src/gromacs/topology/symtab.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017,2018, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include "symtab.h"
  40
  41 #include <stdio.h>
  42 #include <string.h>
  43
  44 #include <algorithm>
  45
  46 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  47 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  48 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  49 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  50 #include "gromacs/utility/txtdump.h"
  51
  52 #define BUFSIZE         1024
  53 #define TABLESIZE       5
  54
  55 static char *trim_string(const char *s, char *out, int maxlen)
  56 /*
  57  * Returns a pointer to a static area which contains a copy
  58  * of s without leading or trailing spaces. Strings are
  59  * truncated to BUFSIZE positions.
  60  *
  61  * TODO This partially duplicates code in trim(), but perhaps
  62  * replacing symtab with a std::map is a better fix.
  63  */
  64 {
  65     int len, i;
  66
  67     if (strlen(s) > static_cast<size_t>(maxlen-1))
  68     {
  69         gmx_fatal(FARGS, "String '%s' (%zu) is longer than buffer (%d).\n",
  70                   s, strlen(s), maxlen-1);
  71     }
  72
  73     for (; (*s) == ' '; s++)
  74     {
  75         ;
  76     }
  77     for (len = strlen(s); (len > 0); len--)
  78     {
  79         if (s[len-1] != ' ')
  80         {
  81             break;
  82         }
  83     }
  84     if (len >= BUFSIZE)
  85     {
  86         len = BUFSIZE-1;
  87     }
  88     for (i = 0; i < len; i++)
  89     {
  90         out[i] = *(s++);
  91     }
  92     out[i] = 0;
  93     return out;
  94 }
  95
  96 int lookup_symtab(t_symtab *symtab, char **name)
  97 {
  98     int       base;
  99     t_symbuf *symbuf;
 100
 101     base   = 0;
 102     symbuf = symtab->symbuf;
 103     while (symbuf != nullptr)
 104     {
 105         const int index = name-symbuf->buf;
 106         if ( ( index >= 0 ) && ( index < symbuf->bufsize ) )
 107         {
 108             return index+base;
 109         }
 110         else
 111         {
 112             base  += symbuf->bufsize;
 113             symbuf = symbuf->next;
 114         }
 115     }
 116     gmx_fatal(FARGS, "symtab lookup \"%s\" not found", *name);
 117 }
 118
 119 char **get_symtab_handle(t_symtab *symtab, int name)
 120 {
 121     t_symbuf *symbuf;
 122
 123     symbuf = symtab->symbuf;
 124     while (symbuf != nullptr)
 125     {
 126         if (name < symbuf->bufsize)
 127         {
 128             return &(symbuf->buf[name]);
 129         }
 130         else
 131         {
 132             name  -= symbuf->bufsize;
 133             symbuf = symbuf->next;
 134         }
 135     }
 136     gmx_fatal(FARGS, "symtab get_symtab_handle %d not found", name);
 137 }
 138
 139 static t_symbuf *new_symbuf(void)
 140 {
 141     t_symbuf *symbuf;
 142
 143     snew(symbuf, 1);
 144     symbuf->bufsize = TABLESIZE;
 145     snew(symbuf->buf, symbuf->bufsize);
 146     symbuf->next = nullptr;
 147
 148     return symbuf;
 149 }
 150
 151 static char **enter_buf(t_symtab *symtab, char *name)
 152 {
 153     int          i;
 154     t_symbuf    *symbuf;
 155     gmx_bool     bCont;
 156
 157     if (symtab->symbuf == nullptr)
 158     {
 159         symtab->symbuf = new_symbuf();
 160     }
 161
 162     symbuf = symtab->symbuf;
 163     do
 164     {
 165         for (i = 0; (i < symbuf->bufsize); i++)
 166         {
 167             if (symbuf->buf[i] == nullptr)
 168             {
 169                 symtab->nr++;
 170                 symbuf->buf[i] = gmx_strdup(name);
 171                 return &(symbuf->buf[i]);
 172             }
 173             else if (strcmp(symbuf->buf[i], name) == 0)
 174             {
 175                 return &(symbuf->buf[i]);
 176             }
 177         }
 178         if (symbuf->next != nullptr)
 179         {
 180             symbuf = symbuf->next;
 181             bCont  = TRUE;
 182         }
 183         else
 184         {
 185             bCont = FALSE;
 186         }
 187     }
 188     while (bCont);
 189
 190     symbuf->next = new_symbuf();
 191     symbuf       = symbuf->next;
 192
 193     symtab->nr++;
 194     symbuf->buf[0] = gmx_strdup(name);
 195     return &(symbuf->buf[0]);
 196 }
 197
 198 char **put_symtab(t_symtab *symtab, const char *name)
 199 {
 200     char buf[1024];
 201
 202     return enter_buf(symtab, trim_string(name, buf, 1023));
 203 }
 204
 205 void open_symtab(t_symtab *symtab)
 206 {
 207     symtab->nr     = 0;
 208     symtab->symbuf = nullptr;
 209 }
 210
 211 void close_symtab(t_symtab gmx_unused *symtab)
 212 {
 213 }
 214
 215 void done_symtab(t_symtab *symtab)
 216 {
 217     int       i;
 218     t_symbuf *symbuf, *freeptr;
 219
 220     close_symtab(symtab);
 221     symbuf = symtab->symbuf;
 222     while (symbuf != nullptr)
 223     {
 224         for (i = 0; (i < symbuf->bufsize) && (i < symtab->nr); i++)
 225         {
 226             sfree(symbuf->buf[i]);
 227         }
 228         symtab->nr -= i;
 229         sfree(symbuf->buf);
 230         freeptr = symbuf;
 231         symbuf  = symbuf->next;
 232         sfree(freeptr);
 233     }
 234     symtab->symbuf = nullptr;
 235     if (symtab->nr != 0)
 236     {
 237         gmx_incons("Freeing symbol table (symtab) structure");
 238     }
 239 }
 240
 241 void free_symtab(t_symtab *symtab)
 242 {
 243     t_symbuf *symbuf, *freeptr;
 244
 245     close_symtab(symtab);
 246     symbuf = symtab->symbuf;
 247     while (symbuf != nullptr)
 248     {
 249         symtab->nr -= std::min(symbuf->bufsize, symtab->nr);
 250         freeptr     = symbuf;
 251         symbuf      = symbuf->next;
 252         sfree(freeptr);
 253     }
 254     symtab->symbuf = nullptr;
 255     if (symtab->nr != 0)
 256     {
 257         gmx_incons("Freeing symbol table (symtab) structure");
 258     }
 259 }
 260
 261 void pr_symtab(FILE *fp, int indent, const char *title, t_symtab *symtab)
 262 {
 263     int       i, j, nr;
 264     t_symbuf *symbuf;
 265
 266     if (available(fp, symtab, indent, title))
 267     {
 268         indent = pr_title_n(fp, indent, title, symtab->nr);
 269         i      = 0;
 270         nr     = symtab->nr;
 271         symbuf = symtab->symbuf;
 272         while (symbuf != nullptr)
 273         {
 274             for (j = 0; (j < symbuf->bufsize) && (j < nr); j++)
 275             {
 276                 pr_indent(fp, indent);
 277                 (void) fprintf(fp, "%s[%d]=\"%s\"\n", title, i++, symbuf->buf[j]);
 278             }
 279             nr    -= j;
 280             symbuf = symbuf->next;
 281         }
 282         if (nr != 0)
 283         {
 284             gmx_incons("Printing symbol table (symtab) structure");
 285         }
 286     }
 287 }