src/gromacs/tools/dump.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2013, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include "config.h"
  40
  41 #include <cassert>
  42 #include <cmath>
  43 #include <cstdio>
  44 #include <cstring>
  45
  46 #include "gromacs/commandline/pargs.h"
  47 #include "gromacs/fileio/checkpoint.h"
  48 #include "gromacs/fileio/enxio.h"
  49 #include "gromacs/fileio/gmxfio.h"
  50 #include "gromacs/fileio/mtxio.h"
  51 #include "gromacs/fileio/tngio.h"
  52 #include "gromacs/fileio/tngio_for_tools.h"
  53 #include "gromacs/fileio/tpxio.h"
  54 #include "gromacs/fileio/trrio.h"
  55 #include "gromacs/fileio/xtcio.h"
  56 #include "gromacs/gmxpreprocess/gmxcpp.h"
  57 #include "gromacs/linearalgebra/sparsematrix.h"
  58 #include "gromacs/math/vecdump.h"
  59 #include "gromacs/mdrunutility/mdmodules.h"
  60 #include "gromacs/mdtypes/forcerec.h"
  61 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  62 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
  63 #include "gromacs/mdtypes/state.h"
  64 #include "gromacs/topology/mtop_util.h"
  65 #include "gromacs/topology/topology.h"
  66 #include "gromacs/trajectory/trajectoryframe.h"
  67 #include "gromacs/utility/arraysize.h"
  68 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  69 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  70 #include "gromacs/utility/futil.h"
  71 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  72 #include "gromacs/utility/txtdump.h"
  73
  74 static void list_tpx(const char *fn, gmx_bool bShowNumbers, const char *mdpfn,
  75                      gmx_bool bSysTop)
  76 {
  77     FILE         *gp;
  78     int           indent, i, j, **gcount, atot;
  79     t_state       state {};
  80     t_inputrec   *ir = nullptr;
  81     t_tpxheader   tpx;
  82     gmx_mtop_t    mtop;
  83     gmx_groups_t *groups;
  84     t_topology    top;
  85
  86     read_tpxheader(fn, &tpx, TRUE);
  87     gmx::MDModules mdModules;
  88     if (tpx.bIr)
  89     {
  90         ir = mdModules.inputrec();
  91     }
  92     read_tpx_state(fn,
  93                    ir,
  94                    &state,
  95                    tpx.bTop ? &mtop : NULL);
  96
  97     if (mdpfn && tpx.bIr)
  98     {
  99         gp = gmx_fio_fopen(mdpfn, "w");
 100         pr_inputrec(gp, 0, NULL, ir, TRUE);
 101         gmx_fio_fclose(gp);
 102     }
 103
 104     if (!mdpfn)
 105     {
 106         if (bSysTop)
 107         {
 108             top = gmx_mtop_t_to_t_topology(&mtop, false);
 109         }
 110
 111         if (available(stdout, &tpx, 0, fn))
 112         {
 113             indent = 0;
 114             pr_title(stdout, indent, fn);
 115             pr_inputrec(stdout, 0, "inputrec", ir, FALSE);
 116
 117             pr_tpxheader(stdout, indent, "header", &(tpx));
 118
 119             if (!bSysTop)
 120             {
 121                 pr_mtop(stdout, indent, "topology", &(mtop), bShowNumbers);
 122             }
 123             else
 124             {
 125                 pr_top(stdout, indent, "topology", &(top), bShowNumbers);
 126             }
 127
 128             pr_rvecs(stdout, indent, "box", tpx.bBox ? state.box : NULL, DIM);
 129             pr_rvecs(stdout, indent, "box_rel", tpx.bBox ? state.box_rel : NULL, DIM);
 130             pr_rvecs(stdout, indent, "boxv", tpx.bBox ? state.boxv : NULL, DIM);
 131             pr_rvecs(stdout, indent, "pres_prev", tpx.bBox ? state.pres_prev : NULL, DIM);
 132             pr_rvecs(stdout, indent, "svir_prev", tpx.bBox ? state.svir_prev : NULL, DIM);
 133             pr_rvecs(stdout, indent, "fvir_prev", tpx.bBox ? state.fvir_prev : NULL, DIM);
 134             /* leave nosehoover_xi in for now to match the tpr version */
 135             pr_doubles(stdout, indent, "nosehoover_xi", state.nosehoover_xi.data(), state.ngtc);
 136             /*pr_doubles(stdout,indent,"nosehoover_vxi",state.nosehoover_vxi,state.ngtc);*/
 137             /*pr_doubles(stdout,indent,"therm_integral",state.therm_integral,state.ngtc);*/
 138             pr_rvecs(stdout, indent, "x", tpx.bX ? as_rvec_array(state.x.data()) : NULL, state.natoms);
 139             pr_rvecs(stdout, indent, "v", tpx.bV ? as_rvec_array(state.v.data()) : NULL, state.natoms);
 140         }
 141
 142         groups = &mtop.groups;
 143
 144         snew(gcount, egcNR);
 145         for (i = 0; (i < egcNR); i++)
 146         {
 147             snew(gcount[i], groups->grps[i].nr);
 148         }
 149
 150         for (i = 0; (i < mtop.natoms); i++)
 151         {
 152             for (j = 0; (j < egcNR); j++)
 153             {
 154                 gcount[j][ggrpnr(groups, j, i)]++;
 155             }
 156         }
 157         printf("Group statistics\n");
 158         for (i = 0; (i < egcNR); i++)
 159         {
 160             atot = 0;
 161             printf("%-12s: ", gtypes[i]);
 162             for (j = 0; (j < groups->grps[i].nr); j++)
 163             {
 164                 printf("  %5d", gcount[i][j]);
 165                 atot += gcount[i][j];
 166             }
 167             printf("  (total %d atoms)\n", atot);
 168             sfree(gcount[i]);
 169         }
 170         sfree(gcount);
 171     }
 172 }
 173
 174 static void list_top(const char *fn)
 175 {
 176     int       status, done;
 177 #define BUFLEN 256
 178     char      buf[BUFLEN];
 179     gmx_cpp_t handle;
 180     char     *cppopts[] = { NULL };
 181
 182     status = cpp_open_file(fn, &handle, cppopts);
 183     if (status != 0)
 184     {
 185         gmx_fatal(FARGS, cpp_error(&handle, status));
 186     }
 187     do
 188     {
 189         status = cpp_read_line(&handle, BUFLEN, buf);
 190         done   = (status == eCPP_EOF);
 191         if (!done)
 192         {
 193             if (status != eCPP_OK)
 194             {
 195                 gmx_fatal(FARGS, cpp_error(&handle, status));
 196             }
 197             else
 198             {
 199                 printf("%s\n", buf);
 200             }
 201         }
 202     }
 203     while (!done);
 204     status = cpp_close_file(&handle);
 205     if (status != eCPP_OK)
 206     {
 207         gmx_fatal(FARGS, cpp_error(&handle, status));
 208     }
 209 }
 210
 211 static void list_trr(const char *fn)
 212 {
 213     t_fileio         *fpread;
 214     int               nframe, indent;
 215     char              buf[256];
 216     rvec             *x, *v, *f;
 217     matrix            box;
 218     gmx_trr_header_t  trrheader;
 219     gmx_bool          bOK;
 220
 221     fpread  = gmx_trr_open(fn, "r");
 222
 223     nframe = 0;
 224     while (gmx_trr_read_frame_header(fpread, &trrheader, &bOK))
 225     {
 226         snew(x, trrheader.natoms);
 227         snew(v, trrheader.natoms);
 228         snew(f, trrheader.natoms);
 229         if (gmx_trr_read_frame_data(fpread, &trrheader,
 230                                     trrheader.box_size ? box : NULL,
 231                                     trrheader.x_size   ? x : NULL,
 232                                     trrheader.v_size   ? v : NULL,
 233                                     trrheader.f_size   ? f : NULL))
 234         {
 235             sprintf(buf, "%s frame %d", fn, nframe);
 236             indent = 0;
 237             indent = pr_title(stdout, indent, buf);
 238             pr_indent(stdout, indent);
 239             fprintf(stdout, "natoms=%10d  step=%10" GMX_PRId64 "  time=%12.7e  lambda=%10g\n",
 240                     trrheader.natoms, trrheader.step, trrheader.t, trrheader.lambda);
 241             if (trrheader.box_size)
 242             {
 243                 pr_rvecs(stdout, indent, "box", box, DIM);
 244             }
 245             if (trrheader.x_size)
 246             {
 247                 pr_rvecs(stdout, indent, "x", x, trrheader.natoms);
 248             }
 249             if (trrheader.v_size)
 250             {
 251                 pr_rvecs(stdout, indent, "v", v, trrheader.natoms);
 252             }
 253             if (trrheader.f_size)
 254             {
 255                 pr_rvecs(stdout, indent, "f", f, trrheader.natoms);
 256             }
 257         }
 258         else
 259         {
 260             fprintf(stderr, "\nWARNING: Incomplete frame: nr %d, t=%g\n",
 261                     nframe, trrheader.t);
 262         }
 263
 264         sfree(x);
 265         sfree(v);
 266         sfree(f);
 267         nframe++;
 268     }
 269     if (!bOK)
 270     {
 271         fprintf(stderr, "\nWARNING: Incomplete frame header: nr %d, t=%g\n",
 272                 nframe, trrheader.t);
 273     }
 274     gmx_trr_close(fpread);
 275 }
 276
 277 void list_xtc(const char *fn)
 278 {
 279     t_fileio   *xd;
 280     int         indent;
 281     char        buf[256];
 282     rvec       *x;
 283     matrix      box;
 284     int         nframe, natoms;
 285     gmx_int64_t step;
 286     real        prec, time;
 287     gmx_bool    bOK;
 288
 289     xd = open_xtc(fn, "r");
 290     read_first_xtc(xd, &natoms, &step, &time, box, &x, &prec, &bOK);
 291
 292     nframe = 0;
 293     do
 294     {
 295         sprintf(buf, "%s frame %d", fn, nframe);
 296         indent = 0;
 297         indent = pr_title(stdout, indent, buf);
 298         pr_indent(stdout, indent);
 299         fprintf(stdout, "natoms=%10d  step=%10" GMX_PRId64 "  time=%12.7e  prec=%10g\n",
 300                 natoms, step, time, prec);
 301         pr_rvecs(stdout, indent, "box", box, DIM);
 302         pr_rvecs(stdout, indent, "x", x, natoms);
 303         nframe++;
 304     }
 305     while (read_next_xtc(xd, natoms, &step, &time, box, x, &prec, &bOK));
 306     if (!bOK)
 307     {
 308         fprintf(stderr, "\nWARNING: Incomplete frame at time %g\n", time);
 309     }
 310     sfree(x);
 311     close_xtc(xd);
 312 }
 313
 314 /*! \brief Callback used by list_tng_for_gmx_dump. */
 315 static void list_tng_inner(const char *fn,
 316                            gmx_bool    bFirstFrame,
 317                            real       *values,
 318                            gmx_int64_t step,
 319                            double      frame_time,
 320                            gmx_int64_t n_values_per_frame,
 321                            gmx_int64_t n_atoms,
 322                            real        prec,
 323                            gmx_int64_t nframe,
 324                            char       *block_name)
 325 {
 326     char                 buf[256];
 327     int                  indent = 0;
 328
 329     if (bFirstFrame)
 330     {
 331         sprintf(buf, "%s frame %" GMX_PRId64, fn, nframe);
 332         indent = 0;
 333         indent = pr_title(stdout, indent, buf);
 334         pr_indent(stdout, indent);
 335         fprintf(stdout, "natoms=%10" GMX_PRId64 "  step=%10" GMX_PRId64 "  time=%12.7e",
 336                 n_atoms, step, frame_time);
 337         if (prec > 0)
 338         {
 339             fprintf(stdout, "  prec=%10g", prec);
 340         }
 341         fprintf(stdout, "\n");
 342     }
 343     pr_reals_of_dim(stdout, indent, block_name, values, n_atoms, n_values_per_frame);
 344 }
 345
 346 static void list_tng(const char gmx_unused *fn)
 347 {
 348 #ifdef GMX_USE_TNG
 349     tng_trajectory_t     tng;
 350     gmx_int64_t          nframe = 0;
 351     gmx_int64_t          i, *block_ids = NULL, step, ndatablocks;
 352     gmx_bool             bOK;
 353
 354     gmx_tng_open(fn, 'r', &tng);
 355     gmx_print_tng_molecule_system(tng, stdout);
 356
 357     bOK    = gmx_get_tng_data_block_types_of_next_frame(tng, -1,
 358                                                         0,
 359                                                         NULL,
 360                                                         &step, &ndatablocks,
 361                                                         &block_ids);
 362     do
 363     {
 364         for (i = 0; i < ndatablocks; i++)
 365         {
 366             double               frame_time;
 367             real                 prec, *values = NULL;
 368             gmx_int64_t          n_values_per_frame, n_atoms;
 369             char                 block_name[STRLEN];
 370
 371             gmx_get_tng_data_next_frame_of_block_type(tng, block_ids[i], &values,
 372                                                       &step, &frame_time,
 373                                                       &n_values_per_frame, &n_atoms,
 374                                                       &prec,
 375                                                       block_name, STRLEN, &bOK);
 376             if (!bOK)
 377             {
 378                 /* Can't write any output because we don't know what
 379                    arrays are valid. */
 380                 fprintf(stderr, "\nWARNING: Incomplete frame at time %g, will not write output\n", frame_time);
 381             }
 382             else
 383             {
 384                 list_tng_inner(fn, (0 == i), values, step, frame_time,
 385                                n_values_per_frame, n_atoms, prec, nframe, block_name);
 386             }
 387         }
 388         nframe++;
 389     }
 390     while (gmx_get_tng_data_block_types_of_next_frame(tng, step,
 391                                                       0,
 392                                                       NULL,
 393                                                       &step,
 394                                                       &ndatablocks,
 395                                                       &block_ids));
 396
 397     if (block_ids)
 398     {
 399         sfree(block_ids);
 400     }
 401
 402     gmx_tng_close(&tng);
 403 #endif
 404 }
 405
 406 void list_trx(const char *fn)
 407 {
 408     switch (fn2ftp(fn))
 409     {
 410         case efXTC:
 411             list_xtc(fn);
 412             break;
 413         case efTRR:
 414             list_trr(fn);
 415             break;
 416         case efTNG:
 417             list_tng(fn);
 418             break;
 419         default:
 420             fprintf(stderr, "File %s is of an unsupported type. Try using the command\n 'less %s'\n",
 421                     fn, fn);
 422     }
 423 }
 424
 425 void list_ene(const char *fn)
 426 {
 427     ener_file_t    in;
 428     gmx_bool       bCont;
 429     gmx_enxnm_t   *enm = NULL;
 430     t_enxframe    *fr;
 431     int            i, j, nre, b;
 432     char           buf[22];
 433
 434     printf("gmx dump: %s\n", fn);
 435     in = open_enx(fn, "r");
 436     do_enxnms(in, &nre, &enm);
 437     assert(enm);
 438
 439     printf("energy components:\n");
 440     for (i = 0; (i < nre); i++)
 441     {
 442         printf("%5d  %-24s (%s)\n", i, enm[i].name, enm[i].unit);
 443     }
 444
 445     snew(fr, 1);
 446     do
 447     {
 448         bCont = do_enx(in, fr);
 449
 450         if (bCont)
 451         {
 452             printf("\n%24s  %12.5e  %12s  %12s\n", "time:",
 453                    fr->t, "step:", gmx_step_str(fr->step, buf));
 454             printf("%24s  %12s  %12s  %12s\n",
 455                    "", "", "nsteps:", gmx_step_str(fr->nsteps, buf));
 456             printf("%24s  %12.5e  %12s  %12s\n",
 457                    "delta_t:", fr->dt, "sum steps:", gmx_step_str(fr->nsum, buf));
 458             if (fr->nre == nre)
 459             {
 460                 printf("%24s  %12s  %12s  %12s\n",
 461                        "Component", "Energy", "Av. Energy", "Sum Energy");
 462                 if (fr->nsum > 0)
 463                 {
 464                     for (i = 0; (i < nre); i++)
 465                     {
 466                         printf("%24s  %12.5e  %12.5e  %12.5e\n",
 467                                enm[i].name, fr->ener[i].e, fr->ener[i].eav,
 468                                fr->ener[i].esum);
 469                     }
 470                 }
 471                 else
 472                 {
 473                     for (i = 0; (i < nre); i++)
 474                     {
 475                         printf("%24s  %12.5e\n",
 476                                enm[i].name, fr->ener[i].e);
 477                     }
 478                 }
 479             }
 480             for (b = 0; b < fr->nblock; b++)
 481             {
 482                 const char *typestr = "";
 483
 484                 t_enxblock *eb = &(fr->block[b]);
 485                 printf("Block data %2d (%3d subblocks, id=%d)\n",
 486                        b, eb->nsub, eb->id);
 487
 488                 if (eb->id < enxNR)
 489                 {
 490                     typestr = enx_block_id_name[eb->id];
 491                 }
 492                 printf("  id='%s'\n", typestr);
 493                 for (i = 0; i < eb->nsub; i++)
 494                 {
 495                     t_enxsubblock *sb = &(eb->sub[i]);
 496                     printf("  Sub block %3d (%5d elems, type=%s) values:\n",
 497                            i, sb->nr, xdr_datatype_names[sb->type]);
 498
 499                     switch (sb->type)
 500                     {
 501                         case xdr_datatype_float:
 502                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 503                             {
 504                                 printf("%14d   %8.4f\n", j, sb->fval[j]);
 505                             }
 506                             break;
 507                         case xdr_datatype_double:
 508                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 509                             {
 510                                 printf("%14d   %10.6f\n", j, sb->dval[j]);
 511                             }
 512                             break;
 513                         case xdr_datatype_int:
 514                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 515                             {
 516                                 printf("%14d %10d\n", j, sb->ival[j]);
 517                             }
 518                             break;
 519                         case xdr_datatype_int64:
 520                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 521                             {
 522                                 printf("%14d %s\n",
 523                                        j, gmx_step_str(sb->lval[j], buf));
 524                             }
 525                             break;
 526                         case xdr_datatype_char:
 527                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 528                             {
 529                                 printf("%14d %1c\n", j, sb->cval[j]);
 530                             }
 531                             break;
 532                         case xdr_datatype_string:
 533                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 534                             {
 535                                 printf("%14d %80s\n", j, sb->sval[j]);
 536                             }
 537                             break;
 538                         default:
 539                             gmx_incons("Unknown subblock type");
 540                     }
 541                 }
 542             }
 543         }
 544     }
 545     while (bCont);
 546
 547     close_enx(in);
 548
 549     free_enxframe(fr);
 550     sfree(fr);
 551     sfree(enm);
 552 }
 553
 554 static void list_mtx(const char *fn)
 555 {
 556     int                  nrow, ncol, i, j, k;
 557     real                *full   = NULL, value;
 558     gmx_sparsematrix_t * sparse = NULL;
 559
 560     gmx_mtxio_read(fn, &nrow, &ncol, &full, &sparse);
 561
 562     if (full == NULL)
 563     {
 564         snew(full, nrow*ncol);
 565         for (i = 0; i < nrow*ncol; i++)
 566         {
 567             full[i] = 0;
 568         }
 569
 570         for (i = 0; i < sparse->nrow; i++)
 571         {
 572             for (j = 0; j < sparse->ndata[i]; j++)
 573             {
 574                 k              = sparse->data[i][j].col;
 575                 value          = sparse->data[i][j].value;
 576                 full[i*ncol+k] = value;
 577                 full[k*ncol+i] = value;
 578             }
 579         }
 580         gmx_sparsematrix_destroy(sparse);
 581     }
 582
 583     printf("%d %d\n", nrow, ncol);
 584     for (i = 0; i < nrow; i++)
 585     {
 586         for (j = 0; j < ncol; j++)
 587         {
 588             printf(" %g", full[i*ncol+j]);
 589         }
 590         printf("\n");
 591     }
 592
 593     sfree(full);
 594 }
 595
 596 int gmx_dump(int argc, char *argv[])
 597 {
 598     const char *desc[] = {
 599         "[THISMODULE] reads a run input file ([REF].tpr[ref]),",
 600         "a trajectory ([REF].trr[ref]/[REF].xtc[ref]/[TT]/tng[tt]), an energy",
 601         "file ([REF].edr[ref]) or a checkpoint file ([REF].cpt[ref])",
 602         "and prints that to standard output in a readable format.",
 603         "This program is essential for checking your run input file in case of",
 604         "problems.[PAR]",
 605         "The program can also preprocess a topology to help finding problems.",
 606         "Note that currently setting [TT]GMXLIB[tt] is the only way to customize",
 607         "directories used for searching include files.",
 608     };
 609     const char *bugs[] = {
 610         "Position restraint output from -sys -s is broken"
 611     };
 612     t_filenm    fnm[] = {
 613         { efTPR, "-s", NULL, ffOPTRD },
 614         { efTRX, "-f", NULL, ffOPTRD },
 615         { efEDR, "-e", NULL, ffOPTRD },
 616         { efCPT, NULL, NULL, ffOPTRD },
 617         { efTOP, "-p", NULL, ffOPTRD },
 618         { efMTX, "-mtx", "hessian", ffOPTRD },
 619         { efMDP, "-om", NULL, ffOPTWR }
 620     };
 621 #define NFILE asize(fnm)
 622
 623     gmx_output_env_t *oenv;
 624     /* Command line options */
 625     static gmx_bool   bShowNumbers = TRUE;
 626     static gmx_bool   bSysTop      = FALSE;
 627     t_pargs           pa[]         = {
 628         { "-nr", FALSE, etBOOL, {&bShowNumbers}, "Show index numbers in output (leaving them out makes comparison easier, but creates a useless topology)" },
 629         { "-sys", FALSE, etBOOL, {&bSysTop}, "List the atoms and bonded interactions for the whole system instead of for each molecule type" }
 630     };
 631
 632     if (!parse_common_args(&argc, argv, 0, NFILE, fnm, asize(pa), pa,
 633                            asize(desc), desc, asize(bugs), bugs, &oenv))
 634     {
 635         return 0;
 636     }
 637
 638
 639     if (ftp2bSet(efTPR, NFILE, fnm))
 640     {
 641         list_tpx(ftp2fn(efTPR, NFILE, fnm), bShowNumbers,
 642                  ftp2fn_null(efMDP, NFILE, fnm), bSysTop);
 643     }
 644     else if (ftp2bSet(efTRX, NFILE, fnm))
 645     {
 646         list_trx(ftp2fn(efTRX, NFILE, fnm));
 647     }
 648     else if (ftp2bSet(efEDR, NFILE, fnm))
 649     {
 650         list_ene(ftp2fn(efEDR, NFILE, fnm));
 651     }
 652     else if (ftp2bSet(efCPT, NFILE, fnm))
 653     {
 654         list_checkpoint(ftp2fn(efCPT, NFILE, fnm), stdout);
 655     }
 656     else if (ftp2bSet(efTOP, NFILE, fnm))
 657     {
 658         list_top(ftp2fn(efTOP, NFILE, fnm));
 659     }
 660     else if (ftp2bSet(efMTX, NFILE, fnm))
 661     {
 662         list_mtx(ftp2fn(efMTX, NFILE, fnm));
 663     }
 664
 665     return 0;
 666 }