src/gromacs/tools/convert_tpr.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  38 #include <config.h>
  39 #endif
  40
  41 #include <math.h>
  42 #include "index.h"
  43 #include "gmx_fatal.h"
  44 #include "sysstuff.h"
  45 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  46 #include "macros.h"
  47 #include "names.h"
  48 #include "typedefs.h"
  49 #include "gromacs/gmxpreprocess/readir.h"
  50 #include "gromacs/commandline/pargs.h"
  51 #include "vec.h"
  52 #include "mtop_util.h"
  53 #include "checkpoint.h"
  54 #include "gromacs/fileio/tpxio.h"
  55 #include "gromacs/fileio/trnio.h"
  56 #include "gromacs/fileio/enxio.h"
  57 #include "gromacs/fileio/futil.h"
  58 #include "gromacs/random/random.h"
  59
  60 #define RANGECHK(i, n) if ((i) >= (n)) gmx_fatal(FARGS, "Your index file contains atomnumbers (e.g. %d)\nthat are larger than the number of atoms in the tpr file (%d)", (i), (n))
  61
  62 static gmx_bool *bKeepIt(int gnx, int natoms, atom_id index[])
  63 {
  64     gmx_bool *b;
  65     int       i;
  66
  67     snew(b, natoms);
  68     for (i = 0; (i < gnx); i++)
  69     {
  70         RANGECHK(index[i], natoms);
  71         b[index[i]] = TRUE;
  72     }
  73
  74     return b;
  75 }
  76
  77 static atom_id *invind(int gnx, int natoms, atom_id index[])
  78 {
  79     atom_id *inv;
  80     int      i;
  81
  82     snew(inv, natoms);
  83     for (i = 0; (i < gnx); i++)
  84     {
  85         RANGECHK(index[i], natoms);
  86         inv[index[i]] = i;
  87     }
  88
  89     return inv;
  90 }
  91
  92 static void reduce_block(gmx_bool bKeep[], t_block *block,
  93                          const char *name)
  94 {
  95     atom_id *index;
  96     int      i, j, newi, newj;
  97
  98     snew(index, block->nr);
  99
 100     newi = newj = 0;
 101     for (i = 0; (i < block->nr); i++)
 102     {
 103         for (j = block->index[i]; (j < block->index[i+1]); j++)
 104         {
 105             if (bKeep[j])
 106             {
 107                 newj++;
 108             }
 109         }
 110         if (newj > index[newi])
 111         {
 112             newi++;
 113             index[newi] = newj;
 114         }
 115     }
 116
 117     fprintf(stderr, "Reduced block %8s from %6d to %6d index-, %6d to %6d a-entries\n",
 118             name, block->nr, newi, block->index[block->nr], newj);
 119     block->index = index;
 120     block->nr    = newi;
 121 }
 122
 123 static void reduce_blocka(atom_id invindex[], gmx_bool bKeep[], t_blocka *block,
 124                           const char *name)
 125 {
 126     atom_id *index, *a;
 127     int      i, j, k, newi, newj;
 128
 129     snew(index, block->nr);
 130     snew(a, block->nra);
 131
 132     newi = newj = 0;
 133     for (i = 0; (i < block->nr); i++)
 134     {
 135         for (j = block->index[i]; (j < block->index[i+1]); j++)
 136         {
 137             k = block->a[j];
 138             if (bKeep[k])
 139             {
 140                 a[newj] = invindex[k];
 141                 newj++;
 142             }
 143         }
 144         if (newj > index[newi])
 145         {
 146             newi++;
 147             index[newi] = newj;
 148         }
 149     }
 150
 151     fprintf(stderr, "Reduced block %8s from %6d to %6d index-, %6d to %6d a-entries\n",
 152             name, block->nr, newi, block->nra, newj);
 153     block->index = index;
 154     block->a     = a;
 155     block->nr    = newi;
 156     block->nra   = newj;
 157 }
 158
 159 static void reduce_rvec(int gnx, atom_id index[], rvec vv[])
 160 {
 161     rvec *ptr;
 162     int   i;
 163
 164     snew(ptr, gnx);
 165     for (i = 0; (i < gnx); i++)
 166     {
 167         copy_rvec(vv[index[i]], ptr[i]);
 168     }
 169     for (i = 0; (i < gnx); i++)
 170     {
 171         copy_rvec(ptr[i], vv[i]);
 172     }
 173     sfree(ptr);
 174 }
 175
 176 static void reduce_atom(int gnx, atom_id index[], t_atom atom[], char ***atomname,
 177                         int *nres, t_resinfo *resinfo)
 178 {
 179     t_atom    *ptr;
 180     char    ***aname;
 181     t_resinfo *rinfo;
 182     int        i, nr;
 183
 184     snew(ptr, gnx);
 185     snew(aname, gnx);
 186     snew(rinfo, atom[index[gnx-1]].resind+1);
 187     for (i = 0; (i < gnx); i++)
 188     {
 189         ptr[i]   = atom[index[i]];
 190         aname[i] = atomname[index[i]];
 191     }
 192     nr = -1;
 193     for (i = 0; (i < gnx); i++)
 194     {
 195         atom[i]     = ptr[i];
 196         atomname[i] = aname[i];
 197         if ((i == 0) || (atom[i].resind != atom[i-1].resind))
 198         {
 199             nr++;
 200             rinfo[nr] = resinfo[atom[i].resind];
 201         }
 202         atom[i].resind = nr;
 203     }
 204     nr++;
 205     for (i = 0; (i < nr); i++)
 206     {
 207         resinfo[i] = rinfo[i];
 208     }
 209     *nres = nr;
 210
 211     sfree(aname);
 212     sfree(ptr);
 213     sfree(rinfo);
 214 }
 215
 216 static void reduce_ilist(atom_id invindex[], gmx_bool bKeep[],
 217                          t_ilist *il, int nratoms, const char *name)
 218 {
 219     t_iatom *ia;
 220     int      i, j, newnr;
 221     gmx_bool bB;
 222
 223     if (il->nr)
 224     {
 225         snew(ia, il->nr);
 226         newnr = 0;
 227         for (i = 0; (i < il->nr); i += nratoms+1)
 228         {
 229             bB = TRUE;
 230             for (j = 1; (j <= nratoms); j++)
 231             {
 232                 bB = bB && bKeep[il->iatoms[i+j]];
 233             }
 234             if (bB)
 235             {
 236                 ia[newnr++] = il->iatoms[i];
 237                 for (j = 1; (j <= nratoms); j++)
 238                 {
 239                     ia[newnr++] = invindex[il->iatoms[i+j]];
 240                 }
 241             }
 242         }
 243         fprintf(stderr, "Reduced ilist %8s from %6d to %6d entries\n",
 244                 name, il->nr/(nratoms+1),
 245                 newnr/(nratoms+1));
 246
 247         il->nr = newnr;
 248         for (i = 0; (i < newnr); i++)
 249         {
 250             il->iatoms[i] = ia[i];
 251         }
 252
 253         sfree(ia);
 254     }
 255 }
 256
 257 static void reduce_topology_x(int gnx, atom_id index[],
 258                               gmx_mtop_t *mtop, rvec x[], rvec v[])
 259 {
 260     t_topology   top;
 261     gmx_bool    *bKeep;
 262     atom_id     *invindex;
 263     int          i;
 264
 265     top      = gmx_mtop_t_to_t_topology(mtop);
 266     bKeep    = bKeepIt(gnx, top.atoms.nr, index);
 267     invindex = invind(gnx, top.atoms.nr, index);
 268
 269     reduce_block(bKeep, &(top.cgs), "cgs");
 270     reduce_block(bKeep, &(top.mols), "mols");
 271     reduce_blocka(invindex, bKeep, &(top.excls), "excls");
 272     reduce_rvec(gnx, index, x);
 273     reduce_rvec(gnx, index, v);
 274     reduce_atom(gnx, index, top.atoms.atom, top.atoms.atomname,
 275                 &(top.atoms.nres), top.atoms.resinfo);
 276
 277     for (i = 0; (i < F_NRE); i++)
 278     {
 279         reduce_ilist(invindex, bKeep, &(top.idef.il[i]),
 280                      interaction_function[i].nratoms,
 281                      interaction_function[i].name);
 282     }
 283
 284     top.atoms.nr = gnx;
 285
 286     mtop->nmoltype = 1;
 287     snew(mtop->moltype, mtop->nmoltype);
 288     mtop->moltype[0].name  = mtop->name;
 289     mtop->moltype[0].atoms = top.atoms;
 290     for (i = 0; i < F_NRE; i++)
 291     {
 292         mtop->moltype[0].ilist[i] = top.idef.il[i];
 293     }
 294     mtop->moltype[0].atoms = top.atoms;
 295     mtop->moltype[0].cgs   = top.cgs;
 296     mtop->moltype[0].excls = top.excls;
 297
 298     mtop->nmolblock = 1;
 299     snew(mtop->molblock, mtop->nmolblock);
 300     mtop->molblock[0].type       = 0;
 301     mtop->molblock[0].nmol       = 1;
 302     mtop->molblock[0].natoms_mol = top.atoms.nr;
 303     mtop->molblock[0].nposres_xA = 0;
 304     mtop->molblock[0].nposres_xB = 0;
 305
 306     mtop->natoms                 = top.atoms.nr;
 307 }
 308
 309 static void zeroq(atom_id index[], gmx_mtop_t *mtop)
 310 {
 311     int mt, i;
 312
 313     for (mt = 0; mt < mtop->nmoltype; mt++)
 314     {
 315         for (i = 0; (i < mtop->moltype[mt].atoms.nr); i++)
 316         {
 317             mtop->moltype[mt].atoms.atom[index[i]].q  = 0;
 318             mtop->moltype[mt].atoms.atom[index[i]].qB = 0;
 319         }
 320     }
 321 }
 322
 323 int gmx_convert_tpr(int argc, char *argv[])
 324 {
 325     const char       *desc[] = {
 326         "[THISMODULE] can edit run input files in four ways.[PAR]",
 327         "[BB]1.[bb] by modifying the number of steps in a run input file",
 328         "with options [TT]-extend[tt], [TT]-until[tt] or [TT]-nsteps[tt]",
 329         "(nsteps=-1 means unlimited number of steps)[PAR]",
 330         "[BB]2.[bb] (OBSOLETE) by creating a run input file",
 331         "for a continuation run when your simulation has crashed due to e.g.",
 332         "a full disk, or by making a continuation run input file.",
 333         "This option is obsolete, since mdrun now writes and reads",
 334         "checkpoint files.",
 335         "[BB]Note[bb] that a frame with coordinates and velocities is needed.",
 336         "When pressure and/or Nose-Hoover temperature coupling is used",
 337         "an energy file can be supplied to get an exact continuation",
 338         "of the original run.[PAR]",
 339         "[BB]3.[bb] by creating a [TT].tpx[tt] file for a subset of your original",
 340         "tpx file, which is useful when you want to remove the solvent from",
 341         "your [TT].tpx[tt] file, or when you want to make e.g. a pure C[GRK]alpha[grk] [TT].tpx[tt] file.",
 342         "Note that you may need to use [TT]-nsteps -1[tt] (or similar) to get",
 343         "this to work.",
 344         "[BB]WARNING: this [TT].tpx[tt] file is not fully functional[bb].[PAR]",
 345         "[BB]4.[bb] by setting the charges of a specified group",
 346         "to zero. This is useful when doing free energy estimates",
 347         "using the LIE (Linear Interaction Energy) method."
 348     };
 349
 350     const char       *top_fn, *frame_fn;
 351     t_fileio         *fp;
 352     ener_file_t       fp_ener = NULL;
 353     t_trnheader       head;
 354     int               i;
 355     gmx_int64_t       nsteps_req, run_step, frame;
 356     double            run_t, state_t;
 357     gmx_bool          bOK, bNsteps, bExtend, bUntil, bTime, bTraj;
 358     gmx_bool          bFrame, bUse, bSel, bNeedEner, bReadEner, bScanEner, bFepState;
 359     gmx_mtop_t        mtop;
 360     t_atoms           atoms;
 361     t_inputrec       *ir, *irnew = NULL;
 362     t_gromppopts     *gopts;
 363     t_state           state;
 364     rvec             *newx = NULL, *newv = NULL, *tmpx, *tmpv;
 365     matrix            newbox;
 366     int               gnx;
 367     char             *grpname;
 368     atom_id          *index = NULL;
 369     int               nre;
 370     gmx_enxnm_t      *enm     = NULL;
 371     t_enxframe       *fr_ener = NULL;
 372     char              buf[200], buf2[200];
 373     output_env_t      oenv;
 374     t_filenm          fnm[] = {
 375         { efTPX, NULL,  NULL,    ffREAD  },
 376         { efTRN, "-f",  NULL,    ffOPTRD },
 377         { efEDR, "-e",  NULL,    ffOPTRD },
 378         { efNDX, NULL,  NULL,    ffOPTRD },
 379         { efTPX, "-o",  "tpxout", ffWRITE }
 380     };
 381 #define NFILE asize(fnm)
 382
 383     /* Command line options */
 384     static int      nsteps_req_int = 0;
 385     static real     start_t        = -1.0, extend_t = 0.0, until_t = 0.0;
 386     static int      init_fep_state = 0;
 387     static gmx_bool bContinuation  = TRUE, bZeroQ = FALSE, bVel = TRUE;
 388     static t_pargs  pa[]           = {
 389         { "-extend",        FALSE, etREAL, {&extend_t},
 390           "Extend runtime by this amount (ps)" },
 391         { "-until",         FALSE, etREAL, {&until_t},
 392           "Extend runtime until this ending time (ps)" },
 393         { "-nsteps",        FALSE, etINT,  {&nsteps_req_int},
 394           "Change the number of steps" },
 395         { "-time",          FALSE, etREAL, {&start_t},
 396           "Continue from frame at this time (ps) instead of the last frame" },
 397         { "-zeroq",         FALSE, etBOOL, {&bZeroQ},
 398           "Set the charges of a group (from the index) to zero" },
 399         { "-vel",           FALSE, etBOOL, {&bVel},
 400           "Require velocities from trajectory" },
 401         { "-cont",          FALSE, etBOOL, {&bContinuation},
 402           "For exact continuation, the constraints should not be applied before the first step" },
 403         { "-init_fep_state", FALSE, etINT, {&init_fep_state},
 404           "fep state to initialize from" },
 405     };
 406     int             nerror = 0;
 407
 408     /* Parse the command line */
 409     if (!parse_common_args(&argc, argv, 0, NFILE, fnm, asize(pa), pa,
 410                            asize(desc), desc, 0, NULL, &oenv))
 411     {
 412         return 0;
 413     }
 414
 415     /* Convert int to gmx_int64_t */
 416     nsteps_req = nsteps_req_int;
 417     bNsteps    = opt2parg_bSet("-nsteps", asize(pa), pa);
 418     bExtend    = opt2parg_bSet("-extend", asize(pa), pa);
 419     bUntil     = opt2parg_bSet("-until", asize(pa), pa);
 420     bFepState  = opt2parg_bSet("-init_fep_state", asize(pa), pa);
 421     bTime      = opt2parg_bSet("-time", asize(pa), pa);
 422     bTraj      = (opt2bSet("-f", NFILE, fnm) || bTime);
 423
 424     top_fn = ftp2fn(efTPX, NFILE, fnm);
 425     fprintf(stderr, "Reading toplogy and stuff from %s\n", top_fn);
 426
 427     snew(ir, 1);
 428     read_tpx_state(top_fn, ir, &state, NULL, &mtop);
 429     run_step = ir->init_step;
 430     run_t    = ir->init_step*ir->delta_t + ir->init_t;
 431
 432     if (!EI_STATE_VELOCITY(ir->eI))
 433     {
 434         bVel = FALSE;
 435     }
 436
 437     if (bTraj)
 438     {
 439         fprintf(stderr, "\n"
 440                 "NOTE: Reading the state from trajectory is an obsolete feature of gmx convert-tpr.\n"
 441                 "      Continuation should be done by loading a checkpoint file with mdrun -cpi\n"
 442                 "      This guarantees that all state variables are transferred.\n"
 443                 "      gmx convert-tpr is now only useful for increasing nsteps,\n"
 444                 "      but even that can often be avoided by using mdrun -maxh\n"
 445                 "\n");
 446
 447         if (ir->bContinuation != bContinuation)
 448         {
 449             fprintf(stderr, "Modifying ir->bContinuation to %s\n",
 450                     bool_names[bContinuation]);
 451         }
 452         ir->bContinuation = bContinuation;
 453
 454
 455         bNeedEner = (ir->epc == epcPARRINELLORAHMAN || ir->etc == etcNOSEHOOVER);
 456         bReadEner = (bNeedEner && ftp2bSet(efEDR, NFILE, fnm));
 457         bScanEner = (bReadEner && !bTime);
 458
 459         if (ir->epc != epcNO || EI_SD(ir->eI) || ir->eI == eiBD)
 460         {
 461             fprintf(stderr, "NOTE: The simulation uses pressure coupling and/or stochastic dynamics.\n"
 462                     "gmx convert-tpr can not provide binary identical continuation.\n"
 463                     "If you want that, supply a checkpoint file to mdrun\n\n");
 464         }
 465
 466         if (EI_SD(ir->eI) || ir->eI == eiBD)
 467         {
 468             fprintf(stderr, "\nChanging ld-seed from %"GMX_PRId64 " ", ir->ld_seed);
 469             ir->ld_seed = (gmx_int64_t)gmx_rng_make_seed();
 470             fprintf(stderr, "to %"GMX_PRId64 "\n\n", ir->ld_seed);
 471         }
 472
 473         frame_fn = ftp2fn(efTRN, NFILE, fnm);
 474
 475         if (fn2ftp(frame_fn) == efCPT)
 476         {
 477             int sim_part;
 478
 479             fprintf(stderr,
 480                     "\nREADING STATE FROM CHECKPOINT %s...\n\n",
 481                     frame_fn);
 482
 483             read_checkpoint_state(frame_fn, &sim_part,
 484                                   &run_step, &run_t, &state);
 485         }
 486         else
 487         {
 488             fprintf(stderr,
 489                     "\nREADING COORDS, VELS AND BOX FROM TRAJECTORY %s...\n\n",
 490                     frame_fn);
 491
 492             fp = open_trn(frame_fn, "r");
 493             if (bScanEner)
 494             {
 495                 fp_ener = open_enx(ftp2fn(efEDR, NFILE, fnm), "r");
 496                 do_enxnms(fp_ener, &nre, &enm);
 497                 snew(fr_ener, 1);
 498                 fr_ener->t = -1e-12;
 499             }
 500
 501             /* Now scan until the last set of x and v (step == 0)
 502              * or the ones at step step.
 503              */
 504             bFrame = TRUE;
 505             frame  = 0;
 506             while (bFrame)
 507             {
 508                 bFrame = fread_trnheader(fp, &head, &bOK);
 509                 if (bOK && frame == 0)
 510                 {
 511                     if (mtop.natoms != head.natoms)
 512                     {
 513                         gmx_fatal(FARGS, "Number of atoms in Topology (%d) "
 514                                   "is not the same as in Trajectory (%d)\n",
 515                                   mtop.natoms, head.natoms);
 516                     }
 517                     snew(newx, head.natoms);
 518                     snew(newv, head.natoms);
 519                 }
 520                 bFrame = bFrame && bOK;
 521                 if (bFrame)
 522                 {
 523                     bOK = fread_htrn(fp, &head, newbox, newx, newv, NULL);
 524                 }
 525                 bFrame = bFrame && bOK;
 526                 bUse   = FALSE;
 527                 if (bFrame &&
 528                     (head.x_size) && (head.v_size || !bVel))
 529                 {
 530                     bUse = TRUE;
 531                     if (bScanEner)
 532                     {
 533                         /* Read until the energy time is >= the trajectory time */
 534                         while (fr_ener->t < head.t && do_enx(fp_ener, fr_ener))
 535                         {
 536                             ;
 537                         }
 538                         bUse = (fr_ener->t == head.t);
 539                     }
 540                     if (bUse)
 541                     {
 542                         tmpx                  = newx;
 543                         newx                  = state.x;
 544                         state.x               = tmpx;
 545                         tmpv                  = newv;
 546                         newv                  = state.v;
 547                         state.v               = tmpv;
 548                         run_t                 = head.t;
 549                         run_step              = head.step;
 550                         state.fep_state       = head.fep_state;
 551                         state.lambda[efptFEP] = head.lambda;
 552                         copy_mat(newbox, state.box);
 553                     }
 554                 }
 555                 if (bFrame || !bOK)
 556                 {
 557                     sprintf(buf, "\r%s %s frame %s%s: step %s%s time %s",
 558                             "%s", "%s", "%6", GMX_PRId64, "%6", GMX_PRId64, " %8.3f");
 559                     fprintf(stderr, buf,
 560                             bUse ? "Read   " : "Skipped", ftp2ext(fn2ftp(frame_fn)),
 561                             frame, head.step, head.t);
 562                     frame++;
 563                     if (bTime && (head.t >= start_t))
 564                     {
 565                         bFrame = FALSE;
 566                     }
 567                 }
 568             }
 569             if (bScanEner)
 570             {
 571                 close_enx(fp_ener);
 572                 free_enxframe(fr_ener);
 573                 free_enxnms(nre, enm);
 574             }
 575             close_trn(fp);
 576             fprintf(stderr, "\n");
 577
 578             if (!bOK)
 579             {
 580                 fprintf(stderr, "%s frame %s (step %s, time %g) is incomplete\n",
 581                         ftp2ext(fn2ftp(frame_fn)), gmx_step_str(frame-1, buf2),
 582                         gmx_step_str(head.step, buf), head.t);
 583             }
 584             fprintf(stderr, "\nUsing frame of step %s time %g\n",
 585                     gmx_step_str(run_step, buf), run_t);
 586
 587             if (bNeedEner)
 588             {
 589                 if (bReadEner)
 590                 {
 591                     get_enx_state(ftp2fn(efEDR, NFILE, fnm), run_t, &mtop.groups, ir, &state);
 592                 }
 593                 else
 594                 {
 595                     fprintf(stderr, "\nWARNING: The simulation uses %s temperature and/or %s pressure coupling,\n"
 596                             "         the continuation will only be exact when an energy file is supplied\n\n",
 597                             ETCOUPLTYPE(etcNOSEHOOVER),
 598                             EPCOUPLTYPE(epcPARRINELLORAHMAN));
 599                 }
 600             }
 601             if (bFepState)
 602             {
 603                 ir->fepvals->init_fep_state = init_fep_state;
 604             }
 605         }
 606     }
 607
 608     if (bNsteps)
 609     {
 610         fprintf(stderr, "Setting nsteps to %s\n", gmx_step_str(nsteps_req, buf));
 611         ir->nsteps = nsteps_req;
 612     }
 613     else
 614     {
 615         /* Determine total number of steps remaining */
 616         if (bExtend)
 617         {
 618             ir->nsteps = ir->nsteps - (run_step - ir->init_step) + (gmx_int64_t)(extend_t/ir->delta_t + 0.5);
 619             printf("Extending remaining runtime of by %g ps (now %s steps)\n",
 620                    extend_t, gmx_step_str(ir->nsteps, buf));
 621         }
 622         else if (bUntil)
 623         {
 624             printf("nsteps = %s, run_step = %s, current_t = %g, until = %g\n",
 625                    gmx_step_str(ir->nsteps, buf),
 626                    gmx_step_str(run_step, buf2),
 627                    run_t, until_t);
 628             ir->nsteps = (gmx_int64_t)((until_t - run_t)/ir->delta_t + 0.5);
 629             printf("Extending remaining runtime until %g ps (now %s steps)\n",
 630                    until_t, gmx_step_str(ir->nsteps, buf));
 631         }
 632         else
 633         {
 634             ir->nsteps -= run_step - ir->init_step;
 635             /* Print message */
 636             printf("%s steps (%g ps) remaining from first run.\n",
 637                    gmx_step_str(ir->nsteps, buf), ir->nsteps*ir->delta_t);
 638         }
 639     }
 640
 641     if (bNsteps || bZeroQ || (ir->nsteps > 0))
 642     {
 643         ir->init_step = run_step;
 644
 645         if (ftp2bSet(efNDX, NFILE, fnm) ||
 646             !(bNsteps || bExtend || bUntil || bTraj))
 647         {
 648             atoms = gmx_mtop_global_atoms(&mtop);
 649             get_index(&atoms, ftp2fn_null(efNDX, NFILE, fnm), 1,
 650                       &gnx, &index, &grpname);
 651             if (!bZeroQ)
 652             {
 653                 bSel = (gnx != state.natoms);
 654                 for (i = 0; ((i < gnx) && (!bSel)); i++)
 655                 {
 656                     bSel = (i != index[i]);
 657                 }
 658             }
 659             else
 660             {
 661                 bSel = FALSE;
 662             }
 663             if (bSel)
 664             {
 665                 fprintf(stderr, "Will write subset %s of original tpx containing %d "
 666                         "atoms\n", grpname, gnx);
 667                 reduce_topology_x(gnx, index, &mtop, state.x, state.v);
 668                 state.natoms = gnx;
 669             }
 670             else if (bZeroQ)
 671             {
 672                 zeroq(index, &mtop);
 673                 fprintf(stderr, "Zero-ing charges for group %s\n", grpname);
 674             }
 675             else
 676             {
 677                 fprintf(stderr, "Will write full tpx file (no selection)\n");
 678             }
 679         }
 680
 681         state_t = ir->init_t + ir->init_step*ir->delta_t;
 682         sprintf(buf,   "Writing statusfile with starting step %s%s and length %s%s steps...\n", "%10", GMX_PRId64, "%10", GMX_PRId64);
 683         fprintf(stderr, buf, ir->init_step, ir->nsteps);
 684         fprintf(stderr, "                                 time %10.3f and length %10.3f ps\n",
 685                 state_t, ir->nsteps*ir->delta_t);
 686         write_tpx_state(opt2fn("-o", NFILE, fnm), ir, &state, &mtop);
 687     }
 688     else
 689     {
 690         printf("You've simulated long enough. Not writing tpr file\n");
 691     }
 692
 693     return 0;
 694 }