src/gromacs/topology/topology.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017,2018, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include "topology.h"
  40
  41 #include <cstdio>
  42
  43 #include <algorithm>
  44
  45 #include "gromacs/math/vecdump.h"
  46 #include "gromacs/topology/atoms.h"
  47 #include "gromacs/topology/idef.h"
  48 #include "gromacs/topology/ifunc.h"
  49 #include "gromacs/topology/symtab.h"
  50 #include "gromacs/utility/compare.h"
  51 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  52 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  53 #include "gromacs/utility/strconvert.h"
  54 #include "gromacs/utility/txtdump.h"
  55
  56 const char *gtypes[egcNR+1] = {
  57     "T-Coupling", "Energy Mon.", "Acceleration", "Freeze",
  58     "User1", "User2", "VCM", "Compressed X", "Or. Res. Fit", "QMMM", nullptr
  59 };
  60
  61 static void init_groups(gmx_groups_t *groups)
  62 {
  63     groups->ngrpname = 0;
  64     groups->grpname  = nullptr;
  65     for (int g = 0; g < egcNR; g++)
  66     {
  67         groups->grps[g].nr     = 0;
  68         groups->grps[g].nm_ind = nullptr;
  69         groups->ngrpnr[g]      = 0;
  70         groups->grpnr[g]       = nullptr;
  71     }
  72
  73 }
  74
  75 void init_mtop(gmx_mtop_t *mtop)
  76 {
  77     mtop->name = nullptr;
  78
  79     // TODO: Move to ffparams when that is converted to C++
  80     mtop->ffparams.functype               = nullptr;
  81     mtop->ffparams.iparams                = nullptr;
  82     mtop->ffparams.cmap_grid.ngrid        = 0;
  83     mtop->ffparams.cmap_grid.grid_spacing = 0;
  84     mtop->ffparams.cmap_grid.cmapdata     = nullptr;
  85     mtop->ffparams.ntypes                 = 0;
  86
  87     mtop->moltype.clear();
  88     mtop->molblock.clear();
  89     mtop->bIntermolecularInteractions = FALSE;
  90     mtop->intermolecular_ilist        = nullptr;
  91
  92     mtop->natoms       = 0;
  93     mtop->maxres_renum = 0;
  94     mtop->maxresnr     = -1;
  95     init_atomtypes(&mtop->atomtypes);
  96     init_groups(&mtop->groups);
  97     open_symtab(&mtop->symtab);
  98 }
  99
 100 void init_top(t_topology *top)
 101 {
 102     top->name = nullptr;
 103     init_atom(&(top->atoms));
 104     init_atomtypes(&(top->atomtypes));
 105     init_block(&top->cgs);
 106     init_block(&top->mols);
 107     init_blocka(&top->excls);
 108     open_symtab(&top->symtab);
 109 }
 110
 111
 112 gmx_moltype_t::gmx_moltype_t() :
 113     name(nullptr),
 114     cgs(),
 115     excls()
 116 {
 117     init_t_atoms(&atoms, 0, FALSE);
 118
 119     for (int ftype = 0; ftype < F_NRE; ftype++)
 120     {
 121         ilist[ftype].nr              = 0;
 122         ilist[ftype].nr_nonperturbed = 0;
 123         ilist[ftype].iatoms          = nullptr;
 124         ilist[ftype].nalloc          = 0;
 125     }
 126 }
 127
 128 gmx_moltype_t::~gmx_moltype_t()
 129 {
 130     done_atom(&atoms);
 131     done_block(&cgs);
 132     done_blocka(&excls);
 133
 134     for (int f = 0; f < F_NRE; f++)
 135     {
 136         sfree(ilist[f].iatoms);
 137         ilist[f].nalloc = 0;
 138     }
 139 }
 140
 141 void done_gmx_groups_t(gmx_groups_t *g)
 142 {
 143     int i;
 144
 145     for (i = 0; (i < egcNR); i++)
 146     {
 147         if (nullptr != g->grps[i].nm_ind)
 148         {
 149             sfree(g->grps[i].nm_ind);
 150             g->grps[i].nm_ind = nullptr;
 151         }
 152         if (nullptr != g->grpnr[i])
 153         {
 154             sfree(g->grpnr[i]);
 155             g->grpnr[i] = nullptr;
 156         }
 157     }
 158     /* The contents of this array is in symtab, don't free it here */
 159     sfree(g->grpname);
 160 }
 161
 162 gmx_mtop_t::gmx_mtop_t()
 163 {
 164     init_mtop(this);
 165 }
 166
 167 gmx_mtop_t::~gmx_mtop_t()
 168 {
 169     done_symtab(&symtab);
 170
 171     sfree(ffparams.functype);
 172     sfree(ffparams.iparams);
 173     for (int i = 0; i < ffparams.cmap_grid.ngrid; i++)
 174     {
 175         sfree(ffparams.cmap_grid.cmapdata[i].cmap);
 176     }
 177     sfree(ffparams.cmap_grid.cmapdata);
 178
 179     moltype.clear();
 180     molblock.clear();
 181     done_atomtypes(&atomtypes);
 182     done_gmx_groups_t(&groups);
 183 }
 184
 185 void done_top(t_topology *top)
 186 {
 187     sfree(top->idef.functype);
 188     sfree(top->idef.iparams);
 189     sfree(top->idef.cmap_grid.cmapdata);
 190     for (int f = 0; f < F_NRE; ++f)
 191     {
 192         sfree(top->idef.il[f].iatoms);
 193         top->idef.il[f].iatoms = nullptr;
 194         top->idef.il[f].nalloc = 0;
 195     }
 196
 197     done_atom(&(top->atoms));
 198
 199     /* For GB */
 200     done_atomtypes(&(top->atomtypes));
 201
 202     done_symtab(&(top->symtab));
 203     done_block(&(top->cgs));
 204     done_block(&(top->mols));
 205     done_blocka(&(top->excls));
 206 }
 207
 208 void done_top_mtop(t_topology *top, gmx_mtop_t *mtop)
 209 {
 210     if (mtop != nullptr)
 211     {
 212         if (top != nullptr)
 213         {
 214             for (int f = 0; f < F_NRE; ++f)
 215             {
 216                 sfree(top->idef.il[f].iatoms);
 217                 top->idef.il[f].iatoms = nullptr;
 218                 top->idef.il[f].nalloc = 0;
 219             }
 220             done_atom(&top->atoms);
 221             done_block(&top->cgs);
 222             done_blocka(&top->excls);
 223             done_block(&top->mols);
 224             done_symtab(&top->symtab);
 225             open_symtab(&mtop->symtab);
 226             sfree(top->idef.functype);
 227             sfree(top->idef.iparams);
 228             sfree(top->idef.cmap_grid.cmapdata);
 229             done_atomtypes(&(top->atomtypes));
 230         }
 231
 232         // Note that the rest of mtop will be freed by the destructor
 233     }
 234 }
 235
 236 bool gmx_mtop_has_masses(const gmx_mtop_t *mtop)
 237 {
 238     if (mtop == nullptr)
 239     {
 240         return false;
 241     }
 242     return mtop->moltype.empty() || mtop->moltype[0].atoms.haveMass;
 243 }
 244
 245 bool gmx_mtop_has_charges(const gmx_mtop_t *mtop)
 246 {
 247     if (mtop == nullptr)
 248     {
 249         return false;
 250     }
 251     return mtop->moltype.empty() || mtop->moltype[0].atoms.haveCharge;
 252 }
 253
 254 bool gmx_mtop_has_perturbed_charges(const gmx_mtop_t &mtop)
 255 {
 256     for (const gmx_moltype_t &moltype : mtop.moltype)
 257     {
 258         const t_atoms &atoms = moltype.atoms;
 259         if (atoms.haveBState)
 260         {
 261             for (int a = 0; a < atoms.nr; a++)
 262             {
 263                 if (atoms.atom[a].q != atoms.atom[a].qB)
 264                 {
 265                     return true;
 266                 }
 267             }
 268         }
 269     }
 270     return false;
 271 }
 272
 273 bool gmx_mtop_has_atomtypes(const gmx_mtop_t *mtop)
 274 {
 275     if (mtop == nullptr)
 276     {
 277         return false;
 278     }
 279     return mtop->moltype.empty() || mtop->moltype[0].atoms.haveType;
 280 }
 281
 282 bool gmx_mtop_has_pdbinfo(const gmx_mtop_t *mtop)
 283 {
 284     if (mtop == nullptr)
 285     {
 286         return false;
 287     }
 288     return mtop->moltype.empty() || mtop->moltype[0].atoms.havePdbInfo;
 289 }
 290
 291 static void pr_grps(FILE *fp, const char *title, const t_grps grps[], char **grpname[])
 292 {
 293     int i, j;
 294
 295     for (i = 0; (i < egcNR); i++)
 296     {
 297         fprintf(fp, "%s[%-12s] nr=%d, name=[", title, gtypes[i], grps[i].nr);
 298         for (j = 0; (j < grps[i].nr); j++)
 299         {
 300             fprintf(fp, " %s", *(grpname[grps[i].nm_ind[j]]));
 301         }
 302         fprintf(fp, "]\n");
 303     }
 304 }
 305
 306 static void pr_groups(FILE *fp, int indent,
 307                       const gmx_groups_t *groups,
 308                       gmx_bool bShowNumbers)
 309 {
 310     int nat_max, i, g;
 311
 312     pr_grps(fp, "grp", groups->grps, groups->grpname);
 313     pr_strings(fp, indent, "grpname", groups->grpname, groups->ngrpname, bShowNumbers);
 314
 315     pr_indent(fp, indent);
 316     fprintf(fp, "groups          ");
 317     for (g = 0; g < egcNR; g++)
 318     {
 319         printf(" %5.5s", gtypes[g]);
 320     }
 321     printf("\n");
 322
 323     pr_indent(fp, indent);
 324     fprintf(fp, "allocated       ");
 325     nat_max = 0;
 326     for (g = 0; g < egcNR; g++)
 327     {
 328         printf(" %5d", groups->ngrpnr[g]);
 329         nat_max = std::max(nat_max, groups->ngrpnr[g]);
 330     }
 331     printf("\n");
 332
 333     if (nat_max == 0)
 334     {
 335         pr_indent(fp, indent);
 336         fprintf(fp, "groupnr[%5s] =", "*");
 337         for (g = 0; g < egcNR; g++)
 338         {
 339             fprintf(fp, "  %3d ", 0);
 340         }
 341         fprintf(fp, "\n");
 342     }
 343     else
 344     {
 345         for (i = 0; i < nat_max; i++)
 346         {
 347             pr_indent(fp, indent);
 348             fprintf(fp, "groupnr[%5d] =", i);
 349             for (g = 0; g < egcNR; g++)
 350             {
 351                 fprintf(fp, "  %3d ",
 352                         groups->grpnr[g] ? groups->grpnr[g][i] : 0);
 353             }
 354             fprintf(fp, "\n");
 355         }
 356     }
 357 }
 358
 359 static void pr_moltype(FILE *fp, int indent, const char *title,
 360                        const gmx_moltype_t *molt, int n,
 361                        const gmx_ffparams_t *ffparams,
 362                        gmx_bool bShowNumbers, gmx_bool bShowParameters)
 363 {
 364     int j;
 365
 366     indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 367     pr_indent(fp, indent);
 368     fprintf(fp, "name=\"%s\"\n", *(molt->name));
 369     pr_atoms(fp, indent, "atoms", &(molt->atoms), bShowNumbers);
 370     pr_block(fp, indent, "cgs", &molt->cgs, bShowNumbers);
 371     pr_blocka(fp, indent, "excls", &molt->excls, bShowNumbers);
 372     for (j = 0; (j < F_NRE); j++)
 373     {
 374         pr_ilist(fp, indent, interaction_function[j].longname,
 375                  ffparams->functype, &molt->ilist[j],
 376                  bShowNumbers, bShowParameters, ffparams->iparams);
 377     }
 378 }
 379
 380 static void pr_molblock(FILE *fp, int indent, const char *title,
 381                         const gmx_molblock_t *molb, int n,
 382                         const std::vector<gmx_moltype_t> &molt)
 383 {
 384     indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 385     pr_indent(fp, indent);
 386     fprintf(fp, "%-20s = %d \"%s\"\n",
 387             "moltype", molb->type, *(molt[molb->type].name));
 388     pr_int(fp, indent, "#molecules", molb->nmol);
 389     pr_int(fp, indent, "#posres_xA", molb->posres_xA.size());
 390     if (!molb->posres_xA.empty())
 391     {
 392         pr_rvecs(fp, indent, "posres_xA", as_rvec_array(molb->posres_xA.data()), molb->posres_xA.size());
 393     }
 394     pr_int(fp, indent, "#posres_xB", molb->posres_xB.size());
 395     if (!molb->posres_xB.empty())
 396     {
 397         pr_rvecs(fp, indent, "posres_xB", as_rvec_array(molb->posres_xB.data()), molb->posres_xB.size());
 398     }
 399 }
 400
 401 void pr_mtop(FILE *fp, int indent, const char *title, const gmx_mtop_t *mtop,
 402              gmx_bool bShowNumbers, gmx_bool bShowParameters)
 403 {
 404     if (available(fp, mtop, indent, title))
 405     {
 406         indent = pr_title(fp, indent, title);
 407         pr_indent(fp, indent);
 408         fprintf(fp, "name=\"%s\"\n", *(mtop->name));
 409         pr_int(fp, indent, "#atoms", mtop->natoms);
 410         pr_int(fp, indent, "#molblock", mtop->molblock.size());
 411         for (size_t mb = 0; mb < mtop->molblock.size(); mb++)
 412         {
 413             pr_molblock(fp, indent, "molblock", &mtop->molblock[mb], mb, mtop->moltype);
 414         }
 415         pr_str(fp, indent, "bIntermolecularInteractions",
 416                gmx::boolToString(mtop->bIntermolecularInteractions));
 417         if (mtop->bIntermolecularInteractions)
 418         {
 419             for (int j = 0; j < F_NRE; j++)
 420             {
 421                 pr_ilist(fp, indent, interaction_function[j].longname,
 422                          mtop->ffparams.functype,
 423                          &mtop->intermolecular_ilist[j],
 424                          bShowNumbers, bShowParameters, mtop->ffparams.iparams);
 425             }
 426         }
 427         pr_ffparams(fp, indent, "ffparams", &(mtop->ffparams), bShowNumbers);
 428         pr_atomtypes(fp, indent, "atomtypes", &(mtop->atomtypes), bShowNumbers);
 429         for (size_t mt = 0; mt < mtop->moltype.size(); mt++)
 430         {
 431             pr_moltype(fp, indent, "moltype", &mtop->moltype[mt], mt,
 432                        &mtop->ffparams, bShowNumbers, bShowParameters);
 433         }
 434         pr_groups(fp, indent, &mtop->groups, bShowNumbers);
 435     }
 436 }
 437
 438 void pr_top(FILE *fp, int indent, const char *title, const t_topology *top,
 439             gmx_bool bShowNumbers, gmx_bool bShowParameters)
 440 {
 441     if (available(fp, top, indent, title))
 442     {
 443         indent = pr_title(fp, indent, title);
 444         pr_indent(fp, indent);
 445         fprintf(fp, "name=\"%s\"\n", *(top->name));
 446         pr_atoms(fp, indent, "atoms", &(top->atoms), bShowNumbers);
 447         pr_atomtypes(fp, indent, "atomtypes", &(top->atomtypes), bShowNumbers);
 448         pr_block(fp, indent, "cgs", &top->cgs, bShowNumbers);
 449         pr_block(fp, indent, "mols", &top->mols, bShowNumbers);
 450         pr_str(fp, indent, "bIntermolecularInteractions",
 451                gmx::boolToString(top->bIntermolecularInteractions));
 452         pr_blocka(fp, indent, "excls", &top->excls, bShowNumbers);
 453         pr_idef(fp, indent, "idef", &top->idef, bShowNumbers, bShowParameters);
 454     }
 455 }
 456
 457 static void cmp_ilist(FILE *fp, int ftype, const t_ilist *il1, const t_ilist *il2)
 458 {
 459     int  i;
 460     char buf[256];
 461
 462     fprintf(fp, "comparing ilist %s\n", interaction_function[ftype].name);
 463     sprintf(buf, "%s->nr", interaction_function[ftype].name);
 464     cmp_int(fp, buf, -1, il1->nr, il2->nr);
 465     sprintf(buf, "%s->iatoms", interaction_function[ftype].name);
 466     if (((il1->nr > 0) && (!il1->iatoms)) ||
 467         ((il2->nr > 0) && (!il2->iatoms)) ||
 468         ((il1->nr != il2->nr)))
 469     {
 470         fprintf(fp, "Comparing radically different topologies - %s is different\n",
 471                 buf);
 472     }
 473     else
 474     {
 475         for (i = 0; (i < il1->nr); i++)
 476         {
 477             cmp_int(fp, buf, i, il1->iatoms[i], il2->iatoms[i]);
 478         }
 479     }
 480 }
 481
 482 static void cmp_iparm(FILE *fp, const char *s, t_functype ft,
 483                       const t_iparams &ip1, const t_iparams &ip2, real ftol, real abstol)
 484 {
 485     int      i;
 486     gmx_bool bDiff;
 487
 488     bDiff = FALSE;
 489     for (i = 0; i < MAXFORCEPARAM && !bDiff; i++)
 490     {
 491         bDiff = !equal_real(ip1.generic.buf[i], ip2.generic.buf[i], ftol, abstol);
 492     }
 493     if (bDiff)
 494     {
 495         fprintf(fp, "%s1: ", s);
 496         pr_iparams(fp, ft, &ip1);
 497         fprintf(fp, "%s2: ", s);
 498         pr_iparams(fp, ft, &ip2);
 499     }
 500 }
 501
 502 static void cmp_iparm_AB(FILE *fp, const char *s, t_functype ft,
 503                          const t_iparams &ip1, real ftol, real abstol)
 504 {
 505     int      nrfpA, nrfpB, p0, i;
 506     gmx_bool bDiff;
 507
 508     /* Normally the first parameter is perturbable */
 509     p0    = 0;
 510     nrfpA = interaction_function[ft].nrfpA;
 511     nrfpB = interaction_function[ft].nrfpB;
 512     if (ft == F_PDIHS)
 513     {
 514         nrfpB = 2;
 515     }
 516     else if (interaction_function[ft].flags & IF_TABULATED)
 517     {
 518         /* For tabulated interactions only the second parameter is perturbable */
 519         p0    = 1;
 520         nrfpB = 1;
 521     }
 522     bDiff = FALSE;
 523     for (i = 0; i < nrfpB && !bDiff; i++)
 524     {
 525         bDiff = !equal_real(ip1.generic.buf[p0+i], ip1.generic.buf[nrfpA+i], ftol, abstol);
 526     }
 527     if (bDiff)
 528     {
 529         fprintf(fp, "%s: ", s);
 530         pr_iparams(fp, ft, &ip1);
 531     }
 532 }
 533
 534 static void cmp_cmap(FILE *fp, const gmx_cmap_t *cmap1, const gmx_cmap_t *cmap2, real ftol, real abstol)
 535 {
 536     cmp_int(fp, "cmap ngrid", -1, cmap1->ngrid, cmap2->ngrid);
 537     cmp_int(fp, "cmap grid_spacing", -1, cmap1->grid_spacing, cmap2->grid_spacing);
 538     if (cmap1->ngrid == cmap2->ngrid &&
 539         cmap1->grid_spacing == cmap2->grid_spacing)
 540     {
 541         int g;
 542
 543         for (g = 0; g < cmap1->ngrid; g++)
 544         {
 545             int i;
 546
 547             fprintf(fp, "comparing cmap %d\n", g);
 548
 549             for (i = 0; i < 4*cmap1->grid_spacing*cmap1->grid_spacing; i++)
 550             {
 551                 cmp_real(fp, "", i, cmap1->cmapdata[g].cmap[i], cmap2->cmapdata[g].cmap[i], ftol, abstol);
 552             }
 553         }
 554     }
 555 }
 556
 557 static void cmp_idef(FILE *fp, const t_idef *id1, const t_idef *id2, real ftol, real abstol)
 558 {
 559     int  i;
 560     char buf1[64], buf2[64];
 561
 562     fprintf(fp, "comparing idef\n");
 563     if (id2)
 564     {
 565         cmp_int(fp, "idef->ntypes", -1, id1->ntypes, id2->ntypes);
 566         cmp_int(fp, "idef->atnr",  -1, id1->atnr, id2->atnr);
 567         for (i = 0; (i < std::min(id1->ntypes, id2->ntypes)); i++)
 568         {
 569             sprintf(buf1, "idef->functype[%d]", i);
 570             sprintf(buf2, "idef->iparam[%d]", i);
 571             cmp_int(fp, buf1, i, static_cast<int>(id1->functype[i]), static_cast<int>(id2->functype[i]));
 572             cmp_iparm(fp, buf2, id1->functype[i],
 573                       id1->iparams[i], id2->iparams[i], ftol, abstol);
 574         }
 575         cmp_real(fp, "fudgeQQ", -1, id1->fudgeQQ, id2->fudgeQQ, ftol, abstol);
 576         cmp_cmap(fp, &id1->cmap_grid, &id2->cmap_grid, ftol, abstol);
 577         for (i = 0; (i < F_NRE); i++)
 578         {
 579             cmp_ilist(fp, i, &(id1->il[i]), &(id2->il[i]));
 580         }
 581     }
 582     else
 583     {
 584         for (i = 0; (i < id1->ntypes); i++)
 585         {
 586             cmp_iparm_AB(fp, "idef->iparam", id1->functype[i], id1->iparams[i], ftol, abstol);
 587         }
 588     }
 589 }
 590
 591 static void cmp_block(FILE *fp, const t_block *b1, const t_block *b2, const char *s)
 592 {
 593     char buf[32];
 594
 595     fprintf(fp, "comparing block %s\n", s);
 596     sprintf(buf, "%s.nr", s);
 597     cmp_int(fp, buf, -1, b1->nr, b2->nr);
 598 }
 599
 600 static void cmp_blocka(FILE *fp, const t_blocka *b1, const t_blocka *b2, const char *s)
 601 {
 602     char buf[32];
 603
 604     fprintf(fp, "comparing blocka %s\n", s);
 605     sprintf(buf, "%s.nr", s);
 606     cmp_int(fp, buf, -1, b1->nr, b2->nr);
 607     sprintf(buf, "%s.nra", s);
 608     cmp_int(fp, buf, -1, b1->nra, b2->nra);
 609 }
 610
 611 void cmp_top(FILE *fp, const t_topology *t1, const t_topology *t2, real ftol, real abstol)
 612 {
 613     fprintf(fp, "comparing top\n");
 614     if (t2)
 615     {
 616         cmp_idef(fp, &(t1->idef), &(t2->idef), ftol, abstol);
 617         cmp_atoms(fp, &(t1->atoms), &(t2->atoms), ftol, abstol);
 618         cmp_block(fp, &t1->cgs, &t2->cgs, "cgs");
 619         cmp_block(fp, &t1->mols, &t2->mols, "mols");
 620         cmp_bool(fp, "bIntermolecularInteractions", -1, t1->bIntermolecularInteractions, t2->bIntermolecularInteractions);
 621         cmp_blocka(fp, &t1->excls, &t2->excls, "excls");
 622     }
 623     else
 624     {
 625         cmp_idef(fp, &(t1->idef), nullptr, ftol, abstol);
 626         cmp_atoms(fp, &(t1->atoms), nullptr, ftol, abstol);
 627     }
 628 }
 629
 630 void cmp_groups(FILE *fp, const gmx_groups_t *g0, const gmx_groups_t *g1,
 631                 int natoms0, int natoms1)
 632 {
 633     int  i, j;
 634     char buf[32];
 635
 636     fprintf(fp, "comparing groups\n");
 637
 638     for (i = 0; i < egcNR; i++)
 639     {
 640         sprintf(buf, "grps[%d].nr", i);
 641         cmp_int(fp, buf, -1, g0->grps[i].nr, g1->grps[i].nr);
 642         if (g0->grps[i].nr == g1->grps[i].nr)
 643         {
 644             for (j = 0; j < g0->grps[i].nr; j++)
 645             {
 646                 sprintf(buf, "grps[%d].name[%d]", i, j);
 647                 cmp_str(fp, buf, -1,
 648                         *g0->grpname[g0->grps[i].nm_ind[j]],
 649                         *g1->grpname[g1->grps[i].nm_ind[j]]);
 650             }
 651         }
 652         cmp_int(fp, "ngrpnr", i, g0->ngrpnr[i], g1->ngrpnr[i]);
 653         if (g0->ngrpnr[i] == g1->ngrpnr[i] && natoms0 == natoms1 &&
 654             (g0->grpnr[i] != nullptr || g1->grpnr[i] != nullptr))
 655         {
 656             for (j = 0; j < natoms0; j++)
 657             {
 658                 cmp_int(fp, gtypes[i], j, ggrpnr(g0, i, j), ggrpnr(g1, i, j));
 659             }
 660         }
 661     }
 662     /* We have compared the names in the groups lists,
 663      * so we can skip the grpname list comparison.
 664      */
 665 }