src/gromacs/tools/report-methods.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2018, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 #ifndef GMX_TOOLS_REPORT_METHODS_H
  36 #define GMX_TOOLS_REPORT_METHODS_H
  37
  38 #include "gromacs/commandline/cmdlineoptionsmodule.h"
  39 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  40 #include "gromacs/topology/topology.h"
  41 #include "gromacs/utility/filestream.h"
  42 #include "gromacs/utility/textwriter.h"
  43
  44 namespace gmx
  45 {
  46
  47 class ReportMethodsInfo
  48 {
  49     public:
  50         static const char name[];
  51         static const char shortDescription[];
  52         static ICommandLineOptionsModulePointer create();
  53 };
  54
  55 // Helper functions of the class
  56
  57 /*! \brief
  58  * Write appropiate Header to output stream.
  59  *
  60  * \param[in] writer TextWriter object for writing information.
  61  * \param[in] text String with the header before writing.
  62  * \param[in] section String with section text for header.
  63  * \param[in] writeFormattedText If we need to format the text for LaTeX output or not
  64  */
  65 void writeHeader(TextWriter *writer, const std::string &text, const std::string &section, bool writeFormattedText);
  66
  67 /*! \brief
  68  * Write information about the molecules in the system.
  69  *
  70  * This method should write all possible information about
  71  * the molecular composition of the system.
  72  *
  73  * \param[in] writer TextWriter object for writing information.
  74  * \param[in] top Local topology used to derive the information to write out.
  75  * \param[in] writeFormattedText Decide if we want formatted text output or not.
  76  *
  77  */
  78 void writeSystemInformation(TextWriter *writer, const gmx_mtop_t &top, bool writeFormattedText);
  79
  80 /*! \brief
  81  * Write information about system parameters.
  82  *
  83  * This method writes the basic information for the system parameters
  84  * and simulation settings as reported in the \p ir.
  85  *
  86  * \param[in] writer TextWriter object for writing information.
  87  * \param[in] ir Reference to inputrec of the run input.
  88  * \param[in] writeFormattedText Decide if we want formatted text output or not.
  89  */
  90 void writeParameterInformation(TextWriter *writer, const t_inputrec &ir, bool writeFormattedText);
  91
  92 /*! \brief
  93  * Wrapper for writing out information.
  94  *
  95  * This function is actual called from within the run method
  96  * to write the information to the terminal or to file.
  97  * New write out methods should be added to it instead of adding them in run.
  98  *
  99  * \param[in] outputStream The filestream used to write the information to.
 100  * \param[in] ir Reference to inputrec of the run input.
 101  * \param[in] top Local topology used to derive the information to write out.
 102  * \param[in] writeFormattedText Decide if we want formatted text output or not.
 103  * \param[in] notStdout Bool to see if we can close the file after writing or not in case of stdout.
 104  */
 105 void writeInformation(TextOutputFile *outputStream, const t_inputrec &ir,
 106                       const gmx_mtop_t &top, bool writeFormattedText, bool notStdout);
 107
 108 } // namespace gmx
 109
 110 #endif