src/gromacs/trajectoryanalysis/cmdlinerunner.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2010,2011,2012, by the GROMACS development team, led by
   5  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   6  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
   7  * directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \file
  36  * \brief
  37  * Declares gmx::TrajectoryAnalysisCommandLineRunner.
  38  *
  39  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  40  * \inpublicapi
  41  * \ingroup module_trajectoryanalysis
  42  */
  43 #ifndef GMX_TRAJECTORYANALYSIS_CMDLINERUNNER_H
  44 #define GMX_TRAJECTORYANALYSIS_CMDLINERUNNER_H
  45
  46 #include "../utility/common.h"
  47
  48 namespace gmx
  49 {
  50
  51 class HelpWriterContext;
  52 class TrajectoryAnalysisModule;
  53
  54 /*! \brief
  55  * Runner class for command-line analysis tools.
  56  *
  57  * This class implements a command-line analysis program, given a
  58  * TrajectoryAnalysisModule object.  It takes care of converting command-line
  59  * parameters to a form understood by the module, as well as parsing common
  60  * options, initializing and evaluating selections, and looping over trajectory
  61  * frames.
  62  *
  63  * \inpublicapi
  64  * \ingroup module_trajectoryanalysis
  65  */
  66 class TrajectoryAnalysisCommandLineRunner
  67 {
  68     public:
  69         /*! \brief
  70          * Create a new runner with the provided module.
  71          *
  72          * \param  module  Analysis module to run using the runner.
  73          * \throws std::bad_alloc if out of memory.
  74          *
  75          * The caller should ensure that the provided module is not destroyed
  76          * while the runner exists.
  77          */
  78         TrajectoryAnalysisCommandLineRunner(TrajectoryAnalysisModule *module);
  79         ~TrajectoryAnalysisCommandLineRunner();
  80
  81         /*! \brief
  82          * Sets whether the runner will print standalone messages.
  83          *
  84          * \param[in] bStandalone  Whether the runner is run directly from main().
  85          *
  86          * By default, the runner takes responsibility of printing some
  87          * standard Gromacs messages at startup and at the end.
  88          * This is used internally when executing the runner in a context where
  89          * these messages are handled on a higher level.
  90          *
  91          * Does not throw.
  92          */
  93         void setStandalone(bool bStandalone);
  94         /*! \brief
  95          * Sets the default debugging level for selections.
  96          *
  97          * This is intended only for use by internal debugging tools.
  98          *
  99          * Does not throw.
 100          *
 101          * \see SelectionCollection::setDebugLevel()
 102          */
 103         void setSelectionDebugLevel(int debuglevel);
 104         /*! \brief
 105          * Parses options from the given command line and runs the analysis.
 106          *
 107          * \throws  multiple  Exceptions are used to indicate errors.
 108          * \returns Zero on success.
 109          */
 110         int run(int argc, char *argv[]);
 111         /*! \brief
 112          * Prints help for the module, including common options from the runner.
 113          *
 114          * \param[in] context  Context object for writing the help.
 115          * \throws    std::bad_alloc if out of memory.
 116          * \throws    FileIOError on any I/O error.
 117          */
 118         void writeHelp(const HelpWriterContext &context);
 119
 120     private:
 121         class Impl;
 122
 123         PrivateImplPointer<Impl> impl_;
 124 };
 125
 126 } // namespace gmx
 127
 128 #endif