src/gromacs/tools/dump.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2013, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include "config.h"
  40
  41 #include <cassert>
  42 #include <cmath>
  43 #include <cstdio>
  44 #include <cstring>
  45
  46 #include "gromacs/commandline/pargs.h"
  47 #include "gromacs/fileio/checkpoint.h"
  48 #include "gromacs/fileio/enxio.h"
  49 #include "gromacs/fileio/gmxfio.h"
  50 #include "gromacs/fileio/mtxio.h"
  51 #include "gromacs/fileio/tngio.h"
  52 #include "gromacs/fileio/tpxio.h"
  53 #include "gromacs/fileio/trrio.h"
  54 #include "gromacs/fileio/xtcio.h"
  55 #include "gromacs/gmxpreprocess/gmxcpp.h"
  56 #include "gromacs/linearalgebra/sparsematrix.h"
  57 #include "gromacs/math/vecdump.h"
  58 #include "gromacs/mdrunutility/mdmodules.h"
  59 #include "gromacs/mdtypes/forcerec.h"
  60 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  61 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
  62 #include "gromacs/mdtypes/state.h"
  63 #include "gromacs/topology/mtop_util.h"
  64 #include "gromacs/topology/topology.h"
  65 #include "gromacs/trajectory/trajectoryframe.h"
  66 #include "gromacs/utility/arraysize.h"
  67 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  68 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  69 #include "gromacs/utility/futil.h"
  70 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  71 #include "gromacs/utility/txtdump.h"
  72
  73 static void list_tpx(const char *fn,
  74                      gmx_bool    bShowNumbers,
  75                      gmx_bool    bShowParameters,
  76                      const char *mdpfn,
  77                      gmx_bool    bSysTop)
  78 {
  79     FILE         *gp;
  80     int           indent, i, j, **gcount, atot;
  81     t_state       state;
  82     t_inputrec   *ir = nullptr;
  83     t_tpxheader   tpx;
  84     gmx_mtop_t    mtop;
  85     gmx_groups_t *groups;
  86     t_topology    top;
  87
  88     read_tpxheader(fn, &tpx, TRUE);
  89     gmx::MDModules mdModules;
  90     if (tpx.bIr)
  91     {
  92         ir = mdModules.inputrec();
  93     }
  94     read_tpx_state(fn,
  95                    ir,
  96                    &state,
  97                    tpx.bTop ? &mtop : nullptr);
  98     if (tpx.bIr)
  99     {
 100         mdModules.assignOptionsToModulesFromTpr();
 101     }
 102
 103     if (mdpfn && tpx.bIr)
 104     {
 105         gp = gmx_fio_fopen(mdpfn, "w");
 106         pr_inputrec(gp, 0, nullptr, ir, TRUE);
 107         gmx_fio_fclose(gp);
 108     }
 109
 110     if (!mdpfn)
 111     {
 112         if (bSysTop)
 113         {
 114             top = gmx_mtop_t_to_t_topology(&mtop, false);
 115         }
 116
 117         if (available(stdout, &tpx, 0, fn))
 118         {
 119             indent = 0;
 120             pr_title(stdout, indent, fn);
 121             pr_inputrec(stdout, 0, "inputrec", ir, FALSE);
 122
 123             pr_tpxheader(stdout, indent, "header", &(tpx));
 124
 125             if (!bSysTop)
 126             {
 127                 pr_mtop(stdout, indent, "topology", &(mtop), bShowNumbers, bShowParameters);
 128             }
 129             else
 130             {
 131                 pr_top(stdout, indent, "topology", &(top), bShowNumbers, bShowParameters);
 132             }
 133
 134             pr_rvecs(stdout, indent, "box", tpx.bBox ? state.box : nullptr, DIM);
 135             pr_rvecs(stdout, indent, "box_rel", tpx.bBox ? state.box_rel : nullptr, DIM);
 136             pr_rvecs(stdout, indent, "boxv", tpx.bBox ? state.boxv : nullptr, DIM);
 137             pr_rvecs(stdout, indent, "pres_prev", tpx.bBox ? state.pres_prev : nullptr, DIM);
 138             pr_rvecs(stdout, indent, "svir_prev", tpx.bBox ? state.svir_prev : nullptr, DIM);
 139             pr_rvecs(stdout, indent, "fvir_prev", tpx.bBox ? state.fvir_prev : nullptr, DIM);
 140             /* leave nosehoover_xi in for now to match the tpr version */
 141             pr_doubles(stdout, indent, "nosehoover_xi", state.nosehoover_xi.data(), state.ngtc);
 142             /*pr_doubles(stdout,indent,"nosehoover_vxi",state.nosehoover_vxi,state.ngtc);*/
 143             /*pr_doubles(stdout,indent,"therm_integral",state.therm_integral,state.ngtc);*/
 144             pr_rvecs(stdout, indent, "x", tpx.bX ? as_rvec_array(state.x.data()) : nullptr, state.natoms);
 145             pr_rvecs(stdout, indent, "v", tpx.bV ? as_rvec_array(state.v.data()) : nullptr, state.natoms);
 146         }
 147
 148         groups = &mtop.groups;
 149
 150         snew(gcount, egcNR);
 151         for (i = 0; (i < egcNR); i++)
 152         {
 153             snew(gcount[i], groups->grps[i].nr);
 154         }
 155
 156         for (i = 0; (i < mtop.natoms); i++)
 157         {
 158             for (j = 0; (j < egcNR); j++)
 159             {
 160                 gcount[j][ggrpnr(groups, j, i)]++;
 161             }
 162         }
 163         printf("Group statistics\n");
 164         for (i = 0; (i < egcNR); i++)
 165         {
 166             atot = 0;
 167             printf("%-12s: ", gtypes[i]);
 168             for (j = 0; (j < groups->grps[i].nr); j++)
 169             {
 170                 printf("  %5d", gcount[i][j]);
 171                 atot += gcount[i][j];
 172             }
 173             printf("  (total %d atoms)\n", atot);
 174             sfree(gcount[i]);
 175         }
 176         sfree(gcount);
 177     }
 178 }
 179
 180 static void list_top(const char *fn)
 181 {
 182     int       status, done;
 183 #define BUFLEN 256
 184     char      buf[BUFLEN];
 185     gmx_cpp_t handle;
 186     char     *cppopts[] = { nullptr };
 187
 188     status = cpp_open_file(fn, &handle, cppopts);
 189     if (status != 0)
 190     {
 191         gmx_fatal(FARGS, cpp_error(&handle, status));
 192     }
 193     do
 194     {
 195         status = cpp_read_line(&handle, BUFLEN, buf);
 196         done   = (status == eCPP_EOF);
 197         if (!done)
 198         {
 199             if (status != eCPP_OK)
 200             {
 201                 gmx_fatal(FARGS, cpp_error(&handle, status));
 202             }
 203             else
 204             {
 205                 printf("%s\n", buf);
 206             }
 207         }
 208     }
 209     while (!done);
 210     status = cpp_close_file(&handle);
 211     if (status != eCPP_OK)
 212     {
 213         gmx_fatal(FARGS, cpp_error(&handle, status));
 214     }
 215 }
 216
 217 static void list_trr(const char *fn)
 218 {
 219     t_fileio         *fpread;
 220     int               nframe, indent;
 221     char              buf[256];
 222     rvec             *x, *v, *f;
 223     matrix            box;
 224     gmx_trr_header_t  trrheader;
 225     gmx_bool          bOK;
 226
 227     fpread  = gmx_trr_open(fn, "r");
 228
 229     nframe = 0;
 230     while (gmx_trr_read_frame_header(fpread, &trrheader, &bOK))
 231     {
 232         snew(x, trrheader.natoms);
 233         snew(v, trrheader.natoms);
 234         snew(f, trrheader.natoms);
 235         if (gmx_trr_read_frame_data(fpread, &trrheader,
 236                                     trrheader.box_size ? box : nullptr,
 237                                     trrheader.x_size   ? x : nullptr,
 238                                     trrheader.v_size   ? v : nullptr,
 239                                     trrheader.f_size   ? f : nullptr))
 240         {
 241             sprintf(buf, "%s frame %d", fn, nframe);
 242             indent = 0;
 243             indent = pr_title(stdout, indent, buf);
 244             pr_indent(stdout, indent);
 245             fprintf(stdout, "natoms=%10d  step=%10" GMX_PRId64 "  time=%12.7e  lambda=%10g\n",
 246                     trrheader.natoms, trrheader.step, trrheader.t, trrheader.lambda);
 247             if (trrheader.box_size)
 248             {
 249                 pr_rvecs(stdout, indent, "box", box, DIM);
 250             }
 251             if (trrheader.x_size)
 252             {
 253                 pr_rvecs(stdout, indent, "x", x, trrheader.natoms);
 254             }
 255             if (trrheader.v_size)
 256             {
 257                 pr_rvecs(stdout, indent, "v", v, trrheader.natoms);
 258             }
 259             if (trrheader.f_size)
 260             {
 261                 pr_rvecs(stdout, indent, "f", f, trrheader.natoms);
 262             }
 263         }
 264         else
 265         {
 266             fprintf(stderr, "\nWARNING: Incomplete frame: nr %d, t=%g\n",
 267                     nframe, trrheader.t);
 268         }
 269
 270         sfree(x);
 271         sfree(v);
 272         sfree(f);
 273         nframe++;
 274     }
 275     if (!bOK)
 276     {
 277         fprintf(stderr, "\nWARNING: Incomplete frame header: nr %d, t=%g\n",
 278                 nframe, trrheader.t);
 279     }
 280     gmx_trr_close(fpread);
 281 }
 282
 283 void list_xtc(const char *fn)
 284 {
 285     t_fileio   *xd;
 286     int         indent;
 287     char        buf[256];
 288     rvec       *x;
 289     matrix      box;
 290     int         nframe, natoms;
 291     gmx_int64_t step;
 292     real        prec, time;
 293     gmx_bool    bOK;
 294
 295     xd = open_xtc(fn, "r");
 296     read_first_xtc(xd, &natoms, &step, &time, box, &x, &prec, &bOK);
 297
 298     nframe = 0;
 299     do
 300     {
 301         sprintf(buf, "%s frame %d", fn, nframe);
 302         indent = 0;
 303         indent = pr_title(stdout, indent, buf);
 304         pr_indent(stdout, indent);
 305         fprintf(stdout, "natoms=%10d  step=%10" GMX_PRId64 "  time=%12.7e  prec=%10g\n",
 306                 natoms, step, time, prec);
 307         pr_rvecs(stdout, indent, "box", box, DIM);
 308         pr_rvecs(stdout, indent, "x", x, natoms);
 309         nframe++;
 310     }
 311     while (read_next_xtc(xd, natoms, &step, &time, box, x, &prec, &bOK));
 312     if (!bOK)
 313     {
 314         fprintf(stderr, "\nWARNING: Incomplete frame at time %g\n", time);
 315     }
 316     sfree(x);
 317     close_xtc(xd);
 318 }
 319
 320 /*! \brief Callback used by list_tng_for_gmx_dump. */
 321 static void list_tng_inner(const char *fn,
 322                            gmx_bool    bFirstFrame,
 323                            real       *values,
 324                            gmx_int64_t step,
 325                            double      frame_time,
 326                            gmx_int64_t n_values_per_frame,
 327                            gmx_int64_t n_atoms,
 328                            real        prec,
 329                            gmx_int64_t nframe,
 330                            char       *block_name)
 331 {
 332     char                 buf[256];
 333     int                  indent = 0;
 334
 335     if (bFirstFrame)
 336     {
 337         sprintf(buf, "%s frame %" GMX_PRId64, fn, nframe);
 338         indent = 0;
 339         indent = pr_title(stdout, indent, buf);
 340         pr_indent(stdout, indent);
 341         fprintf(stdout, "natoms=%10" GMX_PRId64 "  step=%10" GMX_PRId64 "  time=%12.7e",
 342                 n_atoms, step, frame_time);
 343         if (prec > 0)
 344         {
 345             fprintf(stdout, "  prec=%10g", prec);
 346         }
 347         fprintf(stdout, "\n");
 348     }
 349     pr_reals_of_dim(stdout, indent, block_name, values, n_atoms, n_values_per_frame);
 350 }
 351
 352 static void list_tng(const char gmx_unused *fn)
 353 {
 354 #ifdef GMX_USE_TNG
 355     tng_trajectory_t     tng;
 356     gmx_int64_t          nframe = 0;
 357     gmx_int64_t          i, *block_ids = nullptr, step, ndatablocks;
 358     gmx_bool             bOK;
 359     real                *values = nullptr;
 360
 361     gmx_tng_open(fn, 'r', &tng);
 362     gmx_print_tng_molecule_system(tng, stdout);
 363
 364     bOK    = gmx_get_tng_data_block_types_of_next_frame(tng, -1,
 365                                                         0,
 366                                                         nullptr,
 367                                                         &step, &ndatablocks,
 368                                                         &block_ids);
 369     do
 370     {
 371         for (i = 0; i < ndatablocks; i++)
 372         {
 373             double               frame_time;
 374             real                 prec;
 375             gmx_int64_t          n_values_per_frame, n_atoms;
 376             char                 block_name[STRLEN];
 377
 378             gmx_get_tng_data_next_frame_of_block_type(tng, block_ids[i], &values,
 379                                                       &step, &frame_time,
 380                                                       &n_values_per_frame, &n_atoms,
 381                                                       &prec,
 382                                                       block_name, STRLEN, &bOK);
 383             if (!bOK)
 384             {
 385                 /* Can't write any output because we don't know what
 386                    arrays are valid. */
 387                 fprintf(stderr, "\nWARNING: Incomplete frame at time %g, will not write output\n", frame_time);
 388             }
 389             else
 390             {
 391                 list_tng_inner(fn, (0 == i), values, step, frame_time,
 392                                n_values_per_frame, n_atoms, prec, nframe, block_name);
 393             }
 394         }
 395         nframe++;
 396     }
 397     while (gmx_get_tng_data_block_types_of_next_frame(tng, step,
 398                                                       0,
 399                                                       nullptr,
 400                                                       &step,
 401                                                       &ndatablocks,
 402                                                       &block_ids));
 403
 404     if (block_ids)
 405     {
 406         sfree(block_ids);
 407     }
 408     sfree(values);
 409     gmx_tng_close(&tng);
 410 #endif
 411 }
 412
 413 void list_trx(const char *fn)
 414 {
 415     switch (fn2ftp(fn))
 416     {
 417         case efXTC:
 418             list_xtc(fn);
 419             break;
 420         case efTRR:
 421             list_trr(fn);
 422             break;
 423         case efTNG:
 424             list_tng(fn);
 425             break;
 426         default:
 427             fprintf(stderr, "File %s is of an unsupported type. Try using the command\n 'less %s'\n",
 428                     fn, fn);
 429     }
 430 }
 431
 432 void list_ene(const char *fn)
 433 {
 434     ener_file_t    in;
 435     gmx_bool       bCont;
 436     gmx_enxnm_t   *enm = nullptr;
 437     t_enxframe    *fr;
 438     int            i, j, nre, b;
 439     char           buf[22];
 440
 441     printf("gmx dump: %s\n", fn);
 442     in = open_enx(fn, "r");
 443     do_enxnms(in, &nre, &enm);
 444     assert(enm);
 445
 446     printf("energy components:\n");
 447     for (i = 0; (i < nre); i++)
 448     {
 449         printf("%5d  %-24s (%s)\n", i, enm[i].name, enm[i].unit);
 450     }
 451
 452     snew(fr, 1);
 453     do
 454     {
 455         bCont = do_enx(in, fr);
 456
 457         if (bCont)
 458         {
 459             printf("\n%24s  %12.5e  %12s  %12s\n", "time:",
 460                    fr->t, "step:", gmx_step_str(fr->step, buf));
 461             printf("%24s  %12s  %12s  %12s\n",
 462                    "", "", "nsteps:", gmx_step_str(fr->nsteps, buf));
 463             printf("%24s  %12.5e  %12s  %12s\n",
 464                    "delta_t:", fr->dt, "sum steps:", gmx_step_str(fr->nsum, buf));
 465             if (fr->nre == nre)
 466             {
 467                 printf("%24s  %12s  %12s  %12s\n",
 468                        "Component", "Energy", "Av. Energy", "Sum Energy");
 469                 if (fr->nsum > 0)
 470                 {
 471                     for (i = 0; (i < nre); i++)
 472                     {
 473                         printf("%24s  %12.5e  %12.5e  %12.5e\n",
 474                                enm[i].name, fr->ener[i].e, fr->ener[i].eav,
 475                                fr->ener[i].esum);
 476                     }
 477                 }
 478                 else
 479                 {
 480                     for (i = 0; (i < nre); i++)
 481                     {
 482                         printf("%24s  %12.5e\n",
 483                                enm[i].name, fr->ener[i].e);
 484                     }
 485                 }
 486             }
 487             for (b = 0; b < fr->nblock; b++)
 488             {
 489                 const char *typestr = "";
 490
 491                 t_enxblock *eb = &(fr->block[b]);
 492                 printf("Block data %2d (%3d subblocks, id=%d)\n",
 493                        b, eb->nsub, eb->id);
 494
 495                 if (eb->id < enxNR)
 496                 {
 497                     typestr = enx_block_id_name[eb->id];
 498                 }
 499                 printf("  id='%s'\n", typestr);
 500                 for (i = 0; i < eb->nsub; i++)
 501                 {
 502                     t_enxsubblock *sb = &(eb->sub[i]);
 503                     printf("  Sub block %3d (%5d elems, type=%s) values:\n",
 504                            i, sb->nr, xdr_datatype_names[sb->type]);
 505
 506                     switch (sb->type)
 507                     {
 508                         case xdr_datatype_float:
 509                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 510                             {
 511                                 printf("%14d   %8.4f\n", j, sb->fval[j]);
 512                             }
 513                             break;
 514                         case xdr_datatype_double:
 515                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 516                             {
 517                                 printf("%14d   %10.6f\n", j, sb->dval[j]);
 518                             }
 519                             break;
 520                         case xdr_datatype_int:
 521                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 522                             {
 523                                 printf("%14d %10d\n", j, sb->ival[j]);
 524                             }
 525                             break;
 526                         case xdr_datatype_int64:
 527                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 528                             {
 529                                 printf("%14d %s\n",
 530                                        j, gmx_step_str(sb->lval[j], buf));
 531                             }
 532                             break;
 533                         case xdr_datatype_char:
 534                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 535                             {
 536                                 printf("%14d %1c\n", j, sb->cval[j]);
 537                             }
 538                             break;
 539                         case xdr_datatype_string:
 540                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 541                             {
 542                                 printf("%14d %80s\n", j, sb->sval[j]);
 543                             }
 544                             break;
 545                         default:
 546                             gmx_incons("Unknown subblock type");
 547                     }
 548                 }
 549             }
 550         }
 551     }
 552     while (bCont);
 553
 554     close_enx(in);
 555
 556     free_enxframe(fr);
 557     sfree(fr);
 558     sfree(enm);
 559 }
 560
 561 static void list_mtx(const char *fn)
 562 {
 563     int                  nrow, ncol, i, j, k;
 564     real                *full   = nullptr, value;
 565     gmx_sparsematrix_t * sparse = nullptr;
 566
 567     gmx_mtxio_read(fn, &nrow, &ncol, &full, &sparse);
 568
 569     if (full == nullptr)
 570     {
 571         snew(full, nrow*ncol);
 572         for (i = 0; i < nrow*ncol; i++)
 573         {
 574             full[i] = 0;
 575         }
 576
 577         for (i = 0; i < sparse->nrow; i++)
 578         {
 579             for (j = 0; j < sparse->ndata[i]; j++)
 580             {
 581                 k              = sparse->data[i][j].col;
 582                 value          = sparse->data[i][j].value;
 583                 full[i*ncol+k] = value;
 584                 full[k*ncol+i] = value;
 585             }
 586         }
 587         gmx_sparsematrix_destroy(sparse);
 588     }
 589
 590     printf("%d %d\n", nrow, ncol);
 591     for (i = 0; i < nrow; i++)
 592     {
 593         for (j = 0; j < ncol; j++)
 594         {
 595             printf(" %g", full[i*ncol+j]);
 596         }
 597         printf("\n");
 598     }
 599
 600     sfree(full);
 601 }
 602
 603 int gmx_dump(int argc, char *argv[])
 604 {
 605     const char *desc[] = {
 606         "[THISMODULE] reads a run input file ([REF].tpr[ref]),",
 607         "a trajectory ([REF].trr[ref]/[REF].xtc[ref]/[TT]/tng[tt]), an energy",
 608         "file ([REF].edr[ref]) or a checkpoint file ([REF].cpt[ref])",
 609         "and prints that to standard output in a readable format.",
 610         "This program is essential for checking your run input file in case of",
 611         "problems.[PAR]",
 612         "The program can also preprocess a topology to help finding problems.",
 613         "Note that currently setting [TT]GMXLIB[tt] is the only way to customize",
 614         "directories used for searching include files.",
 615     };
 616     const char *bugs[] = {
 617         "Position restraint output from -sys -s is broken"
 618     };
 619     t_filenm    fnm[] = {
 620         { efTPR, "-s", nullptr, ffOPTRD },
 621         { efTRX, "-f", nullptr, ffOPTRD },
 622         { efEDR, "-e", nullptr, ffOPTRD },
 623         { efCPT, nullptr, nullptr, ffOPTRD },
 624         { efTOP, "-p", nullptr, ffOPTRD },
 625         { efMTX, "-mtx", "hessian", ffOPTRD },
 626         { efMDP, "-om", nullptr, ffOPTWR }
 627     };
 628 #define NFILE asize(fnm)
 629
 630     gmx_output_env_t *oenv;
 631     /* Command line options */
 632     static gmx_bool   bShowNumbers = TRUE;
 633     static gmx_bool   bShowParams  = FALSE;
 634     static gmx_bool   bSysTop      = FALSE;
 635     t_pargs           pa[]         = {
 636         { "-nr", FALSE, etBOOL, {&bShowNumbers}, "Show index numbers in output (leaving them out makes comparison easier, but creates a useless topology)" },
 637         { "-param", FALSE, etBOOL, {&bShowParams}, "Show parameters for each bonded interaction (for comparing dumps, it is useful to combine this with -nonr)" },
 638         { "-sys", FALSE, etBOOL, {&bSysTop}, "List the atoms and bonded interactions for the whole system instead of for each molecule type" }
 639     };
 640
 641     if (!parse_common_args(&argc, argv, 0, NFILE, fnm, asize(pa), pa,
 642                            asize(desc), desc, asize(bugs), bugs, &oenv))
 643     {
 644         return 0;
 645     }
 646
 647
 648     if (ftp2bSet(efTPR, NFILE, fnm))
 649     {
 650         list_tpx(ftp2fn(efTPR, NFILE, fnm), bShowNumbers, bShowParams,
 651                  ftp2fn_null(efMDP, NFILE, fnm), bSysTop);
 652     }
 653     else if (ftp2bSet(efTRX, NFILE, fnm))
 654     {
 655         list_trx(ftp2fn(efTRX, NFILE, fnm));
 656     }
 657     else if (ftp2bSet(efEDR, NFILE, fnm))
 658     {
 659         list_ene(ftp2fn(efEDR, NFILE, fnm));
 660     }
 661     else if (ftp2bSet(efCPT, NFILE, fnm))
 662     {
 663         list_checkpoint(ftp2fn(efCPT, NFILE, fnm), stdout);
 664     }
 665     else if (ftp2bSet(efTOP, NFILE, fnm))
 666     {
 667         list_top(ftp2fn(efTOP, NFILE, fnm));
 668     }
 669     else if (ftp2bSet(efMTX, NFILE, fnm))
 670     {
 671         list_mtx(ftp2fn(efMTX, NFILE, fnm));
 672     }
 673
 674     return 0;
 675 }