src/gromacs/topology/residuetypes.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2010,2014,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 #ifndef GMX_TOPOLOGY_RESIDUETYPES_H
  36 #define GMX_TOPOLOGY_RESIDUETYPES_H
  37
  38 #include <string>
  39
  40 #include "gromacs/compat/optional.h"
  41 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  42 #include "gromacs/utility/classhelpers.h"
  43
  44 struct ResidueTypeEntry;
  45
  46 class ResidueType
  47 {
  48 public:
  49     //! Default constructor.
  50     ResidueType();
  51     //! Default destructor.
  52     ~ResidueType();
  53
  54     //! Get handle to underlying residue type data.
  55     ResidueTypeEntry* ResidueTypes();
  56
  57     //! Get number of entries in ResidueTypes.
  58     int numberOfEntries() const;
  59     /*! \brief
  60      * Return true if residue \p residueName is found or false otherwise.
  61      *
  62      * \param[in] residueName Residue name to search database for.
  63      * \returns true if successful.
  64      */
  65     bool nameIndexedInResidueTypes(const std::string& residueName);
  66     /*! \brief
  67      * Add entry to ResidueTypes if unique.
  68      *
  69      * \param[in] residueName Name of new residue.
  70      * \param[in] residueType Type of new residue.
  71      */
  72     void addResidue(const std::string& residueName, const std::string& residueType);
  73     /*! \brief
  74      * Checks if the indicated \p residueName if of \p residueType.
  75      *
  76      * \param[in] residueName Residue that should be checked.
  77      * \param[in] residueType Which ResidueType the residue should have.
  78      * \returns If the check was successful.
  79      */
  80     bool namedResidueHasType(const std::string& residueName, const std::string& residueType);
  81     /*! \brief
  82      * Get index to entry in ResidueTypes with name \p residueName.
  83      *
  84      * \param[in] residueName Name of the residue being searched.
  85      * \returns The index or -1 if not found.
  86      */
  87     int indexFromResidueName(const std::string& residueName) const;
  88     /*! \brief
  89      * Get the name of the entry in ResidueTypes with \p index.
  90      *
  91      * \param[in] index Which entry should be returned.
  92      * \returns The name of the entry at \p index, or nullptr.
  93      */
  94     std::string nameFromResidueIndex(int index) const;
  95     /*! \brief
  96      * Return the residue type if a residue with that name exists, or "Other"
  97      *
  98      * \param[in] residueName Name of the residue to search for.
  99      * \returns The residue type of any matching residue, or "Other"
 100      */
 101     std::string typeOfNamedDatabaseResidue(const std::string& residueName);
 102     /*! \brief
 103      * Return an optional residue type if a residue with that name exists
 104      *
 105      * \param[in] residueName Name of the residue to search for.
 106      * \returns An optional containing the residue type of any matching residue
 107      */
 108     gmx::compat::optional<std::string> optionalTypeOfNamedDatabaseResidue(const std::string& residueName);
 109
 110 private:
 111     //! Implementation pointer.
 112     class Impl;
 113
 114     gmx::PrivateImplPointer<Impl> impl_;
 115 };
 116
 117 #endif