src/gromacs/topology/topsort.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2008,2009,2010,2013,2014 by the GROMACS development team.
   5  * Copyright (c) 2018,2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   6  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   7  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   8  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   9  *
  10  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  11  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  12  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  13  * of the License, or (at your option) any later version.
  14  *
  15  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  16  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  18  * Lesser General Public License for more details.
  19  *
  20  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21  * License along with GROMACS; if not, see
  22  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  23  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  24  *
  25  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  26  * consider that scientific software is very special. Version
  27  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  28  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  29  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  30  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  31  * official version at http://www.gromacs.org.
  32  *
  33  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  34  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  35  */
  36 #ifndef GMX_TOPOLOGY_TOPSORT_H
  37 #define GMX_TOPOLOGY_TOPSORT_H
  38
  39 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  40 #include "gromacs/utility/real.h"
  41
  42 struct gmx_mtop_t;
  43 struct t_idef;
  44
  45 /* Returns if there are perturbed bonded interactions */
  46 gmx_bool gmx_mtop_bondeds_free_energy(const struct gmx_mtop_t* mtop);
  47
  48 /* Sort all the bonded ilists in idef to have the perturbed ones at the end
  49  * and set nr_nr_nonperturbed in ilist.
  50  */
  51 void gmx_sort_ilist_fe(struct t_idef* idef, const real* qA, const real* qB);
  52
  53 #endif