src/gromacs/tools/dump.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2013, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017,2018, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include "dump.h"
  40
  41 #include "config.h"
  42
  43 #include <cassert>
  44 #include <cmath>
  45 #include <cstdio>
  46 #include <cstring>
  47
  48 #include "gromacs/commandline/pargs.h"
  49 #include "gromacs/fileio/checkpoint.h"
  50 #include "gromacs/fileio/enxio.h"
  51 #include "gromacs/fileio/gmxfio.h"
  52 #include "gromacs/fileio/mtxio.h"
  53 #include "gromacs/fileio/tngio.h"
  54 #include "gromacs/fileio/tpxio.h"
  55 #include "gromacs/fileio/trrio.h"
  56 #include "gromacs/fileio/xtcio.h"
  57 #include "gromacs/gmxpreprocess/gmxcpp.h"
  58 #include "gromacs/linearalgebra/sparsematrix.h"
  59 #include "gromacs/math/vecdump.h"
  60 #include "gromacs/mdrunutility/mdmodules.h"
  61 #include "gromacs/mdtypes/forcerec.h"
  62 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  63 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
  64 #include "gromacs/mdtypes/state.h"
  65 #include "gromacs/topology/mtop_util.h"
  66 #include "gromacs/topology/topology.h"
  67 #include "gromacs/trajectory/energyframe.h"
  68 #include "gromacs/trajectory/trajectoryframe.h"
  69 #include "gromacs/utility/arraysize.h"
  70 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  71 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  72 #include "gromacs/utility/futil.h"
  73 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  74 #include "gromacs/utility/txtdump.h"
  75
  76 static void list_tpx(const char *fn,
  77                      gmx_bool    bShowNumbers,
  78                      gmx_bool    bShowParameters,
  79                      const char *mdpfn,
  80                      gmx_bool    bSysTop,
  81                      gmx_bool    bOriginalInputrec)
  82 {
  83     FILE         *gp;
  84     int           indent, i, j, **gcount, atot;
  85     t_state       state;
  86     t_tpxheader   tpx;
  87     gmx_mtop_t    mtop;
  88     gmx_groups_t *groups;
  89     t_topology    top;
  90
  91     read_tpxheader(fn, &tpx, TRUE);
  92     t_inputrec     ir;
  93     read_tpx_state(fn,
  94                    tpx.bIr ? &ir : nullptr,
  95                    &state,
  96                    tpx.bTop ? &mtop : nullptr);
  97     if (tpx.bIr && !bOriginalInputrec)
  98     {
  99         gmx::MDModules().adjustInputrecBasedOnModules(&ir);
 100     }
 101
 102     if (mdpfn && tpx.bIr)
 103     {
 104         gp = gmx_fio_fopen(mdpfn, "w");
 105         pr_inputrec(gp, 0, nullptr, &ir, TRUE);
 106         gmx_fio_fclose(gp);
 107     }
 108
 109     if (!mdpfn)
 110     {
 111         if (bSysTop)
 112         {
 113             top = gmx_mtop_t_to_t_topology(&mtop, false);
 114         }
 115
 116         if (available(stdout, &tpx, 0, fn))
 117         {
 118             indent = 0;
 119             pr_title(stdout, indent, fn);
 120             pr_inputrec(stdout, 0, "inputrec", tpx.bIr ? &ir : nullptr, FALSE);
 121
 122             pr_tpxheader(stdout, indent, "header", &(tpx));
 123
 124             if (!bSysTop)
 125             {
 126                 pr_mtop(stdout, indent, "topology", &(mtop), bShowNumbers, bShowParameters);
 127             }
 128             else
 129             {
 130                 pr_top(stdout, indent, "topology", &(top), bShowNumbers, bShowParameters);
 131             }
 132
 133             pr_rvecs(stdout, indent, "box", tpx.bBox ? state.box : nullptr, DIM);
 134             pr_rvecs(stdout, indent, "box_rel", tpx.bBox ? state.box_rel : nullptr, DIM);
 135             pr_rvecs(stdout, indent, "boxv", tpx.bBox ? state.boxv : nullptr, DIM);
 136             pr_rvecs(stdout, indent, "pres_prev", tpx.bBox ? state.pres_prev : nullptr, DIM);
 137             pr_rvecs(stdout, indent, "svir_prev", tpx.bBox ? state.svir_prev : nullptr, DIM);
 138             pr_rvecs(stdout, indent, "fvir_prev", tpx.bBox ? state.fvir_prev : nullptr, DIM);
 139             /* leave nosehoover_xi in for now to match the tpr version */
 140             pr_doubles(stdout, indent, "nosehoover_xi", state.nosehoover_xi.data(), state.ngtc);
 141             /*pr_doubles(stdout,indent,"nosehoover_vxi",state.nosehoover_vxi,state.ngtc);*/
 142             /*pr_doubles(stdout,indent,"therm_integral",state.therm_integral,state.ngtc);*/
 143             pr_rvecs(stdout, indent, "x", tpx.bX ? as_rvec_array(state.x.data()) : nullptr, state.natoms);
 144             pr_rvecs(stdout, indent, "v", tpx.bV ? as_rvec_array(state.v.data()) : nullptr, state.natoms);
 145         }
 146
 147         groups = &mtop.groups;
 148
 149         snew(gcount, egcNR);
 150         for (i = 0; (i < egcNR); i++)
 151         {
 152             snew(gcount[i], groups->grps[i].nr);
 153         }
 154
 155         for (i = 0; (i < mtop.natoms); i++)
 156         {
 157             for (j = 0; (j < egcNR); j++)
 158             {
 159                 gcount[j][ggrpnr(groups, j, i)]++;
 160             }
 161         }
 162         printf("Group statistics\n");
 163         for (i = 0; (i < egcNR); i++)
 164         {
 165             atot = 0;
 166             printf("%-12s: ", gtypes[i]);
 167             for (j = 0; (j < groups->grps[i].nr); j++)
 168             {
 169                 printf("  %5d", gcount[i][j]);
 170                 atot += gcount[i][j];
 171             }
 172             printf("  (total %d atoms)\n", atot);
 173             sfree(gcount[i]);
 174         }
 175         sfree(gcount);
 176     }
 177 }
 178
 179 static void list_top(const char *fn)
 180 {
 181     int       status, done;
 182 #define BUFLEN 256
 183     char      buf[BUFLEN];
 184     gmx_cpp_t handle;
 185     char     *cppopts[] = { nullptr };
 186
 187     status = cpp_open_file(fn, &handle, cppopts);
 188     if (status != 0)
 189     {
 190         gmx_fatal(FARGS, "%s", cpp_error(&handle, status));
 191     }
 192     do
 193     {
 194         status = cpp_read_line(&handle, BUFLEN, buf);
 195         done   = static_cast<int>(status == eCPP_EOF);
 196         if (!done)
 197         {
 198             if (status != eCPP_OK)
 199             {
 200                 gmx_fatal(FARGS, "%s", cpp_error(&handle, status));
 201             }
 202             else
 203             {
 204                 printf("%s\n", buf);
 205             }
 206         }
 207     }
 208     while (done == 0);
 209     status = cpp_close_file(&handle);
 210     if (status != eCPP_OK)
 211     {
 212         gmx_fatal(FARGS, "%s", cpp_error(&handle, status));
 213     }
 214 }
 215
 216 static void list_trr(const char *fn)
 217 {
 218     t_fileio         *fpread;
 219     int               nframe, indent;
 220     char              buf[256];
 221     rvec             *x, *v, *f;
 222     matrix            box;
 223     gmx_trr_header_t  trrheader;
 224     gmx_bool          bOK;
 225
 226     fpread  = gmx_trr_open(fn, "r");
 227
 228     nframe = 0;
 229     while (gmx_trr_read_frame_header(fpread, &trrheader, &bOK))
 230     {
 231         snew(x, trrheader.natoms);
 232         snew(v, trrheader.natoms);
 233         snew(f, trrheader.natoms);
 234         if (gmx_trr_read_frame_data(fpread, &trrheader,
 235                                     trrheader.box_size ? box : nullptr,
 236                                     trrheader.x_size   ? x : nullptr,
 237                                     trrheader.v_size   ? v : nullptr,
 238                                     trrheader.f_size   ? f : nullptr))
 239         {
 240             sprintf(buf, "%s frame %d", fn, nframe);
 241             indent = 0;
 242             indent = pr_title(stdout, indent, buf);
 243             pr_indent(stdout, indent);
 244             fprintf(stdout, "natoms=%10d  step=%10" PRId64 "  time=%12.7e  lambda=%10g\n",
 245                     trrheader.natoms, trrheader.step, trrheader.t, trrheader.lambda);
 246             if (trrheader.box_size)
 247             {
 248                 pr_rvecs(stdout, indent, "box", box, DIM);
 249             }
 250             if (trrheader.x_size)
 251             {
 252                 pr_rvecs(stdout, indent, "x", x, trrheader.natoms);
 253             }
 254             if (trrheader.v_size)
 255             {
 256                 pr_rvecs(stdout, indent, "v", v, trrheader.natoms);
 257             }
 258             if (trrheader.f_size)
 259             {
 260                 pr_rvecs(stdout, indent, "f", f, trrheader.natoms);
 261             }
 262         }
 263         else
 264         {
 265             fprintf(stderr, "\nWARNING: Incomplete frame: nr %d, t=%g\n",
 266                     nframe, trrheader.t);
 267         }
 268
 269         sfree(x);
 270         sfree(v);
 271         sfree(f);
 272         nframe++;
 273     }
 274     if (!bOK)
 275     {
 276         fprintf(stderr, "\nWARNING: Incomplete frame header: nr %d, t=%g\n",
 277                 nframe, trrheader.t);
 278     }
 279     gmx_trr_close(fpread);
 280 }
 281
 282 static void list_xtc(const char *fn)
 283 {
 284     t_fileio   *xd;
 285     int         indent;
 286     char        buf[256];
 287     rvec       *x;
 288     matrix      box;
 289     int         nframe, natoms;
 290     int64_t     step;
 291     real        prec, time;
 292     gmx_bool    bOK;
 293
 294     xd = open_xtc(fn, "r");
 295     read_first_xtc(xd, &natoms, &step, &time, box, &x, &prec, &bOK);
 296
 297     nframe = 0;
 298     do
 299     {
 300         sprintf(buf, "%s frame %d", fn, nframe);
 301         indent = 0;
 302         indent = pr_title(stdout, indent, buf);
 303         pr_indent(stdout, indent);
 304         fprintf(stdout, "natoms=%10d  step=%10" PRId64 "  time=%12.7e  prec=%10g\n",
 305                 natoms, step, time, prec);
 306         pr_rvecs(stdout, indent, "box", box, DIM);
 307         pr_rvecs(stdout, indent, "x", x, natoms);
 308         nframe++;
 309     }
 310     while (read_next_xtc(xd, natoms, &step, &time, box, x, &prec, &bOK) != 0);
 311     if (!bOK)
 312     {
 313         fprintf(stderr, "\nWARNING: Incomplete frame at time %g\n", time);
 314     }
 315     sfree(x);
 316     close_xtc(xd);
 317 }
 318
 319 #if GMX_USE_TNG
 320
 321 /*! \brief Callback used by list_tng_for_gmx_dump. */
 322 static void list_tng_inner(const char *fn,
 323                            gmx_bool    bFirstFrame,
 324                            real       *values,
 325                            int64_t     step,
 326                            double      frame_time,
 327                            int64_t     n_values_per_frame,
 328                            int64_t     n_atoms,
 329                            real        prec,
 330                            int64_t     nframe,
 331                            char       *block_name)
 332 {
 333     char                 buf[256];
 334     int                  indent = 0;
 335
 336     if (bFirstFrame)
 337     {
 338         sprintf(buf, "%s frame %" PRId64, fn, nframe);
 339         indent = 0;
 340         indent = pr_title(stdout, indent, buf);
 341         pr_indent(stdout, indent);
 342         fprintf(stdout, "natoms=%10" PRId64 "  step=%10" PRId64 "  time=%12.7e",
 343                 n_atoms, step, frame_time);
 344         if (prec > 0)
 345         {
 346             fprintf(stdout, "  prec=%10g", prec);
 347         }
 348         fprintf(stdout, "\n");
 349     }
 350     pr_reals_of_dim(stdout, indent, block_name, values, n_atoms, n_values_per_frame);
 351 }
 352
 353 #endif
 354
 355 static void list_tng(const char gmx_unused *fn)
 356 {
 357 #if GMX_USE_TNG
 358     gmx_tng_trajectory_t tng;
 359     int64_t              nframe = 0;
 360     int64_t              i, *block_ids = nullptr, step, ndatablocks;
 361     gmx_bool             bOK;
 362     real                *values = nullptr;
 363
 364     gmx_tng_open(fn, 'r', &tng);
 365     gmx_print_tng_molecule_system(tng, stdout);
 366
 367     bOK    = gmx_get_tng_data_block_types_of_next_frame(tng, -1,
 368                                                         0,
 369                                                         nullptr,
 370                                                         &step, &ndatablocks,
 371                                                         &block_ids);
 372     do
 373     {
 374         for (i = 0; i < ndatablocks; i++)
 375         {
 376             double               frame_time;
 377             real                 prec;
 378             int64_t              n_values_per_frame, n_atoms;
 379             char                 block_name[STRLEN];
 380
 381             gmx_get_tng_data_next_frame_of_block_type(tng, block_ids[i], &values,
 382                                                       &step, &frame_time,
 383                                                       &n_values_per_frame, &n_atoms,
 384                                                       &prec,
 385                                                       block_name, STRLEN, &bOK);
 386             if (!bOK)
 387             {
 388                 /* Can't write any output because we don't know what
 389                    arrays are valid. */
 390                 fprintf(stderr, "\nWARNING: Incomplete frame at time %g, will not write output\n", frame_time);
 391             }
 392             else
 393             {
 394                 list_tng_inner(fn, (0 == i), values, step, frame_time,
 395                                n_values_per_frame, n_atoms, prec, nframe, block_name);
 396             }
 397         }
 398         nframe++;
 399     }
 400     while (gmx_get_tng_data_block_types_of_next_frame(tng, step,
 401                                                       0,
 402                                                       nullptr,
 403                                                       &step,
 404                                                       &ndatablocks,
 405                                                       &block_ids));
 406
 407     if (block_ids)
 408     {
 409         sfree(block_ids);
 410     }
 411     sfree(values);
 412     gmx_tng_close(&tng);
 413 #endif
 414 }
 415
 416 static void list_trx(const char *fn)
 417 {
 418     switch (fn2ftp(fn))
 419     {
 420         case efXTC:
 421             list_xtc(fn);
 422             break;
 423         case efTRR:
 424             list_trr(fn);
 425             break;
 426         case efTNG:
 427             list_tng(fn);
 428             break;
 429         default:
 430             fprintf(stderr, "File %s is of an unsupported type. Try using the command\n 'less %s'\n",
 431                     fn, fn);
 432     }
 433 }
 434
 435 static void list_ene(const char *fn)
 436 {
 437     ener_file_t    in;
 438     gmx_bool       bCont;
 439     gmx_enxnm_t   *enm = nullptr;
 440     t_enxframe    *fr;
 441     int            i, j, nre, b;
 442     char           buf[22];
 443
 444     printf("gmx dump: %s\n", fn);
 445     in = open_enx(fn, "r");
 446     do_enxnms(in, &nre, &enm);
 447     assert(enm);
 448
 449     printf("energy components:\n");
 450     for (i = 0; (i < nre); i++)
 451     {
 452         printf("%5d  %-24s (%s)\n", i, enm[i].name, enm[i].unit);
 453     }
 454
 455     snew(fr, 1);
 456     do
 457     {
 458         bCont = do_enx(in, fr);
 459
 460         if (bCont)
 461         {
 462             printf("\n%24s  %12.5e  %12s  %12s\n", "time:",
 463                    fr->t, "step:", gmx_step_str(fr->step, buf));
 464             printf("%24s  %12s  %12s  %12s\n",
 465                    "", "", "nsteps:", gmx_step_str(fr->nsteps, buf));
 466             printf("%24s  %12.5e  %12s  %12s\n",
 467                    "delta_t:", fr->dt, "sum steps:", gmx_step_str(fr->nsum, buf));
 468             if (fr->nre == nre)
 469             {
 470                 printf("%24s  %12s  %12s  %12s\n",
 471                        "Component", "Energy", "Av. Energy", "Sum Energy");
 472                 if (fr->nsum > 0)
 473                 {
 474                     for (i = 0; (i < nre); i++)
 475                     {
 476                         printf("%24s  %12.5e  %12.5e  %12.5e\n",
 477                                enm[i].name, fr->ener[i].e, fr->ener[i].eav,
 478                                fr->ener[i].esum);
 479                     }
 480                 }
 481                 else
 482                 {
 483                     for (i = 0; (i < nre); i++)
 484                     {
 485                         printf("%24s  %12.5e\n",
 486                                enm[i].name, fr->ener[i].e);
 487                     }
 488                 }
 489             }
 490             for (b = 0; b < fr->nblock; b++)
 491             {
 492                 const char *typestr = "";
 493
 494                 t_enxblock *eb = &(fr->block[b]);
 495                 printf("Block data %2d (%3d subblocks, id=%d)\n",
 496                        b, eb->nsub, eb->id);
 497
 498                 if (eb->id < enxNR)
 499                 {
 500                     typestr = enx_block_id_name[eb->id];
 501                 }
 502                 printf("  id='%s'\n", typestr);
 503                 for (i = 0; i < eb->nsub; i++)
 504                 {
 505                     t_enxsubblock *sb = &(eb->sub[i]);
 506                     printf("  Sub block %3d (%5d elems, type=%s) values:\n",
 507                            i, sb->nr, xdr_datatype_names[sb->type]);
 508
 509                     switch (sb->type)
 510                     {
 511                         case xdr_datatype_float:
 512                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 513                             {
 514                                 printf("%14d   %8.4f\n", j, sb->fval[j]);
 515                             }
 516                             break;
 517                         case xdr_datatype_double:
 518                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 519                             {
 520                                 printf("%14d   %10.6f\n", j, sb->dval[j]);
 521                             }
 522                             break;
 523                         case xdr_datatype_int:
 524                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 525                             {
 526                                 printf("%14d %10d\n", j, sb->ival[j]);
 527                             }
 528                             break;
 529                         case xdr_datatype_int64:
 530                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 531                             {
 532                                 printf("%14d %s\n",
 533                                        j, gmx_step_str(sb->lval[j], buf));
 534                             }
 535                             break;
 536                         case xdr_datatype_char:
 537                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 538                             {
 539                                 printf("%14d %1c\n", j, sb->cval[j]);
 540                             }
 541                             break;
 542                         case xdr_datatype_string:
 543                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 544                             {
 545                                 printf("%14d %80s\n", j, sb->sval[j]);
 546                             }
 547                             break;
 548                         default:
 549                             gmx_incons("Unknown subblock type");
 550                     }
 551                 }
 552             }
 553         }
 554     }
 555     while (bCont);
 556
 557     close_enx(in);
 558
 559     free_enxframe(fr);
 560     sfree(fr);
 561     sfree(enm);
 562 }
 563
 564 static void list_mtx(const char *fn)
 565 {
 566     int                  nrow, ncol, i, j, k;
 567     real                *full   = nullptr, value;
 568     gmx_sparsematrix_t * sparse = nullptr;
 569
 570     gmx_mtxio_read(fn, &nrow, &ncol, &full, &sparse);
 571
 572     if (full == nullptr)
 573     {
 574         snew(full, nrow*ncol);
 575         for (i = 0; i < nrow*ncol; i++)
 576         {
 577             full[i] = 0;
 578         }
 579
 580         for (i = 0; i < sparse->nrow; i++)
 581         {
 582             for (j = 0; j < sparse->ndata[i]; j++)
 583             {
 584                 k              = sparse->data[i][j].col;
 585                 value          = sparse->data[i][j].value;
 586                 full[i*ncol+k] = value;
 587                 full[k*ncol+i] = value;
 588             }
 589         }
 590         gmx_sparsematrix_destroy(sparse);
 591     }
 592
 593     printf("%d %d\n", nrow, ncol);
 594     for (i = 0; i < nrow; i++)
 595     {
 596         for (j = 0; j < ncol; j++)
 597         {
 598             printf(" %g", full[i*ncol+j]);
 599         }
 600         printf("\n");
 601     }
 602
 603     sfree(full);
 604 }
 605
 606 int gmx_dump(int argc, char *argv[])
 607 {
 608     const char *desc[] = {
 609         "[THISMODULE] reads a run input file ([REF].tpr[ref]),",
 610         "a trajectory ([REF].trr[ref]/[REF].xtc[ref]/[TT]/tng[tt]), an energy",
 611         "file ([REF].edr[ref]) or a checkpoint file ([REF].cpt[ref])",
 612         "and prints that to standard output in a readable format.",
 613         "This program is essential for checking your run input file in case of",
 614         "problems.[PAR]",
 615         "The program can also preprocess a topology to help finding problems.",
 616         "Note that currently setting [TT]GMXLIB[tt] is the only way to customize",
 617         "directories used for searching include files.",
 618     };
 619     const char *bugs[] = {
 620         "Position restraint output from -sys -s is broken"
 621     };
 622     t_filenm    fnm[] = {
 623         { efTPR, "-s", nullptr, ffOPTRD },
 624         { efTRX, "-f", nullptr, ffOPTRD },
 625         { efEDR, "-e", nullptr, ffOPTRD },
 626         { efCPT, nullptr, nullptr, ffOPTRD },
 627         { efTOP, "-p", nullptr, ffOPTRD },
 628         { efMTX, "-mtx", "hessian", ffOPTRD },
 629         { efMDP, "-om", nullptr, ffOPTWR }
 630     };
 631 #define NFILE asize(fnm)
 632
 633     gmx_output_env_t *oenv;
 634     /* Command line options */
 635     gmx_bool          bShowNumbers      = TRUE;
 636     gmx_bool          bShowParams       = FALSE;
 637     gmx_bool          bSysTop           = FALSE;
 638     gmx_bool          bOriginalInputrec = FALSE;
 639     t_pargs           pa[]              = {
 640         { "-nr", FALSE, etBOOL, {&bShowNumbers}, "Show index numbers in output (leaving them out makes comparison easier, but creates a useless topology)" },
 641         { "-param", FALSE, etBOOL, {&bShowParams}, "Show parameters for each bonded interaction (for comparing dumps, it is useful to combine this with -nonr)" },
 642         { "-sys", FALSE, etBOOL, {&bSysTop}, "List the atoms and bonded interactions for the whole system instead of for each molecule type" },
 643         { "-orgir", FALSE, etBOOL, {&bOriginalInputrec}, "Show input parameters from tpr as they were written by the version that produced the file, instead of how the current version reads them" }
 644     };
 645
 646     if (!parse_common_args(&argc, argv, 0, NFILE, fnm, asize(pa), pa,
 647                            asize(desc), desc, asize(bugs), bugs, &oenv))
 648     {
 649         return 0;
 650     }
 651
 652
 653     if (ftp2bSet(efTPR, NFILE, fnm))
 654     {
 655         list_tpx(ftp2fn(efTPR, NFILE, fnm), bShowNumbers, bShowParams,
 656                  ftp2fn_null(efMDP, NFILE, fnm), bSysTop, bOriginalInputrec);
 657     }
 658     else if (ftp2bSet(efTRX, NFILE, fnm))
 659     {
 660         list_trx(ftp2fn(efTRX, NFILE, fnm));
 661     }
 662     else if (ftp2bSet(efEDR, NFILE, fnm))
 663     {
 664         list_ene(ftp2fn(efEDR, NFILE, fnm));
 665     }
 666     else if (ftp2bSet(efCPT, NFILE, fnm))
 667     {
 668         list_checkpoint(ftp2fn(efCPT, NFILE, fnm), stdout);
 669     }
 670     else if (ftp2bSet(efTOP, NFILE, fnm))
 671     {
 672         list_top(ftp2fn(efTOP, NFILE, fnm));
 673     }
 674     else if (ftp2bSet(efMTX, NFILE, fnm))
 675     {
 676         list_mtx(ftp2fn(efMTX, NFILE, fnm));
 677     }
 678
 679     return 0;
 680 }