src/gromacs/tools/tests/report_methods.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Tests for functionality of the "report" tool to write system information.
  38  *
  39  * \author
  40  */
  41 #include "gmxpre.h"
  42
  43 #include "gromacs/tools/report_methods.h"
  44
  45 #include "gromacs/fileio/tpxio.h"
  46 #include "gromacs/gmxpreprocess/grompp.h"
  47 #include "gromacs/mdtypes/state.h"
  48 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
  49 #include "gromacs/utility/stringstream.h"
  50 #include "gromacs/utility/textwriter.h"
  51
  52 #include "testutils/cmdlinetest.h"
  53 #include "testutils/refdata.h"
  54 #include "testutils/testfilemanager.h"
  55 #include "testutils/textblockmatchers.h"
  56 #include "testutils/tprfilegenerator.h"
  57
  58 namespace gmx
  59 {
  60
  61 namespace test
  62 {
  63
  64 class ReportMethodsTest : public ::testing::Test
  65 {
  66 protected:
  67     // TODO this is changed in newer googletest versions
  68     //! Prepare shared resources.
  69     static void SetUpTestCase() { s_tprFileHandle = new TprAndFileManager("lysozyme"); }
  70     //! Clean up shared resources.
  71     static void TearDownTestCase()
  72     {
  73         delete s_tprFileHandle;
  74         s_tprFileHandle = nullptr;
  75     }
  76     //! Storage for opened file handles.
  77     static TprAndFileManager* s_tprFileHandle;
  78 };
  79
  80 TprAndFileManager* ReportMethodsTest::s_tprFileHandle = nullptr;
  81
  82 /*! \brief
  83  * Reads a tpr for the test.
  84  *
  85  * Reads a tpr to have access to the system information for print out.
  86  *
  87  * \param[in] tprHandle Handle to the tpr to red in.
  88  * \param[in] mtop Pointer to topology datastructure to populate.
  89  * \param[in] ir Pointer to inputrec to populate.
  90  */
  91 static void readTprInput(const TprAndFileManager* tprHandle, gmx_mtop_t* mtop, t_inputrec* ir)
  92 {
  93     // read tpr into variables needed for output
  94     {
  95         t_state state;
  96         read_tpx_state(tprHandle->tprName().c_str(), ir, &state, mtop);
  97     }
  98 }
  99
 100 TEST_F(ReportMethodsTest, WritesCorrectHeadersFormated)
 101 {
 102     gmx::StringOutputStream stream;
 103     gmx::TextWriter         test(&stream);
 104     writeHeader(&test, "Test", "Test", true);
 105
 106     std::string referenceString = "\\Test{Test}\n";
 107
 108     EXPECT_EQ(stream.toString(), referenceString);
 109 }
 110 TEST_F(ReportMethodsTest, WritesCorrectHeadersUnformatted)
 111 {
 112     gmx::StringOutputStream stream;
 113     gmx::TextWriter         test(&stream);
 114     writeHeader(&test, "Test", "Test", false);
 115
 116     std::string referenceString = "Test: Test\n";
 117
 118     EXPECT_EQ(stream.toString(), referenceString);
 119 }
 120
 121 TEST_F(ReportMethodsTest, WritesCorrectInformation)
 122 {
 123     gmx_mtop_t top;
 124     t_inputrec ir;
 125     EXPECT_NO_THROW(readTprInput(s_tprFileHandle, &top, &ir));
 126
 127     // Test both formatted and unformatted output in the same test
 128     {
 129         gmx::StringOutputStream stream;
 130         gmx::TextWriter         test(&stream);
 131
 132         writeSystemInformation(&test, top, true);
 133
 134         std::string referenceString =
 135                 "\\subsection{Simulation system}\n"
 136                 "A system of 1 molecules (156 atoms) was simulated.\n";
 137
 138         EXPECT_EQ(stream.toString(), referenceString);
 139     }
 140
 141     {
 142         gmx::StringOutputStream stream;
 143         gmx::TextWriter         test(&stream);
 144
 145         writeSystemInformation(&test, top, false);
 146
 147         std::string referenceString =
 148                 "subsection: Simulation system\n"
 149                 "A system of 1 molecules (156 atoms) was simulated.\n";
 150
 151         EXPECT_EQ(stream.toString(), referenceString);
 152     }
 153
 154     // Test for correct parameter information as well
 155     {
 156         gmx::StringOutputStream stream;
 157         gmx::TextWriter         test(&stream);
 158
 159         writeParameterInformation(&test, ir, true);
 160
 161         std::string referenceString =
 162                 "\\subsection{Simulation settings}\n"
 163                 "A total of 0 ns were simulated with a time step of 1 fs.\n"
 164                 "Neighbor searching was performed every 10 steps.\n"
 165                 "The Cut-off algorithm was used for electrostatic interactions.\n"
 166                 "with a cut-off of 1 nm.\nA single cut-off of 1.1 nm was used "
 167                 "for Van der Waals interactions.\n";
 168
 169         EXPECT_EQ(stream.toString(), referenceString);
 170     }
 171 }
 172
 173 TEST_F(ReportMethodsTest, ToolEndToEndTest)
 174 {
 175     const char* const command[] = { "report-methods", "-s", s_tprFileHandle->tprName().c_str() };
 176     CommandLine       cmdline(command);
 177     EXPECT_EQ(0, gmx::test::CommandLineTestHelper::runModuleFactory(&gmx::ReportMethodsInfo::create,
 178                                                                     &cmdline));
 179 }
 180
 181 } // namespace test
 182
 183 } // namespace gmx