src/gromacs/trajectoryanalysis/analysissettings_impl.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2010,2011,2012,2014,2015 by the GROMACS development team.
   5  * Copyright (c) 2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   6  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   7  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   8  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   9  *
  10  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  11  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  12  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  13  * of the License, or (at your option) any later version.
  14  *
  15  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  16  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  18  * Lesser General Public License for more details.
  19  *
  20  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21  * License along with GROMACS; if not, see
  22  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  23  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  24  *
  25  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  26  * consider that scientific software is very special. Version
  27  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  28  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  29  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  30  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  31  * official version at http://www.gromacs.org.
  32  *
  33  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  34  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  35  */
  36 /*! \internal \file
  37  * \brief
  38  * Declares private implementation class for gmx::TrajectoryAnalysisSettings.
  39  *
  40  * \ingroup module_trajectoryanalysis
  41  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  42  */
  43 #ifndef GMX_TRAJECTORYANALYSIS_ANALYSISSETTINGS_IMPL_H
  44 #define GMX_TRAJECTORYANALYSIS_ANALYSISSETTINGS_IMPL_H
  45
  46 #include <string>
  47
  48 #include "gromacs/analysisdata/modules/plot.h"
  49 #include "gromacs/options/timeunitmanager.h"
  50 #include "gromacs/trajectoryanalysis/analysissettings.h"
  51
  52 namespace gmx
  53 {
  54
  55 class ICommandLineOptionsModuleSettings;
  56
  57 /*! \internal \brief
  58  * Private implementation class for TrajectoryAnalysisSettings.
  59  *
  60  * \ingroup module_trajectoryanalysis
  61  */
  62 class TrajectoryAnalysisSettings::Impl
  63 {
  64 public:
  65     //! Initializes the default values for the settings object.
  66     Impl() :
  67         timeUnit(TimeUnit::Default),
  68         flags(0),
  69         frflags(0),
  70         bRmPBC(true),
  71         bPBC(true),
  72         optionsModuleSettings_(nullptr)
  73     {
  74     }
  75
  76     //! Global time unit setting for the analysis module.
  77     TimeUnit timeUnit;
  78     //! Global plotting settings for the analysis module.
  79     AnalysisDataPlotSettings plotSettings;
  80     //! Flags for the analysis module.
  81     unsigned long flags;
  82     //! Frame reading flags for the analysis module.
  83     int frflags;
  84
  85     //! Whether to make molecules whole for each frame.
  86     bool bRmPBC;
  87     //! Whether to pass PBC information to the analysis module.
  88     bool bPBC;
  89
  90     //! Lower-level settings object wrapped by these settings.
  91     ICommandLineOptionsModuleSettings* optionsModuleSettings_;
  92 };
  93
  94 } // namespace gmx
  95
  96 #endif