src/gromacs/trajectoryanalysis/analysissettings.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2010,2011,2012,2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Implements classes in analysissettings.h.
  38  *
  39  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  40  * \ingroup module_trajectoryanalysis
  41  */
  42 #include "analysissettings.h"
  43
  44 #include "gromacs/legacyheaders/vec.h"
  45
  46 #include "gromacs/fileio/trxio.h"
  47 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
  48 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  49
  50 #include "analysissettings-impl.h"
  51
  52 namespace gmx
  53 {
  54
  55
  56 /********************************************************************
  57  * TrajectoryAnalysisSettings
  58  */
  59
  60 TrajectoryAnalysisSettings::TrajectoryAnalysisSettings()
  61     : impl_(new Impl)
  62 {
  63     impl_->frflags |= TRX_NEED_X;
  64 }
  65
  66
  67 TrajectoryAnalysisSettings::~TrajectoryAnalysisSettings()
  68 {
  69 }
  70
  71
  72 const TimeUnitManager &
  73 TrajectoryAnalysisSettings::timeUnitManager() const
  74 {
  75     return impl_->timeUnitManager;
  76 }
  77
  78
  79 const AnalysisDataPlotSettings &
  80 TrajectoryAnalysisSettings::plotSettings() const
  81 {
  82     return impl_->plotSettings;
  83 }
  84
  85
  86 unsigned long
  87 TrajectoryAnalysisSettings::flags() const
  88 {
  89     return impl_->flags;
  90 }
  91
  92
  93 bool
  94 TrajectoryAnalysisSettings::hasFlag(unsigned long flag) const
  95 {
  96     return impl_->flags & flag;
  97 }
  98
  99
 100 bool
 101 TrajectoryAnalysisSettings::hasPBC() const
 102 {
 103     return impl_->bPBC;
 104 }
 105
 106
 107 bool
 108 TrajectoryAnalysisSettings::hasRmPBC() const
 109 {
 110     return impl_->bRmPBC;
 111 }
 112
 113
 114 int
 115 TrajectoryAnalysisSettings::frflags() const
 116 {
 117     return impl_->frflags;
 118 }
 119
 120
 121 void
 122 TrajectoryAnalysisSettings::setFlags(unsigned long flags)
 123 {
 124     impl_->flags = flags;
 125 }
 126
 127
 128 void
 129 TrajectoryAnalysisSettings::setFlag(unsigned long flag, bool bSet)
 130 {
 131     if (bSet)
 132     {
 133         impl_->flags |= flag;
 134     }
 135     else
 136     {
 137         impl_->flags &= ~flag;
 138     }
 139 }
 140
 141
 142 void
 143 TrajectoryAnalysisSettings::setPBC(bool bPBC)
 144 {
 145     impl_->bPBC = bPBC;
 146 }
 147
 148
 149 void
 150 TrajectoryAnalysisSettings::setRmPBC(bool bRmPBC)
 151 {
 152     impl_->bRmPBC = bRmPBC;
 153 }
 154
 155
 156 void
 157 TrajectoryAnalysisSettings::setFrameFlags(int frflags)
 158 {
 159     impl_->frflags = frflags;
 160 }
 161
 162
 163 /********************************************************************
 164  * TopologyInformation
 165  */
 166
 167 TopologyInformation::TopologyInformation()
 168     : top_(NULL), bTop_(false), xtop_(NULL), ePBC_(-1)
 169 {
 170     clear_mat(boxtop_);
 171 }
 172
 173
 174 TopologyInformation::~TopologyInformation()
 175 {
 176     if (top_)
 177     {
 178         free_t_atoms(&top_->atoms, TRUE);
 179         done_top(top_);
 180         sfree(top_);
 181     }
 182     sfree(xtop_);
 183 }
 184
 185
 186 void
 187 TopologyInformation::getTopologyConf(rvec **x, matrix box) const
 188 {
 189     if (box)
 190     {
 191         copy_mat(const_cast<rvec *>(boxtop_), box);
 192     }
 193     if (x)
 194     {
 195         if (!xtop_)
 196         {
 197             *x = NULL;
 198             GMX_THROW(APIError("Topology coordinates requested without setting efUseTopX"));
 199         }
 200         *x = xtop_;
 201     }
 202 }
 203
 204 } // namespace gmx