src/gromacs/topology/topology.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017,2018, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include "topology.h"
  40
  41 #include <cstdio>
  42
  43 #include <algorithm>
  44
  45 #include "gromacs/math/vecdump.h"
  46 #include "gromacs/topology/atoms.h"
  47 #include "gromacs/topology/idef.h"
  48 #include "gromacs/topology/ifunc.h"
  49 #include "gromacs/topology/symtab.h"
  50 #include "gromacs/utility/compare.h"
  51 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  52 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  53 #include "gromacs/utility/strconvert.h"
  54 #include "gromacs/utility/txtdump.h"
  55
  56 const char *gtypes[egcNR+1] = {
  57     "T-Coupling", "Energy Mon.", "Acceleration", "Freeze",
  58     "User1", "User2", "VCM", "Compressed X", "Or. Res. Fit", "QMMM", nullptr
  59 };
  60
  61 static void init_groups(gmx_groups_t *groups)
  62 {
  63     groups->ngrpname = 0;
  64     groups->grpname  = nullptr;
  65     for (int g = 0; g < egcNR; g++)
  66     {
  67         groups->grps[g].nr     = 0;
  68         groups->grps[g].nm_ind = nullptr;
  69         groups->ngrpnr[g]      = 0;
  70         groups->grpnr[g]       = nullptr;
  71     }
  72
  73 }
  74
  75 void init_top(t_topology *top)
  76 {
  77     top->name = nullptr;
  78     init_idef(&top->idef);
  79     init_atom(&(top->atoms));
  80     init_atomtypes(&(top->atomtypes));
  81     init_block(&top->cgs);
  82     init_block(&top->mols);
  83     init_blocka(&top->excls);
  84     open_symtab(&top->symtab);
  85 }
  86
  87
  88 gmx_moltype_t::gmx_moltype_t() :
  89     name(nullptr),
  90     cgs(),
  91     excls()
  92 {
  93     init_t_atoms(&atoms, 0, FALSE);
  94 }
  95
  96 gmx_moltype_t::~gmx_moltype_t()
  97 {
  98     done_atom(&atoms);
  99     done_block(&cgs);
 100     done_blocka(&excls);
 101 }
 102
 103 void done_gmx_groups_t(gmx_groups_t *g)
 104 {
 105     int i;
 106
 107     for (i = 0; (i < egcNR); i++)
 108     {
 109         if (nullptr != g->grps[i].nm_ind)
 110         {
 111             sfree(g->grps[i].nm_ind);
 112             g->grps[i].nm_ind = nullptr;
 113         }
 114         if (nullptr != g->grpnr[i])
 115         {
 116             sfree(g->grpnr[i]);
 117             g->grpnr[i] = nullptr;
 118         }
 119     }
 120     /* The contents of this array is in symtab, don't free it here */
 121     sfree(g->grpname);
 122 }
 123
 124 gmx_mtop_t::gmx_mtop_t()
 125 {
 126     init_atomtypes(&atomtypes);
 127     init_groups(&groups);
 128     open_symtab(&symtab);
 129 }
 130
 131 gmx_mtop_t::~gmx_mtop_t()
 132 {
 133     done_symtab(&symtab);
 134
 135     moltype.clear();
 136     molblock.clear();
 137     done_atomtypes(&atomtypes);
 138     done_gmx_groups_t(&groups);
 139 }
 140
 141 void done_top(t_topology *top)
 142 {
 143     done_idef(&top->idef);
 144     done_atom(&(top->atoms));
 145
 146     /* For GB */
 147     done_atomtypes(&(top->atomtypes));
 148
 149     done_symtab(&(top->symtab));
 150     done_block(&(top->cgs));
 151     done_block(&(top->mols));
 152     done_blocka(&(top->excls));
 153 }
 154
 155 void done_top_mtop(t_topology *top, gmx_mtop_t *mtop)
 156 {
 157     if (mtop != nullptr)
 158     {
 159         if (top != nullptr)
 160         {
 161             done_idef(&top->idef);
 162             done_atom(&top->atoms);
 163             done_block(&top->cgs);
 164             done_blocka(&top->excls);
 165             done_block(&top->mols);
 166             done_symtab(&top->symtab);
 167             open_symtab(&mtop->symtab);
 168             done_atomtypes(&(top->atomtypes));
 169         }
 170
 171         // Note that the rest of mtop will be freed by the destructor
 172     }
 173 }
 174
 175 void init_localtop(gmx_localtop_t *top)
 176 {
 177     init_block(&top->cgs);
 178     init_blocka(&top->excls);
 179     init_idef(&top->idef);
 180     init_atomtypes(&top->atomtypes);
 181 }
 182
 183 void done_localtop(gmx_localtop_t *top)
 184 {
 185     if (top == nullptr)
 186     {
 187         return;
 188     }
 189     done_idef(&top->idef);
 190     done_block(&top->cgs);
 191     done_blocka(&top->excls);
 192     done_atomtypes(&top->atomtypes);
 193 }
 194
 195 void done_and_sfree_localtop(gmx_localtop_t *top)
 196 {
 197     done_localtop(top);
 198     sfree(top);
 199 }
 200
 201 bool gmx_mtop_has_masses(const gmx_mtop_t *mtop)
 202 {
 203     if (mtop == nullptr)
 204     {
 205         return false;
 206     }
 207     return mtop->moltype.empty() || mtop->moltype[0].atoms.haveMass;
 208 }
 209
 210 bool gmx_mtop_has_charges(const gmx_mtop_t *mtop)
 211 {
 212     if (mtop == nullptr)
 213     {
 214         return false;
 215     }
 216     return mtop->moltype.empty() || mtop->moltype[0].atoms.haveCharge;
 217 }
 218
 219 bool gmx_mtop_has_perturbed_charges(const gmx_mtop_t &mtop)
 220 {
 221     for (const gmx_moltype_t &moltype : mtop.moltype)
 222     {
 223         const t_atoms &atoms = moltype.atoms;
 224         if (atoms.haveBState)
 225         {
 226             for (int a = 0; a < atoms.nr; a++)
 227             {
 228                 if (atoms.atom[a].q != atoms.atom[a].qB)
 229                 {
 230                     return true;
 231                 }
 232             }
 233         }
 234     }
 235     return false;
 236 }
 237
 238 bool gmx_mtop_has_atomtypes(const gmx_mtop_t *mtop)
 239 {
 240     if (mtop == nullptr)
 241     {
 242         return false;
 243     }
 244     return mtop->moltype.empty() || mtop->moltype[0].atoms.haveType;
 245 }
 246
 247 bool gmx_mtop_has_pdbinfo(const gmx_mtop_t *mtop)
 248 {
 249     if (mtop == nullptr)
 250     {
 251         return false;
 252     }
 253     return mtop->moltype.empty() || mtop->moltype[0].atoms.havePdbInfo;
 254 }
 255
 256 static void pr_grps(FILE *fp, const char *title, const t_grps grps[], char **grpname[])
 257 {
 258     int i, j;
 259
 260     for (i = 0; (i < egcNR); i++)
 261     {
 262         fprintf(fp, "%s[%-12s] nr=%d, name=[", title, gtypes[i], grps[i].nr);
 263         for (j = 0; (j < grps[i].nr); j++)
 264         {
 265             fprintf(fp, " %s", *(grpname[grps[i].nm_ind[j]]));
 266         }
 267         fprintf(fp, "]\n");
 268     }
 269 }
 270
 271 static void pr_groups(FILE *fp, int indent,
 272                       const gmx_groups_t *groups,
 273                       gmx_bool bShowNumbers)
 274 {
 275     int nat_max, i, g;
 276
 277     pr_grps(fp, "grp", groups->grps, groups->grpname);
 278     pr_strings(fp, indent, "grpname", groups->grpname, groups->ngrpname, bShowNumbers);
 279
 280     pr_indent(fp, indent);
 281     fprintf(fp, "groups          ");
 282     for (g = 0; g < egcNR; g++)
 283     {
 284         printf(" %5.5s", gtypes[g]);
 285     }
 286     printf("\n");
 287
 288     pr_indent(fp, indent);
 289     fprintf(fp, "allocated       ");
 290     nat_max = 0;
 291     for (g = 0; g < egcNR; g++)
 292     {
 293         printf(" %5d", groups->ngrpnr[g]);
 294         nat_max = std::max(nat_max, groups->ngrpnr[g]);
 295     }
 296     printf("\n");
 297
 298     if (nat_max == 0)
 299     {
 300         pr_indent(fp, indent);
 301         fprintf(fp, "groupnr[%5s] =", "*");
 302         for (g = 0; g < egcNR; g++)
 303         {
 304             fprintf(fp, "  %3d ", 0);
 305         }
 306         fprintf(fp, "\n");
 307     }
 308     else
 309     {
 310         for (i = 0; i < nat_max; i++)
 311         {
 312             pr_indent(fp, indent);
 313             fprintf(fp, "groupnr[%5d] =", i);
 314             for (g = 0; g < egcNR; g++)
 315             {
 316                 fprintf(fp, "  %3d ",
 317                         groups->grpnr[g] ? groups->grpnr[g][i] : 0);
 318             }
 319             fprintf(fp, "\n");
 320         }
 321     }
 322 }
 323
 324 static void pr_moltype(FILE *fp, int indent, const char *title,
 325                        const gmx_moltype_t *molt, int n,
 326                        const gmx_ffparams_t *ffparams,
 327                        gmx_bool bShowNumbers, gmx_bool bShowParameters)
 328 {
 329     int j;
 330
 331     indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 332     pr_indent(fp, indent);
 333     fprintf(fp, "name=\"%s\"\n", *(molt->name));
 334     pr_atoms(fp, indent, "atoms", &(molt->atoms), bShowNumbers);
 335     pr_block(fp, indent, "cgs", &molt->cgs, bShowNumbers);
 336     pr_blocka(fp, indent, "excls", &molt->excls, bShowNumbers);
 337     for (j = 0; (j < F_NRE); j++)
 338     {
 339         pr_ilist(fp, indent, interaction_function[j].longname,
 340                  ffparams->functype.data(), molt->ilist[j],
 341                  bShowNumbers, bShowParameters, ffparams->iparams.data());
 342     }
 343 }
 344
 345 static void pr_molblock(FILE *fp, int indent, const char *title,
 346                         const gmx_molblock_t *molb, int n,
 347                         const std::vector<gmx_moltype_t> &molt)
 348 {
 349     indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 350     pr_indent(fp, indent);
 351     fprintf(fp, "%-20s = %d \"%s\"\n",
 352             "moltype", molb->type, *(molt[molb->type].name));
 353     pr_int(fp, indent, "#molecules", molb->nmol);
 354     pr_int(fp, indent, "#posres_xA", molb->posres_xA.size());
 355     if (!molb->posres_xA.empty())
 356     {
 357         pr_rvecs(fp, indent, "posres_xA", as_rvec_array(molb->posres_xA.data()), molb->posres_xA.size());
 358     }
 359     pr_int(fp, indent, "#posres_xB", molb->posres_xB.size());
 360     if (!molb->posres_xB.empty())
 361     {
 362         pr_rvecs(fp, indent, "posres_xB", as_rvec_array(molb->posres_xB.data()), molb->posres_xB.size());
 363     }
 364 }
 365
 366 void pr_mtop(FILE *fp, int indent, const char *title, const gmx_mtop_t *mtop,
 367              gmx_bool bShowNumbers, gmx_bool bShowParameters)
 368 {
 369     if (available(fp, mtop, indent, title))
 370     {
 371         indent = pr_title(fp, indent, title);
 372         pr_indent(fp, indent);
 373         fprintf(fp, "name=\"%s\"\n", *(mtop->name));
 374         pr_int(fp, indent, "#atoms", mtop->natoms);
 375         pr_int(fp, indent, "#molblock", mtop->molblock.size());
 376         for (size_t mb = 0; mb < mtop->molblock.size(); mb++)
 377         {
 378             pr_molblock(fp, indent, "molblock", &mtop->molblock[mb], mb, mtop->moltype);
 379         }
 380         pr_str(fp, indent, "bIntermolecularInteractions",
 381                gmx::boolToString(mtop->bIntermolecularInteractions));
 382         if (mtop->bIntermolecularInteractions)
 383         {
 384             for (int j = 0; j < F_NRE; j++)
 385             {
 386                 pr_ilist(fp, indent, interaction_function[j].longname,
 387                          mtop->ffparams.functype.data(),
 388                          (*mtop->intermolecular_ilist)[j],
 389                          bShowNumbers, bShowParameters, mtop->ffparams.iparams.data());
 390             }
 391         }
 392         pr_ffparams(fp, indent, "ffparams", &(mtop->ffparams), bShowNumbers);
 393         pr_atomtypes(fp, indent, "atomtypes", &(mtop->atomtypes), bShowNumbers);
 394         for (size_t mt = 0; mt < mtop->moltype.size(); mt++)
 395         {
 396             pr_moltype(fp, indent, "moltype", &mtop->moltype[mt], mt,
 397                        &mtop->ffparams, bShowNumbers, bShowParameters);
 398         }
 399         pr_groups(fp, indent, &mtop->groups, bShowNumbers);
 400     }
 401 }
 402
 403 void pr_top(FILE *fp, int indent, const char *title, const t_topology *top,
 404             gmx_bool bShowNumbers, gmx_bool bShowParameters)
 405 {
 406     if (available(fp, top, indent, title))
 407     {
 408         indent = pr_title(fp, indent, title);
 409         pr_indent(fp, indent);
 410         fprintf(fp, "name=\"%s\"\n", *(top->name));
 411         pr_atoms(fp, indent, "atoms", &(top->atoms), bShowNumbers);
 412         pr_atomtypes(fp, indent, "atomtypes", &(top->atomtypes), bShowNumbers);
 413         pr_block(fp, indent, "cgs", &top->cgs, bShowNumbers);
 414         pr_block(fp, indent, "mols", &top->mols, bShowNumbers);
 415         pr_str(fp, indent, "bIntermolecularInteractions",
 416                gmx::boolToString(top->bIntermolecularInteractions));
 417         pr_blocka(fp, indent, "excls", &top->excls, bShowNumbers);
 418         pr_idef(fp, indent, "idef", &top->idef, bShowNumbers, bShowParameters);
 419     }
 420 }
 421
 422 static void cmp_ilist(FILE *fp, int ftype, const t_ilist *il1, const t_ilist *il2)
 423 {
 424     int  i;
 425     char buf[256];
 426
 427     fprintf(fp, "comparing ilist %s\n", interaction_function[ftype].name);
 428     sprintf(buf, "%s->nr", interaction_function[ftype].name);
 429     cmp_int(fp, buf, -1, il1->nr, il2->nr);
 430     sprintf(buf, "%s->iatoms", interaction_function[ftype].name);
 431     if (((il1->nr > 0) && (!il1->iatoms)) ||
 432         ((il2->nr > 0) && (!il2->iatoms)) ||
 433         ((il1->nr != il2->nr)))
 434     {
 435         fprintf(fp, "Comparing radically different topologies - %s is different\n",
 436                 buf);
 437     }
 438     else
 439     {
 440         for (i = 0; (i < il1->nr); i++)
 441         {
 442             cmp_int(fp, buf, i, il1->iatoms[i], il2->iatoms[i]);
 443         }
 444     }
 445 }
 446
 447 static void cmp_iparm(FILE *fp, const char *s, t_functype ft,
 448                       const t_iparams &ip1, const t_iparams &ip2, real ftol, real abstol)
 449 {
 450     int      i;
 451     gmx_bool bDiff;
 452
 453     bDiff = FALSE;
 454     for (i = 0; i < MAXFORCEPARAM && !bDiff; i++)
 455     {
 456         bDiff = !equal_real(ip1.generic.buf[i], ip2.generic.buf[i], ftol, abstol);
 457     }
 458     if (bDiff)
 459     {
 460         fprintf(fp, "%s1: ", s);
 461         pr_iparams(fp, ft, &ip1);
 462         fprintf(fp, "%s2: ", s);
 463         pr_iparams(fp, ft, &ip2);
 464     }
 465 }
 466
 467 static void cmp_iparm_AB(FILE *fp, const char *s, t_functype ft,
 468                          const t_iparams &ip1, real ftol, real abstol)
 469 {
 470     int      nrfpA, nrfpB, p0, i;
 471     gmx_bool bDiff;
 472
 473     /* Normally the first parameter is perturbable */
 474     p0    = 0;
 475     nrfpA = interaction_function[ft].nrfpA;
 476     nrfpB = interaction_function[ft].nrfpB;
 477     if (ft == F_PDIHS)
 478     {
 479         nrfpB = 2;
 480     }
 481     else if (interaction_function[ft].flags & IF_TABULATED)
 482     {
 483         /* For tabulated interactions only the second parameter is perturbable */
 484         p0    = 1;
 485         nrfpB = 1;
 486     }
 487     bDiff = FALSE;
 488     for (i = 0; i < nrfpB && !bDiff; i++)
 489     {
 490         bDiff = !equal_real(ip1.generic.buf[p0+i], ip1.generic.buf[nrfpA+i], ftol, abstol);
 491     }
 492     if (bDiff)
 493     {
 494         fprintf(fp, "%s: ", s);
 495         pr_iparams(fp, ft, &ip1);
 496     }
 497 }
 498
 499 static void cmp_cmap(FILE *fp, const gmx_cmap_t *cmap1, const gmx_cmap_t *cmap2, real ftol, real abstol)
 500 {
 501     int cmap1_ngrid = (cmap1 ? cmap1->cmapdata.size() : 0);
 502     int cmap2_ngrid = (cmap2 ? cmap2->cmapdata.size() : 0);
 503
 504     cmp_int(fp, "cmap ngrid", -1, cmap1_ngrid, cmap2_ngrid);
 505
 506     if (cmap1 == nullptr || cmap2 == nullptr)
 507     {
 508         return;
 509     }
 510
 511     cmp_int(fp, "cmap grid_spacing", -1, cmap1->grid_spacing, cmap2->grid_spacing);
 512     if (cmap1->cmapdata.size() == cmap2->cmapdata.size() &&
 513         cmap1->grid_spacing == cmap2->grid_spacing)
 514     {
 515         for (size_t g = 0; g < cmap1->cmapdata.size(); g++)
 516         {
 517             int i;
 518
 519             fprintf(fp, "comparing cmap %zu\n", g);
 520
 521             for (i = 0; i < 4*cmap1->grid_spacing*cmap1->grid_spacing; i++)
 522             {
 523                 cmp_real(fp, "", i, cmap1->cmapdata[g].cmap[i], cmap2->cmapdata[g].cmap[i], ftol, abstol);
 524             }
 525         }
 526     }
 527 }
 528
 529 static void cmp_idef(FILE *fp, const t_idef *id1, const t_idef *id2, real ftol, real abstol)
 530 {
 531     int  i;
 532     char buf1[64], buf2[64];
 533
 534     fprintf(fp, "comparing idef\n");
 535     if (id2)
 536     {
 537         cmp_int(fp, "idef->ntypes", -1, id1->ntypes, id2->ntypes);
 538         cmp_int(fp, "idef->atnr",  -1, id1->atnr, id2->atnr);
 539         for (i = 0; (i < std::min(id1->ntypes, id2->ntypes)); i++)
 540         {
 541             sprintf(buf1, "idef->functype[%d]", i);
 542             sprintf(buf2, "idef->iparam[%d]", i);
 543             cmp_int(fp, buf1, i, static_cast<int>(id1->functype[i]), static_cast<int>(id2->functype[i]));
 544             cmp_iparm(fp, buf2, id1->functype[i],
 545                       id1->iparams[i], id2->iparams[i], ftol, abstol);
 546         }
 547         cmp_real(fp, "fudgeQQ", -1, id1->fudgeQQ, id2->fudgeQQ, ftol, abstol);
 548         cmp_cmap(fp, id1->cmap_grid, id2->cmap_grid, ftol, abstol);
 549         for (i = 0; (i < F_NRE); i++)
 550         {
 551             cmp_ilist(fp, i, &(id1->il[i]), &(id2->il[i]));
 552         }
 553     }
 554     else
 555     {
 556         for (i = 0; (i < id1->ntypes); i++)
 557         {
 558             cmp_iparm_AB(fp, "idef->iparam", id1->functype[i], id1->iparams[i], ftol, abstol);
 559         }
 560     }
 561 }
 562
 563 static void cmp_block(FILE *fp, const t_block *b1, const t_block *b2, const char *s)
 564 {
 565     char buf[32];
 566
 567     fprintf(fp, "comparing block %s\n", s);
 568     sprintf(buf, "%s.nr", s);
 569     cmp_int(fp, buf, -1, b1->nr, b2->nr);
 570 }
 571
 572 static void cmp_blocka(FILE *fp, const t_blocka *b1, const t_blocka *b2, const char *s)
 573 {
 574     char buf[32];
 575
 576     fprintf(fp, "comparing blocka %s\n", s);
 577     sprintf(buf, "%s.nr", s);
 578     cmp_int(fp, buf, -1, b1->nr, b2->nr);
 579     sprintf(buf, "%s.nra", s);
 580     cmp_int(fp, buf, -1, b1->nra, b2->nra);
 581 }
 582
 583 void cmp_top(FILE *fp, const t_topology *t1, const t_topology *t2, real ftol, real abstol)
 584 {
 585     fprintf(fp, "comparing top\n");
 586     if (t2)
 587     {
 588         cmp_idef(fp, &(t1->idef), &(t2->idef), ftol, abstol);
 589         cmp_atoms(fp, &(t1->atoms), &(t2->atoms), ftol, abstol);
 590         cmp_block(fp, &t1->cgs, &t2->cgs, "cgs");
 591         cmp_block(fp, &t1->mols, &t2->mols, "mols");
 592         cmp_bool(fp, "bIntermolecularInteractions", -1, t1->bIntermolecularInteractions, t2->bIntermolecularInteractions);
 593         cmp_blocka(fp, &t1->excls, &t2->excls, "excls");
 594     }
 595     else
 596     {
 597         cmp_idef(fp, &(t1->idef), nullptr, ftol, abstol);
 598         cmp_atoms(fp, &(t1->atoms), nullptr, ftol, abstol);
 599     }
 600 }
 601
 602 void cmp_groups(FILE *fp, const gmx_groups_t *g0, const gmx_groups_t *g1,
 603                 int natoms0, int natoms1)
 604 {
 605     char buf[32];
 606
 607     fprintf(fp, "comparing groups\n");
 608
 609     for (int i = 0; i < egcNR; i++)
 610     {
 611         sprintf(buf, "grps[%d].nr", i);
 612         cmp_int(fp, buf, -1, g0->grps[i].nr, g1->grps[i].nr);
 613         if (g0->grps[i].nr == g1->grps[i].nr)
 614         {
 615             for (int j = 0; j < g0->grps[i].nr; j++)
 616             {
 617                 sprintf(buf, "grps[%d].name[%d]", i, j);
 618                 cmp_str(fp, buf, -1,
 619                         *g0->grpname[g0->grps[i].nm_ind[j]],
 620                         *g1->grpname[g1->grps[i].nm_ind[j]]);
 621             }
 622         }
 623         cmp_int(fp, "ngrpnr", i, g0->ngrpnr[i], g1->ngrpnr[i]);
 624         if (g0->ngrpnr[i] == g1->ngrpnr[i] && natoms0 == natoms1 &&
 625             (g0->grpnr[i] != nullptr || g1->grpnr[i] != nullptr))
 626         {
 627             for (int j = 0; j < natoms0; j++)
 628             {
 629                 cmp_int(fp, gtypes[i], j, getGroupType(g0, i, j), getGroupType(g1, i, j));
 630             }
 631         }
 632     }
 633     /* We have compared the names in the groups lists,
 634      * so we can skip the grpname list comparison.
 635      */
 636 }
 637
 638 int getGroupType(const gmx_groups_t *group, int type, int atom)
 639 {
 640     return (group->grpnr[type] ? group->grpnr[type][atom] : 0);
 641 }