src/gromacs/tools/dump.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2013, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include "dump.h"
  40
  41 #include "config.h"
  42
  43 #include <cassert>
  44 #include <cmath>
  45 #include <cstdio>
  46 #include <cstring>
  47
  48 #include "gromacs/commandline/pargs.h"
  49 #include "gromacs/fileio/checkpoint.h"
  50 #include "gromacs/fileio/enxio.h"
  51 #include "gromacs/fileio/gmxfio.h"
  52 #include "gromacs/fileio/mtxio.h"
  53 #include "gromacs/fileio/tngio.h"
  54 #include "gromacs/fileio/tpxio.h"
  55 #include "gromacs/fileio/trrio.h"
  56 #include "gromacs/fileio/xtcio.h"
  57 #include "gromacs/gmxpreprocess/gmxcpp.h"
  58 #include "gromacs/linearalgebra/sparsematrix.h"
  59 #include "gromacs/math/vecdump.h"
  60 #include "gromacs/mdrunutility/mdmodules.h"
  61 #include "gromacs/mdtypes/forcerec.h"
  62 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  63 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
  64 #include "gromacs/mdtypes/state.h"
  65 #include "gromacs/topology/mtop_util.h"
  66 #include "gromacs/topology/topology.h"
  67 #include "gromacs/trajectory/energyframe.h"
  68 #include "gromacs/trajectory/trajectoryframe.h"
  69 #include "gromacs/utility/arraysize.h"
  70 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  71 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  72 #include "gromacs/utility/futil.h"
  73 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  74 #include "gromacs/utility/txtdump.h"
  75
  76 namespace gmx
  77 {
  78
  79 namespace
  80 {
  81
  82 //! Dump a TPR file
  83 void list_tpx(const char *fn,
  84               gmx_bool    bShowNumbers,
  85               gmx_bool    bShowParameters,
  86               const char *mdpfn,
  87               gmx_bool    bSysTop,
  88               gmx_bool    bOriginalInputrec)
  89 {
  90     FILE         *gp;
  91     int           indent, i, j, **gcount, atot;
  92     t_state       state;
  93     t_tpxheader   tpx;
  94     gmx_mtop_t    mtop;
  95     t_topology    top;
  96
  97     read_tpxheader(fn, &tpx, TRUE);
  98     t_inputrec     ir;
  99     read_tpx_state(fn,
 100                    tpx.bIr ? &ir : nullptr,
 101                    &state,
 102                    tpx.bTop ? &mtop : nullptr);
 103     if (tpx.bIr && !bOriginalInputrec)
 104     {
 105         MDModules().adjustInputrecBasedOnModules(&ir);
 106     }
 107
 108     if (mdpfn && tpx.bIr)
 109     {
 110         gp = gmx_fio_fopen(mdpfn, "w");
 111         pr_inputrec(gp, 0, nullptr, &ir, TRUE);
 112         gmx_fio_fclose(gp);
 113     }
 114
 115     if (!mdpfn)
 116     {
 117         if (bSysTop)
 118         {
 119             top = gmx_mtop_t_to_t_topology(&mtop, false);
 120         }
 121
 122         if (available(stdout, &tpx, 0, fn))
 123         {
 124             indent = 0;
 125             pr_title(stdout, indent, fn);
 126             pr_inputrec(stdout, 0, "inputrec", tpx.bIr ? &ir : nullptr, FALSE);
 127
 128             pr_tpxheader(stdout, indent, "header", &(tpx));
 129
 130             if (!bSysTop)
 131             {
 132                 pr_mtop(stdout, indent, "topology", &(mtop), bShowNumbers, bShowParameters);
 133             }
 134             else
 135             {
 136                 pr_top(stdout, indent, "topology", &(top), bShowNumbers, bShowParameters);
 137             }
 138
 139             pr_rvecs(stdout, indent, "box", tpx.bBox ? state.box : nullptr, DIM);
 140             pr_rvecs(stdout, indent, "box_rel", tpx.bBox ? state.box_rel : nullptr, DIM);
 141             pr_rvecs(stdout, indent, "boxv", tpx.bBox ? state.boxv : nullptr, DIM);
 142             pr_rvecs(stdout, indent, "pres_prev", tpx.bBox ? state.pres_prev : nullptr, DIM);
 143             pr_rvecs(stdout, indent, "svir_prev", tpx.bBox ? state.svir_prev : nullptr, DIM);
 144             pr_rvecs(stdout, indent, "fvir_prev", tpx.bBox ? state.fvir_prev : nullptr, DIM);
 145             /* leave nosehoover_xi in for now to match the tpr version */
 146             pr_doubles(stdout, indent, "nosehoover_xi", state.nosehoover_xi.data(), state.ngtc);
 147             /*pr_doubles(stdout,indent,"nosehoover_vxi",state.nosehoover_vxi,state.ngtc);*/
 148             /*pr_doubles(stdout,indent,"therm_integral",state.therm_integral,state.ngtc);*/
 149             pr_rvecs(stdout, indent, "x", tpx.bX ? state.x.rvec_array() : nullptr, state.natoms);
 150             pr_rvecs(stdout, indent, "v", tpx.bV ? state.v.rvec_array() : nullptr, state.natoms);
 151         }
 152
 153         const gmx_groups_t &groups = mtop.groups;
 154
 155         snew(gcount, egcNR);
 156         for (i = 0; (i < egcNR); i++)
 157         {
 158             snew(gcount[i], groups.grps[i].nr);
 159         }
 160
 161         for (i = 0; (i < mtop.natoms); i++)
 162         {
 163             for (j = 0; (j < egcNR); j++)
 164             {
 165                 gcount[j][getGroupType(groups, j, i)]++;
 166             }
 167         }
 168         printf("Group statistics\n");
 169         for (i = 0; (i < egcNR); i++)
 170         {
 171             atot = 0;
 172             printf("%-12s: ", gtypes[i]);
 173             for (j = 0; (j < groups.grps[i].nr); j++)
 174             {
 175                 printf("  %5d", gcount[i][j]);
 176                 atot += gcount[i][j];
 177             }
 178             printf("  (total %d atoms)\n", atot);
 179             sfree(gcount[i]);
 180         }
 181         sfree(gcount);
 182     }
 183 }
 184
 185 //! Dump a topology file
 186 void list_top(const char *fn)
 187 {
 188     int       status, done;
 189 #define BUFLEN 256
 190     char      buf[BUFLEN];
 191     gmx_cpp_t handle;
 192     char     *cppopts[] = { nullptr };
 193
 194     status = cpp_open_file(fn, &handle, cppopts);
 195     if (status != 0)
 196     {
 197         gmx_fatal(FARGS, "%s", cpp_error(&handle, status));
 198     }
 199     do
 200     {
 201         status = cpp_read_line(&handle, BUFLEN, buf);
 202         done   = static_cast<int>(status == eCPP_EOF);
 203         if (!done)
 204         {
 205             if (status != eCPP_OK)
 206             {
 207                 gmx_fatal(FARGS, "%s", cpp_error(&handle, status));
 208             }
 209             else
 210             {
 211                 printf("%s\n", buf);
 212             }
 213         }
 214     }
 215     while (done == 0);
 216     status = cpp_close_file(&handle);
 217     if (status != eCPP_OK)
 218     {
 219         gmx_fatal(FARGS, "%s", cpp_error(&handle, status));
 220     }
 221 }
 222
 223 //! Dump a TRR file
 224 void list_trr(const char *fn)
 225 {
 226     t_fileio         *fpread;
 227     int               nframe, indent;
 228     char              buf[256];
 229     rvec             *x, *v, *f;
 230     matrix            box;
 231     gmx_trr_header_t  trrheader;
 232     gmx_bool          bOK;
 233
 234     fpread  = gmx_trr_open(fn, "r");
 235
 236     nframe = 0;
 237     while (gmx_trr_read_frame_header(fpread, &trrheader, &bOK))
 238     {
 239         snew(x, trrheader.natoms);
 240         snew(v, trrheader.natoms);
 241         snew(f, trrheader.natoms);
 242         if (gmx_trr_read_frame_data(fpread, &trrheader,
 243                                     trrheader.box_size ? box : nullptr,
 244                                     trrheader.x_size   ? x : nullptr,
 245                                     trrheader.v_size   ? v : nullptr,
 246                                     trrheader.f_size   ? f : nullptr))
 247         {
 248             sprintf(buf, "%s frame %d", fn, nframe);
 249             indent = 0;
 250             indent = pr_title(stdout, indent, buf);
 251             pr_indent(stdout, indent);
 252             fprintf(stdout, "natoms=%10d  step=%10" PRId64 "  time=%12.7e  lambda=%10g\n",
 253                     trrheader.natoms, trrheader.step, trrheader.t, trrheader.lambda);
 254             if (trrheader.box_size)
 255             {
 256                 pr_rvecs(stdout, indent, "box", box, DIM);
 257             }
 258             if (trrheader.x_size)
 259             {
 260                 pr_rvecs(stdout, indent, "x", x, trrheader.natoms);
 261             }
 262             if (trrheader.v_size)
 263             {
 264                 pr_rvecs(stdout, indent, "v", v, trrheader.natoms);
 265             }
 266             if (trrheader.f_size)
 267             {
 268                 pr_rvecs(stdout, indent, "f", f, trrheader.natoms);
 269             }
 270         }
 271         else
 272         {
 273             fprintf(stderr, "\nWARNING: Incomplete frame: nr %d, t=%g\n",
 274                     nframe, trrheader.t);
 275         }
 276
 277         sfree(x);
 278         sfree(v);
 279         sfree(f);
 280         nframe++;
 281     }
 282     if (!bOK)
 283     {
 284         fprintf(stderr, "\nWARNING: Incomplete frame header: nr %d, t=%g\n",
 285                 nframe, trrheader.t);
 286     }
 287     gmx_trr_close(fpread);
 288 }
 289
 290 //! Dump an xtc file
 291 void list_xtc(const char *fn)
 292 {
 293     t_fileio   *xd;
 294     int         indent;
 295     char        buf[256];
 296     rvec       *x;
 297     matrix      box;
 298     int         nframe, natoms;
 299     int64_t     step;
 300     real        prec, time;
 301     gmx_bool    bOK;
 302
 303     xd = open_xtc(fn, "r");
 304     read_first_xtc(xd, &natoms, &step, &time, box, &x, &prec, &bOK);
 305
 306     nframe = 0;
 307     do
 308     {
 309         sprintf(buf, "%s frame %d", fn, nframe);
 310         indent = 0;
 311         indent = pr_title(stdout, indent, buf);
 312         pr_indent(stdout, indent);
 313         fprintf(stdout, "natoms=%10d  step=%10" PRId64 "  time=%12.7e  prec=%10g\n",
 314                 natoms, step, time, prec);
 315         pr_rvecs(stdout, indent, "box", box, DIM);
 316         pr_rvecs(stdout, indent, "x", x, natoms);
 317         nframe++;
 318     }
 319     while (read_next_xtc(xd, natoms, &step, &time, box, x, &prec, &bOK) != 0);
 320     if (!bOK)
 321     {
 322         fprintf(stderr, "\nWARNING: Incomplete frame at time %g\n", time);
 323     }
 324     sfree(x);
 325     close_xtc(xd);
 326 }
 327
 328 #if GMX_USE_TNG
 329
 330 /*! \brief Callback used by list_tng_for_gmx_dump. */
 331 void list_tng_inner(const char *fn,
 332                     gmx_bool    bFirstFrame,
 333                     real       *values,
 334                     int64_t     step,
 335                     double      frame_time,
 336                     int64_t     n_values_per_frame,
 337                     int64_t     n_atoms,
 338                     real        prec,
 339                     int64_t     nframe,
 340                     char       *block_name)
 341 {
 342     char                 buf[256];
 343     int                  indent = 0;
 344
 345     if (bFirstFrame)
 346     {
 347         sprintf(buf, "%s frame %" PRId64, fn, nframe);
 348         indent = 0;
 349         indent = pr_title(stdout, indent, buf);
 350         pr_indent(stdout, indent);
 351         fprintf(stdout, "natoms=%10" PRId64 "  step=%10" PRId64 "  time=%12.7e",
 352                 n_atoms, step, frame_time);
 353         if (prec > 0)
 354         {
 355             fprintf(stdout, "  prec=%10g", prec);
 356         }
 357         fprintf(stdout, "\n");
 358     }
 359     pr_reals_of_dim(stdout, indent, block_name, values, n_atoms, n_values_per_frame);
 360 }
 361
 362 #endif
 363
 364 //! Dump a TNG file
 365 void list_tng(const char *fn)
 366 {
 367 #if GMX_USE_TNG
 368     gmx_tng_trajectory_t tng;
 369     int64_t              nframe = 0;
 370     int64_t              i, *block_ids = nullptr, step, ndatablocks;
 371     gmx_bool             bOK;
 372     real                *values = nullptr;
 373
 374     gmx_tng_open(fn, 'r', &tng);
 375     gmx_print_tng_molecule_system(tng, stdout);
 376
 377     bOK    = gmx_get_tng_data_block_types_of_next_frame(tng, -1,
 378                                                         0,
 379                                                         nullptr,
 380                                                         &step, &ndatablocks,
 381                                                         &block_ids);
 382     do
 383     {
 384         for (i = 0; i < ndatablocks; i++)
 385         {
 386             double               frame_time;
 387             real                 prec;
 388             int64_t              n_values_per_frame, n_atoms;
 389             char                 block_name[STRLEN];
 390
 391             gmx_get_tng_data_next_frame_of_block_type(tng, block_ids[i], &values,
 392                                                       &step, &frame_time,
 393                                                       &n_values_per_frame, &n_atoms,
 394                                                       &prec,
 395                                                       block_name, STRLEN, &bOK);
 396             if (!bOK)
 397             {
 398                 /* Can't write any output because we don't know what
 399                    arrays are valid. */
 400                 fprintf(stderr, "\nWARNING: Incomplete frame at time %g, will not write output\n", frame_time);
 401             }
 402             else
 403             {
 404                 list_tng_inner(fn, (0 == i), values, step, frame_time,
 405                                n_values_per_frame, n_atoms, prec, nframe, block_name);
 406             }
 407         }
 408         nframe++;
 409     }
 410     while (gmx_get_tng_data_block_types_of_next_frame(tng, step,
 411                                                       0,
 412                                                       nullptr,
 413                                                       &step,
 414                                                       &ndatablocks,
 415                                                       &block_ids));
 416
 417     if (block_ids)
 418     {
 419         sfree(block_ids);
 420     }
 421     sfree(values);
 422     gmx_tng_close(&tng);
 423 #else
 424     GMX_UNUSED_VALUE(fn);
 425 #endif
 426 }
 427
 428 //! Dump a trajectory file
 429 void list_trx(const char *fn)
 430 {
 431     switch (fn2ftp(fn))
 432     {
 433         case efXTC:
 434             list_xtc(fn);
 435             break;
 436         case efTRR:
 437             list_trr(fn);
 438             break;
 439         case efTNG:
 440             list_tng(fn);
 441             break;
 442         default:
 443             fprintf(stderr, "File %s is of an unsupported type. Try using the command\n 'less %s'\n",
 444                     fn, fn);
 445     }
 446 }
 447
 448 //! Dump an energy file
 449 void list_ene(const char *fn)
 450 {
 451     ener_file_t    in;
 452     gmx_bool       bCont;
 453     gmx_enxnm_t   *enm = nullptr;
 454     t_enxframe    *fr;
 455     int            i, j, nre, b;
 456     char           buf[22];
 457
 458     printf("gmx dump: %s\n", fn);
 459     in = open_enx(fn, "r");
 460     do_enxnms(in, &nre, &enm);
 461     assert(enm);
 462
 463     printf("energy components:\n");
 464     for (i = 0; (i < nre); i++)
 465     {
 466         printf("%5d  %-24s (%s)\n", i, enm[i].name, enm[i].unit);
 467     }
 468
 469     snew(fr, 1);
 470     do
 471     {
 472         bCont = do_enx(in, fr);
 473
 474         if (bCont)
 475         {
 476             printf("\n%24s  %12.5e  %12s  %12s\n", "time:",
 477                    fr->t, "step:", gmx_step_str(fr->step, buf));
 478             printf("%24s  %12s  %12s  %12s\n",
 479                    "", "", "nsteps:", gmx_step_str(fr->nsteps, buf));
 480             printf("%24s  %12.5e  %12s  %12s\n",
 481                    "delta_t:", fr->dt, "sum steps:", gmx_step_str(fr->nsum, buf));
 482             if (fr->nre == nre)
 483             {
 484                 printf("%24s  %12s  %12s  %12s\n",
 485                        "Component", "Energy", "Av. Energy", "Sum Energy");
 486                 if (fr->nsum > 0)
 487                 {
 488                     for (i = 0; (i < nre); i++)
 489                     {
 490                         printf("%24s  %12.5e  %12.5e  %12.5e\n",
 491                                enm[i].name, fr->ener[i].e, fr->ener[i].eav,
 492                                fr->ener[i].esum);
 493                     }
 494                 }
 495                 else
 496                 {
 497                     for (i = 0; (i < nre); i++)
 498                     {
 499                         printf("%24s  %12.5e\n",
 500                                enm[i].name, fr->ener[i].e);
 501                     }
 502                 }
 503             }
 504             for (b = 0; b < fr->nblock; b++)
 505             {
 506                 const char *typestr = "";
 507
 508                 t_enxblock *eb = &(fr->block[b]);
 509                 printf("Block data %2d (%3d subblocks, id=%d)\n",
 510                        b, eb->nsub, eb->id);
 511
 512                 if (eb->id < enxNR)
 513                 {
 514                     typestr = enx_block_id_name[eb->id];
 515                 }
 516                 printf("  id='%s'\n", typestr);
 517                 for (i = 0; i < eb->nsub; i++)
 518                 {
 519                     t_enxsubblock *sb = &(eb->sub[i]);
 520                     printf("  Sub block %3d (%5d elems, type=%s) values:\n",
 521                            i, sb->nr, xdr_datatype_names[sb->type]);
 522
 523                     switch (sb->type)
 524                     {
 525                         case xdr_datatype_float:
 526                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 527                             {
 528                                 printf("%14d   %8.4f\n", j, sb->fval[j]);
 529                             }
 530                             break;
 531                         case xdr_datatype_double:
 532                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 533                             {
 534                                 printf("%14d   %10.6f\n", j, sb->dval[j]);
 535                             }
 536                             break;
 537                         case xdr_datatype_int:
 538                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 539                             {
 540                                 printf("%14d %10d\n", j, sb->ival[j]);
 541                             }
 542                             break;
 543                         case xdr_datatype_int64:
 544                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 545                             {
 546                                 printf("%14d %s\n",
 547                                        j, gmx_step_str(sb->lval[j], buf));
 548                             }
 549                             break;
 550                         case xdr_datatype_char:
 551                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 552                             {
 553                                 printf("%14d %1c\n", j, sb->cval[j]);
 554                             }
 555                             break;
 556                         case xdr_datatype_string:
 557                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 558                             {
 559                                 printf("%14d %80s\n", j, sb->sval[j]);
 560                             }
 561                             break;
 562                         default:
 563                             gmx_incons("Unknown subblock type");
 564                     }
 565                 }
 566             }
 567         }
 568     }
 569     while (bCont);
 570
 571     close_enx(in);
 572
 573     free_enxframe(fr);
 574     sfree(fr);
 575     sfree(enm);
 576 }
 577
 578 //! Dump a (Hessian) matrix file
 579 void list_mtx(const char *fn)
 580 {
 581     int                  nrow, ncol, i, j, k;
 582     real                *full   = nullptr, value;
 583     gmx_sparsematrix_t * sparse = nullptr;
 584
 585     gmx_mtxio_read(fn, &nrow, &ncol, &full, &sparse);
 586
 587     if (full == nullptr)
 588     {
 589         snew(full, nrow*ncol);
 590         for (i = 0; i < nrow*ncol; i++)
 591         {
 592             full[i] = 0;
 593         }
 594
 595         for (i = 0; i < sparse->nrow; i++)
 596         {
 597             for (j = 0; j < sparse->ndata[i]; j++)
 598             {
 599                 k              = sparse->data[i][j].col;
 600                 value          = sparse->data[i][j].value;
 601                 full[i*ncol+k] = value;
 602                 full[k*ncol+i] = value;
 603             }
 604         }
 605         gmx_sparsematrix_destroy(sparse);
 606     }
 607
 608     printf("%d %d\n", nrow, ncol);
 609     for (i = 0; i < nrow; i++)
 610     {
 611         for (j = 0; j < ncol; j++)
 612         {
 613             printf(" %g", full[i*ncol+j]);
 614         }
 615         printf("\n");
 616     }
 617
 618     sfree(full);
 619 }
 620
 621 }   // namespace
 622
 623 int gmx_dump(int argc, char *argv[])
 624 {
 625     const char *desc[] = {
 626         "[THISMODULE] reads a run input file ([REF].tpr[ref]),",
 627         "a trajectory ([REF].trr[ref]/[REF].xtc[ref]/[TT]/tng[tt]), an energy",
 628         "file ([REF].edr[ref]) or a checkpoint file ([REF].cpt[ref])",
 629         "and prints that to standard output in a readable format.",
 630         "This program is essential for checking your run input file in case of",
 631         "problems.[PAR]",
 632         "The program can also preprocess a topology to help finding problems.",
 633         "Note that currently setting [TT]GMXLIB[tt] is the only way to customize",
 634         "directories used for searching include files.",
 635     };
 636     const char *bugs[] = {
 637         "Position restraint output from -sys -s is broken"
 638     };
 639     t_filenm    fnm[] = {
 640         { efTPR, "-s", nullptr, ffOPTRD },
 641         { efTRX, "-f", nullptr, ffOPTRD },
 642         { efEDR, "-e", nullptr, ffOPTRD },
 643         { efCPT, nullptr, nullptr, ffOPTRD },
 644         { efTOP, "-p", nullptr, ffOPTRD },
 645         { efMTX, "-mtx", "hessian", ffOPTRD },
 646         { efMDP, "-om", nullptr, ffOPTWR }
 647     };
 648 #define NFILE asize(fnm)
 649
 650     gmx_output_env_t *oenv;
 651     /* Command line options */
 652     gmx_bool          bShowNumbers      = TRUE;
 653     gmx_bool          bShowParams       = FALSE;
 654     gmx_bool          bSysTop           = FALSE;
 655     gmx_bool          bOriginalInputrec = FALSE;
 656     t_pargs           pa[]              = {
 657         { "-nr", FALSE, etBOOL, {&bShowNumbers}, "Show index numbers in output (leaving them out makes comparison easier, but creates a useless topology)" },
 658         { "-param", FALSE, etBOOL, {&bShowParams}, "Show parameters for each bonded interaction (for comparing dumps, it is useful to combine this with -nonr)" },
 659         { "-sys", FALSE, etBOOL, {&bSysTop}, "List the atoms and bonded interactions for the whole system instead of for each molecule type" },
 660         { "-orgir", FALSE, etBOOL, {&bOriginalInputrec}, "Show input parameters from tpr as they were written by the version that produced the file, instead of how the current version reads them" }
 661     };
 662
 663     if (!parse_common_args(&argc, argv, 0, NFILE, fnm, asize(pa), pa,
 664                            asize(desc), desc, asize(bugs), bugs, &oenv))
 665     {
 666         return 0;
 667     }
 668
 669
 670     if (ftp2bSet(efTPR, NFILE, fnm))
 671     {
 672         list_tpx(ftp2fn(efTPR, NFILE, fnm), bShowNumbers, bShowParams,
 673                  ftp2fn_null(efMDP, NFILE, fnm), bSysTop, bOriginalInputrec);
 674     }
 675     else if (ftp2bSet(efTRX, NFILE, fnm))
 676     {
 677         list_trx(ftp2fn(efTRX, NFILE, fnm));
 678     }
 679     else if (ftp2bSet(efEDR, NFILE, fnm))
 680     {
 681         list_ene(ftp2fn(efEDR, NFILE, fnm));
 682     }
 683     else if (ftp2bSet(efCPT, NFILE, fnm))
 684     {
 685         list_checkpoint(ftp2fn(efCPT, NFILE, fnm), stdout);
 686     }
 687     else if (ftp2bSet(efTOP, NFILE, fnm))
 688     {
 689         list_top(ftp2fn(efTOP, NFILE, fnm));
 690     }
 691     else if (ftp2bSet(efMTX, NFILE, fnm))
 692     {
 693         list_mtx(ftp2fn(efMTX, NFILE, fnm));
 694     }
 695
 696     return 0;
 697 }
 698
 699 }   // namespace gmx