src/gromacs/topology/block.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gromacs/topology/block.h"
  38
  39 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  40
  41 void init_block(t_block *block)
  42 {
  43     block->nr           = 0;
  44     block->nalloc_index = 1;
  45     snew(block->index, block->nalloc_index);
  46     block->index[0]     = 0;
  47 }
  48
  49 void init_blocka(t_blocka *block)
  50 {
  51     block->nr           = 0;
  52     block->nra          = 0;
  53     block->nalloc_index = 1;
  54     snew(block->index, block->nalloc_index);
  55     block->index[0]     = 0;
  56     block->nalloc_a     = 0;
  57     block->a            = NULL;
  58 }
  59
  60 t_blocka *new_blocka(void)
  61 {
  62     t_blocka *block;
  63
  64     snew(block, 1);
  65     snew(block->index, 1);
  66
  67     return block;
  68 }
  69
  70 void done_block(t_block *block)
  71 {
  72     block->nr    = 0;
  73     sfree(block->index);
  74     block->nalloc_index = 0;
  75 }
  76
  77 void done_blocka(t_blocka *block)
  78 {
  79     block->nr    = 0;
  80     block->nra   = 0;
  81     sfree(block->index);
  82     sfree(block->a);
  83     block->index        = NULL;
  84     block->a            = NULL;
  85     block->nalloc_index = 0;
  86     block->nalloc_a     = 0;
  87 }
  88
  89 void stupid_fill_block(t_block *grp, int natom, gmx_bool bOneIndexGroup)
  90 {
  91     if (bOneIndexGroup)
  92     {
  93         grp->nalloc_index = 2;
  94         snew(grp->index, grp->nalloc_index);
  95         grp->index[0] = 0;
  96         grp->index[1] = natom;
  97         grp->nr       = 1;
  98     }
  99     else
 100     {
 101         grp->nalloc_index = natom+1;
 102         snew(grp->index, grp->nalloc_index);
 103         snew(grp->index, natom+1);
 104         for (int i = 0; i <= natom; ++i)
 105         {
 106             grp->index[i] = i;
 107         }
 108         grp->nr = natom;
 109     }
 110 }
 111
 112 void stupid_fill_blocka(t_blocka *grp, int natom)
 113 {
 114     grp->nalloc_a = natom;
 115     snew(grp->a, grp->nalloc_a);
 116     for (int i = 0; i < natom; ++i)
 117     {
 118         grp->a[i] = i;
 119     }
 120     grp->nra = natom;
 121
 122     grp->nalloc_index = natom + 1;
 123     snew(grp->index, grp->nalloc_index);
 124     for (int i = 0; i <= natom; ++i)
 125     {
 126         grp->index[i] = i;
 127     }
 128     grp->nr = natom;
 129 }
 130
 131 void copy_blocka(const t_blocka *src, t_blocka *dest)
 132 {
 133     dest->nr           = src->nr;
 134     dest->nalloc_index = dest->nr + 1;
 135     snew(dest->index, dest->nalloc_index);
 136     for (int i = 0; i < dest->nr+1; ++i)
 137     {
 138         dest->index[i] = src->index[i];
 139     }
 140     dest->nra      = src->nra;
 141     dest->nalloc_a = dest->nra + 1;
 142     snew(dest->a, dest->nalloc_a);
 143     for (int i = 0; i < dest->nra+1; ++i)
 144     {
 145         dest->a[i] = src->a[i];
 146     }
 147 }