomprop.h"
  68 #include "gromacs/topology/symtab.h"
  69 #include "gromacs/topology/topology.h"
  70 #include "gromacs/trajectoryanalysis/analysismodule.h"
  71 #include "gromacs/trajectoryanalysis/analysissettings.h"
  72 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
  73 #include "gromacs/utility/futil.h"
  74 #include "gromacs/utility/scoped_cptr.h"
  75 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  76 #include "gromacs/utility/stringutil.h"
  77
  78 #include "surfacearea.h"
  79
  80 namespace gmx
  81 {
  82
  83 namespace analysismodules
  84 {
  85
  86 namespace
  87 {
  88
  89 //! \addtogroup module_trajectoryanalysis
  90 //! \{
  91
  92 //! Tracks information on two nearest neighbors of a single surface dot.
  93 struct t_conect
  94 {
  95     //! Index of the second nearest neighbor dot.
  96     atom_id  aa;
  97     //! Index of the nearest neighbor dot.
  98     atom_id  ab;
  99     //! Squared distance to `aa`.
 100     real     d2a;
 101     //! Squared distance to `ab`.
 102     real     d2b;
 103 };
 104
 105 /*! \brief
 106  * Updates nearest neighbor information for a surface dot.
 107  *
 108  * \param[in,out] c  Nearest neighbor information array to update.
 109  * \param[in]     i  Index in `c` to update.
 110  * \param[in]     j  Index of the other surface dot to add to the array.
 111  * \param[in]     d2 Squared distance between `i` and `j`.
 112  */
 113 void add_rec(t_conect c[], atom_id i, atom_id j, real d2)
 114 {
 115     if (c[i].aa == NO_ATID)
 116     {
 117         c[i].aa  = j;
 118         c[i].d2a = d2;
 119     }
 120     else if (c[i].ab == NO_ATID)
 121     {
 122         c[i].ab  = j;
 123         c[i].d2b = d2;
 124     }
 125     else if (d2 < c[i].d2a)
 126     {
 127         c[i].aa  = j;
 128         c[i].d2a = d2;
 129     }
 130     else if (d2 < c[i].d2b)
 131     {
 132         c[i].ab  = j;
 133         c[i].d2b = d2;
 134     }
 135     /* Swap them if necessary: a must be larger than b */
 136     if (c[i].d2a < c[i].d2b)
 137     {
 138         j        = c[i].ab;
 139         c[i].ab  = c[i].aa;
 140         c[i].aa  = j;
 141         d2       = c[i].d2b;
 142         c[i].d2b = c[i].d2a;
 143         c[i].d2a = d2;
 144     }
 145 }
 146
 147 /*! \brief
 148  * Adds CONECT records for surface dots.
 149  *
 150  * \param[in] fn  PDB file to append the CONECT records to.
 151  * \param[in] n   Number of dots in `x`.
 152  * \param[in] x   Array of surface dot positions.
 153  *
 154  * Adds a CONECT record that connects each surface dot to its two nearest
 155  * neighbors.  The function is copied verbatim from the old gmx_sas.c
 156  * implementation.
 157  */
 158 void do_conect(const char *fn, int n, rvec x[])
 159 {
 160     FILE     *fp;
 161     int       i, j;
 162     t_conect *c;
 163     rvec      dx;
 164     real      d2;
 165
 166     fprintf(stderr, "Building CONECT records\n");
 167     snew(c, n);
 168     for (i = 0; (i < n); i++)
 169     {
 170         c[i].aa = c[i].ab = NO_ATID;
 171     }
 172
 173     for (i = 0; (i < n); i++)
 174     {
 175         for (j = i+1; (j < n); j++)
 176         {
 177             rvec_sub(x[i], x[j], dx);
 178             d2 = iprod(dx, dx);
 179             add_rec(c, i, j, d2);
 180             add_rec(c, j, i, d2);
 181         }
 182     }
 183     fp = gmx_ffopen(fn, "a");
 184     for (i = 0; (i < n); i++)
 185     {
 186         if ((c[i].aa == NO_ATID) || (c[i].ab == NO_ATID))
 187         {
 188             fprintf(stderr, "Warning dot %d has no conections\n", i+1);
 189         }
 190         fprintf(fp, "CONECT%5d%5d%5d\n", i+1, c[i].aa+1, c[i].ab+1);
 191     }
 192     gmx_ffclose(fp);
 193     sfree(c);
 194 }
 195
 196 /*! \brief
 197  * Plots the surface into a PDB file, optionally including the original atoms.
 198  */
 199 void connolly_plot(const char *fn, int ndots, real dots[], rvec x[], t_atoms *atoms,
 200                    t_symtab *symtab, int ePBC, const matrix box, gmx_bool bIncludeSolute)
 201 {
 202     const char *const  atomnm = "DOT";
 203     const char *const  resnm  = "DOT";
 204     const char *const  title  = "Connolly Dot Surface Generated by gmx sasa";
 205
 206     int                i, i0, r0, ii0, k;
 207     rvec              *xnew;
 208     t_atoms            aaa;
 209
 210     if (bIncludeSolute)
 211     {
 212         i0 = atoms->nr;
 213         r0 = atoms->nres;
 214         srenew(atoms->atom, atoms->nr+ndots);
 215         memset(&atoms->atom[i0], 0, sizeof(*atoms->atom)*ndots);
 216         srenew(atoms->atomname, atoms->nr+ndots);
 217         srenew(atoms->resinfo, r0+1);
 218         atoms->atom[i0].resind = r0;
 219         t_atoms_set_resinfo(atoms, i0, symtab, resnm, r0+1, ' ', 0, ' ');
 220         if (atoms->pdbinfo != NULL)
 221         {
 222             srenew(atoms->pdbinfo, atoms->nr+ndots);
 223         }
 224         snew(xnew, atoms->nr+ndots);
 225         for (i = 0; (i < atoms->nr); i++)
 226         {
 227             copy_rvec(x[i], xnew[i]);
 228         }
 229         for (i = k = 0; (i < ndots); i++)
 230         {
 231             ii0                        = i0+i;
 232             atoms->atomname[ii0]       = put_symtab(symtab, atomnm);
 233             atoms->atom[ii0].resind    = r0;
 234             xnew[ii0][XX]              = dots[k++];
 235             xnew[ii0][YY]              = dots[k++];
 236             xnew[ii0][ZZ]              = dots[k++];
 237             if (atoms->pdbinfo != NULL)
 238             {
 239                 atoms->pdbinfo[ii0].type   = epdbATOM;
 240                 atoms->pdbinfo[ii0].atomnr = ii0;
 241                 atoms->pdbinfo[ii0].bfac   = 0.0;
 242                 atoms->pdbinfo[ii0].occup  = 0.0;
 243             }
 244         }
 245         atoms->nr   = i0+ndots;
 246         atoms->nres = r0+1;
 247         write_sto_conf(fn, title, atoms, xnew, NULL, ePBC, const_cast<rvec *>(box));
 248         atoms->nres = r0;
 249         atoms->nr   = i0;
 250     }
 251     else
 252     {
 253         init_t_atoms(&aaa, ndots, TRUE);
 254         aaa.atom[0].resind = 0;
 255         t_atoms_set_resinfo(&aaa, 0, symtab, resnm, 1, ' ', 0, ' ');
 256         snew(xnew, ndots);
 257         for (i = k = 0; (i < ndots); i++)
 258         {
 259             ii0                     = i;
 260             aaa.atomname[ii0]       = put_symtab(symtab, atomnm);
 261             aaa.pdbinfo[ii0].type   = epdbATOM;
 262             aaa.pdbinfo[ii0].atomnr = ii0;
 263             aaa.atom[ii0].resind    = 0;
 264             xnew[ii0][XX]           = dots[k++];
 265             xnew[ii0][YY]           = dots[k++];
 266             xnew[ii0][ZZ]           = dots[k++];
 267             aaa.pdbinfo[ii0].bfac   = 0.0;
 268             aaa.pdbinfo[ii0].occup  = 0.0;
 269         }
 270         aaa.nr = ndots;
 271         write_sto_conf(fn, title, &aaa, xnew, NULL, ePBC, const_cast<rvec *>(box));
 272         do_conect(fn, ndots, xnew);
 273         free_t_atoms(&aaa, FALSE);
 274     }
 275     sfree(xnew);
 276 }
 277
 278 /********************************************************************
 279  * Actual analysis module
 280  */
 281
 282 /*! \brief
 283  * Implements `gmx sas` trajectory analysis module.
 284  */
 285 class Sasa : public TrajectoryAnalysisModule
 286 {
 287     public:
 288         Sasa();
 289
 290         virtual void initOptions(Options                    *options,
 291                                  TrajectoryAnalysisSettings *settings);
 292         virtual void initAnalysis(const TrajectoryAnalysisSettings &settings,
 293                                   const TopologyInformation        &top);
 294
 295         virtual TrajectoryAnalysisModuleDataPointer startFrames(
 296             const AnalysisDataParallelOptions &opt,
 297             const SelectionCollection         &selections);
 298         virtual void analyzeFrame(int frnr, const t_trxframe &fr, t_pbc *pbc,
 299                                   TrajectoryAnalysisModuleData *pdata);
 300
 301         virtual void finishAnalysis(int nframes);
 302         virtual void writeOutput();
 303
 304     private:
 305         /*! \brief
 306          * Surface areas as a function of time.
 307          *
 308          * First column is for the calculation group, and the rest for the
 309          * output groups.  This data is always produced.
 310          */
 311         AnalysisData            area_;
 312         /*! \brief
 313          * Per-atom surface areas as a function of time.
 314          *
 315          * Contains one data set for each column in `area_`.
 316          * Each column corresponds to a selection position in `surfaceSel_`.
 317          * This data is only produced if atom or residue areas have been
 318          * requested.
 319          */
 320         AnalysisData            atomArea_;
 321         /*! \brief
 322          * Per-residue surface areas as a function of time.
 323          *
 324          * Contains one data set for each column in `area_`.
 325          * Each column corresponds to a distinct residue `surfaceSel_`.
 326          * For example, if `surfaceSel_` selects residues 2, 5, and 7, there
 327          * will be three columns here.
 328          * This data is only produced if atom or residue areas have been
 329          * requested.
 330          */
 331         AnalysisData            residueArea_;
 332         /*! \brief
 333          * Free energy estimates as a function of time.
 334          *
 335          * Column layout is the same as for `area_`.
 336          * This data is only produced if the output is requested.
 337          */
 338         AnalysisData            dgSolv_;
 339         /*! \brief
 340          * Total volume and density of the calculation group as a function of
 341          * time.
 342          *
 343          * The first column is the volume and the second column is the density.
 344          * This data is only produced if the output is requested.
 345          */
 346         AnalysisData            volume_;
 347
 348         /*! \brief
 349          * The selection to calculate the surface for.
 350          *
 351          * Selection::originalId() and Selection::mappedId() store the mapping
 352          * from the positions to the columns of `residueArea_`.
 353          * The selection is computed with SelectionOption::dynamicMask(), i.e.,
 354          * even in the presence of a dynamic selection, the number of returned
 355          * positions is fixed, and SelectionPosition::selected() is used.
 356          */
 357         Selection               surfaceSel_;
 358         /*! \brief
 359          * List of optional additional output groups.
 360          *
 361          * Each of these must be a subset of the `surfaceSel_`.
 362          * Selection::originalId() and Selection::mappedId() store the mapping
 363          * from the positions to the corresponsing positions in `surfaceSel_`.
 364          */
 365         SelectionList           outputSel_;
 366
 367         std::string             fnArea_;
 368         std::string             fnAtomArea_;
 369         std::string             fnResidueArea_;
 370         std::string             fnDGSolv_;
 371         std::string             fnVolume_;
 372         std::string             fnConnolly_;
 373
 374         double                  solsize_;
 375         int                     ndots_;
 376         //double                  minarea_;
 377         double                  dgsDefault_;
 378         bool                    bIncludeSolute_;
 379
 380         t_topology             *top_;
 381         //! Combined VdW and probe radii for each atom in the calculation group.
 382         std::vector<real>       radii_;
 383         /*! \brief
 384          * Solvation free energy coefficients for each atom in the calculation
 385          * group.
 386          *
 387          * Empty if the free energy output has not been requested.
 388          */
 389         std::vector<real>       dgsFactor_;
 390         //! Calculation algorithm.
 391         SurfaceAreaCalculator   calculator_;
 392
 393         // Copy and assign disallowed by base.
 394 };
 395
 396 Sasa::Sasa()
 397     : TrajectoryAnalysisModule(SasaInfo::name, SasaInfo::shortDescription),
 398       solsize_(0.14), ndots_(24), dgsDefault_(0), bIncludeSolute_(true), top_(NULL)
 399 {
 400     //minarea_ = 0.5;
 401     registerAnalysisDataset(&area_, "area");
 402     registerAnalysisDataset(&atomArea_, "atomarea");
 403     registerAnalysisDataset(&residueArea_, "resarea");
 404     registerAnalysisDataset(&dgSolv_, "dgsolv");
 405     registerAnalysisDataset(&volume_, "volume");
 406 }
 407
 408 void
 409 Sasa::initOptions(Options *options, TrajectoryAnalysisSettings *settings)
 410 {
 411     static const char *const desc[] = {
 412         "[THISMODULE] computes solvent accessible surface areas.",
 413         "See Eisenhaber F, Lijnzaad P, Argos P, Sander C, & Scharf M",
 414         "(1995) J. Comput. Chem. 16, 273-284 for the algorithm used.",
 415         "With [TT]-q[tt], the Connolly surface can be generated as well",
 416         "in a [TT].pdb[tt] file where the nodes are represented as atoms",
 417         "and the edges connecting the nearest nodes as CONECT records.",
 418         "[TT]-odg[tt] allows for estimation of solvation free energies",
 419         "from per-atom solvation energies per exposed surface area.[PAR]",
 420
 421         "The program requires a selection for the surface calculation to be",
 422         "specified with [TT]-surface[tt]. This should always consist of all",
 423         "non-solvent atoms in the system. The area of this group is always",
 424         "calculated. Optionally, [TT]-output[tt] can specify additional",
 425         "selections, which should be subsets of the calculation group.",
 426         "The solvent-accessible areas for these groups are also extracted",
 427         "from the full surface.[PAR]",
 428
 429         "The average and standard deviation of the area over the trajectory",
 430         "can be calculated per residue and atom (options [TT]-or[tt] and",
 431         "[TT]-oa[tt]).[PAR]",
 432         //"In combination with the latter option an [TT].itp[tt] file can be",
 433         //"generated (option [TT]-i[tt])",
 434         //"which can be used to restrain surface atoms.[PAR]",
 435
 436         "With the [TT]-tv[tt] option the total volume and density of the",
 437         "molecule can be computed. With [TT]-pbc[tt] (the default), you",
 438         "must ensure that your molecule/surface group is not split across PBC.",
 439         "Otherwise, you will get non-sensical results.",
 440         "Please also consider whether the normal probe radius is appropriate",
 441         "in this case or whether you would rather use, e.g., 0. It is good",
 442         "to keep in mind that the results for volume and density are very",
 443         "approximate. For example, in ice Ih, one can easily fit water molecules in the",
 444         "pores which would yield a volume that is too low, and surface area and density",
 445         "that are both too high."
 446     };
 447
 448     options->setDescription(concatenateStrings(desc));
 449
 450     options->addOption(FileNameOption("o").filetype(eftPlot).outputFile().required()
 451                            .store(&fnArea_).defaultBasename("area")
 452                            .description("Total area as a function of time"));
 453     options->addOption(FileNameOption("odg").filetype(eftPlot).outputFile()
 454                            .store(&fnDGSolv_).defaultBasename("dgsolv")
 455                            .description("Estimated solvation free energy as a function of time"));
 456     options->addOption(FileNameOption("or").filetype(eftPlot).outputFile()
 457                            .store(&fnResidueArea_).defaultBasename("resarea")
 458                            .description("Average area per residue"));
 459     options->addOption(FileNameOption("oa").filetype(eftPlot).outputFile()
 460                            .store(&fnAtomArea_).defaultBasename("atomarea")
 461                            .description("Average area per atom"));
 462     options->addOption(FileNameOption("tv").filetype(eftPlot).outputFile()
 463                            .store(&fnVolume_).defaultBasename("volume")
 464                            .description("Total volume and density as a function of time"));
 465     options->addOption(FileNameOption("q").filetype(eftPDB).outputFile()
 466                            .store(&fnConnolly_).defaultBasename("connolly")
 467                            .description("PDB file for Connolly surface"));
 468     //options->addOption(FileNameOption("i").filetype(eftITP).outputFile()
 469     //                       .store(&fnRestraints_).defaultBasename("surfat")
 470     //                       .description("Topology file for position restraings on surface atoms"));
 471
 472
 473     options->addOption(DoubleOption("probe").store(&solsize_)
 474                            .description("Radius of the solvent probe (nm)"));
 475     options->addOption(IntegerOption("ndots").store(&ndots_)
 476                            .description("Number of dots per sphere, more dots means more accuracy"));
 477     //options->addOption(DoubleOption("minarea").store(&minarea_)
 478     //                       .description("The minimum area (nm^2) to count an atom as a surface atom when writing a position restraint file (see help)"));
 479     options->addOption(BooleanOption("prot").store(&bIncludeSolute_)
 480                            .description("Output the protein to the Connolly [TT].pdb[tt] file too"));
 481     options->addOption(DoubleOption("dgs").store(&dgsDefault_)
 482                            .description("Default value for solvation free energy per area (kJ/mol/nm^2)"));
 483
 484     // Selections must select atoms for the VdW radii lookup to work.
 485     // The calculation group uses dynamicMask() so that the coordinates
 486     // match a static array of VdW radii.
 487     options->addOption(SelectionOption("surface").store(&surfaceSel_)
 488                            .required().onlyAtoms().dynamicMask()
 489                            .description("Surface calculation selection"));
 490     options->addOption(SelectionOption("output").storeVector(&outputSel_)
 491                            .onlyAtoms().multiValue()
 492                            .description("Output selection(s)"));
 493
 494     // Atom names etc. are required for the VdW radii lookup.
 495     settings->setFlag(TrajectoryAnalysisSettings::efRequireTop);
 496 }
 497
 498 void
 499 Sasa::initAnalysis(const TrajectoryAnalysisSettings &settings,
 500                    const TopologyInformation        &top)
 501 {
 502     const t_atoms &atoms = top.topology()->atoms;
 503     top_ = top.topology();
 504
 505     //bITP   = opt2bSet("-i", nfile, fnm);
 506     const bool bResAt =
 507         !fnResidueArea_.empty() || !fnAtomArea_.empty(); // || bITP;
 508     const bool bDGsol = !fnDGSolv_.empty();
 509
 510     if (solsize_ < 0)
 511     {
 512         solsize_ = 1e-3;
 513         fprintf(stderr, "Probe size too small, setting it to %g\n", solsize_);
 514     }
 515     if (ndots_ < 20)
 516     {
 517         ndots_ = 20;
 518         fprintf(stderr, "Ndots too small, setting it to %d\n", ndots_);
 519     }
 520
 521     please_cite(stderr, "Eisenhaber95");
 522     //if ((top.ePBC() != epbcXYZ) || (TRICLINIC(fr.box)))
 523     //{
 524     //    fprintf(stderr, "\n\nWARNING: non-rectangular boxes may give erroneous results or crashes.\n"
 525     //            "Analysis based on vacuum simulations (with the possibility of evaporation)\n"
 526     //            "will certainly crash the analysis.\n\n");
 527     //}
 528
 529     if (bDGsol)
 530     {
 531         if (!top.hasFullTopology())
 532         {
 533             GMX_THROW(InconsistentInputError("Cannot compute Delta G of solvation without a tpr file"));
 534         }
 535         else
 536         {
 537             if (strcmp(*(atoms.atomtype[0]), "?") == 0)
 538             {
 539                 GMX_THROW(InconsistentInputError("Your input tpr file is too old (does not contain atom types). Cannot not compute Delta G of solvation"));
 540             }
 541             else
 542             {
 543                 printf("Free energy of solvation predictions:\n");
 544                 please_cite(stdout, "Eisenberg86a");
 545             }
 546         }
 547     }
 548
 549     // Now compute atomic radii including solvent probe size.
 550     // Also, fetch solvation free energy coefficients and
 551     // compute the residue indices that map the calculation atoms
 552     // to the columns of residueArea_.
 553     radii_.reserve(surfaceSel_.posCount());
 554     if (bDGsol)
 555     {
 556         dgsFactor_.reserve(surfaceSel_.posCount());
 557     }
 558
 559     const int resCount = surfaceSel_.initOriginalIdsToGroup(top_, INDEX_RES);
 560
 561     // TODO: Not exception-safe, but nice solution would be to have a C++
 562     // atom properties class...
 563     gmx_atomprop_t     aps = gmx_atomprop_init();
 564
 565     ConstArrayRef<int> atomIndices = surfaceSel_.atomIndices();
 566     int                ndefault    = 0;
 567     for (int i = 0; i < surfaceSel_.posCount(); i++)
 568     {
 569         const int ii     = atomIndices[i];
 570         const int resind = atoms.atom[ii].resind;
 571         real      radius;
 572         if (!gmx_atomprop_query(aps, epropVDW,
 573                                 *(atoms.resinfo[resind].name),
 574                                 *(atoms.atomname[ii]), &radius))
 575         {
 576             ndefault++;
 577         }
 578         radii_.push_back(radius + solsize_);
 579         if (bDGsol)
 580         {
 581             real dgsFactor;
 582             if (!gmx_atomprop_query(aps, epropDGsol,
 583                                     *(atoms.resinfo[resind].name),
 584                                     *(atoms.atomtype[ii]), &dgsFactor))
 585             {
 586                 dgsFactor = dgsDefault_;
 587             }
 588             dgsFactor_.push_back(dgsFactor);
 589         }
 590     }
 591     if (ndefault > 0)
 592     {
 593         fprintf(stderr, "WARNING: could not find a Van der Waals radius for %d atoms\n", ndefault);
 594     }
 595     gmx_atomprop_destroy(aps);
 596
 597     // Pre-compute mapping from the output groups to the calculation group,
 598     // and store it in the selection ID map for easy lookup.
 599     for (size_t g = 0; g < outputSel_.size(); ++g)
 600     {
 601         ConstArrayRef<int> outputIndices = outputSel_[g].atomIndices();
 602         for (int i = 0, j = 0; i < outputSel_[g].posCount(); ++i)
 603         {
 604             while (j < surfaceSel_.posCount() && outputIndices[i] > atomIndices[j])
 605             {
 606                 ++j;
 607             }
 608             if (j == surfaceSel_.posCount() || outputIndices[i] != atomIndices[j])
 609             {
 610                 GMX_THROW(InconsistentInputError("Output selection is not a subset of the input selection"));
 611             }
 612             outputSel_[g].setOriginalId(i, j);
 613         }
 614     }
 615
 616     calculator_.setDotCount(ndots_);
 617
 618     // Initialize all the output data objects and initialize the output plotters.
 619
 620     area_.setColumnCount(0, 1 + outputSel_.size());
 621     {
 622         AnalysisDataPlotModulePointer plotm(
 623                 new AnalysisDataPlotModule(settings.plotSettings()));
 624         plotm->setFileName(fnArea_);
 625         plotm->setTitle("Solvent Accessible Surface");
 626         plotm->setXAxisIsTime();
 627         plotm->setYLabel("Area (nm\\S2\\N)");
 628         plotm->appendLegend("Total");
 629         for (size_t i = 0; i < outputSel_.size(); ++i)
 630         {
 631             plotm->appendLegend(outputSel_[i].name());
 632         }
 633         area_.addModule(plotm);
 634     }
 635
 636     if (bResAt)
 637     {
 638         atomArea_.setDataSetCount(1 + outputSel_.size());
 639         residueArea_.setDataSetCount(1 + outputSel_.size());
 640         for (size_t i = 0; i <= outputSel_.size(); ++i)
 641         {
 642             atomArea_.setColumnCount(i, surfaceSel_.posCount());
 643             residueArea_.setColumnCount(i, resCount);
 644         }
 645         {
 646             AnalysisDataAverageModulePointer avem(new AnalysisDataAverageModule);
 647             for (int i = 0; i < surfaceSel_.posCount(); ++i)
 648             {
 649                 avem->setXAxisValue(i, surfaceSel_.position(i).atomIndices()[0] + 1);
 650             }
 651             atomArea_.addModule(avem);
 652             if (!fnAtomArea_.empty())
 653             {
 654                 AnalysisDataPlotModulePointer plotm(
 655                         new AnalysisDataPlotModule(settings.plotSettings()));
 656                 plotm->setFileName(fnAtomArea_);
 657                 plotm->setTitle("Area per residue over the trajectory");
 658                 plotm->setXLabel("Atom");
 659                 plotm->setXFormat(8, 0);
 660                 plotm->setYLabel("Area (nm\\S2\\N)");
 661                 plotm->setErrorsAsSeparateColumn(true);
 662                 plotm->appendLegend("Average (nm\\S2\\N)");
 663                 plotm->appendLegend("Standard deviation (nm\\S2\\N)");
 664                 avem->addModule(plotm);
 665             }
 666         }
 667         {
 668             AnalysisDataAverageModulePointer avem(new AnalysisDataAverageModule);
 669             for (int i = 0; i < surfaceSel_.posCount(); ++i)
 670             {
 671                 const int atomIndex     = surfaceSel_.position(i).atomIndices()[0];
 672                 const int residueIndex  = atoms.atom[atomIndex].resind;
 673                 avem->setXAxisValue(i, atoms.resinfo[residueIndex].nr);
 674             }
 675             residueArea_.addModule(avem);
 676             if (!fnResidueArea_.empty())
 677             {
 678                 AnalysisDataPlotModulePointer plotm(
 679                         new AnalysisDataPlotModule(settings.plotSettings()));
 680                 plotm->setFileName(fnResidueArea_);
 681                 plotm->setTitle("Area per atom over the trajectory");
 682                 plotm->setXLabel("Residue");
 683                 plotm->setXFormat(8, 0);
 684                 plotm->setYLabel("Area (nm\\S2\\N)");
 685                 plotm->setErrorsAsSeparateColumn(true);
 686                 plotm->appendLegend("Average (nm\\S2\\N)");
 687                 plotm->appendLegend("Standard deviation (nm\\S2\\N)");
 688                 avem->addModule(plotm);
 689             }
 690         }
 691     }
 692
 693     if (!fnDGSolv_.empty())
 694     {
 695         dgSolv_.setColumnCount(0, 1 + outputSel_.size());
 696         AnalysisDataPlotModulePointer plotm(
 697                 new AnalysisDataPlotModule(settings.plotSettings()));
 698         plotm->setFileName(fnDGSolv_);
 699         plotm->setTitle("Free Energy of Solvation");
 700         plotm->setXAxisIsTime();
 701         plotm->setYLabel("D Gsolv");
 702         plotm->appendLegend("Total");
 703         for (size_t i = 0; i < outputSel_.size(); ++i)
 704         {
 705             plotm->appendLegend(outputSel_[i].name());
 706         }
 707         dgSolv_.addModule(plotm);
 708     }
 709
 710     if (!fnVolume_.empty())
 711     {
 712         volume_.setColumnCount(0, 2);
 713         AnalysisDataPlotModulePointer plotm(
 714                 new AnalysisDataPlotModule(settings.plotSettings()));
 715         plotm->setFileName(fnVolume_);
 716         plotm->setTitle("Volume and Density");
 717         plotm->setXAxisIsTime();
 718         plotm->appendLegend("Volume (nm\\S3\\N)");
 719         plotm->appendLegend("Density (g/l)");
 720         volume_.addModule(plotm);
 721     }
 722 }
 723
 724 /*! \brief
 725  * Temporary memory for use within a single-frame calculation.
 726  */
 727 class SasaModuleData : public TrajectoryAnalysisModuleData
 728 {
 729     public:
 730         /*! \brief
 731          * Reserves memory for the frame-local data.
 732          *
 733          * `residueCount` will be zero if per-residue data is not being
 734          * calculated.
 735          */
 736         SasaModuleData(TrajectoryAnalysisModule          *module,
 737                        const AnalysisDataParallelOptions &opt,
 738                        const SelectionCollection         &selections,
 739                        int atomCount, int residueCount)
 740             : TrajectoryAnalysisModuleData(module, opt, selections)
 741         {
 742             index_.reserve(atomCount);
 743             // If the calculation group is not dynamic, pre-calculate
 744             // the index, since it is not going to change.
 745             for (int i = 0; i < atomCount; ++i)
 746             {
 747                 index_.push_back(i);
 748             }
 749             atomAreas_.resize(atomCount);
 750             res_a_.resize(residueCount);
 751         }
 752
 753         virtual void finish() { finishDataHandles(); }
 754
 755         //! Indices of the calculation selection positions selected for the frame.
 756         std::vector<int>        index_;
 757         /*! \brief
 758          * Atom areas for each calculation selection position for the frame.
 759          *
 760          * One entry for each position in the calculation group.
 761          * Values for atoms not selected are set to zero.
 762          */
 763         std::vector<real>       atomAreas_;
 764         /*! \brief
 765          * Working array to accumulate areas for each residue.
 766          *
 767          * One entry for each distinct residue in the calculation group;
 768          * indices are not directly residue numbers or residue indices.
 769          *
 770          * This vector is empty if residue area calculations are not being
 771          * performed.
 772          */
 773         std::vector<real>       res_a_;
 774 };
 775
 776 TrajectoryAnalysisModuleDataPointer Sasa::startFrames(
 777         const AnalysisDataParallelOptions &opt,
 778         const SelectionCollection         &selections)
 779 {
 780     return TrajectoryAnalysisModuleDataPointer(
 781             new SasaModuleData(this, opt, selections, surfaceSel_.posCount(),
 782                                residueArea_.columnCount(0)));
 783 }
 784
 785 /*! \brief
 786  * Helper method to compute the areas for a single selection.
 787  *
 788  * \param[in]  surfaceSel     The calculation selection.
 789  * \param[in]  sel            The selection to compute the areas for (can be
 790  *     `surfaceSel` or one of the output selections).
 791  * \param[in]  atomAreas      Atom areas for each position in `surfaceSel`.
 792  * \param[in]  dgsFactor      Free energy coefficients for each position in
 793  *     `surfaceSel`. If empty, free energies are not calculated.
 794  * \param[out] totalAreaOut Total area of `sel` (sum of atom areas it selects).
 795  * \param[out] dgsolvOut      Solvation free energy.
 796  *     Will be zero of `dgsFactor` is empty.
 797  * \param      atomAreaHandle Data handle to use for storing atom areas for `sel`.
 798  * \param      resAreaHandle  Data handle to use for storing residue areas for `sel`.
 799  * \param      resAreaWork    Work array for accumulating the residue areas.
 800  *     If empty, atom and residue areas are not calculated.
 801  *
 802  * `atomAreaHandle` and `resAreaHandle` are not used if `resAreaWork` is empty.
 803  */
 804 void computeAreas(const Selection &surfaceSel, const Selection &sel,
 805                   const std::vector<real> &atomAreas,
 806                   const std::vector<real> &dgsFactor,
 807                   real *totalAreaOut, real *dgsolvOut,
 808                   AnalysisDataHandle atomAreaHandle,
 809                   AnalysisDataHandle resAreaHandle,
 810                   std::vector<real> *resAreaWork)
 811 {
 812     const bool bResAt    = !resAreaWork->empty();
 813     const bool bDGsolv   = !dgsFactor.empty();
 814     real       totalArea = 0;
 815     real       dgsolv    = 0;
 816
 817     if (bResAt)
 818     {
 819         std::fill(resAreaWork->begin(), resAreaWork->end(),
 820                   static_cast<real>(0.0));
 821     }
 822     for (int i = 0; i < sel.posCount(); ++i)
 823     {
 824         // Get the index of the atom in the calculation group.
 825         // For the output groups, the mapping has been precalculated in
 826         // initAnalysis().
 827         const int  ii = (sel != surfaceSel ? sel.position(i).mappedId() : i);
 828         if (!surfaceSel.position(ii).selected())
 829         {
 830             // For the calculation group, skip unselected atoms.
 831             if (sel == surfaceSel)
 832             {
 833                 continue;
 834             }
 835             GMX_THROW(InconsistentInputError("Output selection is not a subset of the surface selection"));
 836         }
 837         // Get the internal index of the matching residue.
 838         // These have been precalculated in initAnalysis().
 839         const int  ri       = surfaceSel.position(ii).mappedId();
 840         const real atomArea = atomAreas[ii];
 841         totalArea += atomArea;
 842         if (bResAt)
 843         {
 844             atomAreaHandle.setPoint(ii, atomArea);
 845             (*resAreaWork)[ri] += atomArea;
 846         }
 847         if (bDGsolv)
 848         {
 849             dgsolv += atomArea * dgsFactor[ii];
 850         }
 851     }
 852     if (bResAt)
 853     {
 854         for (size_t i = 0; i < (*resAreaWork).size(); ++i)
 855         {
 856             resAreaHandle.setPoint(i, (*resAreaWork)[i]);
 857         }
 858     }
 859     *totalAreaOut = totalArea;
 860     *dgsolvOut    = dgsolv;
 861 }
 862
 863 void
 864 Sasa::analyzeFrame(int frnr, const t_trxframe &fr, t_pbc *pbc,
 865                    TrajectoryAnalysisModuleData *pdata)
 866 {
 867     AnalysisDataHandle   ah         = pdata->dataHandle(area_);
 868     AnalysisDataHandle   dgh        = pdata->dataHandle(dgSolv_);
 869     AnalysisDataHandle   aah        = pdata->dataHandle(atomArea_);
 870     AnalysisDataHandle   rah        = pdata->dataHandle(residueArea_);
 871     AnalysisDataHandle   vh         = pdata->dataHandle(volume_);
 872     const Selection     &surfaceSel = pdata->parallelSelection(surfaceSel_);
 873     const SelectionList &outputSel  = pdata->parallelSelections(outputSel_);
 874     SasaModuleData      &frameData  = *static_cast<SasaModuleData *>(pdata);
 875
 876     const bool           bResAt    = !frameData.res_a_.empty();
 877     const bool           bDGsol    = !dgsFactor_.empty();
 878     const bool           bConnolly = (frnr == 0 && !fnConnolly_.empty());
 879
 880     // Update indices of selected atoms in the work array.
 881     if (surfaceSel.isDynamic())
 882     {
 883         frameData.index_.clear();
 884         for (int i = 0; i < surfaceSel.posCount(); ++i)
 885         {
 886             if (surfaceSel.position(i).selected())
 887             {
 888                 frameData.index_.push_back(i);
 889             }
 890         }
 891     }
 892
 893     // Determine what needs to be calculated.
 894     int                  flag      = 0;
 895     if (bResAt || bDGsol || !outputSel.empty())
 896     {
 897         flag |= FLAG_ATOM_AREA;
 898     }
 899     if (bConnolly)
 900     {
 901         flag |= FLAG_DOTS;
 902     }
 903     if (volume_.columnCount() > 0)
 904     {
 905         flag |= FLAG_VOLUME;
 906     }
 907
 908     // Do the low-level calculation.
 909     // totarea and totvolume receive the values for the calculation group.
 910     // area array contains the per-atom areas for the selected positions.
 911     // surfacedots contains nsurfacedots entries, and contains the actual
 912     // points.
 913     real  totarea, totvolume;
 914     real *area = NULL, *surfacedots = NULL;
 915     int   nsurfacedots;
 916     calculator_.calculate(surfaceSel.coordinates().data(), &radii_[0], pbc,
 917                           frameData.index_.size(), &frameData.index_[0], flag,
 918                           &totarea, &totvolume, &area,
 919                           &surfacedots, &nsurfacedots);
 920     // Unpack the atomwise areas into the frameData.atomAreas_ array for easier
 921     // indexing in the case of dynamic surfaceSel.
 922     if (area != NULL)
 923     {
 924         if (surfaceSel.isDynamic())
 925         {
 926             std::fill(frameData.atomAreas_.begin(), frameData.atomAreas_.end(),
 927                       static_cast<real>(0.0));
 928             for (size_t i = 0; i < frameData.index_.size(); ++i)
 929             {
 930                 frameData.atomAreas_[frameData.index_[i]] = area[i];
 931             }
 932         }
 933         else
 934         {
 935             std::copy(area, area + surfaceSel.posCount(),
 936                       frameData.atomAreas_.begin());
 937         }
 938         sfree(area);
 939     }
 940     scoped_guard_sfree dotsGuard(surfacedots);
 941
 942     if (bConnolly)
 943     {
 944         // This is somewhat nasty, as it modifies the atoms and symtab
 945         // structures.  But since it is only used in the first frame, and no
 946         // one else uses the topology after initialization, it may just work
 947         // even with future parallelization.
 948         connolly_plot(fnConnolly_.c_str(),
 949                       nsurfacedots, surfacedots, fr.x, &top_->atoms,
 950                       &top_->symtab, fr.ePBC, fr.box, bIncludeSolute_);
 951     }
 952
 953     ah.startFrame(frnr, fr.time);
 954     if (bResAt)
 955     {
 956         aah.startFrame(frnr, fr.time);
 957         rah.startFrame(frnr, fr.time);
 958     }
 959     if (bDGsol)
 960     {
 961         dgh.startFrame(frnr, fr.time);
 962     }
 963
 964     ah.setPoint(0, totarea);
 965
 966     real totalArea, dgsolv;
 967     if (bResAt || bDGsol)
 968     {
 969         computeAreas(surfaceSel, surfaceSel, frameData.atomAreas_, dgsFactor_,
 970                      &totalArea, &dgsolv, aah, rah, &frameData.res_a_);
 971         if (bDGsol)
 972         {
 973             dgh.setPoint(0, dgsolv);
 974         }
 975     }
 976     for (size_t g = 0; g < outputSel.size(); ++g)
 977     {
 978         if (bResAt)
 979         {
 980             aah.selectDataSet(g + 1);
 981             rah.selectDataSet(g + 1);
 982         }
 983         computeAreas(surfaceSel, outputSel[g], frameData.atomAreas_, dgsFactor_,
 984                      &totalArea, &dgsolv, aah, rah, &frameData.res_a_);
 985         ah.setPoint(g + 1, totalArea);
 986         if (bDGsol)
 987         {
 988             dgh.setPoint(g + 1, dgsolv);
 989         }
 990     }
 991
 992     ah.finishFrame();
 993     if (bResAt)
 994     {
 995         aah.finishFrame();
 996         rah.finishFrame();
 997     }
 998     if (bDGsol)
 999     {
1000         dgh.finishFrame();
1001     }
1002
1003     if (vh.isValid())
1004     {
1005         real totmass = 0;
1006         for (int i = 0; i < surfaceSel.posCount(); ++i)
1007         {
1008             totmass += surfaceSel.position(i).mass();
1009         }
1010         const real density = totmass*AMU/(totvolume*NANO*NANO*NANO);
1011         vh.startFrame(frnr, fr.time);
1012         vh.setPoint(0, totvolume);
1013         vh.setPoint(1, density);
1014         vh.finishFrame();
1015     }
1016 }
1017
1018 void
1019 Sasa::finishAnalysis(int /*nframes*/)
1020 {
1021     //if (bITP)
1022     //{
1023     //    fp3 = ftp2FILE(efITP, nfile, fnm, "w");
1024     //    fprintf(fp3, "[ position_restraints ]\n"
1025     //            "#define FCX 1000\n"
1026     //            "#define FCY 1000\n"
1027     //            "#define FCZ 1000\n"
1028     //            "; Atom  Type  fx   fy   fz\n");
1029     //    for (i = 0; i < nx[0]; i++)
1030     //    {
1031     //        if (atom_area[i] > minarea)
1032     //        {
1033     //            fprintf(fp3, "%5d   1     FCX  FCX  FCZ\n", ii+1);
1034     //        }
1035     //    }
1036     //    ffclose(fp3);
1037     //}
1038 }
1039
1040 void
1041 Sasa::writeOutput()
1042 {
1043 }
1044
1045 //! \}
1046
1047 }       // namespace
1048
1049 const char SasaInfo::name[]             = "sasa";
1050 const char SasaInfo::shortDescription[] =
1051     "Compute solvent accessible surface area";
1052
1053 TrajectoryAnalysisModulePointer SasaInfo::create()
1054 {
1055     return TrajectoryAnalysisModulePointer(new Sasa);
1056 }
1057
1058 } // namespace analysismodules
1059
1060 } // namespace gmx