src/gromacs/topology/atoms.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2012,2014,2015,2016,2018 by the GROMACS development team.
   7  * Copyright (c) 2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   8  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   9  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
  10  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 #ifndef GMX_TOPOLOGY_ATOMS_H
  39 #define GMX_TOPOLOGY_ATOMS_H
  40
  41 #include <stdio.h>
  42
  43 #include <vector>
  44
  45 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  46 #include "gromacs/utility/real.h"
  47 #include "gromacs/utility/unique_cptr.h"
  48
  49 struct t_symtab;
  50
  51 /* The particle type */
  52 enum
  53 {
  54     eptAtom,
  55     eptNucleus,
  56     eptShell,
  57     eptBond,
  58     eptVSite,
  59     eptNR
  60 };
  61
  62 /* The particle type names */
  63 extern const char* ptype_str[eptNR + 1];
  64
  65 /* Enumerated type for pdb records. The other entries are ignored
  66  * when reading a pdb file
  67  */
  68 enum PDB_record
  69 {
  70     epdbATOM,
  71     epdbHETATM,
  72     epdbANISOU,
  73     epdbCRYST1,
  74     epdbCOMPND,
  75     epdbMODEL,
  76     epdbENDMDL,
  77     epdbTER,
  78     epdbHEADER,
  79     epdbTITLE,
  80     epdbREMARK,
  81     epdbCONECT,
  82     epdbNR
  83 };
  84
  85 typedef struct t_atom
  86 {
  87     real           m, q;       /* Mass and charge                      */
  88     real           mB, qB;     /* Mass and charge for Free Energy calc */
  89     unsigned short type;       /* Atom type                            */
  90     unsigned short typeB;      /* Atom type for Free Energy calc       */
  91     int            ptype;      /* Particle type                        */
  92     int            resind;     /* Index into resinfo (in t_atoms)      */
  93     int            atomnumber; /* Atomic Number or 0                   */
  94     char           elem[4];    /* Element name                         */
  95 } t_atom;
  96
  97 typedef struct t_resinfo
  98 {
  99     char**        name;     /* Pointer to the residue name          */
 100     int           nr;       /* Residue number                       */
 101     unsigned char ic;       /* Code for insertion of residues       */
 102     int           chainnum; /* Iincremented at TER or new chain id  */
 103     char          chainid;  /* Chain identifier written/read to pdb */
 104     char**        rtp;      /* rtp building block name (optional)   */
 105 } t_resinfo;
 106
 107 typedef struct t_pdbinfo
 108 {
 109     int      type;         /* PDB record name                      */
 110     int      atomnr;       /* PDB atom number                      */
 111     char     altloc;       /* Alternate location indicator         */
 112     char     atomnm[6];    /* True atom name including leading spaces */
 113     real     occup;        /* Occupancy                            */
 114     real     bfac;         /* B-factor                             */
 115     gmx_bool bAnisotropic; /* (an)isotropic switch                 */
 116     int      uij[6];       /* Anisotropic B-factor                 */
 117 } t_pdbinfo;
 118
 119 //! Contains indices into group names for different groups.
 120 using AtomGroupIndices = std::vector<int>;
 121
 122 typedef struct t_atoms
 123 {
 124     int     nr;         /* Nr of atoms                          */
 125     t_atom* atom;       /* Array of atoms (dim: nr)             */
 126                         /* The following entries will not       */
 127                         /* always be used (nres==0)             */
 128     char*** atomname;   /* Array of pointers to atom name       */
 129                         /* use: (*(atomname[i]))                */
 130     char*** atomtype;   /* Array of pointers to atom types      */
 131                         /* use: (*(atomtype[i]))                */
 132     char*** atomtypeB;  /* Array of pointers to B atom types    */
 133                         /* use: (*(atomtypeB[i]))               */
 134     int        nres;    /* The number of resinfo entries        */
 135     t_resinfo* resinfo; /* Array of residue names and numbers   */
 136     t_pdbinfo* pdbinfo; /* PDB Information, such as aniso. Bfac */
 137
 138     /* Flags that tell if properties are set for all nr atoms.
 139      * For B-state parameters, both haveBState and the mass/charge/type
 140      * flag should be TRUE.
 141      */
 142     gmx_bool haveMass;    /* Mass available                       */
 143     gmx_bool haveCharge;  /* Charge available                     */
 144     gmx_bool haveType;    /* Atom type available                  */
 145     gmx_bool haveBState;  /* B-state parameters available         */
 146     gmx_bool havePdbInfo; /* pdbinfo available                    */
 147 } t_atoms;
 148
 149 typedef struct t_atomtypes
 150 {
 151     int  nr;         /* number of atomtypes                          */
 152     int* atomnumber; /* Atomic number, used for QM/MM                */
 153 } t_atomtypes;
 154
 155 #define PERTURBED(a) (((a).mB != (a).m) || ((a).qB != (a).q) || ((a).typeB != (a).type))
 156
 157 void init_atom(t_atoms* at);
 158 void init_atomtypes(t_atomtypes* at);
 159 void done_atom(t_atoms* at);
 160 void done_and_delete_atoms(t_atoms* atoms);
 161 void done_atomtypes(t_atomtypes* at);
 162
 163 void init_t_atoms(t_atoms* atoms, int natoms, gmx_bool bPdbinfo);
 164 /* allocate memory for the arrays, set nr to natoms and nres to 0
 165  * set pdbinfo to NULL or allocate memory for it */
 166
 167 void gmx_pdbinfo_init_default(t_pdbinfo* pdbinfo);
 168
 169 t_atoms* copy_t_atoms(const t_atoms* src);
 170 /* copy an atoms struct from src to a new one */
 171
 172 void add_t_atoms(t_atoms* atoms, int natom_extra, int nres_extra);
 173 /* allocate extra space for more atoms and or residues */
 174
 175 void t_atoms_set_resinfo(t_atoms*         atoms,
 176                          int              atom_ind,
 177                          struct t_symtab* symtab,
 178                          const char*      resname,
 179                          int              resnr,
 180                          unsigned char    ic,
 181                          int              chainnum,
 182                          char             chainid);
 183 /* Set the residue name, number, insertion code and chain identifier
 184  * of atom index atom_ind.
 185  */
 186
 187 void pr_atoms(FILE* fp, int indent, const char* title, const t_atoms* atoms, gmx_bool bShownumbers);
 188 void pr_atomtypes(FILE* fp, int indent, const char* title, const t_atomtypes* atomtypes, gmx_bool bShowNumbers);
 189
 190 /*! \brief Compare information in the t_atoms data structure.
 191  *
 192  * \param[in] fp Pointer to file to write to.
 193  * \param[in] a1 Pointer to first data structure to compare.
 194  * \param[in] a2 Pointer to second data structure or nullptr.
 195  * \param[in] relativeTolerance Relative floating point comparison tolerance.
 196  * \param[in] absoluteTolerance Absolute floating point comparison tolerance.
 197  */
 198 void compareAtoms(FILE* fp, const t_atoms* a1, const t_atoms* a2, real relativeTolerance, real absoluteTolerance);
 199
 200 /*! \brief Set mass for each atom using the atom and residue names using a database
 201  *
 202  * If atoms->haveMass = TRUE does nothing.
 203  * If printMissingMasss = TRUE, prints details for first 10 missing masses
 204  * to stderr.
 205  */
 206 void atomsSetMassesBasedOnNames(t_atoms* atoms, gmx_bool printMissingMasses);
 207
 208 //! Deleter for t_atoms, needed until it has a proper destructor.
 209 using AtomsDataPtr = gmx::unique_cptr<t_atoms, done_and_delete_atoms>;
 210
 211
 212 #endif