src/gromacs/tools/dump.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2013, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include "config.h"
  40
  41 #include <cassert>
  42 #include <cmath>
  43 #include <cstdio>
  44 #include <cstring>
  45
  46 #include "gromacs/commandline/pargs.h"
  47 #include "gromacs/fileio/checkpoint.h"
  48 #include "gromacs/fileio/enxio.h"
  49 #include "gromacs/fileio/gmxfio.h"
  50 #include "gromacs/fileio/mtxio.h"
  51 #include "gromacs/fileio/tngio.h"
  52 #include "gromacs/fileio/tpxio.h"
  53 #include "gromacs/fileio/trrio.h"
  54 #include "gromacs/fileio/xtcio.h"
  55 #include "gromacs/gmxpreprocess/gmxcpp.h"
  56 #include "gromacs/linearalgebra/sparsematrix.h"
  57 #include "gromacs/math/vecdump.h"
  58 #include "gromacs/mdrunutility/mdmodules.h"
  59 #include "gromacs/mdtypes/forcerec.h"
  60 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  61 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
  62 #include "gromacs/mdtypes/state.h"
  63 #include "gromacs/topology/mtop_util.h"
  64 #include "gromacs/topology/topology.h"
  65 #include "gromacs/trajectory/trajectoryframe.h"
  66 #include "gromacs/utility/arraysize.h"
  67 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  68 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  69 #include "gromacs/utility/futil.h"
  70 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  71 #include "gromacs/utility/txtdump.h"
  72
  73 static void list_tpx(const char *fn,
  74                      gmx_bool    bShowNumbers,
  75                      gmx_bool    bShowParameters,
  76                      const char *mdpfn,
  77                      gmx_bool    bSysTop,
  78                      gmx_bool    bOriginalInputrec)
  79 {
  80     FILE         *gp;
  81     int           indent, i, j, **gcount, atot;
  82     t_state       state;
  83     t_tpxheader   tpx;
  84     gmx_mtop_t    mtop;
  85     gmx_groups_t *groups;
  86     t_topology    top;
  87
  88     read_tpxheader(fn, &tpx, TRUE);
  89     t_inputrec     ir;
  90     read_tpx_state(fn,
  91                    tpx.bIr ? &ir : nullptr,
  92                    &state,
  93                    tpx.bTop ? &mtop : nullptr);
  94     if (tpx.bIr && !bOriginalInputrec)
  95     {
  96         gmx::MDModules().adjustInputrecBasedOnModules(&ir);
  97     }
  98
  99     if (mdpfn && tpx.bIr)
 100     {
 101         gp = gmx_fio_fopen(mdpfn, "w");
 102         pr_inputrec(gp, 0, nullptr, &ir, TRUE);
 103         gmx_fio_fclose(gp);
 104     }
 105
 106     if (!mdpfn)
 107     {
 108         if (bSysTop)
 109         {
 110             top = gmx_mtop_t_to_t_topology(&mtop, false);
 111         }
 112
 113         if (available(stdout, &tpx, 0, fn))
 114         {
 115             indent = 0;
 116             pr_title(stdout, indent, fn);
 117             pr_inputrec(stdout, 0, "inputrec", tpx.bIr ? &ir : nullptr, FALSE);
 118
 119             pr_tpxheader(stdout, indent, "header", &(tpx));
 120
 121             if (!bSysTop)
 122             {
 123                 pr_mtop(stdout, indent, "topology", &(mtop), bShowNumbers, bShowParameters);
 124             }
 125             else
 126             {
 127                 pr_top(stdout, indent, "topology", &(top), bShowNumbers, bShowParameters);
 128             }
 129
 130             pr_rvecs(stdout, indent, "box", tpx.bBox ? state.box : nullptr, DIM);
 131             pr_rvecs(stdout, indent, "box_rel", tpx.bBox ? state.box_rel : nullptr, DIM);
 132             pr_rvecs(stdout, indent, "boxv", tpx.bBox ? state.boxv : nullptr, DIM);
 133             pr_rvecs(stdout, indent, "pres_prev", tpx.bBox ? state.pres_prev : nullptr, DIM);
 134             pr_rvecs(stdout, indent, "svir_prev", tpx.bBox ? state.svir_prev : nullptr, DIM);
 135             pr_rvecs(stdout, indent, "fvir_prev", tpx.bBox ? state.fvir_prev : nullptr, DIM);
 136             /* leave nosehoover_xi in for now to match the tpr version */
 137             pr_doubles(stdout, indent, "nosehoover_xi", state.nosehoover_xi.data(), state.ngtc);
 138             /*pr_doubles(stdout,indent,"nosehoover_vxi",state.nosehoover_vxi,state.ngtc);*/
 139             /*pr_doubles(stdout,indent,"therm_integral",state.therm_integral,state.ngtc);*/
 140             pr_rvecs(stdout, indent, "x", tpx.bX ? as_rvec_array(state.x.data()) : nullptr, state.natoms);
 141             pr_rvecs(stdout, indent, "v", tpx.bV ? as_rvec_array(state.v.data()) : nullptr, state.natoms);
 142         }
 143
 144         groups = &mtop.groups;
 145
 146         snew(gcount, egcNR);
 147         for (i = 0; (i < egcNR); i++)
 148         {
 149             snew(gcount[i], groups->grps[i].nr);
 150         }
 151
 152         for (i = 0; (i < mtop.natoms); i++)
 153         {
 154             for (j = 0; (j < egcNR); j++)
 155             {
 156                 gcount[j][ggrpnr(groups, j, i)]++;
 157             }
 158         }
 159         printf("Group statistics\n");
 160         for (i = 0; (i < egcNR); i++)
 161         {
 162             atot = 0;
 163             printf("%-12s: ", gtypes[i]);
 164             for (j = 0; (j < groups->grps[i].nr); j++)
 165             {
 166                 printf("  %5d", gcount[i][j]);
 167                 atot += gcount[i][j];
 168             }
 169             printf("  (total %d atoms)\n", atot);
 170             sfree(gcount[i]);
 171         }
 172         sfree(gcount);
 173     }
 174 }
 175
 176 static void list_top(const char *fn)
 177 {
 178     int       status, done;
 179 #define BUFLEN 256
 180     char      buf[BUFLEN];
 181     gmx_cpp_t handle;
 182     char     *cppopts[] = { nullptr };
 183
 184     status = cpp_open_file(fn, &handle, cppopts);
 185     if (status != 0)
 186     {
 187         gmx_fatal(FARGS, cpp_error(&handle, status));
 188     }
 189     do
 190     {
 191         status = cpp_read_line(&handle, BUFLEN, buf);
 192         done   = (status == eCPP_EOF);
 193         if (!done)
 194         {
 195             if (status != eCPP_OK)
 196             {
 197                 gmx_fatal(FARGS, cpp_error(&handle, status));
 198             }
 199             else
 200             {
 201                 printf("%s\n", buf);
 202             }
 203         }
 204     }
 205     while (!done);
 206     status = cpp_close_file(&handle);
 207     if (status != eCPP_OK)
 208     {
 209         gmx_fatal(FARGS, cpp_error(&handle, status));
 210     }
 211 }
 212
 213 static void list_trr(const char *fn)
 214 {
 215     t_fileio         *fpread;
 216     int               nframe, indent;
 217     char              buf[256];
 218     rvec             *x, *v, *f;
 219     matrix            box;
 220     gmx_trr_header_t  trrheader;
 221     gmx_bool          bOK;
 222
 223     fpread  = gmx_trr_open(fn, "r");
 224
 225     nframe = 0;
 226     while (gmx_trr_read_frame_header(fpread, &trrheader, &bOK))
 227     {
 228         snew(x, trrheader.natoms);
 229         snew(v, trrheader.natoms);
 230         snew(f, trrheader.natoms);
 231         if (gmx_trr_read_frame_data(fpread, &trrheader,
 232                                     trrheader.box_size ? box : nullptr,
 233                                     trrheader.x_size   ? x : nullptr,
 234                                     trrheader.v_size   ? v : nullptr,
 235                                     trrheader.f_size   ? f : nullptr))
 236         {
 237             sprintf(buf, "%s frame %d", fn, nframe);
 238             indent = 0;
 239             indent = pr_title(stdout, indent, buf);
 240             pr_indent(stdout, indent);
 241             fprintf(stdout, "natoms=%10d  step=%10" GMX_PRId64 "  time=%12.7e  lambda=%10g\n",
 242                     trrheader.natoms, trrheader.step, trrheader.t, trrheader.lambda);
 243             if (trrheader.box_size)
 244             {
 245                 pr_rvecs(stdout, indent, "box", box, DIM);
 246             }
 247             if (trrheader.x_size)
 248             {
 249                 pr_rvecs(stdout, indent, "x", x, trrheader.natoms);
 250             }
 251             if (trrheader.v_size)
 252             {
 253                 pr_rvecs(stdout, indent, "v", v, trrheader.natoms);
 254             }
 255             if (trrheader.f_size)
 256             {
 257                 pr_rvecs(stdout, indent, "f", f, trrheader.natoms);
 258             }
 259         }
 260         else
 261         {
 262             fprintf(stderr, "\nWARNING: Incomplete frame: nr %d, t=%g\n",
 263                     nframe, trrheader.t);
 264         }
 265
 266         sfree(x);
 267         sfree(v);
 268         sfree(f);
 269         nframe++;
 270     }
 271     if (!bOK)
 272     {
 273         fprintf(stderr, "\nWARNING: Incomplete frame header: nr %d, t=%g\n",
 274                 nframe, trrheader.t);
 275     }
 276     gmx_trr_close(fpread);
 277 }
 278
 279 void list_xtc(const char *fn)
 280 {
 281     t_fileio   *xd;
 282     int         indent;
 283     char        buf[256];
 284     rvec       *x;
 285     matrix      box;
 286     int         nframe, natoms;
 287     gmx_int64_t step;
 288     real        prec, time;
 289     gmx_bool    bOK;
 290
 291     xd = open_xtc(fn, "r");
 292     read_first_xtc(xd, &natoms, &step, &time, box, &x, &prec, &bOK);
 293
 294     nframe = 0;
 295     do
 296     {
 297         sprintf(buf, "%s frame %d", fn, nframe);
 298         indent = 0;
 299         indent = pr_title(stdout, indent, buf);
 300         pr_indent(stdout, indent);
 301         fprintf(stdout, "natoms=%10d  step=%10" GMX_PRId64 "  time=%12.7e  prec=%10g\n",
 302                 natoms, step, time, prec);
 303         pr_rvecs(stdout, indent, "box", box, DIM);
 304         pr_rvecs(stdout, indent, "x", x, natoms);
 305         nframe++;
 306     }
 307     while (read_next_xtc(xd, natoms, &step, &time, box, x, &prec, &bOK));
 308     if (!bOK)
 309     {
 310         fprintf(stderr, "\nWARNING: Incomplete frame at time %g\n", time);
 311     }
 312     sfree(x);
 313     close_xtc(xd);
 314 }
 315
 316 /*! \brief Callback used by list_tng_for_gmx_dump. */
 317 static void list_tng_inner(const char *fn,
 318                            gmx_bool    bFirstFrame,
 319                            real       *values,
 320                            gmx_int64_t step,
 321                            double      frame_time,
 322                            gmx_int64_t n_values_per_frame,
 323                            gmx_int64_t n_atoms,
 324                            real        prec,
 325                            gmx_int64_t nframe,
 326                            char       *block_name)
 327 {
 328     char                 buf[256];
 329     int                  indent = 0;
 330
 331     if (bFirstFrame)
 332     {
 333         sprintf(buf, "%s frame %" GMX_PRId64, fn, nframe);
 334         indent = 0;
 335         indent = pr_title(stdout, indent, buf);
 336         pr_indent(stdout, indent);
 337         fprintf(stdout, "natoms=%10" GMX_PRId64 "  step=%10" GMX_PRId64 "  time=%12.7e",
 338                 n_atoms, step, frame_time);
 339         if (prec > 0)
 340         {
 341             fprintf(stdout, "  prec=%10g", prec);
 342         }
 343         fprintf(stdout, "\n");
 344     }
 345     pr_reals_of_dim(stdout, indent, block_name, values, n_atoms, n_values_per_frame);
 346 }
 347
 348 static void list_tng(const char gmx_unused *fn)
 349 {
 350 #ifdef GMX_USE_TNG
 351     tng_trajectory_t     tng;
 352     gmx_int64_t          nframe = 0;
 353     gmx_int64_t          i, *block_ids = nullptr, step, ndatablocks;
 354     gmx_bool             bOK;
 355     real                *values = nullptr;
 356
 357     gmx_tng_open(fn, 'r', &tng);
 358     gmx_print_tng_molecule_system(tng, stdout);
 359
 360     bOK    = gmx_get_tng_data_block_types_of_next_frame(tng, -1,
 361                                                         0,
 362                                                         nullptr,
 363                                                         &step, &ndatablocks,
 364                                                         &block_ids);
 365     do
 366     {
 367         for (i = 0; i < ndatablocks; i++)
 368         {
 369             double               frame_time;
 370             real                 prec;
 371             gmx_int64_t          n_values_per_frame, n_atoms;
 372             char                 block_name[STRLEN];
 373
 374             gmx_get_tng_data_next_frame_of_block_type(tng, block_ids[i], &values,
 375                                                       &step, &frame_time,
 376                                                       &n_values_per_frame, &n_atoms,
 377                                                       &prec,
 378                                                       block_name, STRLEN, &bOK);
 379             if (!bOK)
 380             {
 381                 /* Can't write any output because we don't know what
 382                    arrays are valid. */
 383                 fprintf(stderr, "\nWARNING: Incomplete frame at time %g, will not write output\n", frame_time);
 384             }
 385             else
 386             {
 387                 list_tng_inner(fn, (0 == i), values, step, frame_time,
 388                                n_values_per_frame, n_atoms, prec, nframe, block_name);
 389             }
 390         }
 391         nframe++;
 392     }
 393     while (gmx_get_tng_data_block_types_of_next_frame(tng, step,
 394                                                       0,
 395                                                       nullptr,
 396                                                       &step,
 397                                                       &ndatablocks,
 398                                                       &block_ids));
 399
 400     if (block_ids)
 401     {
 402         sfree(block_ids);
 403     }
 404     sfree(values);
 405     gmx_tng_close(&tng);
 406 #endif
 407 }
 408
 409 void list_trx(const char *fn)
 410 {
 411     switch (fn2ftp(fn))
 412     {
 413         case efXTC:
 414             list_xtc(fn);
 415             break;
 416         case efTRR:
 417             list_trr(fn);
 418             break;
 419         case efTNG:
 420             list_tng(fn);
 421             break;
 422         default:
 423             fprintf(stderr, "File %s is of an unsupported type. Try using the command\n 'less %s'\n",
 424                     fn, fn);
 425     }
 426 }
 427
 428 void list_ene(const char *fn)
 429 {
 430     ener_file_t    in;
 431     gmx_bool       bCont;
 432     gmx_enxnm_t   *enm = nullptr;
 433     t_enxframe    *fr;
 434     int            i, j, nre, b;
 435     char           buf[22];
 436
 437     printf("gmx dump: %s\n", fn);
 438     in = open_enx(fn, "r");
 439     do_enxnms(in, &nre, &enm);
 440     assert(enm);
 441
 442     printf("energy components:\n");
 443     for (i = 0; (i < nre); i++)
 444     {
 445         printf("%5d  %-24s (%s)\n", i, enm[i].name, enm[i].unit);
 446     }
 447
 448     snew(fr, 1);
 449     do
 450     {
 451         bCont = do_enx(in, fr);
 452
 453         if (bCont)
 454         {
 455             printf("\n%24s  %12.5e  %12s  %12s\n", "time:",
 456                    fr->t, "step:", gmx_step_str(fr->step, buf));
 457             printf("%24s  %12s  %12s  %12s\n",
 458                    "", "", "nsteps:", gmx_step_str(fr->nsteps, buf));
 459             printf("%24s  %12.5e  %12s  %12s\n",
 460                    "delta_t:", fr->dt, "sum steps:", gmx_step_str(fr->nsum, buf));
 461             if (fr->nre == nre)
 462             {
 463                 printf("%24s  %12s  %12s  %12s\n",
 464                        "Component", "Energy", "Av. Energy", "Sum Energy");
 465                 if (fr->nsum > 0)
 466                 {
 467                     for (i = 0; (i < nre); i++)
 468                     {
 469                         printf("%24s  %12.5e  %12.5e  %12.5e\n",
 470                                enm[i].name, fr->ener[i].e, fr->ener[i].eav,
 471                                fr->ener[i].esum);
 472                     }
 473                 }
 474                 else
 475                 {
 476                     for (i = 0; (i < nre); i++)
 477                     {
 478                         printf("%24s  %12.5e\n",
 479                                enm[i].name, fr->ener[i].e);
 480                     }
 481                 }
 482             }
 483             for (b = 0; b < fr->nblock; b++)
 484             {
 485                 const char *typestr = "";
 486
 487                 t_enxblock *eb = &(fr->block[b]);
 488                 printf("Block data %2d (%3d subblocks, id=%d)\n",
 489                        b, eb->nsub, eb->id);
 490
 491                 if (eb->id < enxNR)
 492                 {
 493                     typestr = enx_block_id_name[eb->id];
 494                 }
 495                 printf("  id='%s'\n", typestr);
 496                 for (i = 0; i < eb->nsub; i++)
 497                 {
 498                     t_enxsubblock *sb = &(eb->sub[i]);
 499                     printf("  Sub block %3d (%5d elems, type=%s) values:\n",
 500                            i, sb->nr, xdr_datatype_names[sb->type]);
 501
 502                     switch (sb->type)
 503                     {
 504                         case xdr_datatype_float:
 505                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 506                             {
 507                                 printf("%14d   %8.4f\n", j, sb->fval[j]);
 508                             }
 509                             break;
 510                         case xdr_datatype_double:
 511                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 512                             {
 513                                 printf("%14d   %10.6f\n", j, sb->dval[j]);
 514                             }
 515                             break;
 516                         case xdr_datatype_int:
 517                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 518                             {
 519                                 printf("%14d %10d\n", j, sb->ival[j]);
 520                             }
 521                             break;
 522                         case xdr_datatype_int64:
 523                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 524                             {
 525                                 printf("%14d %s\n",
 526                                        j, gmx_step_str(sb->lval[j], buf));
 527                             }
 528                             break;
 529                         case xdr_datatype_char:
 530                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 531                             {
 532                                 printf("%14d %1c\n", j, sb->cval[j]);
 533                             }
 534                             break;
 535                         case xdr_datatype_string:
 536                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 537                             {
 538                                 printf("%14d %80s\n", j, sb->sval[j]);
 539                             }
 540                             break;
 541                         default:
 542                             gmx_incons("Unknown subblock type");
 543                     }
 544                 }
 545             }
 546         }
 547     }
 548     while (bCont);
 549
 550     close_enx(in);
 551
 552     free_enxframe(fr);
 553     sfree(fr);
 554     sfree(enm);
 555 }
 556
 557 static void list_mtx(const char *fn)
 558 {
 559     int                  nrow, ncol, i, j, k;
 560     real                *full   = nullptr, value;
 561     gmx_sparsematrix_t * sparse = nullptr;
 562
 563     gmx_mtxio_read(fn, &nrow, &ncol, &full, &sparse);
 564
 565     if (full == nullptr)
 566     {
 567         snew(full, nrow*ncol);
 568         for (i = 0; i < nrow*ncol; i++)
 569         {
 570             full[i] = 0;
 571         }
 572
 573         for (i = 0; i < sparse->nrow; i++)
 574         {
 575             for (j = 0; j < sparse->ndata[i]; j++)
 576             {
 577                 k              = sparse->data[i][j].col;
 578                 value          = sparse->data[i][j].value;
 579                 full[i*ncol+k] = value;
 580                 full[k*ncol+i] = value;
 581             }
 582         }
 583         gmx_sparsematrix_destroy(sparse);
 584     }
 585
 586     printf("%d %d\n", nrow, ncol);
 587     for (i = 0; i < nrow; i++)
 588     {
 589         for (j = 0; j < ncol; j++)
 590         {
 591             printf(" %g", full[i*ncol+j]);
 592         }
 593         printf("\n");
 594     }
 595
 596     sfree(full);
 597 }
 598
 599 int gmx_dump(int argc, char *argv[])
 600 {
 601     const char *desc[] = {
 602         "[THISMODULE] reads a run input file ([REF].tpr[ref]),",
 603         "a trajectory ([REF].trr[ref]/[REF].xtc[ref]/[TT]/tng[tt]), an energy",
 604         "file ([REF].edr[ref]) or a checkpoint file ([REF].cpt[ref])",
 605         "and prints that to standard output in a readable format.",
 606         "This program is essential for checking your run input file in case of",
 607         "problems.[PAR]",
 608         "The program can also preprocess a topology to help finding problems.",
 609         "Note that currently setting [TT]GMXLIB[tt] is the only way to customize",
 610         "directories used for searching include files.",
 611     };
 612     const char *bugs[] = {
 613         "Position restraint output from -sys -s is broken"
 614     };
 615     t_filenm    fnm[] = {
 616         { efTPR, "-s", nullptr, ffOPTRD },
 617         { efTRX, "-f", nullptr, ffOPTRD },
 618         { efEDR, "-e", nullptr, ffOPTRD },
 619         { efCPT, nullptr, nullptr, ffOPTRD },
 620         { efTOP, "-p", nullptr, ffOPTRD },
 621         { efMTX, "-mtx", "hessian", ffOPTRD },
 622         { efMDP, "-om", nullptr, ffOPTWR }
 623     };
 624 #define NFILE asize(fnm)
 625
 626     gmx_output_env_t *oenv;
 627     /* Command line options */
 628     gmx_bool          bShowNumbers      = TRUE;
 629     gmx_bool          bShowParams       = FALSE;
 630     gmx_bool          bSysTop           = FALSE;
 631     gmx_bool          bOriginalInputrec = FALSE;
 632     t_pargs           pa[]              = {
 633         { "-nr", FALSE, etBOOL, {&bShowNumbers}, "Show index numbers in output (leaving them out makes comparison easier, but creates a useless topology)" },
 634         { "-param", FALSE, etBOOL, {&bShowParams}, "Show parameters for each bonded interaction (for comparing dumps, it is useful to combine this with -nonr)" },
 635         { "-sys", FALSE, etBOOL, {&bSysTop}, "List the atoms and bonded interactions for the whole system instead of for each molecule type" },
 636         { "-orgir", FALSE, etBOOL, {&bOriginalInputrec}, "Show input parameters from tpr as they were written by the version that produced the file, instead of how the current version reads them" }
 637     };
 638
 639     if (!parse_common_args(&argc, argv, 0, NFILE, fnm, asize(pa), pa,
 640                            asize(desc), desc, asize(bugs), bugs, &oenv))
 641     {
 642         return 0;
 643     }
 644
 645
 646     if (ftp2bSet(efTPR, NFILE, fnm))
 647     {
 648         list_tpx(ftp2fn(efTPR, NFILE, fnm), bShowNumbers, bShowParams,
 649                  ftp2fn_null(efMDP, NFILE, fnm), bSysTop, bOriginalInputrec);
 650     }
 651     else if (ftp2bSet(efTRX, NFILE, fnm))
 652     {
 653         list_trx(ftp2fn(efTRX, NFILE, fnm));
 654     }
 655     else if (ftp2bSet(efEDR, NFILE, fnm))
 656     {
 657         list_ene(ftp2fn(efEDR, NFILE, fnm));
 658     }
 659     else if (ftp2bSet(efCPT, NFILE, fnm))
 660     {
 661         list_checkpoint(ftp2fn(efCPT, NFILE, fnm), stdout);
 662     }
 663     else if (ftp2bSet(efTOP, NFILE, fnm))
 664     {
 665         list_top(ftp2fn(efTOP, NFILE, fnm));
 666     }
 667     else if (ftp2bSet(efMTX, NFILE, fnm))
 668     {
 669         list_mtx(ftp2fn(efMTX, NFILE, fnm));
 670     }
 671
 672     return 0;
 673 }