src/gromacs/topology/topology.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include "topology.h"
  40
  41 #include <cstdio>
  42
  43 #include <algorithm>
  44
  45 #include "gromacs/math/vecdump.h"
  46 #include "gromacs/topology/atoms.h"
  47 #include "gromacs/topology/idef.h"
  48 #include "gromacs/topology/ifunc.h"
  49 #include "gromacs/topology/symtab.h"
  50 #include "gromacs/utility/arrayref.h"
  51 #include "gromacs/utility/compare.h"
  52 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  53 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  54 #include "gromacs/utility/strconvert.h"
  55 #include "gromacs/utility/txtdump.h"
  56
  57 static gmx::EnumerationArray<SimulationAtomGroupType, const char *>
  58 c_simulationAtomGroupTypeShortNames
  59     = { {
  60             "T-Coupling",
  61             "Energy Mon.",
  62             "Acceleration",
  63             "Freeze",
  64             "User1",
  65             "User2",
  66             "VCM",
  67             "Compressed X",
  68             "Or. Res. Fit",
  69             "QMMM"
  70         } };
  71
  72 const char *shortName(SimulationAtomGroupType type)
  73 {
  74     return c_simulationAtomGroupTypeShortNames[type];
  75 }
  76
  77 SimulationGroups::SimulationGroups()
  78 {
  79     for (auto group : keysOf(groups))
  80     {
  81         groups[group].nr     = 0;
  82         groups[group].nm_ind = nullptr;
  83     }
  84
  85 }
  86
  87 void init_top(t_topology *top)
  88 {
  89     top->name = nullptr;
  90     init_idef(&top->idef);
  91     init_atom(&(top->atoms));
  92     init_atomtypes(&(top->atomtypes));
  93     init_block(&top->cgs);
  94     init_block(&top->mols);
  95     init_blocka(&top->excls);
  96     open_symtab(&top->symtab);
  97 }
  98
  99
 100 gmx_moltype_t::gmx_moltype_t() :
 101     name(nullptr),
 102     cgs(),
 103     excls()
 104 {
 105     init_t_atoms(&atoms, 0, FALSE);
 106 }
 107
 108 gmx_moltype_t::~gmx_moltype_t()
 109 {
 110     done_atom(&atoms);
 111     done_block(&cgs);
 112     done_blocka(&excls);
 113 }
 114
 115 SimulationGroups::~SimulationGroups()
 116 {
 117     for (auto group : keysOf(groups))
 118     {
 119         if (nullptr != groups[group].nm_ind)
 120         {
 121             sfree(groups[group].nm_ind);
 122             groups[group].nm_ind = nullptr;
 123         }
 124     }
 125 }
 126
 127 gmx_mtop_t::gmx_mtop_t()
 128 {
 129     init_atomtypes(&atomtypes);
 130     open_symtab(&symtab);
 131 }
 132
 133 gmx_mtop_t::~gmx_mtop_t()
 134 {
 135     done_symtab(&symtab);
 136
 137     moltype.clear();
 138     molblock.clear();
 139     done_atomtypes(&atomtypes);
 140 }
 141
 142 void done_top(t_topology *top)
 143 {
 144     done_idef(&top->idef);
 145     done_atom(&(top->atoms));
 146
 147     /* For GB */
 148     done_atomtypes(&(top->atomtypes));
 149
 150     done_symtab(&(top->symtab));
 151     done_block(&(top->cgs));
 152     done_block(&(top->mols));
 153     done_blocka(&(top->excls));
 154 }
 155
 156 void done_top_mtop(t_topology *top, gmx_mtop_t *mtop)
 157 {
 158     if (mtop != nullptr)
 159     {
 160         if (top != nullptr)
 161         {
 162             done_idef(&top->idef);
 163             done_atom(&top->atoms);
 164             done_block(&top->cgs);
 165             done_blocka(&top->excls);
 166             done_block(&top->mols);
 167             done_symtab(&top->symtab);
 168             open_symtab(&mtop->symtab);
 169             done_atomtypes(&(top->atomtypes));
 170         }
 171
 172         // Note that the rest of mtop will be freed by the destructor
 173     }
 174 }
 175
 176 gmx_localtop_t::gmx_localtop_t()
 177 {
 178     init_blocka_null(&excls);
 179     init_idef(&idef);
 180     init_atomtypes(&atomtypes);
 181 }
 182
 183 gmx_localtop_t::~gmx_localtop_t()
 184 {
 185     if (!useInDomainDecomp_)
 186     {
 187         done_idef(&idef);
 188         done_blocka(&excls);
 189         done_atomtypes(&atomtypes);
 190     }
 191 }
 192
 193 bool gmx_mtop_has_masses(const gmx_mtop_t *mtop)
 194 {
 195     if (mtop == nullptr)
 196     {
 197         return false;
 198     }
 199     return mtop->moltype.empty() || mtop->moltype[0].atoms.haveMass;
 200 }
 201
 202 bool gmx_mtop_has_charges(const gmx_mtop_t *mtop)
 203 {
 204     if (mtop == nullptr)
 205     {
 206         return false;
 207     }
 208     return mtop->moltype.empty() || mtop->moltype[0].atoms.haveCharge;
 209 }
 210
 211 bool gmx_mtop_has_perturbed_charges(const gmx_mtop_t &mtop)
 212 {
 213     for (const gmx_moltype_t &moltype : mtop.moltype)
 214     {
 215         const t_atoms &atoms = moltype.atoms;
 216         if (atoms.haveBState)
 217         {
 218             for (int a = 0; a < atoms.nr; a++)
 219             {
 220                 if (atoms.atom[a].q != atoms.atom[a].qB)
 221                 {
 222                     return true;
 223                 }
 224             }
 225         }
 226     }
 227     return false;
 228 }
 229
 230 bool gmx_mtop_has_atomtypes(const gmx_mtop_t *mtop)
 231 {
 232     if (mtop == nullptr)
 233     {
 234         return false;
 235     }
 236     return mtop->moltype.empty() || mtop->moltype[0].atoms.haveType;
 237 }
 238
 239 bool gmx_mtop_has_pdbinfo(const gmx_mtop_t *mtop)
 240 {
 241     if (mtop == nullptr)
 242     {
 243         return false;
 244     }
 245     return mtop->moltype.empty() || mtop->moltype[0].atoms.havePdbInfo;
 246 }
 247
 248 static void pr_grps(FILE                       *fp,
 249                     const char                 *title,
 250                     gmx::ArrayRef<const t_grps> grps,
 251                     char                     ***grpname)
 252 {
 253     int index = 0;
 254     for (const auto &group : grps)
 255     {
 256         fprintf(fp, "%s[%-12s] nr=%d, name=[", title, c_simulationAtomGroupTypeShortNames[index], group.nr);
 257         for (int j = 0; (j < group.nr); j++)
 258         {
 259             fprintf(fp, " %s", *(grpname[group.nm_ind[j]]));
 260         }
 261         fprintf(fp, "]\n");
 262         index++;
 263     }
 264 }
 265
 266 static void pr_groups(FILE *fp, int indent,
 267                       const SimulationGroups &groups,
 268                       gmx_bool bShowNumbers)
 269 {
 270     pr_grps(fp,
 271             "grp",
 272             groups.groups,
 273             const_cast<char ***>(groups.groupNames.data()));
 274     pr_strings(fp, indent, "grpname", const_cast<char ***>(groups.groupNames.data()), groups.groupNames.size(), bShowNumbers);
 275
 276     pr_indent(fp, indent);
 277     fprintf(fp, "groups          ");
 278     for (const auto &group : c_simulationAtomGroupTypeShortNames)
 279     {
 280         printf(" %5.5s", group);
 281     }
 282     printf("\n");
 283
 284     pr_indent(fp, indent);
 285     fprintf(fp, "allocated       ");
 286     int nat_max = 0;
 287     for (auto group : keysOf(groups.groups))
 288     {
 289         printf(" %5d", groups.numberOfGroupNumbers(group));
 290         nat_max = std::max(nat_max, groups.numberOfGroupNumbers(group));
 291     }
 292     printf("\n");
 293
 294     if (nat_max == 0)
 295     {
 296         pr_indent(fp, indent);
 297         fprintf(fp, "groupnr[%5s] =", "*");
 298         for (auto gmx_unused group : keysOf(groups.groups))
 299         {
 300             fprintf(fp, "  %3d ", 0);
 301         }
 302         fprintf(fp, "\n");
 303     }
 304     else
 305     {
 306         for (int i = 0; i < nat_max; i++)
 307         {
 308             pr_indent(fp, indent);
 309             fprintf(fp, "groupnr[%5d] =", i);
 310             for (auto group : keysOf(groups.groups))
 311             {
 312                 fprintf(fp, "  %3d ",
 313                         !groups.groupNumbers[group].empty() ?
 314                         groups.groupNumbers[group][i] : 0);
 315             }
 316             fprintf(fp, "\n");
 317         }
 318     }
 319 }
 320
 321 static void pr_moltype(FILE *fp, int indent, const char *title,
 322                        const gmx_moltype_t *molt, int n,
 323                        const gmx_ffparams_t *ffparams,
 324                        gmx_bool bShowNumbers, gmx_bool bShowParameters)
 325 {
 326     int j;
 327
 328     indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 329     pr_indent(fp, indent);
 330     fprintf(fp, "name=\"%s\"\n", *(molt->name));
 331     pr_atoms(fp, indent, "atoms", &(molt->atoms), bShowNumbers);
 332     pr_block(fp, indent, "cgs", &molt->cgs, bShowNumbers);
 333     pr_blocka(fp, indent, "excls", &molt->excls, bShowNumbers);
 334     for (j = 0; (j < F_NRE); j++)
 335     {
 336         pr_ilist(fp, indent, interaction_function[j].longname,
 337                  ffparams->functype.data(), molt->ilist[j],
 338                  bShowNumbers, bShowParameters, ffparams->iparams.data());
 339     }
 340 }
 341
 342 static void pr_molblock(FILE *fp, int indent, const char *title,
 343                         const gmx_molblock_t *molb, int n,
 344                         const std::vector<gmx_moltype_t> &molt)
 345 {
 346     indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 347     pr_indent(fp, indent);
 348     fprintf(fp, "%-20s = %d \"%s\"\n",
 349             "moltype", molb->type, *(molt[molb->type].name));
 350     pr_int(fp, indent, "#molecules", molb->nmol);
 351     pr_int(fp, indent, "#posres_xA", molb->posres_xA.size());
 352     if (!molb->posres_xA.empty())
 353     {
 354         pr_rvecs(fp, indent, "posres_xA", as_rvec_array(molb->posres_xA.data()), molb->posres_xA.size());
 355     }
 356     pr_int(fp, indent, "#posres_xB", molb->posres_xB.size());
 357     if (!molb->posres_xB.empty())
 358     {
 359         pr_rvecs(fp, indent, "posres_xB", as_rvec_array(molb->posres_xB.data()), molb->posres_xB.size());
 360     }
 361 }
 362
 363 void pr_mtop(FILE *fp, int indent, const char *title, const gmx_mtop_t *mtop,
 364              gmx_bool bShowNumbers, gmx_bool bShowParameters)
 365 {
 366     if (available(fp, mtop, indent, title))
 367     {
 368         indent = pr_title(fp, indent, title);
 369         pr_indent(fp, indent);
 370         fprintf(fp, "name=\"%s\"\n", *(mtop->name));
 371         pr_int(fp, indent, "#atoms", mtop->natoms);
 372         pr_int(fp, indent, "#molblock", mtop->molblock.size());
 373         for (size_t mb = 0; mb < mtop->molblock.size(); mb++)
 374         {
 375             pr_molblock(fp, indent, "molblock", &mtop->molblock[mb], mb, mtop->moltype);
 376         }
 377         pr_str(fp, indent, "bIntermolecularInteractions",
 378                gmx::boolToString(mtop->bIntermolecularInteractions));
 379         if (mtop->bIntermolecularInteractions)
 380         {
 381             for (int j = 0; j < F_NRE; j++)
 382             {
 383                 pr_ilist(fp, indent, interaction_function[j].longname,
 384                          mtop->ffparams.functype.data(),
 385                          (*mtop->intermolecular_ilist)[j],
 386                          bShowNumbers, bShowParameters, mtop->ffparams.iparams.data());
 387             }
 388         }
 389         pr_ffparams(fp, indent, "ffparams", &(mtop->ffparams), bShowNumbers);
 390         pr_atomtypes(fp, indent, "atomtypes", &(mtop->atomtypes), bShowNumbers);
 391         for (size_t mt = 0; mt < mtop->moltype.size(); mt++)
 392         {
 393             pr_moltype(fp, indent, "moltype", &mtop->moltype[mt], mt,
 394                        &mtop->ffparams, bShowNumbers, bShowParameters);
 395         }
 396         pr_groups(fp, indent, mtop->groups, bShowNumbers);
 397     }
 398 }
 399
 400 void pr_top(FILE *fp, int indent, const char *title, const t_topology *top,
 401             gmx_bool bShowNumbers, gmx_bool bShowParameters)
 402 {
 403     if (available(fp, top, indent, title))
 404     {
 405         indent = pr_title(fp, indent, title);
 406         pr_indent(fp, indent);
 407         fprintf(fp, "name=\"%s\"\n", *(top->name));
 408         pr_atoms(fp, indent, "atoms", &(top->atoms), bShowNumbers);
 409         pr_atomtypes(fp, indent, "atomtypes", &(top->atomtypes), bShowNumbers);
 410         pr_block(fp, indent, "cgs", &top->cgs, bShowNumbers);
 411         pr_block(fp, indent, "mols", &top->mols, bShowNumbers);
 412         pr_str(fp, indent, "bIntermolecularInteractions",
 413                gmx::boolToString(top->bIntermolecularInteractions));
 414         pr_blocka(fp, indent, "excls", &top->excls, bShowNumbers);
 415         pr_idef(fp, indent, "idef", &top->idef, bShowNumbers, bShowParameters);
 416     }
 417 }
 418
 419 static void cmp_iparm(FILE *fp, const char *s, t_functype ft,
 420                       const t_iparams &ip1, const t_iparams &ip2, real relativeTolerance, real absoluteTolerance)
 421 {
 422     int      i;
 423     gmx_bool bDiff;
 424
 425     bDiff = FALSE;
 426     for (i = 0; i < MAXFORCEPARAM && !bDiff; i++)
 427     {
 428         bDiff = !equal_real(ip1.generic.buf[i], ip2.generic.buf[i], relativeTolerance, absoluteTolerance);
 429     }
 430     if (bDiff)
 431     {
 432         fprintf(fp, "%s1: ", s);
 433         pr_iparams(fp, ft, &ip1);
 434         fprintf(fp, "%s2: ", s);
 435         pr_iparams(fp, ft, &ip2);
 436     }
 437 }
 438
 439 static void cmp_iparm_AB(FILE *fp, const char *s, t_functype ft,
 440                          const t_iparams &ip1, real relativeTolerance, real absoluteTolerance)
 441 {
 442     int      nrfpA, nrfpB, p0, i;
 443     gmx_bool bDiff;
 444
 445     /* Normally the first parameter is perturbable */
 446     p0    = 0;
 447     nrfpA = interaction_function[ft].nrfpA;
 448     nrfpB = interaction_function[ft].nrfpB;
 449     if (ft == F_PDIHS)
 450     {
 451         nrfpB = 2;
 452     }
 453     else if (interaction_function[ft].flags & IF_TABULATED)
 454     {
 455         /* For tabulated interactions only the second parameter is perturbable */
 456         p0    = 1;
 457         nrfpB = 1;
 458     }
 459     bDiff = FALSE;
 460     for (i = 0; i < nrfpB && !bDiff; i++)
 461     {
 462         bDiff = !equal_real(ip1.generic.buf[p0+i], ip1.generic.buf[nrfpA+i], relativeTolerance, absoluteTolerance);
 463     }
 464     if (bDiff)
 465     {
 466         fprintf(fp, "%s: ", s);
 467         pr_iparams(fp, ft, &ip1);
 468     }
 469 }
 470
 471 static void cmp_cmap(FILE *fp, const gmx_cmap_t *cmap1, const gmx_cmap_t *cmap2, real relativeTolerance, real absoluteTolerance)
 472 {
 473     int cmap1_ngrid = (cmap1 ? cmap1->cmapdata.size() : 0);
 474     int cmap2_ngrid = (cmap2 ? cmap2->cmapdata.size() : 0);
 475
 476     cmp_int(fp, "cmap ngrid", -1, cmap1_ngrid, cmap2_ngrid);
 477
 478     if (cmap1 == nullptr || cmap2 == nullptr)
 479     {
 480         return;
 481     }
 482
 483     cmp_int(fp, "cmap grid_spacing", -1, cmap1->grid_spacing, cmap2->grid_spacing);
 484     if (cmap1->cmapdata.size() == cmap2->cmapdata.size() &&
 485         cmap1->grid_spacing == cmap2->grid_spacing)
 486     {
 487         for (size_t g = 0; g < cmap1->cmapdata.size(); g++)
 488         {
 489             int i;
 490
 491             fprintf(fp, "comparing cmap %zu\n", g);
 492
 493             for (i = 0; i < 4*cmap1->grid_spacing*cmap1->grid_spacing; i++)
 494             {
 495                 cmp_real(fp, "", i, cmap1->cmapdata[g].cmap[i], cmap2->cmapdata[g].cmap[i], relativeTolerance, absoluteTolerance);
 496             }
 497         }
 498     }
 499 }
 500
 501 static void cmp_block(FILE *fp, const t_block *b1, const t_block *b2, const char *s)
 502 {
 503     char buf[32];
 504
 505     fprintf(fp, "comparing block %s\n", s);
 506     sprintf(buf, "%s.nr", s);
 507     cmp_int(fp, buf, -1, b1->nr, b2->nr);
 508 }
 509
 510 static void cmp_blocka(FILE *fp, const t_blocka *b1, const t_blocka *b2, const char *s)
 511 {
 512     char buf[32];
 513
 514     fprintf(fp, "comparing blocka %s\n", s);
 515     sprintf(buf, "%s.nr", s);
 516     cmp_int(fp, buf, -1, b1->nr, b2->nr);
 517     sprintf(buf, "%s.nra", s);
 518     cmp_int(fp, buf, -1, b1->nra, b2->nra);
 519 }
 520
 521 static void compareFfparams(FILE *fp, const gmx_ffparams_t &ff1, const gmx_ffparams_t &ff2, real relativeTolerance, real absoluteTolerance)
 522 {
 523     fprintf(fp, "comparing force field parameters\n");
 524     cmp_int(fp, "numTypes", -1, ff1.numTypes(), ff2.numTypes());
 525     cmp_int(fp, "atnr", -1, ff1.atnr, ff1.atnr);
 526     cmp_double(fp, "reppow", -1, ff1.reppow, ff2.reppow, relativeTolerance, absoluteTolerance);
 527     cmp_real(fp, "fudgeQQ", -1, ff1.fudgeQQ, ff2.fudgeQQ, relativeTolerance, absoluteTolerance);
 528     cmp_cmap(fp, &ff1.cmap_grid, &ff2.cmap_grid, relativeTolerance, absoluteTolerance);
 529     for (int i = 0; i < std::min(ff1.numTypes(), ff2.numTypes()); i++)
 530     {
 531         std::string buf = gmx::formatString("ffparams->functype[%d]", i);
 532         cmp_int(fp, buf.c_str(), i, ff1.functype[i], ff2.functype[i]);
 533         buf = gmx::formatString("ffparams->iparams[%d]", i);
 534         cmp_iparm(fp, buf.c_str(), ff1.functype[i], ff1.iparams[i], ff2.iparams[i], relativeTolerance, absoluteTolerance);
 535     }
 536
 537 }
 538
 539 static void compareFfparamAB(FILE *fp, const gmx_ffparams_t &ff1, real relativeTolerance,   real absoluteTolerance)
 540 {
 541     fprintf(fp, "comparing free energy parameters\n");
 542     for (int i = 0; i < ff1.numTypes(); i++)
 543     {
 544         std::string buf = gmx::formatString("ffparams->iparams[%d]", i);
 545         cmp_iparm_AB(fp, buf.c_str(), ff1.functype[i], ff1.iparams[i], relativeTolerance, absoluteTolerance);
 546     }
 547 }
 548 static void compareInteractionLists(FILE *fp, const InteractionLists *il1, const InteractionLists *il2)
 549 {
 550     fprintf(fp, "comparing InteractionLists\n");
 551     if ((il1 || il2) && (!il1 || !il2))
 552     {
 553         fprintf(fp, "InteractionLists are present in topology %d but not in the other\n", il1 ? 1 : 2);
 554     }
 555     if (il1 && il2)
 556     {
 557         for (int i = 0; i < F_NRE; i++)
 558         {
 559             cmp_int(fp, "InteractionList size", i, il1->at(i).size(), il2->at(i).size());
 560             int nr = std::min(il1->at(i).size(), il2->at(i).size());
 561             for (int j = 0; j < nr; j++)
 562             {
 563                 cmp_int(fp, "InteractionList entry", j, il1->at(i).iatoms.at(j), il2->at(i).iatoms.at(j));
 564             }
 565         }
 566     }
 567 }
 568
 569 static void compareMoltypes(FILE *fp, gmx::ArrayRef<const gmx_moltype_t> mt1, gmx::ArrayRef<const gmx_moltype_t> mt2, real relativeTolerance, real absoluteTolerance)
 570 {
 571     fprintf(fp, "comparing molecule types\n");
 572     cmp_int(fp, "moltype size", -1, mt1.size(), mt2.size());
 573     for (int i = 0; i < std::min(mt1.ssize(), mt2.ssize()); i++)
 574     {
 575         cmp_str(fp, "Name", i, *mt1[i].name, *mt2[i].name);
 576         compareAtoms(fp, &mt1[i].atoms, &mt2[i].atoms, relativeTolerance, absoluteTolerance);
 577         compareInteractionLists(fp, &mt1[i].ilist, &mt2[i].ilist);
 578         std::string buf = gmx::formatString("cgs[%d]", i);
 579         cmp_block(fp, &mt1[i].cgs, &mt2[i].cgs, buf.c_str());
 580         buf = gmx::formatString("excls[%d]", i);
 581         cmp_blocka(fp, &mt1[i].excls, &mt2[i].excls, buf.c_str());
 582     }
 583 }
 584
 585 static void compareMoletypeAB(FILE *fp, gmx::ArrayRef<const gmx_moltype_t> mt1, real relativeTolerance, real absoluteTolerance)
 586 {
 587     fprintf(fp, "comparing free energy molecule types\n");
 588     for (int i = 0; i < mt1.ssize(); i++)
 589     {
 590         compareAtoms(fp, &mt1[i].atoms, nullptr, relativeTolerance, absoluteTolerance);
 591     }
 592 }
 593 static void compareMolblocks(FILE *fp, gmx::ArrayRef<const gmx_molblock_t> mb1, gmx::ArrayRef<const gmx_molblock_t> mb2)
 594 {
 595     fprintf(fp, "comparing molecule blocks\n");
 596     cmp_int(fp, "molblock size", -1, mb1.size(), mb2.size());
 597     int nr = std::min(mb1.size(), mb2.size());
 598     for (int i = 0; i < nr; i++)
 599     {
 600         cmp_int(fp, "type", i, mb1[i].type, mb2[i].type);
 601         cmp_int(fp, "nmol", i, mb1[i].nmol, mb2[i].nmol);
 602         // Only checking size of restraint vectors for now
 603         cmp_int(fp, "posres_xA size", i, mb1[i].posres_xA.size(), mb2[i].posres_xA.size());
 604         cmp_int(fp, "posres_xB size", i, mb1[i].posres_xB.size(), mb2[i].posres_xB.size());
 605     }
 606
 607 }
 608
 609 static void compareAtomtypes(FILE *fp, const t_atomtypes &at1, const t_atomtypes &at2)
 610 {
 611     fprintf(fp, "comparing atomtypes\n");
 612     cmp_int(fp, "nr", -1, at1.nr, at2.nr);
 613     int nr = std::min(at1.nr, at2.nr);
 614     for (int i = 0; i < nr; i++)
 615     {
 616         cmp_int(fp, "atomtype", i, at1.atomnumber[i], at2.atomnumber[i]);
 617     }
 618 }
 619
 620 static void compareIntermolecularExclusions(FILE *fp, gmx::ArrayRef<const int> ime1, gmx::ArrayRef<const int> ime2)
 621 {
 622     fprintf(fp, "comparing intermolecular exclusions\n");
 623     cmp_int(fp, "exclusion number", -1, ime1.size(), ime2.size());
 624     int nr = std::min(ime1.size(), ime2.size());
 625     for (int i = 0; i < nr; i++)
 626     {
 627         cmp_int(fp, "exclusion", i, ime1[i], ime2[i]);
 628     }
 629 }
 630
 631 static void compareBlockIndices(FILE *fp, gmx::ArrayRef<const MoleculeBlockIndices> mbi1, gmx::ArrayRef<const MoleculeBlockIndices> mbi2)
 632 {
 633     fprintf(fp, "comparing moleculeBlockIndices\n");
 634     cmp_int(fp, "size", -1, mbi1.size(), mbi2.size());
 635     int nr = std::min(mbi1.size(), mbi2.size());
 636     for (int i = 0; i < nr; i++)
 637     {
 638         cmp_int(fp, "numAtomsPerMolecule", i, mbi1[i].numAtomsPerMolecule, mbi2[i].numAtomsPerMolecule);
 639         cmp_int(fp, "globalAtomStart", i, mbi1[i].globalAtomStart, mbi2[i].globalAtomStart);
 640         cmp_int(fp, "globalAtomEnd", i, mbi1[i].globalAtomEnd, mbi2[i].globalAtomEnd);
 641         cmp_int(fp, "globalResidueStart", i, mbi1[i].globalResidueStart, mbi2[i].globalResidueStart);
 642         cmp_int(fp, "moleculeIndexStart", i, mbi1[i].moleculeIndexStart, mbi2[i].moleculeIndexStart);
 643     }
 644 }
 645
 646 void compareMtop(FILE *fp, const gmx_mtop_t &mtop1, const gmx_mtop_t &mtop2, real relativeTolerance, real absoluteTolerance)
 647 {
 648     fprintf(fp, "comparing mtop topology\n");
 649     cmp_str(fp, "Name", -1, *mtop1.name, *mtop2.name);
 650     cmp_int(fp, "natoms", -1, mtop1.natoms, mtop2.natoms);
 651     cmp_int(fp, "maxres_renum", -1, mtop1.maxres_renum, mtop2.maxres_renum);
 652     cmp_int(fp, "maxresnr", -1, mtop1.maxresnr, mtop2.maxresnr);
 653     cmp_bool(fp, "bIntermolecularInteractions", -1, mtop1.bIntermolecularInteractions, mtop2.bIntermolecularInteractions);
 654     cmp_bool(fp, "haveMoleculeIndices", -1, mtop1.haveMoleculeIndices, mtop2.haveMoleculeIndices);
 655
 656     compareFfparams(fp, mtop1.ffparams, mtop2.ffparams, relativeTolerance, absoluteTolerance);
 657     compareMoltypes(fp, mtop1.moltype, mtop2.moltype, relativeTolerance, absoluteTolerance);
 658     compareMolblocks(fp, mtop1.molblock, mtop2.molblock);
 659     compareInteractionLists(fp, mtop1.intermolecular_ilist.get(), mtop2.intermolecular_ilist.get());
 660     compareAtomtypes(fp, mtop1.atomtypes, mtop2.atomtypes);
 661     compareAtomGroups(fp, mtop1.groups, mtop2.groups, mtop1.natoms, mtop2.natoms);
 662     compareIntermolecularExclusions(fp, mtop1.intermolecularExclusionGroup, mtop2.intermolecularExclusionGroup);
 663     compareBlockIndices(fp, mtop1.moleculeBlockIndices, mtop2.moleculeBlockIndices);
 664 }
 665
 666 void compareMtopAB(FILE *fp, const gmx_mtop_t &mtop1, real relativeTolerance, real absoluteTolerance)
 667 {
 668     fprintf(fp, "comparing topAB\n");
 669     compareFfparamAB(fp, mtop1.ffparams, relativeTolerance, absoluteTolerance);
 670     compareMoletypeAB(fp, mtop1.moltype, relativeTolerance, absoluteTolerance);
 671 }
 672
 673 void compareAtomGroups(FILE *fp, const SimulationGroups &g0, const SimulationGroups &g1,
 674                        int natoms0, int natoms1)
 675 {
 676     fprintf(fp, "comparing groups\n");
 677
 678     for (auto group : keysOf(g0.groups))
 679     {
 680         std::string buf = gmx::formatString("grps[%d].nr", static_cast<int>(group));
 681         cmp_int(fp, buf.c_str(), -1, g0.groups[group].nr, g1.groups[group].nr);
 682         if (g0.groups[group].nr == g1.groups[group].nr)
 683         {
 684             for (int j = 0; j < g0.groups[group].nr; j++)
 685             {
 686                 buf = gmx::formatString("grps[%d].name[%d]", static_cast<int>(group), j);
 687                 cmp_str(fp, buf.c_str(), -1,
 688                         *g0.groupNames[g0.groups[group].nm_ind[j]],
 689                         *g1.groupNames[g1.groups[group].nm_ind[j]]);
 690             }
 691         }
 692         cmp_int(fp, "ngrpnr", static_cast<int>(group), g0.numberOfGroupNumbers(group), g1.numberOfGroupNumbers(group));
 693         if (g0.numberOfGroupNumbers(group) == g1.numberOfGroupNumbers(group) && natoms0 == natoms1 &&
 694             (!g0.groupNumbers[group].empty() || !g1.groupNumbers[group].empty()))
 695         {
 696             for (int j = 0; j < natoms0; j++)
 697             {
 698                 cmp_int(fp, c_simulationAtomGroupTypeShortNames[group], j, getGroupType(g0, group, j), getGroupType(g1, group, j));
 699             }
 700         }
 701     }
 702     /* We have compared the names in the groups lists,
 703      * so we can skip the grpname list comparison.
 704      */
 705 }
 706
 707 int getGroupType(const SimulationGroups &group, SimulationAtomGroupType type, int atom)
 708 {
 709     return (group.groupNumbers[type].empty() ? 0 : group.groupNumbers[type][atom]);
 710 }
 711
 712 void copy_moltype(const gmx_moltype_t *src, gmx_moltype_t *dst)
 713 {
 714     dst->name = src->name;
 715     copy_blocka(&src->excls, &dst->excls);
 716     copy_block(&src->cgs, &dst->cgs);
 717     t_atoms *atomsCopy = copy_t_atoms(&src->atoms);
 718     dst->atoms = *atomsCopy;
 719     sfree(atomsCopy);
 720
 721     for (int i = 0; i < F_NRE; ++i)
 722     {
 723         dst->ilist[i] = src->ilist[i];
 724     }
 725 }