src/gromacs/tools/dump.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2013, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include "config.h"
  40
  41 #include <cassert>
  42 #include <cmath>
  43 #include <cstdio>
  44 #include <cstring>
  45
  46 #include "gromacs/commandline/pargs.h"
  47 #include "gromacs/fileio/checkpoint.h"
  48 #include "gromacs/fileio/enxio.h"
  49 #include "gromacs/fileio/gmxfio.h"
  50 #include "gromacs/fileio/mtxio.h"
  51 #include "gromacs/fileio/tngio.h"
  52 #include "gromacs/fileio/tpxio.h"
  53 #include "gromacs/fileio/trrio.h"
  54 #include "gromacs/fileio/xtcio.h"
  55 #include "gromacs/gmxpreprocess/gmxcpp.h"
  56 #include "gromacs/linearalgebra/sparsematrix.h"
  57 #include "gromacs/math/vecdump.h"
  58 #include "gromacs/mdrunutility/mdmodules.h"
  59 #include "gromacs/mdtypes/forcerec.h"
  60 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  61 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
  62 #include "gromacs/mdtypes/state.h"
  63 #include "gromacs/topology/mtop_util.h"
  64 #include "gromacs/topology/topology.h"
  65 #include "gromacs/trajectory/trajectoryframe.h"
  66 #include "gromacs/utility/arraysize.h"
  67 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  68 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  69 #include "gromacs/utility/futil.h"
  70 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  71 #include "gromacs/utility/txtdump.h"
  72
  73 static void list_tpx(const char *fn,
  74                      gmx_bool    bShowNumbers,
  75                      gmx_bool    bShowParameters,
  76                      const char *mdpfn,
  77                      gmx_bool    bSysTop,
  78                      gmx_bool    bOriginalInputrec)
  79 {
  80     FILE         *gp;
  81     int           indent, i, j, **gcount, atot;
  82     t_state       state;
  83     t_tpxheader   tpx;
  84     gmx_mtop_t    mtop;
  85     gmx_groups_t *groups;
  86     t_topology    top;
  87
  88     read_tpxheader(fn, &tpx, TRUE);
  89     t_inputrec     ir;
  90     read_tpx_state(fn,
  91                    tpx.bIr ? &ir : nullptr,
  92                    &state,
  93                    tpx.bTop ? &mtop : nullptr);
  94     if (tpx.bIr && !bOriginalInputrec)
  95     {
  96         gmx::MDModules mdModules;
  97         mdModules.adjustInputrecBasedOnModules(&ir);
  98     }
  99
 100     if (mdpfn && tpx.bIr)
 101     {
 102         gp = gmx_fio_fopen(mdpfn, "w");
 103         pr_inputrec(gp, 0, nullptr, &ir, TRUE);
 104         gmx_fio_fclose(gp);
 105     }
 106
 107     if (!mdpfn)
 108     {
 109         if (bSysTop)
 110         {
 111             top = gmx_mtop_t_to_t_topology(&mtop, false);
 112         }
 113
 114         if (available(stdout, &tpx, 0, fn))
 115         {
 116             indent = 0;
 117             pr_title(stdout, indent, fn);
 118             pr_inputrec(stdout, 0, "inputrec", tpx.bIr ? &ir : nullptr, FALSE);
 119
 120             pr_tpxheader(stdout, indent, "header", &(tpx));
 121
 122             if (!bSysTop)
 123             {
 124                 pr_mtop(stdout, indent, "topology", &(mtop), bShowNumbers, bShowParameters);
 125             }
 126             else
 127             {
 128                 pr_top(stdout, indent, "topology", &(top), bShowNumbers, bShowParameters);
 129             }
 130
 131             pr_rvecs(stdout, indent, "box", tpx.bBox ? state.box : nullptr, DIM);
 132             pr_rvecs(stdout, indent, "box_rel", tpx.bBox ? state.box_rel : nullptr, DIM);
 133             pr_rvecs(stdout, indent, "boxv", tpx.bBox ? state.boxv : nullptr, DIM);
 134             pr_rvecs(stdout, indent, "pres_prev", tpx.bBox ? state.pres_prev : nullptr, DIM);
 135             pr_rvecs(stdout, indent, "svir_prev", tpx.bBox ? state.svir_prev : nullptr, DIM);
 136             pr_rvecs(stdout, indent, "fvir_prev", tpx.bBox ? state.fvir_prev : nullptr, DIM);
 137             /* leave nosehoover_xi in for now to match the tpr version */
 138             pr_doubles(stdout, indent, "nosehoover_xi", state.nosehoover_xi.data(), state.ngtc);
 139             /*pr_doubles(stdout,indent,"nosehoover_vxi",state.nosehoover_vxi,state.ngtc);*/
 140             /*pr_doubles(stdout,indent,"therm_integral",state.therm_integral,state.ngtc);*/
 141             pr_rvecs(stdout, indent, "x", tpx.bX ? as_rvec_array(state.x.data()) : nullptr, state.natoms);
 142             pr_rvecs(stdout, indent, "v", tpx.bV ? as_rvec_array(state.v.data()) : nullptr, state.natoms);
 143         }
 144
 145         groups = &mtop.groups;
 146
 147         snew(gcount, egcNR);
 148         for (i = 0; (i < egcNR); i++)
 149         {
 150             snew(gcount[i], groups->grps[i].nr);
 151         }
 152
 153         for (i = 0; (i < mtop.natoms); i++)
 154         {
 155             for (j = 0; (j < egcNR); j++)
 156             {
 157                 gcount[j][ggrpnr(groups, j, i)]++;
 158             }
 159         }
 160         printf("Group statistics\n");
 161         for (i = 0; (i < egcNR); i++)
 162         {
 163             atot = 0;
 164             printf("%-12s: ", gtypes[i]);
 165             for (j = 0; (j < groups->grps[i].nr); j++)
 166             {
 167                 printf("  %5d", gcount[i][j]);
 168                 atot += gcount[i][j];
 169             }
 170             printf("  (total %d atoms)\n", atot);
 171             sfree(gcount[i]);
 172         }
 173         sfree(gcount);
 174     }
 175 }
 176
 177 static void list_top(const char *fn)
 178 {
 179     int       status, done;
 180 #define BUFLEN 256
 181     char      buf[BUFLEN];
 182     gmx_cpp_t handle;
 183     char     *cppopts[] = { nullptr };
 184
 185     status = cpp_open_file(fn, &handle, cppopts);
 186     if (status != 0)
 187     {
 188         gmx_fatal(FARGS, cpp_error(&handle, status));
 189     }
 190     do
 191     {
 192         status = cpp_read_line(&handle, BUFLEN, buf);
 193         done   = (status == eCPP_EOF);
 194         if (!done)
 195         {
 196             if (status != eCPP_OK)
 197             {
 198                 gmx_fatal(FARGS, cpp_error(&handle, status));
 199             }
 200             else
 201             {
 202                 printf("%s\n", buf);
 203             }
 204         }
 205     }
 206     while (!done);
 207     status = cpp_close_file(&handle);
 208     if (status != eCPP_OK)
 209     {
 210         gmx_fatal(FARGS, cpp_error(&handle, status));
 211     }
 212 }
 213
 214 static void list_trr(const char *fn)
 215 {
 216     t_fileio         *fpread;
 217     int               nframe, indent;
 218     char              buf[256];
 219     rvec             *x, *v, *f;
 220     matrix            box;
 221     gmx_trr_header_t  trrheader;
 222     gmx_bool          bOK;
 223
 224     fpread  = gmx_trr_open(fn, "r");
 225
 226     nframe = 0;
 227     while (gmx_trr_read_frame_header(fpread, &trrheader, &bOK))
 228     {
 229         snew(x, trrheader.natoms);
 230         snew(v, trrheader.natoms);
 231         snew(f, trrheader.natoms);
 232         if (gmx_trr_read_frame_data(fpread, &trrheader,
 233                                     trrheader.box_size ? box : nullptr,
 234                                     trrheader.x_size   ? x : nullptr,
 235                                     trrheader.v_size   ? v : nullptr,
 236                                     trrheader.f_size   ? f : nullptr))
 237         {
 238             sprintf(buf, "%s frame %d", fn, nframe);
 239             indent = 0;
 240             indent = pr_title(stdout, indent, buf);
 241             pr_indent(stdout, indent);
 242             fprintf(stdout, "natoms=%10d  step=%10" GMX_PRId64 "  time=%12.7e  lambda=%10g\n",
 243                     trrheader.natoms, trrheader.step, trrheader.t, trrheader.lambda);
 244             if (trrheader.box_size)
 245             {
 246                 pr_rvecs(stdout, indent, "box", box, DIM);
 247             }
 248             if (trrheader.x_size)
 249             {
 250                 pr_rvecs(stdout, indent, "x", x, trrheader.natoms);
 251             }
 252             if (trrheader.v_size)
 253             {
 254                 pr_rvecs(stdout, indent, "v", v, trrheader.natoms);
 255             }
 256             if (trrheader.f_size)
 257             {
 258                 pr_rvecs(stdout, indent, "f", f, trrheader.natoms);
 259             }
 260         }
 261         else
 262         {
 263             fprintf(stderr, "\nWARNING: Incomplete frame: nr %d, t=%g\n",
 264                     nframe, trrheader.t);
 265         }
 266
 267         sfree(x);
 268         sfree(v);
 269         sfree(f);
 270         nframe++;
 271     }
 272     if (!bOK)
 273     {
 274         fprintf(stderr, "\nWARNING: Incomplete frame header: nr %d, t=%g\n",
 275                 nframe, trrheader.t);
 276     }
 277     gmx_trr_close(fpread);
 278 }
 279
 280 void list_xtc(const char *fn)
 281 {
 282     t_fileio   *xd;
 283     int         indent;
 284     char        buf[256];
 285     rvec       *x;
 286     matrix      box;
 287     int         nframe, natoms;
 288     gmx_int64_t step;
 289     real        prec, time;
 290     gmx_bool    bOK;
 291
 292     xd = open_xtc(fn, "r");
 293     read_first_xtc(xd, &natoms, &step, &time, box, &x, &prec, &bOK);
 294
 295     nframe = 0;
 296     do
 297     {
 298         sprintf(buf, "%s frame %d", fn, nframe);
 299         indent = 0;
 300         indent = pr_title(stdout, indent, buf);
 301         pr_indent(stdout, indent);
 302         fprintf(stdout, "natoms=%10d  step=%10" GMX_PRId64 "  time=%12.7e  prec=%10g\n",
 303                 natoms, step, time, prec);
 304         pr_rvecs(stdout, indent, "box", box, DIM);
 305         pr_rvecs(stdout, indent, "x", x, natoms);
 306         nframe++;
 307     }
 308     while (read_next_xtc(xd, natoms, &step, &time, box, x, &prec, &bOK));
 309     if (!bOK)
 310     {
 311         fprintf(stderr, "\nWARNING: Incomplete frame at time %g\n", time);
 312     }
 313     sfree(x);
 314     close_xtc(xd);
 315 }
 316
 317 /*! \brief Callback used by list_tng_for_gmx_dump. */
 318 static void list_tng_inner(const char *fn,
 319                            gmx_bool    bFirstFrame,
 320                            real       *values,
 321                            gmx_int64_t step,
 322                            double      frame_time,
 323                            gmx_int64_t n_values_per_frame,
 324                            gmx_int64_t n_atoms,
 325                            real        prec,
 326                            gmx_int64_t nframe,
 327                            char       *block_name)
 328 {
 329     char                 buf[256];
 330     int                  indent = 0;
 331
 332     if (bFirstFrame)
 333     {
 334         sprintf(buf, "%s frame %" GMX_PRId64, fn, nframe);
 335         indent = 0;
 336         indent = pr_title(stdout, indent, buf);
 337         pr_indent(stdout, indent);
 338         fprintf(stdout, "natoms=%10" GMX_PRId64 "  step=%10" GMX_PRId64 "  time=%12.7e",
 339                 n_atoms, step, frame_time);
 340         if (prec > 0)
 341         {
 342             fprintf(stdout, "  prec=%10g", prec);
 343         }
 344         fprintf(stdout, "\n");
 345     }
 346     pr_reals_of_dim(stdout, indent, block_name, values, n_atoms, n_values_per_frame);
 347 }
 348
 349 static void list_tng(const char gmx_unused *fn)
 350 {
 351 #ifdef GMX_USE_TNG
 352     tng_trajectory_t     tng;
 353     gmx_int64_t          nframe = 0;
 354     gmx_int64_t          i, *block_ids = nullptr, step, ndatablocks;
 355     gmx_bool             bOK;
 356     real                *values = nullptr;
 357
 358     gmx_tng_open(fn, 'r', &tng);
 359     gmx_print_tng_molecule_system(tng, stdout);
 360
 361     bOK    = gmx_get_tng_data_block_types_of_next_frame(tng, -1,
 362                                                         0,
 363                                                         nullptr,
 364                                                         &step, &ndatablocks,
 365                                                         &block_ids);
 366     do
 367     {
 368         for (i = 0; i < ndatablocks; i++)
 369         {
 370             double               frame_time;
 371             real                 prec;
 372             gmx_int64_t          n_values_per_frame, n_atoms;
 373             char                 block_name[STRLEN];
 374
 375             gmx_get_tng_data_next_frame_of_block_type(tng, block_ids[i], &values,
 376                                                       &step, &frame_time,
 377                                                       &n_values_per_frame, &n_atoms,
 378                                                       &prec,
 379                                                       block_name, STRLEN, &bOK);
 380             if (!bOK)
 381             {
 382                 /* Can't write any output because we don't know what
 383                    arrays are valid. */
 384                 fprintf(stderr, "\nWARNING: Incomplete frame at time %g, will not write output\n", frame_time);
 385             }
 386             else
 387             {
 388                 list_tng_inner(fn, (0 == i), values, step, frame_time,
 389                                n_values_per_frame, n_atoms, prec, nframe, block_name);
 390             }
 391         }
 392         nframe++;
 393     }
 394     while (gmx_get_tng_data_block_types_of_next_frame(tng, step,
 395                                                       0,
 396                                                       nullptr,
 397                                                       &step,
 398                                                       &ndatablocks,
 399                                                       &block_ids));
 400
 401     if (block_ids)
 402     {
 403         sfree(block_ids);
 404     }
 405     sfree(values);
 406     gmx_tng_close(&tng);
 407 #endif
 408 }
 409
 410 void list_trx(const char *fn)
 411 {
 412     switch (fn2ftp(fn))
 413     {
 414         case efXTC:
 415             list_xtc(fn);
 416             break;
 417         case efTRR:
 418             list_trr(fn);
 419             break;
 420         case efTNG:
 421             list_tng(fn);
 422             break;
 423         default:
 424             fprintf(stderr, "File %s is of an unsupported type. Try using the command\n 'less %s'\n",
 425                     fn, fn);
 426     }
 427 }
 428
 429 void list_ene(const char *fn)
 430 {
 431     ener_file_t    in;
 432     gmx_bool       bCont;
 433     gmx_enxnm_t   *enm = nullptr;
 434     t_enxframe    *fr;
 435     int            i, j, nre, b;
 436     char           buf[22];
 437
 438     printf("gmx dump: %s\n", fn);
 439     in = open_enx(fn, "r");
 440     do_enxnms(in, &nre, &enm);
 441     assert(enm);
 442
 443     printf("energy components:\n");
 444     for (i = 0; (i < nre); i++)
 445     {
 446         printf("%5d  %-24s (%s)\n", i, enm[i].name, enm[i].unit);
 447     }
 448
 449     snew(fr, 1);
 450     do
 451     {
 452         bCont = do_enx(in, fr);
 453
 454         if (bCont)
 455         {
 456             printf("\n%24s  %12.5e  %12s  %12s\n", "time:",
 457                    fr->t, "step:", gmx_step_str(fr->step, buf));
 458             printf("%24s  %12s  %12s  %12s\n",
 459                    "", "", "nsteps:", gmx_step_str(fr->nsteps, buf));
 460             printf("%24s  %12.5e  %12s  %12s\n",
 461                    "delta_t:", fr->dt, "sum steps:", gmx_step_str(fr->nsum, buf));
 462             if (fr->nre == nre)
 463             {
 464                 printf("%24s  %12s  %12s  %12s\n",
 465                        "Component", "Energy", "Av. Energy", "Sum Energy");
 466                 if (fr->nsum > 0)
 467                 {
 468                     for (i = 0; (i < nre); i++)
 469                     {
 470                         printf("%24s  %12.5e  %12.5e  %12.5e\n",
 471                                enm[i].name, fr->ener[i].e, fr->ener[i].eav,
 472                                fr->ener[i].esum);
 473                     }
 474                 }
 475                 else
 476                 {
 477                     for (i = 0; (i < nre); i++)
 478                     {
 479                         printf("%24s  %12.5e\n",
 480                                enm[i].name, fr->ener[i].e);
 481                     }
 482                 }
 483             }
 484             for (b = 0; b < fr->nblock; b++)
 485             {
 486                 const char *typestr = "";
 487
 488                 t_enxblock *eb = &(fr->block[b]);
 489                 printf("Block data %2d (%3d subblocks, id=%d)\n",
 490                        b, eb->nsub, eb->id);
 491
 492                 if (eb->id < enxNR)
 493                 {
 494                     typestr = enx_block_id_name[eb->id];
 495                 }
 496                 printf("  id='%s'\n", typestr);
 497                 for (i = 0; i < eb->nsub; i++)
 498                 {
 499                     t_enxsubblock *sb = &(eb->sub[i]);
 500                     printf("  Sub block %3d (%5d elems, type=%s) values:\n",
 501                            i, sb->nr, xdr_datatype_names[sb->type]);
 502
 503                     switch (sb->type)
 504                     {
 505                         case xdr_datatype_float:
 506                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 507                             {
 508                                 printf("%14d   %8.4f\n", j, sb->fval[j]);
 509                             }
 510                             break;
 511                         case xdr_datatype_double:
 512                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 513                             {
 514                                 printf("%14d   %10.6f\n", j, sb->dval[j]);
 515                             }
 516                             break;
 517                         case xdr_datatype_int:
 518                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 519                             {
 520                                 printf("%14d %10d\n", j, sb->ival[j]);
 521                             }
 522                             break;
 523                         case xdr_datatype_int64:
 524                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 525                             {
 526                                 printf("%14d %s\n",
 527                                        j, gmx_step_str(sb->lval[j], buf));
 528                             }
 529                             break;
 530                         case xdr_datatype_char:
 531                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 532                             {
 533                                 printf("%14d %1c\n", j, sb->cval[j]);
 534                             }
 535                             break;
 536                         case xdr_datatype_string:
 537                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 538                             {
 539                                 printf("%14d %80s\n", j, sb->sval[j]);
 540                             }
 541                             break;
 542                         default:
 543                             gmx_incons("Unknown subblock type");
 544                     }
 545                 }
 546             }
 547         }
 548     }
 549     while (bCont);
 550
 551     close_enx(in);
 552
 553     free_enxframe(fr);
 554     sfree(fr);
 555     sfree(enm);
 556 }
 557
 558 static void list_mtx(const char *fn)
 559 {
 560     int                  nrow, ncol, i, j, k;
 561     real                *full   = nullptr, value;
 562     gmx_sparsematrix_t * sparse = nullptr;
 563
 564     gmx_mtxio_read(fn, &nrow, &ncol, &full, &sparse);
 565
 566     if (full == nullptr)
 567     {
 568         snew(full, nrow*ncol);
 569         for (i = 0; i < nrow*ncol; i++)
 570         {
 571             full[i] = 0;
 572         }
 573
 574         for (i = 0; i < sparse->nrow; i++)
 575         {
 576             for (j = 0; j < sparse->ndata[i]; j++)
 577             {
 578                 k              = sparse->data[i][j].col;
 579                 value          = sparse->data[i][j].value;
 580                 full[i*ncol+k] = value;
 581                 full[k*ncol+i] = value;
 582             }
 583         }
 584         gmx_sparsematrix_destroy(sparse);
 585     }
 586
 587     printf("%d %d\n", nrow, ncol);
 588     for (i = 0; i < nrow; i++)
 589     {
 590         for (j = 0; j < ncol; j++)
 591         {
 592             printf(" %g", full[i*ncol+j]);
 593         }
 594         printf("\n");
 595     }
 596
 597     sfree(full);
 598 }
 599
 600 int gmx_dump(int argc, char *argv[])
 601 {
 602     const char *desc[] = {
 603         "[THISMODULE] reads a run input file ([REF].tpr[ref]),",
 604         "a trajectory ([REF].trr[ref]/[REF].xtc[ref]/[TT]/tng[tt]), an energy",
 605         "file ([REF].edr[ref]) or a checkpoint file ([REF].cpt[ref])",
 606         "and prints that to standard output in a readable format.",
 607         "This program is essential for checking your run input file in case of",
 608         "problems.[PAR]",
 609         "The program can also preprocess a topology to help finding problems.",
 610         "Note that currently setting [TT]GMXLIB[tt] is the only way to customize",
 611         "directories used for searching include files.",
 612     };
 613     const char *bugs[] = {
 614         "Position restraint output from -sys -s is broken"
 615     };
 616     t_filenm    fnm[] = {
 617         { efTPR, "-s", nullptr, ffOPTRD },
 618         { efTRX, "-f", nullptr, ffOPTRD },
 619         { efEDR, "-e", nullptr, ffOPTRD },
 620         { efCPT, nullptr, nullptr, ffOPTRD },
 621         { efTOP, "-p", nullptr, ffOPTRD },
 622         { efMTX, "-mtx", "hessian", ffOPTRD },
 623         { efMDP, "-om", nullptr, ffOPTWR }
 624     };
 625 #define NFILE asize(fnm)
 626
 627     gmx_output_env_t *oenv;
 628     /* Command line options */
 629     gmx_bool          bShowNumbers      = TRUE;
 630     gmx_bool          bShowParams       = FALSE;
 631     gmx_bool          bSysTop           = FALSE;
 632     gmx_bool          bOriginalInputrec = FALSE;
 633     t_pargs           pa[]              = {
 634         { "-nr", FALSE, etBOOL, {&bShowNumbers}, "Show index numbers in output (leaving them out makes comparison easier, but creates a useless topology)" },
 635         { "-param", FALSE, etBOOL, {&bShowParams}, "Show parameters for each bonded interaction (for comparing dumps, it is useful to combine this with -nonr)" },
 636         { "-sys", FALSE, etBOOL, {&bSysTop}, "List the atoms and bonded interactions for the whole system instead of for each molecule type" },
 637         { "-orgir", FALSE, etBOOL, {&bOriginalInputrec}, "Show input parameters from tpr as they were written by the version that produced the file, instead of how the current version reads them" }
 638     };
 639
 640     if (!parse_common_args(&argc, argv, 0, NFILE, fnm, asize(pa), pa,
 641                            asize(desc), desc, asize(bugs), bugs, &oenv))
 642     {
 643         return 0;
 644     }
 645
 646
 647     if (ftp2bSet(efTPR, NFILE, fnm))
 648     {
 649         list_tpx(ftp2fn(efTPR, NFILE, fnm), bShowNumbers, bShowParams,
 650                  ftp2fn_null(efMDP, NFILE, fnm), bSysTop, bOriginalInputrec);
 651     }
 652     else if (ftp2bSet(efTRX, NFILE, fnm))
 653     {
 654         list_trx(ftp2fn(efTRX, NFILE, fnm));
 655     }
 656     else if (ftp2bSet(efEDR, NFILE, fnm))
 657     {
 658         list_ene(ftp2fn(efEDR, NFILE, fnm));
 659     }
 660     else if (ftp2bSet(efCPT, NFILE, fnm))
 661     {
 662         list_checkpoint(ftp2fn(efCPT, NFILE, fnm), stdout);
 663     }
 664     else if (ftp2bSet(efTOP, NFILE, fnm))
 665     {
 666         list_top(ftp2fn(efTOP, NFILE, fnm));
 667     }
 668     else if (ftp2bSet(efMTX, NFILE, fnm))
 669     {
 670         list_mtx(ftp2fn(efMTX, NFILE, fnm));
 671     }
 672
 673     return 0;
 674 }