src/gromacs/tools/convert_tpr.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  38 #include <config.h>
  39 #endif
  40
  41 #include <math.h>
  42 #include "index.h"
  43 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  44 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  45 #include "macros.h"
  46 #include "names.h"
  47 #include "typedefs.h"
  48 #include "gromacs/gmxpreprocess/readir.h"
  49 #include "gromacs/commandline/pargs.h"
  50 #include "gromacs/math/vec.h"
  51 #include "mtop_util.h"
  52 #include "checkpoint.h"
  53 #include "gromacs/fileio/tpxio.h"
  54 #include "gromacs/fileio/trnio.h"
  55 #include "gromacs/fileio/enxio.h"
  56 #include "gromacs/utility/futil.h"
  57 #include "gromacs/random/random.h"
  58
  59 #define RANGECHK(i, n) if ((i) >= (n)) gmx_fatal(FARGS, "Your index file contains atomnumbers (e.g. %d)\nthat are larger than the number of atoms in the tpr file (%d)", (i), (n))
  60
  61 static gmx_bool *bKeepIt(int gnx, int natoms, atom_id index[])
  62 {
  63     gmx_bool *b;
  64     int       i;
  65
  66     snew(b, natoms);
  67     for (i = 0; (i < gnx); i++)
  68     {
  69         RANGECHK(index[i], natoms);
  70         b[index[i]] = TRUE;
  71     }
  72
  73     return b;
  74 }
  75
  76 static atom_id *invind(int gnx, int natoms, atom_id index[])
  77 {
  78     atom_id *inv;
  79     int      i;
  80
  81     snew(inv, natoms);
  82     for (i = 0; (i < gnx); i++)
  83     {
  84         RANGECHK(index[i], natoms);
  85         inv[index[i]] = i;
  86     }
  87
  88     return inv;
  89 }
  90
  91 static void reduce_block(gmx_bool bKeep[], t_block *block,
  92                          const char *name)
  93 {
  94     atom_id *index;
  95     int      i, j, newi, newj;
  96
  97     snew(index, block->nr);
  98
  99     newi = newj = 0;
 100     for (i = 0; (i < block->nr); i++)
 101     {
 102         for (j = block->index[i]; (j < block->index[i+1]); j++)
 103         {
 104             if (bKeep[j])
 105             {
 106                 newj++;
 107             }
 108         }
 109         if (newj > index[newi])
 110         {
 111             newi++;
 112             index[newi] = newj;
 113         }
 114     }
 115
 116     fprintf(stderr, "Reduced block %8s from %6d to %6d index-, %6d to %6d a-entries\n",
 117             name, block->nr, newi, block->index[block->nr], newj);
 118     block->index = index;
 119     block->nr    = newi;
 120 }
 121
 122 static void reduce_blocka(atom_id invindex[], gmx_bool bKeep[], t_blocka *block,
 123                           const char *name)
 124 {
 125     atom_id *index, *a;
 126     int      i, j, k, newi, newj;
 127
 128     snew(index, block->nr);
 129     snew(a, block->nra);
 130
 131     newi = newj = 0;
 132     for (i = 0; (i < block->nr); i++)
 133     {
 134         for (j = block->index[i]; (j < block->index[i+1]); j++)
 135         {
 136             k = block->a[j];
 137             if (bKeep[k])
 138             {
 139                 a[newj] = invindex[k];
 140                 newj++;
 141             }
 142         }
 143         if (newj > index[newi])
 144         {
 145             newi++;
 146             index[newi] = newj;
 147         }
 148     }
 149
 150     fprintf(stderr, "Reduced block %8s from %6d to %6d index-, %6d to %6d a-entries\n",
 151             name, block->nr, newi, block->nra, newj);
 152     block->index = index;
 153     block->a     = a;
 154     block->nr    = newi;
 155     block->nra   = newj;
 156 }
 157
 158 static void reduce_rvec(int gnx, atom_id index[], rvec vv[])
 159 {
 160     rvec *ptr;
 161     int   i;
 162
 163     snew(ptr, gnx);
 164     for (i = 0; (i < gnx); i++)
 165     {
 166         copy_rvec(vv[index[i]], ptr[i]);
 167     }
 168     for (i = 0; (i < gnx); i++)
 169     {
 170         copy_rvec(ptr[i], vv[i]);
 171     }
 172     sfree(ptr);
 173 }
 174
 175 static void reduce_atom(int gnx, atom_id index[], t_atom atom[], char ***atomname,
 176                         int *nres, t_resinfo *resinfo)
 177 {
 178     t_atom    *ptr;
 179     char    ***aname;
 180     t_resinfo *rinfo;
 181     int        i, nr;
 182
 183     snew(ptr, gnx);
 184     snew(aname, gnx);
 185     snew(rinfo, atom[index[gnx-1]].resind+1);
 186     for (i = 0; (i < gnx); i++)
 187     {
 188         ptr[i]   = atom[index[i]];
 189         aname[i] = atomname[index[i]];
 190     }
 191     nr = -1;
 192     for (i = 0; (i < gnx); i++)
 193     {
 194         atom[i]     = ptr[i];
 195         atomname[i] = aname[i];
 196         if ((i == 0) || (atom[i].resind != atom[i-1].resind))
 197         {
 198             nr++;
 199             rinfo[nr] = resinfo[atom[i].resind];
 200         }
 201         atom[i].resind = nr;
 202     }
 203     nr++;
 204     for (i = 0; (i < nr); i++)
 205     {
 206         resinfo[i] = rinfo[i];
 207     }
 208     *nres = nr;
 209
 210     sfree(aname);
 211     sfree(ptr);
 212     sfree(rinfo);
 213 }
 214
 215 static void reduce_ilist(atom_id invindex[], gmx_bool bKeep[],
 216                          t_ilist *il, int nratoms, const char *name)
 217 {
 218     t_iatom *ia;
 219     int      i, j, newnr;
 220     gmx_bool bB;
 221
 222     if (il->nr)
 223     {
 224         snew(ia, il->nr);
 225         newnr = 0;
 226         for (i = 0; (i < il->nr); i += nratoms+1)
 227         {
 228             bB = TRUE;
 229             for (j = 1; (j <= nratoms); j++)
 230             {
 231                 bB = bB && bKeep[il->iatoms[i+j]];
 232             }
 233             if (bB)
 234             {
 235                 ia[newnr++] = il->iatoms[i];
 236                 for (j = 1; (j <= nratoms); j++)
 237                 {
 238                     ia[newnr++] = invindex[il->iatoms[i+j]];
 239                 }
 240             }
 241         }
 242         fprintf(stderr, "Reduced ilist %8s from %6d to %6d entries\n",
 243                 name, il->nr/(nratoms+1),
 244                 newnr/(nratoms+1));
 245
 246         il->nr = newnr;
 247         for (i = 0; (i < newnr); i++)
 248         {
 249             il->iatoms[i] = ia[i];
 250         }
 251
 252         sfree(ia);
 253     }
 254 }
 255
 256 static void reduce_topology_x(int gnx, atom_id index[],
 257                               gmx_mtop_t *mtop, rvec x[], rvec v[])
 258 {
 259     t_topology   top;
 260     gmx_bool    *bKeep;
 261     atom_id     *invindex;
 262     int          i;
 263
 264     top      = gmx_mtop_t_to_t_topology(mtop);
 265     bKeep    = bKeepIt(gnx, top.atoms.nr, index);
 266     invindex = invind(gnx, top.atoms.nr, index);
 267
 268     reduce_block(bKeep, &(top.cgs), "cgs");
 269     reduce_block(bKeep, &(top.mols), "mols");
 270     reduce_blocka(invindex, bKeep, &(top.excls), "excls");
 271     reduce_rvec(gnx, index, x);
 272     reduce_rvec(gnx, index, v);
 273     reduce_atom(gnx, index, top.atoms.atom, top.atoms.atomname,
 274                 &(top.atoms.nres), top.atoms.resinfo);
 275
 276     for (i = 0; (i < F_NRE); i++)
 277     {
 278         reduce_ilist(invindex, bKeep, &(top.idef.il[i]),
 279                      interaction_function[i].nratoms,
 280                      interaction_function[i].name);
 281     }
 282
 283     top.atoms.nr = gnx;
 284
 285     mtop->nmoltype = 1;
 286     snew(mtop->moltype, mtop->nmoltype);
 287     mtop->moltype[0].name  = mtop->name;
 288     mtop->moltype[0].atoms = top.atoms;
 289     for (i = 0; i < F_NRE; i++)
 290     {
 291         mtop->moltype[0].ilist[i] = top.idef.il[i];
 292     }
 293     mtop->moltype[0].atoms = top.atoms;
 294     mtop->moltype[0].cgs   = top.cgs;
 295     mtop->moltype[0].excls = top.excls;
 296
 297     mtop->nmolblock = 1;
 298     snew(mtop->molblock, mtop->nmolblock);
 299     mtop->molblock[0].type       = 0;
 300     mtop->molblock[0].nmol       = 1;
 301     mtop->molblock[0].natoms_mol = top.atoms.nr;
 302     mtop->molblock[0].nposres_xA = 0;
 303     mtop->molblock[0].nposres_xB = 0;
 304
 305     mtop->natoms                 = top.atoms.nr;
 306 }
 307
 308 static void zeroq(atom_id index[], gmx_mtop_t *mtop)
 309 {
 310     int mt, i;
 311
 312     for (mt = 0; mt < mtop->nmoltype; mt++)
 313     {
 314         for (i = 0; (i < mtop->moltype[mt].atoms.nr); i++)
 315         {
 316             mtop->moltype[mt].atoms.atom[index[i]].q  = 0;
 317             mtop->moltype[mt].atoms.atom[index[i]].qB = 0;
 318         }
 319     }
 320 }
 321
 322 int gmx_convert_tpr(int argc, char *argv[])
 323 {
 324     const char       *desc[] = {
 325         "[THISMODULE] can edit run input files in four ways.[PAR]",
 326         "[BB]1.[bb] by modifying the number of steps in a run input file",
 327         "with options [TT]-extend[tt], [TT]-until[tt] or [TT]-nsteps[tt]",
 328         "(nsteps=-1 means unlimited number of steps)[PAR]",
 329         "[BB]2.[bb] (OBSOLETE) by creating a run input file",
 330         "for a continuation run when your simulation has crashed due to e.g.",
 331         "a full disk, or by making a continuation run input file.",
 332         "This option is obsolete, since mdrun now writes and reads",
 333         "checkpoint files.",
 334         "[BB]Note[bb] that a frame with coordinates and velocities is needed.",
 335         "When pressure and/or Nose-Hoover temperature coupling is used",
 336         "an energy file can be supplied to get an exact continuation",
 337         "of the original run.[PAR]",
 338         "[BB]3.[bb] by creating a [TT].tpx[tt] file for a subset of your original",
 339         "tpx file, which is useful when you want to remove the solvent from",
 340         "your [TT].tpx[tt] file, or when you want to make e.g. a pure C[GRK]alpha[grk] [TT].tpx[tt] file.",
 341         "Note that you may need to use [TT]-nsteps -1[tt] (or similar) to get",
 342         "this to work.",
 343         "[BB]WARNING: this [TT].tpx[tt] file is not fully functional[bb].[PAR]",
 344         "[BB]4.[bb] by setting the charges of a specified group",
 345         "to zero. This is useful when doing free energy estimates",
 346         "using the LIE (Linear Interaction Energy) method."
 347     };
 348
 349     const char       *top_fn, *frame_fn;
 350     t_fileio         *fp;
 351     ener_file_t       fp_ener = NULL;
 352     t_trnheader       head;
 353     int               i;
 354     gmx_int64_t       nsteps_req, run_step, frame;
 355     double            run_t, state_t;
 356     gmx_bool          bOK, bNsteps, bExtend, bUntil, bTime, bTraj;
 357     gmx_bool          bFrame, bUse, bSel, bNeedEner, bReadEner, bScanEner, bFepState;
 358     gmx_mtop_t        mtop;
 359     t_atoms           atoms;
 360     t_inputrec       *ir, *irnew = NULL;
 361     t_gromppopts     *gopts;
 362     t_state           state;
 363     rvec             *newx = NULL, *newv = NULL, *tmpx, *tmpv;
 364     matrix            newbox;
 365     int               gnx;
 366     char             *grpname;
 367     atom_id          *index = NULL;
 368     int               nre;
 369     gmx_enxnm_t      *enm     = NULL;
 370     t_enxframe       *fr_ener = NULL;
 371     char              buf[200], buf2[200];
 372     output_env_t      oenv;
 373     t_filenm          fnm[] = {
 374         { efTPX, NULL,  NULL,    ffREAD  },
 375         { efTRN, "-f",  NULL,    ffOPTRD },
 376         { efEDR, "-e",  NULL,    ffOPTRD },
 377         { efNDX, NULL,  NULL,    ffOPTRD },
 378         { efTPX, "-o",  "tpxout", ffWRITE }
 379     };
 380 #define NFILE asize(fnm)
 381
 382     /* Command line options */
 383     static int      nsteps_req_int = 0;
 384     static real     start_t        = -1.0, extend_t = 0.0, until_t = 0.0;
 385     static int      init_fep_state = 0;
 386     static gmx_bool bContinuation  = TRUE, bZeroQ = FALSE, bVel = TRUE;
 387     static t_pargs  pa[]           = {
 388         { "-extend",        FALSE, etREAL, {&extend_t},
 389           "Extend runtime by this amount (ps)" },
 390         { "-until",         FALSE, etREAL, {&until_t},
 391           "Extend runtime until this ending time (ps)" },
 392         { "-nsteps",        FALSE, etINT,  {&nsteps_req_int},
 393           "Change the number of steps" },
 394         { "-time",          FALSE, etREAL, {&start_t},
 395           "Continue from frame at this time (ps) instead of the last frame" },
 396         { "-zeroq",         FALSE, etBOOL, {&bZeroQ},
 397           "Set the charges of a group (from the index) to zero" },
 398         { "-vel",           FALSE, etBOOL, {&bVel},
 399           "Require velocities from trajectory" },
 400         { "-cont",          FALSE, etBOOL, {&bContinuation},
 401           "For exact continuation, the constraints should not be applied before the first step" },
 402         { "-init_fep_state", FALSE, etINT, {&init_fep_state},
 403           "fep state to initialize from" },
 404     };
 405     int             nerror = 0;
 406
 407     /* Parse the command line */
 408     if (!parse_common_args(&argc, argv, 0, NFILE, fnm, asize(pa), pa,
 409                            asize(desc), desc, 0, NULL, &oenv))
 410     {
 411         return 0;
 412     }
 413
 414     /* Convert int to gmx_int64_t */
 415     nsteps_req = nsteps_req_int;
 416     bNsteps    = opt2parg_bSet("-nsteps", asize(pa), pa);
 417     bExtend    = opt2parg_bSet("-extend", asize(pa), pa);
 418     bUntil     = opt2parg_bSet("-until", asize(pa), pa);
 419     bFepState  = opt2parg_bSet("-init_fep_state", asize(pa), pa);
 420     bTime      = opt2parg_bSet("-time", asize(pa), pa);
 421     bTraj      = (opt2bSet("-f", NFILE, fnm) || bTime);
 422
 423     top_fn = ftp2fn(efTPX, NFILE, fnm);
 424     fprintf(stderr, "Reading toplogy and stuff from %s\n", top_fn);
 425
 426     snew(ir, 1);
 427     read_tpx_state(top_fn, ir, &state, NULL, &mtop);
 428     run_step = ir->init_step;
 429     run_t    = ir->init_step*ir->delta_t + ir->init_t;
 430
 431     if (!EI_STATE_VELOCITY(ir->eI))
 432     {
 433         bVel = FALSE;
 434     }
 435
 436     if (bTraj)
 437     {
 438         fprintf(stderr, "\n"
 439                 "NOTE: Reading the state from trajectory is an obsolete feature of gmx convert-tpr.\n"
 440                 "      Continuation should be done by loading a checkpoint file with mdrun -cpi\n"
 441                 "      This guarantees that all state variables are transferred.\n"
 442                 "      gmx convert-tpr is now only useful for increasing nsteps,\n"
 443                 "      but even that can often be avoided by using mdrun -maxh\n"
 444                 "\n");
 445
 446         if (ir->bContinuation != bContinuation)
 447         {
 448             fprintf(stderr, "Modifying ir->bContinuation to %s\n",
 449                     bool_names[bContinuation]);
 450         }
 451         ir->bContinuation = bContinuation;
 452
 453
 454         bNeedEner = (ir->epc == epcPARRINELLORAHMAN || ir->etc == etcNOSEHOOVER);
 455         bReadEner = (bNeedEner && ftp2bSet(efEDR, NFILE, fnm));
 456         bScanEner = (bReadEner && !bTime);
 457
 458         if (ir->epc != epcNO || EI_SD(ir->eI) || ir->eI == eiBD)
 459         {
 460             fprintf(stderr, "NOTE: The simulation uses pressure coupling and/or stochastic dynamics.\n"
 461                     "gmx convert-tpr can not provide binary identical continuation.\n"
 462                     "If you want that, supply a checkpoint file to mdrun\n\n");
 463         }
 464
 465         if (EI_SD(ir->eI) || ir->eI == eiBD)
 466         {
 467             fprintf(stderr, "\nChanging ld-seed from %"GMX_PRId64 " ", ir->ld_seed);
 468             ir->ld_seed = (gmx_int64_t)gmx_rng_make_seed();
 469             fprintf(stderr, "to %"GMX_PRId64 "\n\n", ir->ld_seed);
 470         }
 471
 472         frame_fn = ftp2fn(efTRN, NFILE, fnm);
 473
 474         if (fn2ftp(frame_fn) == efCPT)
 475         {
 476             int sim_part;
 477
 478             fprintf(stderr,
 479                     "\nREADING STATE FROM CHECKPOINT %s...\n\n",
 480                     frame_fn);
 481
 482             read_checkpoint_state(frame_fn, &sim_part,
 483                                   &run_step, &run_t, &state);
 484         }
 485         else
 486         {
 487             fprintf(stderr,
 488                     "\nREADING COORDS, VELS AND BOX FROM TRAJECTORY %s...\n\n",
 489                     frame_fn);
 490
 491             fp = open_trn(frame_fn, "r");
 492             if (bScanEner)
 493             {
 494                 fp_ener = open_enx(ftp2fn(efEDR, NFILE, fnm), "r");
 495                 do_enxnms(fp_ener, &nre, &enm);
 496                 snew(fr_ener, 1);
 497                 fr_ener->t = -1e-12;
 498             }
 499
 500             /* Now scan until the last set of x and v (step == 0)
 501              * or the ones at step step.
 502              */
 503             bFrame = TRUE;
 504             frame  = 0;
 505             while (bFrame)
 506             {
 507                 bFrame = fread_trnheader(fp, &head, &bOK);
 508                 if (bOK && frame == 0)
 509                 {
 510                     if (mtop.natoms != head.natoms)
 511                     {
 512                         gmx_fatal(FARGS, "Number of atoms in Topology (%d) "
 513                                   "is not the same as in Trajectory (%d)\n",
 514                                   mtop.natoms, head.natoms);
 515                     }
 516                     snew(newx, head.natoms);
 517                     snew(newv, head.natoms);
 518                 }
 519                 bFrame = bFrame && bOK;
 520                 if (bFrame)
 521                 {
 522                     bOK = fread_htrn(fp, &head, newbox, newx, newv, NULL);
 523                 }
 524                 bFrame = bFrame && bOK;
 525                 bUse   = FALSE;
 526                 if (bFrame &&
 527                     (head.x_size) && (head.v_size || !bVel))
 528                 {
 529                     bUse = TRUE;
 530                     if (bScanEner)
 531                     {
 532                         /* Read until the energy time is >= the trajectory time */
 533                         while (fr_ener->t < head.t && do_enx(fp_ener, fr_ener))
 534                         {
 535                             ;
 536                         }
 537                         bUse = (fr_ener->t == head.t);
 538                     }
 539                     if (bUse)
 540                     {
 541                         tmpx                  = newx;
 542                         newx                  = state.x;
 543                         state.x               = tmpx;
 544                         tmpv                  = newv;
 545                         newv                  = state.v;
 546                         state.v               = tmpv;
 547                         run_t                 = head.t;
 548                         run_step              = head.step;
 549                         state.fep_state       = head.fep_state;
 550                         state.lambda[efptFEP] = head.lambda;
 551                         copy_mat(newbox, state.box);
 552                     }
 553                 }
 554                 if (bFrame || !bOK)
 555                 {
 556                     sprintf(buf, "\r%s %s frame %s%s: step %s%s time %s",
 557                             "%s", "%s", "%6", GMX_PRId64, "%6", GMX_PRId64, " %8.3f");
 558                     fprintf(stderr, buf,
 559                             bUse ? "Read   " : "Skipped", ftp2ext(fn2ftp(frame_fn)),
 560                             frame, head.step, head.t);
 561                     frame++;
 562                     if (bTime && (head.t >= start_t))
 563                     {
 564                         bFrame = FALSE;
 565                     }
 566                 }
 567             }
 568             if (bScanEner)
 569             {
 570                 close_enx(fp_ener);
 571                 free_enxframe(fr_ener);
 572                 free_enxnms(nre, enm);
 573             }
 574             close_trn(fp);
 575             fprintf(stderr, "\n");
 576
 577             if (!bOK)
 578             {
 579                 fprintf(stderr, "%s frame %s (step %s, time %g) is incomplete\n",
 580                         ftp2ext(fn2ftp(frame_fn)), gmx_step_str(frame-1, buf2),
 581                         gmx_step_str(head.step, buf), head.t);
 582             }
 583             fprintf(stderr, "\nUsing frame of step %s time %g\n",
 584                     gmx_step_str(run_step, buf), run_t);
 585
 586             if (bNeedEner)
 587             {
 588                 if (bReadEner)
 589                 {
 590                     get_enx_state(ftp2fn(efEDR, NFILE, fnm), run_t, &mtop.groups, ir, &state);
 591                 }
 592                 else
 593                 {
 594                     fprintf(stderr, "\nWARNING: The simulation uses %s temperature and/or %s pressure coupling,\n"
 595                             "         the continuation will only be exact when an energy file is supplied\n\n",
 596                             ETCOUPLTYPE(etcNOSEHOOVER),
 597                             EPCOUPLTYPE(epcPARRINELLORAHMAN));
 598                 }
 599             }
 600             if (bFepState)
 601             {
 602                 ir->fepvals->init_fep_state = init_fep_state;
 603             }
 604         }
 605     }
 606
 607     if (bNsteps)
 608     {
 609         fprintf(stderr, "Setting nsteps to %s\n", gmx_step_str(nsteps_req, buf));
 610         ir->nsteps = nsteps_req;
 611     }
 612     else
 613     {
 614         /* Determine total number of steps remaining */
 615         if (bExtend)
 616         {
 617             ir->nsteps = ir->nsteps - (run_step - ir->init_step) + (gmx_int64_t)(extend_t/ir->delta_t + 0.5);
 618             printf("Extending remaining runtime of by %g ps (now %s steps)\n",
 619                    extend_t, gmx_step_str(ir->nsteps, buf));
 620         }
 621         else if (bUntil)
 622         {
 623             printf("nsteps = %s, run_step = %s, current_t = %g, until = %g\n",
 624                    gmx_step_str(ir->nsteps, buf),
 625                    gmx_step_str(run_step, buf2),
 626                    run_t, until_t);
 627             ir->nsteps = (gmx_int64_t)((until_t - run_t)/ir->delta_t + 0.5);
 628             printf("Extending remaining runtime until %g ps (now %s steps)\n",
 629                    until_t, gmx_step_str(ir->nsteps, buf));
 630         }
 631         else
 632         {
 633             ir->nsteps -= run_step - ir->init_step;
 634             /* Print message */
 635             printf("%s steps (%g ps) remaining from first run.\n",
 636                    gmx_step_str(ir->nsteps, buf), ir->nsteps*ir->delta_t);
 637         }
 638     }
 639
 640     if (bNsteps || bZeroQ || (ir->nsteps > 0))
 641     {
 642         ir->init_step = run_step;
 643
 644         if (ftp2bSet(efNDX, NFILE, fnm) ||
 645             !(bNsteps || bExtend || bUntil || bTraj))
 646         {
 647             atoms = gmx_mtop_global_atoms(&mtop);
 648             get_index(&atoms, ftp2fn_null(efNDX, NFILE, fnm), 1,
 649                       &gnx, &index, &grpname);
 650             if (!bZeroQ)
 651             {
 652                 bSel = (gnx != state.natoms);
 653                 for (i = 0; ((i < gnx) && (!bSel)); i++)
 654                 {
 655                     bSel = (i != index[i]);
 656                 }
 657             }
 658             else
 659             {
 660                 bSel = FALSE;
 661             }
 662             if (bSel)
 663             {
 664                 fprintf(stderr, "Will write subset %s of original tpx containing %d "
 665                         "atoms\n", grpname, gnx);
 666                 reduce_topology_x(gnx, index, &mtop, state.x, state.v);
 667                 state.natoms = gnx;
 668             }
 669             else if (bZeroQ)
 670             {
 671                 zeroq(index, &mtop);
 672                 fprintf(stderr, "Zero-ing charges for group %s\n", grpname);
 673             }
 674             else
 675             {
 676                 fprintf(stderr, "Will write full tpx file (no selection)\n");
 677             }
 678         }
 679
 680         state_t = ir->init_t + ir->init_step*ir->delta_t;
 681         sprintf(buf,   "Writing statusfile with starting step %s%s and length %s%s steps...\n", "%10", GMX_PRId64, "%10", GMX_PRId64);
 682         fprintf(stderr, buf, ir->init_step, ir->nsteps);
 683         fprintf(stderr, "                                 time %10.3f and length %10.3f ps\n",
 684                 state_t, ir->nsteps*ir->delta_t);
 685         write_tpx_state(opt2fn("-o", NFILE, fnm), ir, &state, &mtop);
 686     }
 687     else
 688     {
 689         printf("You've simulated long enough. Not writing tpr file\n");
 690     }
 691
 692     return 0;
 693 }