src/gromacs/topology/topology.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017,2018, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include "topology.h"
  40
  41 #include <cstdio>
  42
  43 #include <algorithm>
  44
  45 #include "gromacs/math/vecdump.h"
  46 #include "gromacs/topology/atoms.h"
  47 #include "gromacs/topology/idef.h"
  48 #include "gromacs/topology/ifunc.h"
  49 #include "gromacs/topology/symtab.h"
  50 #include "gromacs/utility/compare.h"
  51 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  52 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  53 #include "gromacs/utility/strconvert.h"
  54 #include "gromacs/utility/txtdump.h"
  55
  56 const char *gtypes[egcNR+1] = {
  57     "T-Coupling", "Energy Mon.", "Acceleration", "Freeze",
  58     "User1", "User2", "VCM", "Compressed X", "Or. Res. Fit", "QMMM", nullptr
  59 };
  60
  61 static void init_groups(gmx_groups_t *groups)
  62 {
  63     groups->ngrpname = 0;
  64     groups->grpname  = nullptr;
  65     for (int g = 0; g < egcNR; g++)
  66     {
  67         groups->grps[g].nr     = 0;
  68         groups->grps[g].nm_ind = nullptr;
  69         groups->ngrpnr[g]      = 0;
  70         groups->grpnr[g]       = nullptr;
  71     }
  72
  73 }
  74
  75 void init_mtop(gmx_mtop_t *mtop)
  76 {
  77     mtop->name = nullptr;
  78
  79     // TODO: Move to ffparams when that is converted to C++
  80     mtop->ffparams.functype               = nullptr;
  81     mtop->ffparams.iparams                = nullptr;
  82     mtop->ffparams.cmap_grid.ngrid        = 0;
  83     mtop->ffparams.cmap_grid.grid_spacing = 0;
  84     mtop->ffparams.cmap_grid.cmapdata     = nullptr;
  85     mtop->ffparams.ntypes                 = 0;
  86
  87     mtop->moltype.clear();
  88     mtop->molblock.clear();
  89     mtop->bIntermolecularInteractions = FALSE;
  90     mtop->intermolecular_ilist        = nullptr;
  91
  92     mtop->natoms       = 0;
  93     mtop->maxres_renum = 0;
  94     mtop->maxresnr     = -1;
  95     init_atomtypes(&mtop->atomtypes);
  96     init_groups(&mtop->groups);
  97     open_symtab(&mtop->symtab);
  98 }
  99
 100 void init_top(t_topology *top)
 101 {
 102     top->name = nullptr;
 103     init_idef(&top->idef);
 104     init_atom(&(top->atoms));
 105     init_atomtypes(&(top->atomtypes));
 106     init_block(&top->cgs);
 107     init_block(&top->mols);
 108     init_blocka(&top->excls);
 109     open_symtab(&top->symtab);
 110 }
 111
 112
 113 gmx_moltype_t::gmx_moltype_t() :
 114     name(nullptr),
 115     cgs(),
 116     excls()
 117 {
 118     init_t_atoms(&atoms, 0, FALSE);
 119 }
 120
 121 gmx_moltype_t::~gmx_moltype_t()
 122 {
 123     done_atom(&atoms);
 124     done_block(&cgs);
 125     done_blocka(&excls);
 126 }
 127
 128 void done_gmx_groups_t(gmx_groups_t *g)
 129 {
 130     int i;
 131
 132     for (i = 0; (i < egcNR); i++)
 133     {
 134         if (nullptr != g->grps[i].nm_ind)
 135         {
 136             sfree(g->grps[i].nm_ind);
 137             g->grps[i].nm_ind = nullptr;
 138         }
 139         if (nullptr != g->grpnr[i])
 140         {
 141             sfree(g->grpnr[i]);
 142             g->grpnr[i] = nullptr;
 143         }
 144     }
 145     /* The contents of this array is in symtab, don't free it here */
 146     sfree(g->grpname);
 147 }
 148
 149 gmx_mtop_t::gmx_mtop_t()
 150 {
 151     init_mtop(this);
 152 }
 153
 154 gmx_mtop_t::~gmx_mtop_t()
 155 {
 156     done_symtab(&symtab);
 157
 158     sfree(ffparams.functype);
 159     sfree(ffparams.iparams);
 160     for (int i = 0; i < ffparams.cmap_grid.ngrid; i++)
 161     {
 162         sfree(ffparams.cmap_grid.cmapdata[i].cmap);
 163     }
 164     sfree(ffparams.cmap_grid.cmapdata);
 165
 166     moltype.clear();
 167     molblock.clear();
 168     done_atomtypes(&atomtypes);
 169     done_gmx_groups_t(&groups);
 170 }
 171
 172 void done_top(t_topology *top)
 173 {
 174     done_idef(&top->idef);
 175     done_atom(&(top->atoms));
 176
 177     /* For GB */
 178     done_atomtypes(&(top->atomtypes));
 179
 180     done_symtab(&(top->symtab));
 181     done_block(&(top->cgs));
 182     done_block(&(top->mols));
 183     done_blocka(&(top->excls));
 184 }
 185
 186 void done_top_mtop(t_topology *top, gmx_mtop_t *mtop)
 187 {
 188     if (mtop != nullptr)
 189     {
 190         if (top != nullptr)
 191         {
 192             done_idef(&top->idef);
 193             done_atom(&top->atoms);
 194             done_block(&top->cgs);
 195             done_blocka(&top->excls);
 196             done_block(&top->mols);
 197             done_symtab(&top->symtab);
 198             open_symtab(&mtop->symtab);
 199             done_atomtypes(&(top->atomtypes));
 200         }
 201
 202         // Note that the rest of mtop will be freed by the destructor
 203     }
 204 }
 205
 206 void init_localtop(gmx_localtop_t *top)
 207 {
 208     init_block(&top->cgs);
 209     init_blocka(&top->excls);
 210     init_idef(&top->idef);
 211     init_atomtypes(&top->atomtypes);
 212 }
 213
 214 void done_localtop(gmx_localtop_t *top)
 215 {
 216     if (top == nullptr)
 217     {
 218         return;
 219     }
 220     done_idef(&top->idef);
 221     done_block(&top->cgs);
 222     done_blocka(&top->excls);
 223     done_atomtypes(&top->atomtypes);
 224 }
 225
 226 void done_and_sfree_localtop(gmx_localtop_t *top)
 227 {
 228     done_localtop(top);
 229     sfree(top);
 230 }
 231
 232 bool gmx_mtop_has_masses(const gmx_mtop_t *mtop)
 233 {
 234     if (mtop == nullptr)
 235     {
 236         return false;
 237     }
 238     return mtop->moltype.empty() || mtop->moltype[0].atoms.haveMass;
 239 }
 240
 241 bool gmx_mtop_has_charges(const gmx_mtop_t *mtop)
 242 {
 243     if (mtop == nullptr)
 244     {
 245         return false;
 246     }
 247     return mtop->moltype.empty() || mtop->moltype[0].atoms.haveCharge;
 248 }
 249
 250 bool gmx_mtop_has_perturbed_charges(const gmx_mtop_t &mtop)
 251 {
 252     for (const gmx_moltype_t &moltype : mtop.moltype)
 253     {
 254         const t_atoms &atoms = moltype.atoms;
 255         if (atoms.haveBState)
 256         {
 257             for (int a = 0; a < atoms.nr; a++)
 258             {
 259                 if (atoms.atom[a].q != atoms.atom[a].qB)
 260                 {
 261                     return true;
 262                 }
 263             }
 264         }
 265     }
 266     return false;
 267 }
 268
 269 bool gmx_mtop_has_atomtypes(const gmx_mtop_t *mtop)
 270 {
 271     if (mtop == nullptr)
 272     {
 273         return false;
 274     }
 275     return mtop->moltype.empty() || mtop->moltype[0].atoms.haveType;
 276 }
 277
 278 bool gmx_mtop_has_pdbinfo(const gmx_mtop_t *mtop)
 279 {
 280     if (mtop == nullptr)
 281     {
 282         return false;
 283     }
 284     return mtop->moltype.empty() || mtop->moltype[0].atoms.havePdbInfo;
 285 }
 286
 287 static void pr_grps(FILE *fp, const char *title, const t_grps grps[], char **grpname[])
 288 {
 289     int i, j;
 290
 291     for (i = 0; (i < egcNR); i++)
 292     {
 293         fprintf(fp, "%s[%-12s] nr=%d, name=[", title, gtypes[i], grps[i].nr);
 294         for (j = 0; (j < grps[i].nr); j++)
 295         {
 296             fprintf(fp, " %s", *(grpname[grps[i].nm_ind[j]]));
 297         }
 298         fprintf(fp, "]\n");
 299     }
 300 }
 301
 302 static void pr_groups(FILE *fp, int indent,
 303                       const gmx_groups_t *groups,
 304                       gmx_bool bShowNumbers)
 305 {
 306     int nat_max, i, g;
 307
 308     pr_grps(fp, "grp", groups->grps, groups->grpname);
 309     pr_strings(fp, indent, "grpname", groups->grpname, groups->ngrpname, bShowNumbers);
 310
 311     pr_indent(fp, indent);
 312     fprintf(fp, "groups          ");
 313     for (g = 0; g < egcNR; g++)
 314     {
 315         printf(" %5.5s", gtypes[g]);
 316     }
 317     printf("\n");
 318
 319     pr_indent(fp, indent);
 320     fprintf(fp, "allocated       ");
 321     nat_max = 0;
 322     for (g = 0; g < egcNR; g++)
 323     {
 324         printf(" %5d", groups->ngrpnr[g]);
 325         nat_max = std::max(nat_max, groups->ngrpnr[g]);
 326     }
 327     printf("\n");
 328
 329     if (nat_max == 0)
 330     {
 331         pr_indent(fp, indent);
 332         fprintf(fp, "groupnr[%5s] =", "*");
 333         for (g = 0; g < egcNR; g++)
 334         {
 335             fprintf(fp, "  %3d ", 0);
 336         }
 337         fprintf(fp, "\n");
 338     }
 339     else
 340     {
 341         for (i = 0; i < nat_max; i++)
 342         {
 343             pr_indent(fp, indent);
 344             fprintf(fp, "groupnr[%5d] =", i);
 345             for (g = 0; g < egcNR; g++)
 346             {
 347                 fprintf(fp, "  %3d ",
 348                         groups->grpnr[g] ? groups->grpnr[g][i] : 0);
 349             }
 350             fprintf(fp, "\n");
 351         }
 352     }
 353 }
 354
 355 static void pr_moltype(FILE *fp, int indent, const char *title,
 356                        const gmx_moltype_t *molt, int n,
 357                        const gmx_ffparams_t *ffparams,
 358                        gmx_bool bShowNumbers, gmx_bool bShowParameters)
 359 {
 360     int j;
 361
 362     indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 363     pr_indent(fp, indent);
 364     fprintf(fp, "name=\"%s\"\n", *(molt->name));
 365     pr_atoms(fp, indent, "atoms", &(molt->atoms), bShowNumbers);
 366     pr_block(fp, indent, "cgs", &molt->cgs, bShowNumbers);
 367     pr_blocka(fp, indent, "excls", &molt->excls, bShowNumbers);
 368     for (j = 0; (j < F_NRE); j++)
 369     {
 370         pr_ilist(fp, indent, interaction_function[j].longname,
 371                  ffparams->functype, molt->ilist[j],
 372                  bShowNumbers, bShowParameters, ffparams->iparams);
 373     }
 374 }
 375
 376 static void pr_molblock(FILE *fp, int indent, const char *title,
 377                         const gmx_molblock_t *molb, int n,
 378                         const std::vector<gmx_moltype_t> &molt)
 379 {
 380     indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 381     pr_indent(fp, indent);
 382     fprintf(fp, "%-20s = %d \"%s\"\n",
 383             "moltype", molb->type, *(molt[molb->type].name));
 384     pr_int(fp, indent, "#molecules", molb->nmol);
 385     pr_int(fp, indent, "#posres_xA", molb->posres_xA.size());
 386     if (!molb->posres_xA.empty())
 387     {
 388         pr_rvecs(fp, indent, "posres_xA", as_rvec_array(molb->posres_xA.data()), molb->posres_xA.size());
 389     }
 390     pr_int(fp, indent, "#posres_xB", molb->posres_xB.size());
 391     if (!molb->posres_xB.empty())
 392     {
 393         pr_rvecs(fp, indent, "posres_xB", as_rvec_array(molb->posres_xB.data()), molb->posres_xB.size());
 394     }
 395 }
 396
 397 void pr_mtop(FILE *fp, int indent, const char *title, const gmx_mtop_t *mtop,
 398              gmx_bool bShowNumbers, gmx_bool bShowParameters)
 399 {
 400     if (available(fp, mtop, indent, title))
 401     {
 402         indent = pr_title(fp, indent, title);
 403         pr_indent(fp, indent);
 404         fprintf(fp, "name=\"%s\"\n", *(mtop->name));
 405         pr_int(fp, indent, "#atoms", mtop->natoms);
 406         pr_int(fp, indent, "#molblock", mtop->molblock.size());
 407         for (size_t mb = 0; mb < mtop->molblock.size(); mb++)
 408         {
 409             pr_molblock(fp, indent, "molblock", &mtop->molblock[mb], mb, mtop->moltype);
 410         }
 411         pr_str(fp, indent, "bIntermolecularInteractions",
 412                gmx::boolToString(mtop->bIntermolecularInteractions));
 413         if (mtop->bIntermolecularInteractions)
 414         {
 415             for (int j = 0; j < F_NRE; j++)
 416             {
 417                 pr_ilist(fp, indent, interaction_function[j].longname,
 418                          mtop->ffparams.functype,
 419                          (*mtop->intermolecular_ilist)[j],
 420                          bShowNumbers, bShowParameters, mtop->ffparams.iparams);
 421             }
 422         }
 423         pr_ffparams(fp, indent, "ffparams", &(mtop->ffparams), bShowNumbers);
 424         pr_atomtypes(fp, indent, "atomtypes", &(mtop->atomtypes), bShowNumbers);
 425         for (size_t mt = 0; mt < mtop->moltype.size(); mt++)
 426         {
 427             pr_moltype(fp, indent, "moltype", &mtop->moltype[mt], mt,
 428                        &mtop->ffparams, bShowNumbers, bShowParameters);
 429         }
 430         pr_groups(fp, indent, &mtop->groups, bShowNumbers);
 431     }
 432 }
 433
 434 void pr_top(FILE *fp, int indent, const char *title, const t_topology *top,
 435             gmx_bool bShowNumbers, gmx_bool bShowParameters)
 436 {
 437     if (available(fp, top, indent, title))
 438     {
 439         indent = pr_title(fp, indent, title);
 440         pr_indent(fp, indent);
 441         fprintf(fp, "name=\"%s\"\n", *(top->name));
 442         pr_atoms(fp, indent, "atoms", &(top->atoms), bShowNumbers);
 443         pr_atomtypes(fp, indent, "atomtypes", &(top->atomtypes), bShowNumbers);
 444         pr_block(fp, indent, "cgs", &top->cgs, bShowNumbers);
 445         pr_block(fp, indent, "mols", &top->mols, bShowNumbers);
 446         pr_str(fp, indent, "bIntermolecularInteractions",
 447                gmx::boolToString(top->bIntermolecularInteractions));
 448         pr_blocka(fp, indent, "excls", &top->excls, bShowNumbers);
 449         pr_idef(fp, indent, "idef", &top->idef, bShowNumbers, bShowParameters);
 450     }
 451 }
 452
 453 static void cmp_ilist(FILE *fp, int ftype, const t_ilist *il1, const t_ilist *il2)
 454 {
 455     int  i;
 456     char buf[256];
 457
 458     fprintf(fp, "comparing ilist %s\n", interaction_function[ftype].name);
 459     sprintf(buf, "%s->nr", interaction_function[ftype].name);
 460     cmp_int(fp, buf, -1, il1->nr, il2->nr);
 461     sprintf(buf, "%s->iatoms", interaction_function[ftype].name);
 462     if (((il1->nr > 0) && (!il1->iatoms)) ||
 463         ((il2->nr > 0) && (!il2->iatoms)) ||
 464         ((il1->nr != il2->nr)))
 465     {
 466         fprintf(fp, "Comparing radically different topologies - %s is different\n",
 467                 buf);
 468     }
 469     else
 470     {
 471         for (i = 0; (i < il1->nr); i++)
 472         {
 473             cmp_int(fp, buf, i, il1->iatoms[i], il2->iatoms[i]);
 474         }
 475     }
 476 }
 477
 478 static void cmp_iparm(FILE *fp, const char *s, t_functype ft,
 479                       const t_iparams &ip1, const t_iparams &ip2, real ftol, real abstol)
 480 {
 481     int      i;
 482     gmx_bool bDiff;
 483
 484     bDiff = FALSE;
 485     for (i = 0; i < MAXFORCEPARAM && !bDiff; i++)
 486     {
 487         bDiff = !equal_real(ip1.generic.buf[i], ip2.generic.buf[i], ftol, abstol);
 488     }
 489     if (bDiff)
 490     {
 491         fprintf(fp, "%s1: ", s);
 492         pr_iparams(fp, ft, &ip1);
 493         fprintf(fp, "%s2: ", s);
 494         pr_iparams(fp, ft, &ip2);
 495     }
 496 }
 497
 498 static void cmp_iparm_AB(FILE *fp, const char *s, t_functype ft,
 499                          const t_iparams &ip1, real ftol, real abstol)
 500 {
 501     int      nrfpA, nrfpB, p0, i;
 502     gmx_bool bDiff;
 503
 504     /* Normally the first parameter is perturbable */
 505     p0    = 0;
 506     nrfpA = interaction_function[ft].nrfpA;
 507     nrfpB = interaction_function[ft].nrfpB;
 508     if (ft == F_PDIHS)
 509     {
 510         nrfpB = 2;
 511     }
 512     else if (interaction_function[ft].flags & IF_TABULATED)
 513     {
 514         /* For tabulated interactions only the second parameter is perturbable */
 515         p0    = 1;
 516         nrfpB = 1;
 517     }
 518     bDiff = FALSE;
 519     for (i = 0; i < nrfpB && !bDiff; i++)
 520     {
 521         bDiff = !equal_real(ip1.generic.buf[p0+i], ip1.generic.buf[nrfpA+i], ftol, abstol);
 522     }
 523     if (bDiff)
 524     {
 525         fprintf(fp, "%s: ", s);
 526         pr_iparams(fp, ft, &ip1);
 527     }
 528 }
 529
 530 static void cmp_cmap(FILE *fp, const gmx_cmap_t *cmap1, const gmx_cmap_t *cmap2, real ftol, real abstol)
 531 {
 532     cmp_int(fp, "cmap ngrid", -1, cmap1->ngrid, cmap2->ngrid);
 533     cmp_int(fp, "cmap grid_spacing", -1, cmap1->grid_spacing, cmap2->grid_spacing);
 534     if (cmap1->ngrid == cmap2->ngrid &&
 535         cmap1->grid_spacing == cmap2->grid_spacing)
 536     {
 537         int g;
 538
 539         for (g = 0; g < cmap1->ngrid; g++)
 540         {
 541             int i;
 542
 543             fprintf(fp, "comparing cmap %d\n", g);
 544
 545             for (i = 0; i < 4*cmap1->grid_spacing*cmap1->grid_spacing; i++)
 546             {
 547                 cmp_real(fp, "", i, cmap1->cmapdata[g].cmap[i], cmap2->cmapdata[g].cmap[i], ftol, abstol);
 548             }
 549         }
 550     }
 551 }
 552
 553 static void cmp_idef(FILE *fp, const t_idef *id1, const t_idef *id2, real ftol, real abstol)
 554 {
 555     int  i;
 556     char buf1[64], buf2[64];
 557
 558     fprintf(fp, "comparing idef\n");
 559     if (id2)
 560     {
 561         cmp_int(fp, "idef->ntypes", -1, id1->ntypes, id2->ntypes);
 562         cmp_int(fp, "idef->atnr",  -1, id1->atnr, id2->atnr);
 563         for (i = 0; (i < std::min(id1->ntypes, id2->ntypes)); i++)
 564         {
 565             sprintf(buf1, "idef->functype[%d]", i);
 566             sprintf(buf2, "idef->iparam[%d]", i);
 567             cmp_int(fp, buf1, i, static_cast<int>(id1->functype[i]), static_cast<int>(id2->functype[i]));
 568             cmp_iparm(fp, buf2, id1->functype[i],
 569                       id1->iparams[i], id2->iparams[i], ftol, abstol);
 570         }
 571         cmp_real(fp, "fudgeQQ", -1, id1->fudgeQQ, id2->fudgeQQ, ftol, abstol);
 572         cmp_cmap(fp, &id1->cmap_grid, &id2->cmap_grid, ftol, abstol);
 573         for (i = 0; (i < F_NRE); i++)
 574         {
 575             cmp_ilist(fp, i, &(id1->il[i]), &(id2->il[i]));
 576         }
 577     }
 578     else
 579     {
 580         for (i = 0; (i < id1->ntypes); i++)
 581         {
 582             cmp_iparm_AB(fp, "idef->iparam", id1->functype[i], id1->iparams[i], ftol, abstol);
 583         }
 584     }
 585 }
 586
 587 static void cmp_block(FILE *fp, const t_block *b1, const t_block *b2, const char *s)
 588 {
 589     char buf[32];
 590
 591     fprintf(fp, "comparing block %s\n", s);
 592     sprintf(buf, "%s.nr", s);
 593     cmp_int(fp, buf, -1, b1->nr, b2->nr);
 594 }
 595
 596 static void cmp_blocka(FILE *fp, const t_blocka *b1, const t_blocka *b2, const char *s)
 597 {
 598     char buf[32];
 599
 600     fprintf(fp, "comparing blocka %s\n", s);
 601     sprintf(buf, "%s.nr", s);
 602     cmp_int(fp, buf, -1, b1->nr, b2->nr);
 603     sprintf(buf, "%s.nra", s);
 604     cmp_int(fp, buf, -1, b1->nra, b2->nra);
 605 }
 606
 607 void cmp_top(FILE *fp, const t_topology *t1, const t_topology *t2, real ftol, real abstol)
 608 {
 609     fprintf(fp, "comparing top\n");
 610     if (t2)
 611     {
 612         cmp_idef(fp, &(t1->idef), &(t2->idef), ftol, abstol);
 613         cmp_atoms(fp, &(t1->atoms), &(t2->atoms), ftol, abstol);
 614         cmp_block(fp, &t1->cgs, &t2->cgs, "cgs");
 615         cmp_block(fp, &t1->mols, &t2->mols, "mols");
 616         cmp_bool(fp, "bIntermolecularInteractions", -1, t1->bIntermolecularInteractions, t2->bIntermolecularInteractions);
 617         cmp_blocka(fp, &t1->excls, &t2->excls, "excls");
 618     }
 619     else
 620     {
 621         cmp_idef(fp, &(t1->idef), nullptr, ftol, abstol);
 622         cmp_atoms(fp, &(t1->atoms), nullptr, ftol, abstol);
 623     }
 624 }
 625
 626 void cmp_groups(FILE *fp, const gmx_groups_t *g0, const gmx_groups_t *g1,
 627                 int natoms0, int natoms1)
 628 {
 629     char buf[32];
 630
 631     fprintf(fp, "comparing groups\n");
 632
 633     for (int i = 0; i < egcNR; i++)
 634     {
 635         sprintf(buf, "grps[%d].nr", i);
 636         cmp_int(fp, buf, -1, g0->grps[i].nr, g1->grps[i].nr);
 637         if (g0->grps[i].nr == g1->grps[i].nr)
 638         {
 639             for (int j = 0; j < g0->grps[i].nr; j++)
 640             {
 641                 sprintf(buf, "grps[%d].name[%d]", i, j);
 642                 cmp_str(fp, buf, -1,
 643                         *g0->grpname[g0->grps[i].nm_ind[j]],
 644                         *g1->grpname[g1->grps[i].nm_ind[j]]);
 645             }
 646         }
 647         cmp_int(fp, "ngrpnr", i, g0->ngrpnr[i], g1->ngrpnr[i]);
 648         if (g0->ngrpnr[i] == g1->ngrpnr[i] && natoms0 == natoms1 &&
 649             (g0->grpnr[i] != nullptr || g1->grpnr[i] != nullptr))
 650         {
 651             for (int j = 0; j < natoms0; j++)
 652             {
 653                 cmp_int(fp, gtypes[i], j, getGroupType(g0, i, j), getGroupType(g1, i, j));
 654             }
 655         }
 656     }
 657     /* We have compared the names in the groups lists,
 658      * so we can skip the grpname list comparison.
 659      */
 660 }
 661
 662 int getGroupType(const gmx_groups_t *group, int type, int atom)
 663 {
 664     return (group->grpnr[type] ? group->grpnr[type][atom] : 0);
 665 }