src/gromacs/topology/block.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include <algorithm>
  38 #include "gromacs/topology/block.h"
  39
  40 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  41
  42 void init_block(t_block *block)
  43 {
  44     block->nr           = 0;
  45     block->nalloc_index = 1;
  46     snew(block->index, block->nalloc_index);
  47     block->index[0]     = 0;
  48 }
  49
  50 void init_blocka(t_blocka *block)
  51 {
  52     block->nr           = 0;
  53     block->nra          = 0;
  54     block->nalloc_index = 1;
  55     snew(block->index, block->nalloc_index);
  56     block->index[0]     = 0;
  57     block->nalloc_a     = 0;
  58     block->a            = NULL;
  59 }
  60
  61 t_blocka *new_blocka(void)
  62 {
  63     t_blocka *block;
  64
  65     snew(block, 1);
  66     snew(block->index, 1);
  67
  68     return block;
  69 }
  70
  71 void done_block(t_block *block)
  72 {
  73     block->nr    = 0;
  74     sfree(block->index);
  75     block->nalloc_index = 0;
  76 }
  77
  78 void done_blocka(t_blocka *block)
  79 {
  80     block->nr    = 0;
  81     block->nra   = 0;
  82     sfree(block->index);
  83     sfree(block->a);
  84     block->index        = NULL;
  85     block->a            = NULL;
  86     block->nalloc_index = 0;
  87     block->nalloc_a     = 0;
  88 }
  89
  90 void stupid_fill_block(t_block *grp, int natom, gmx_bool bOneIndexGroup)
  91 {
  92     if (bOneIndexGroup)
  93     {
  94         grp->nalloc_index = 2;
  95         snew(grp->index, grp->nalloc_index);
  96         grp->index[0] = 0;
  97         grp->index[1] = natom;
  98         grp->nr       = 1;
  99     }
 100     else
 101     {
 102         grp->nalloc_index = natom+1;
 103         snew(grp->index, grp->nalloc_index);
 104         snew(grp->index, natom+1);
 105         for (int i = 0; i <= natom; ++i)
 106         {
 107             grp->index[i] = i;
 108         }
 109         grp->nr = natom;
 110     }
 111 }
 112
 113 void stupid_fill_blocka(t_blocka *grp, int natom)
 114 {
 115     grp->nalloc_a = natom;
 116     snew(grp->a, grp->nalloc_a);
 117     for (int i = 0; i < natom; ++i)
 118     {
 119         grp->a[i] = i;
 120     }
 121     grp->nra = natom;
 122
 123     grp->nalloc_index = natom + 1;
 124     snew(grp->index, grp->nalloc_index);
 125     for (int i = 0; i <= natom; ++i)
 126     {
 127         grp->index[i] = i;
 128     }
 129     grp->nr = natom;
 130 }
 131
 132 void copy_blocka(const t_blocka *src, t_blocka *dest)
 133 {
 134     dest->nr           = src->nr;
 135     /* Workaround for inconsistent handling of nalloc_index in
 136      * other parts of the code. Often nalloc_index and nalloc_a
 137      * are not set.
 138      */
 139     dest->nalloc_index = std::max(src->nalloc_index, dest->nr + 1);
 140     snew(dest->index, dest->nalloc_index);
 141     for (int i = 0; i < dest->nr+1; ++i)
 142     {
 143         dest->index[i] = src->index[i];
 144     }
 145     dest->nra      = src->nra;
 146     /* See above. */
 147     dest->nalloc_a = std::max(src->nalloc_a, dest->nra);
 148     snew(dest->a, dest->nalloc_a);
 149     for (int i = 0; i < dest->nra; ++i)
 150     {
 151         dest->a[i] = src->a[i];
 152     }
 153 }