src/gromacs/topology/tests/exclusionblocks.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Implements test of exclusionblock routines
  38  *
  39  * \author Paul Bauer <paul.bauer.q@gmail.com>
  40  * \ingroup module_topology
  41  */
  42 #include "gmxpre.h"
  43
  44 #include "gromacs/topology/exclusionblocks.h"
  45
  46 #include <gtest/gtest.h>
  47
  48 #include "gromacs/topology/block.h"
  49 #include "gromacs/utility/arrayref.h"
  50 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  51
  52 #include "testutils/cmdlinetest.h"
  53
  54 namespace gmx
  55 {
  56 namespace testing
  57 {
  58 namespace
  59 {
  60
  61 //! Add a new group to t_blocka
  62 void addGroupToBlocka(t_blocka* b, gmx::ArrayRef<const int> indices)
  63 {
  64     srenew(b->index, b->nr + 2);
  65     srenew(b->a, b->nra + indices.size());
  66     for (index i = 0; i < indices.ssize(); i++)
  67     {
  68         b->a[b->nra++] = indices[i];
  69     }
  70     b->nr++;
  71     b->index[b->nr] = b->nra;
  72 }
  73
  74 //! Fill ExclusionBlock with data.
  75 int fillExclusionBlock(gmx::ArrayRef<ExclusionBlock> b)
  76 {
  77     std::vector<std::vector<int>> indices = { { 0, 4, 7 }, { 1, 5, 8, 10 }, { 2, 6, 9, 11, 12 } };
  78     int                           nra     = 0;
  79     for (index i = 0; i < b.ssize(); i++)
  80     {
  81         b[i].atomNumber.clear();
  82         for (const auto& j : indices[i])
  83         {
  84             b[i].atomNumber.push_back(j);
  85         }
  86         nra += b[i].nra();
  87     }
  88     return nra;
  89 }
  90
  91 //! Fill the t_blocka with some datastructures
  92 void makeTestBlockAData(t_blocka* ba)
  93 {
  94     init_blocka(ba);
  95
  96     std::vector<int> indices = { 12, 11, 9, 6, 2 };
  97     addGroupToBlocka(ba, indices);
  98     indices = { 10, 8, 5, 1 };
  99     addGroupToBlocka(ba, indices);
 100     indices = { 7, 4, 0 };
 101     addGroupToBlocka(ba, indices);
 102 }
 103
 104 class ExclusionBlockTest : public ::testing::Test
 105 {
 106 public:
 107     ExclusionBlockTest()
 108     {
 109         const int natom = 3;
 110         makeTestBlockAData(&ba_);
 111         b_.resize(natom);
 112     }
 113     ~ExclusionBlockTest() override { done_blocka(&ba_); }
 114
 115     void compareBlocks()
 116     {
 117         for (index i = 0; i < ssize(b_); i++)
 118         {
 119             int index = ba_.index[i];
 120             for (int j = 0; j < b_[i].nra(); j++)
 121             {
 122                 int pos = index + j;
 123                 EXPECT_EQ(b_[i].atomNumber[j], ba_.a[pos])
 124                         << "Block mismatch at " << i << " , " << j << ".";
 125             }
 126         }
 127     }
 128
 129 protected:
 130     t_blocka                    ba_;
 131     std::vector<ExclusionBlock> b_;
 132 };
 133
 134 TEST_F(ExclusionBlockTest, ConvertBlockAToExclusionBlocks)
 135 {
 136     blockaToExclusionBlocks(&ba_, b_);
 137     compareBlocks();
 138 }
 139
 140 TEST_F(ExclusionBlockTest, ConvertExclusionBlockToBlocka)
 141 {
 142     int nra = fillExclusionBlock(b_);
 143     srenew(ba_.a, nra + 1);
 144     srenew(ba_.index, b_.size() + 1);
 145     exclusionBlocksToBlocka(b_, &ba_);
 146     compareBlocks();
 147 }
 148
 149 TEST_F(ExclusionBlockTest, MergeExclusions)
 150 {
 151     mergeExclusions(&ba_, b_);
 152     compareBlocks();
 153 }
 154
 155 } // namespace
 156
 157 } // namespace testing
 158
 159 } // namespace gmx