src/gromacs/topology/atoms.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gromacs/topology/atoms.h"
  38
  39 #include <cstring>
  40
  41 #include "gromacs/topology/symtab.h"
  42 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  43
  44 void init_atom(t_atoms *at)
  45 {
  46     at->nr        = 0;
  47     at->nres      = 0;
  48     at->atom      = NULL;
  49     at->resinfo   = NULL;
  50     at->atomname  = NULL;
  51     at->atomtype  = NULL;
  52     at->atomtypeB = NULL;
  53     at->pdbinfo   = NULL;
  54 }
  55
  56 void init_atomtypes(t_atomtypes *at)
  57 {
  58     at->nr         = 0;
  59     at->radius     = NULL;
  60     at->vol        = NULL;
  61     at->atomnumber = NULL;
  62     at->gb_radius  = NULL;
  63     at->S_hct      = NULL;
  64 }
  65
  66 void done_atom(t_atoms *at)
  67 {
  68     at->nr       = 0;
  69     at->nres     = 0;
  70     sfree(at->atom);
  71     sfree(at->resinfo);
  72     sfree(at->atomname);
  73     sfree(at->atomtype);
  74     sfree(at->atomtypeB);
  75     if (at->pdbinfo)
  76     {
  77         sfree(at->pdbinfo);
  78     }
  79 }
  80
  81 void done_atomtypes(t_atomtypes *atype)
  82 {
  83     atype->nr = 0;
  84     sfree(atype->radius);
  85     sfree(atype->vol);
  86     sfree(atype->surftens);
  87     sfree(atype->atomnumber);
  88     sfree(atype->gb_radius);
  89     sfree(atype->S_hct);
  90 }
  91
  92 void add_t_atoms(t_atoms *atoms, int natom_extra, int nres_extra)
  93 {
  94     int i;
  95
  96     if (natom_extra > 0)
  97     {
  98         srenew(atoms->atomname, atoms->nr+natom_extra);
  99         srenew(atoms->atom, atoms->nr+natom_extra);
 100         if (NULL != atoms->pdbinfo)
 101         {
 102             srenew(atoms->pdbinfo, atoms->nr+natom_extra);
 103         }
 104         if (NULL != atoms->atomtype)
 105         {
 106             srenew(atoms->atomtype, atoms->nr+natom_extra);
 107         }
 108         if (NULL != atoms->atomtypeB)
 109         {
 110             srenew(atoms->atomtypeB, atoms->nr+natom_extra);
 111         }
 112         for (i = atoms->nr; (i < atoms->nr+natom_extra); i++)
 113         {
 114             atoms->atomname[i] = NULL;
 115             memset(&atoms->atom[i], 0, sizeof(atoms->atom[i]));
 116             if (NULL != atoms->pdbinfo)
 117             {
 118                 std::memset(&atoms->pdbinfo[i], 0, sizeof(atoms->pdbinfo[i]));
 119             }
 120             if (NULL != atoms->atomtype)
 121             {
 122                 atoms->atomtype[i] = NULL;
 123             }
 124             if (NULL != atoms->atomtypeB)
 125             {
 126                 atoms->atomtypeB[i] = NULL;
 127             }
 128         }
 129         atoms->nr += natom_extra;
 130     }
 131     if (nres_extra > 0)
 132     {
 133         srenew(atoms->resinfo, atoms->nres+nres_extra);
 134         for (i = atoms->nres; (i < atoms->nres+nres_extra); i++)
 135         {
 136             std::memset(&atoms->resinfo[i], 0, sizeof(atoms->resinfo[i]));
 137         }
 138         atoms->nres += nres_extra;
 139     }
 140 }
 141
 142 void init_t_atoms(t_atoms *atoms, int natoms, gmx_bool bPdbinfo)
 143 {
 144     atoms->nr   = natoms;
 145     atoms->nres = 0;
 146     snew(atoms->atomname, natoms);
 147     atoms->atomtype  = NULL;
 148     atoms->atomtypeB = NULL;
 149     snew(atoms->resinfo, natoms);
 150     snew(atoms->atom, natoms);
 151     if (bPdbinfo)
 152     {
 153         snew(atoms->pdbinfo, natoms);
 154     }
 155     else
 156     {
 157         atoms->pdbinfo = NULL;
 158     }
 159 }
 160
 161 t_atoms *copy_t_atoms(t_atoms *src)
 162 {
 163     t_atoms *dst;
 164     int      i;
 165
 166     snew(dst, 1);
 167     init_t_atoms(dst, src->nr, (NULL != src->pdbinfo));
 168     dst->nr = src->nr;
 169     if (NULL != src->atomname)
 170     {
 171         snew(dst->atomname, src->nr);
 172     }
 173     if (NULL != src->atomtype)
 174     {
 175         snew(dst->atomtype, src->nr);
 176     }
 177     if (NULL != src->atomtypeB)
 178     {
 179         snew(dst->atomtypeB, src->nr);
 180     }
 181     for (i = 0; (i < src->nr); i++)
 182     {
 183         dst->atom[i] = src->atom[i];
 184         if (NULL != src->pdbinfo)
 185         {
 186             dst->pdbinfo[i] = src->pdbinfo[i];
 187         }
 188         if (NULL != src->atomname)
 189         {
 190             dst->atomname[i]  = src->atomname[i];
 191         }
 192         if (NULL != src->atomtype)
 193         {
 194             dst->atomtype[i] = src->atomtype[i];
 195         }
 196         if (NULL != src->atomtypeB)
 197         {
 198             dst->atomtypeB[i] = src->atomtypeB[i];
 199         }
 200     }
 201     dst->nres = src->nres;
 202     for (i = 0; (i < src->nres); i++)
 203     {
 204         dst->resinfo[i] = src->resinfo[i];
 205     }
 206     return dst;
 207 }
 208
 209 void t_atoms_set_resinfo(t_atoms *atoms, int atom_ind, t_symtab *symtab,
 210                          const char *resname, int resnr, unsigned char ic,
 211                          int chainnum, char chainid)
 212 {
 213     t_resinfo *ri;
 214
 215     ri           = &atoms->resinfo[atoms->atom[atom_ind].resind];
 216     ri->name     = put_symtab(symtab, resname);
 217     ri->rtp      = NULL;
 218     ri->nr       = resnr;
 219     ri->ic       = ic;
 220     ri->chainnum = chainnum;
 221     ri->chainid  = chainid;
 222 }
 223
 224 void free_t_atoms(t_atoms *atoms, gmx_bool bFreeNames)
 225 {
 226     int i;
 227
 228     if (bFreeNames && atoms->atomname != NULL)
 229     {
 230         for (i = 0; i < atoms->nr; i++)
 231         {
 232             if (atoms->atomname[i] != NULL)
 233             {
 234                 sfree(*atoms->atomname[i]);
 235                 *atoms->atomname[i] = NULL;
 236             }
 237         }
 238     }
 239     if (bFreeNames && atoms->resinfo != NULL)
 240     {
 241         for (i = 0; i < atoms->nres; i++)
 242         {
 243             if (atoms->resinfo[i].name != NULL)
 244             {
 245                 sfree(*atoms->resinfo[i].name);
 246                 *atoms->resinfo[i].name = NULL;
 247             }
 248         }
 249     }
 250     if (bFreeNames && atoms->atomtype != NULL)
 251     {
 252         for (i = 0; i < atoms->nr; i++)
 253         {
 254             if (atoms->atomtype[i] != NULL)
 255             {
 256                 sfree(*atoms->atomtype[i]);
 257                 *atoms->atomtype[i] = NULL;
 258             }
 259         }
 260     }
 261     if (bFreeNames && atoms->atomtypeB != NULL)
 262     {
 263         for (i = 0; i < atoms->nr; i++)
 264         {
 265             if (atoms->atomtypeB[i] != NULL)
 266             {
 267                 sfree(*atoms->atomtypeB[i]);
 268                 *atoms->atomtypeB[i] = NULL;
 269             }
 270         }
 271     }
 272     sfree(atoms->atomname);
 273     sfree(atoms->atomtype);
 274     sfree(atoms->atomtypeB);
 275     sfree(atoms->resinfo);
 276     sfree(atoms->atom);
 277     sfree(atoms->pdbinfo);
 278     atoms->nr        = 0;
 279     atoms->nres      = 0;
 280     atoms->atomname  = NULL;
 281     atoms->atomtype  = NULL;
 282     atoms->atomtypeB = NULL;
 283     atoms->resinfo   = NULL;
 284     atoms->atom      = NULL;
 285     atoms->pdbinfo   = NULL;
 286 }