src/gromacs/tools/compare.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  38 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  39 #include <config.h>
  40 #endif
  41
  42 #include <math.h>
  43 #include <stdio.h>
  44 #include <string.h>
  45 #include "macros.h"
  46 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  47 #include "gromacs/utility/futil.h"
  48 #include "txtdump.h"
  49 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  50 #include "names.h"
  51 #include "gromacs/fileio/tpxio.h"
  52 #include "gromacs/fileio/trxio.h"
  53 #include "gromacs/fileio/enxio.h"
  54 #include "gromacs/topology/mtop_util.h"
  55 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  56
  57 static void cmp_int(FILE *fp, const char *s, int index, int i1, int i2)
  58 {
  59     if (i1 != i2)
  60     {
  61         if (index != -1)
  62         {
  63             fprintf(fp, "%s[%d] (%d - %d)\n", s, index, i1, i2);
  64         }
  65         else
  66         {
  67             fprintf(fp, "%s (%d - %d)\n", s, i1, i2);
  68         }
  69     }
  70 }
  71
  72 static void cmp_int64(FILE *fp, const char *s, gmx_int64_t i1, gmx_int64_t i2)
  73 {
  74     if (i1 != i2)
  75     {
  76         fprintf(fp, "%s (", s);
  77         fprintf(fp, "%"GMX_PRId64, i1);
  78         fprintf(fp, " - ");
  79         fprintf(fp, "%"GMX_PRId64, i2);
  80         fprintf(fp, ")\n");
  81     }
  82 }
  83
  84 static void cmp_us(FILE *fp, const char *s, int index, unsigned short i1, unsigned short i2)
  85 {
  86     if (i1 != i2)
  87     {
  88         if (index != -1)
  89         {
  90             fprintf(fp, "%s[%d] (%u - %u)\n", s, index, i1, i2);
  91         }
  92         else
  93         {
  94             fprintf(fp, "%s (%u - %u)\n", s, i1, i2);
  95         }
  96     }
  97 }
  98
  99 static void cmp_uc(FILE *fp, const char *s, int index, unsigned char i1, unsigned char i2)
 100 {
 101     if (i1 != i2)
 102     {
 103         if (index != -1)
 104         {
 105             fprintf(fp, "%s[%d] (%d - %d)\n", s, index, i1, i2);
 106         }
 107         else
 108         {
 109             fprintf(fp, "%s (%d - %d)\n", s, i1, i2);
 110         }
 111     }
 112 }
 113
 114 static gmx_bool cmp_bool(FILE *fp, const char *s, int index, gmx_bool b1, gmx_bool b2)
 115 {
 116     if (b1)
 117     {
 118         b1 = 1;
 119     }
 120     else
 121     {
 122         b1 = 0;
 123     }
 124     if (b2)
 125     {
 126         b2 = 1;
 127     }
 128     else
 129     {
 130         b2 = 0;
 131     }
 132     if (b1 != b2)
 133     {
 134         if (index != -1)
 135         {
 136             fprintf(fp, "%s[%d] (%s - %s)\n", s, index,
 137                     bool_names[b1], bool_names[b2]);
 138         }
 139         else
 140         {
 141             fprintf(fp, "%s (%s - %s)\n", s,
 142                     bool_names[b1], bool_names[b2]);
 143         }
 144     }
 145     return b1 && b2;
 146 }
 147
 148 static void cmp_str(FILE *fp, const char *s, int index,
 149                     const char *s1, const char *s2)
 150 {
 151     if (strcmp(s1, s2) != 0)
 152     {
 153         if (index != -1)
 154         {
 155             fprintf(fp, "%s[%d] (%s - %s)\n", s, index, s1, s2);
 156         }
 157         else
 158         {
 159             fprintf(fp, "%s (%s - %s)\n", s, s1, s2);
 160         }
 161     }
 162 }
 163
 164 static gmx_bool equal_real(real i1, real i2, real ftol, real abstol)
 165 {
 166     return ( ( 2*fabs(i1 - i2) <= (fabs(i1) + fabs(i2))*ftol ) || fabs(i1-i2) <= abstol );
 167 }
 168
 169 static gmx_bool equal_float(float i1, float i2, float ftol, float abstol)
 170 {
 171     return ( ( 2*fabs(i1 - i2) <= (fabs(i1) + fabs(i2))*ftol ) || fabs(i1-i2) <= abstol );
 172 }
 173
 174 static gmx_bool equal_double(double i1, double i2, real ftol, real abstol)
 175 {
 176     return ( ( 2*fabs(i1 - i2) <= (fabs(i1) + fabs(i2))*ftol ) || fabs(i1-i2) <= abstol );
 177 }
 178
 179 static void
 180 cmp_real(FILE *fp, const char *s, int index, real i1, real i2, real ftol, real abstol)
 181 {
 182     if (!equal_real(i1, i2, ftol, abstol))
 183     {
 184         if (index != -1)
 185         {
 186             fprintf(fp, "%s[%2d] (%e - %e)\n", s, index, i1, i2);
 187         }
 188         else
 189         {
 190             fprintf(fp, "%s (%e - %e)\n", s, i1, i2);
 191         }
 192     }
 193 }
 194
 195 static void
 196 cmp_float(FILE *fp, const char *s, int index, float i1, float i2, float ftol, float abstol)
 197 {
 198     if (!equal_float(i1, i2, ftol, abstol))
 199     {
 200         if (index != -1)
 201         {
 202             fprintf(fp, "%s[%2d] (%e - %e)\n", s, index, i1, i2);
 203         }
 204         else
 205         {
 206             fprintf(fp, "%s (%e - %e)\n", s, i1, i2);
 207         }
 208     }
 209 }
 210
 211
 212
 213 static void
 214 cmp_double(FILE *fp, const char *s, int index, double i1, double i2, double ftol, double abstol)
 215 {
 216     if (!equal_double(i1, i2, ftol, abstol))
 217     {
 218         if (index != -1)
 219         {
 220             fprintf(fp, "%s[%2d] (%16.9e - %16.9e)\n", s, index, i1, i2);
 221         }
 222         else
 223         {
 224             fprintf(fp, "%s (%16.9e - %16.9e)\n", s, i1, i2);
 225         }
 226     }
 227 }
 228
 229 static void cmp_rvec(FILE *fp, const char *s, int index, rvec i1, rvec i2, real ftol, real abstol)
 230 {
 231     if (!equal_real(i1[XX], i2[XX], ftol, abstol) ||
 232         !equal_real(i1[YY], i2[YY], ftol, abstol) ||
 233         !equal_real(i1[ZZ], i2[ZZ], ftol, abstol))
 234     {
 235         if (index != -1)
 236         {
 237             fprintf(fp, "%s[%5d] (%12.5e %12.5e %12.5e) - (%12.5e %12.5e %12.5e)\n",
 238                     s, index, i1[XX], i1[YY], i1[ZZ], i2[XX], i2[YY], i2[ZZ]);
 239         }
 240         else
 241         {
 242             fprintf(fp, "%s (%12.5e %12.5e %12.5e) - (%12.5e %12.5e %12.5e)\n",
 243                     s, i1[XX], i1[YY], i1[ZZ], i2[XX], i2[YY], i2[ZZ]);
 244         }
 245     }
 246 }
 247
 248 static void cmp_ivec(FILE *fp, const char *s, int index, ivec i1, ivec i2)
 249 {
 250     if ((i1[XX] != i2[XX]) || (i1[YY] != i2[YY]) || (i1[ZZ] != i2[ZZ]))
 251     {
 252         if (index != -1)
 253         {
 254             fprintf(fp, "%s[%5d] (%8d,%8d,%8d - %8d,%8d,%8d)\n", s, index,
 255                     i1[XX], i1[YY], i1[ZZ], i2[XX], i2[YY], i2[ZZ]);
 256         }
 257         else
 258         {
 259             fprintf(fp, "%s (%8d,%8d,%8d - %8d,%8d,%8d)\n", s,
 260                     i1[XX], i1[YY], i1[ZZ], i2[XX], i2[YY], i2[ZZ]);
 261         }
 262     }
 263 }
 264
 265 static void cmp_ilist(FILE *fp, int ftype, t_ilist *il1, t_ilist *il2)
 266 {
 267     int  i;
 268     char buf[256];
 269
 270     fprintf(fp, "comparing ilist %s\n", interaction_function[ftype].name);
 271     sprintf(buf, "%s->nr", interaction_function[ftype].name);
 272     cmp_int(fp, buf, -1, il1->nr, il2->nr);
 273     sprintf(buf, "%s->iatoms", interaction_function[ftype].name);
 274     if (((il1->nr > 0) && (!il1->iatoms)) ||
 275         ((il2->nr > 0) && (!il2->iatoms)) ||
 276         ((il1->nr != il2->nr)))
 277     {
 278         fprintf(fp, "Comparing radically different topologies - %s is different\n",
 279                 buf);
 280     }
 281     else
 282     {
 283         for (i = 0; (i < il1->nr); i++)
 284         {
 285             cmp_int(fp, buf, i, il1->iatoms[i], il2->iatoms[i]);
 286         }
 287     }
 288 }
 289
 290 void cmp_iparm(FILE *fp, const char *s, t_functype ft,
 291                t_iparams ip1, t_iparams ip2, real ftol, real abstol)
 292 {
 293     int      i;
 294     gmx_bool bDiff;
 295
 296     bDiff = FALSE;
 297     for (i = 0; i < MAXFORCEPARAM && !bDiff; i++)
 298     {
 299         bDiff = !equal_real(ip1.generic.buf[i], ip2.generic.buf[i], ftol, abstol);
 300     }
 301     if (bDiff)
 302     {
 303         fprintf(fp, "%s1: ", s);
 304         pr_iparams(fp, ft, &ip1);
 305         fprintf(fp, "%s2: ", s);
 306         pr_iparams(fp, ft, &ip2);
 307     }
 308 }
 309
 310 void cmp_iparm_AB(FILE *fp, const char *s, t_functype ft, t_iparams ip1, real ftol, real abstol)
 311 {
 312     int      nrfpA, nrfpB, p0, i;
 313     gmx_bool bDiff;
 314
 315     /* Normally the first parameter is perturbable */
 316     p0    = 0;
 317     nrfpA = interaction_function[ft].nrfpA;
 318     nrfpB = interaction_function[ft].nrfpB;
 319     if (ft == F_PDIHS)
 320     {
 321         nrfpB = 2;
 322     }
 323     else if (interaction_function[ft].flags & IF_TABULATED)
 324     {
 325         /* For tabulated interactions only the second parameter is perturbable */
 326         p0    = 1;
 327         nrfpB = 1;
 328     }
 329     bDiff = FALSE;
 330     for (i = 0; i < nrfpB && !bDiff; i++)
 331     {
 332         bDiff = !equal_real(ip1.generic.buf[p0+i], ip1.generic.buf[nrfpA+i], ftol, abstol);
 333     }
 334     if (bDiff)
 335     {
 336         fprintf(fp, "%s: ", s);
 337         pr_iparams(fp, ft, &ip1);
 338     }
 339 }
 340
 341 static void cmp_idef(FILE *fp, t_idef *id1, t_idef *id2, real ftol, real abstol)
 342 {
 343     int  i;
 344     char buf1[64], buf2[64];
 345
 346     fprintf(fp, "comparing idef\n");
 347     if (id2)
 348     {
 349         cmp_int(fp, "idef->ntypes", -1, id1->ntypes, id2->ntypes);
 350         cmp_int(fp, "idef->atnr",  -1, id1->atnr, id2->atnr);
 351         for (i = 0; (i < min(id1->ntypes, id2->ntypes)); i++)
 352         {
 353             sprintf(buf1, "idef->functype[%d]", i);
 354             sprintf(buf2, "idef->iparam[%d]", i);
 355             cmp_int(fp, buf1, i, (int)id1->functype[i], (int)id2->functype[i]);
 356             cmp_iparm(fp, buf2, id1->functype[i],
 357                       id1->iparams[i], id2->iparams[i], ftol, abstol);
 358         }
 359         cmp_real(fp, "fudgeQQ", -1, id1->fudgeQQ, id2->fudgeQQ, ftol, abstol);
 360         for (i = 0; (i < F_NRE); i++)
 361         {
 362             cmp_ilist(fp, i, &(id1->il[i]), &(id2->il[i]));
 363         }
 364     }
 365     else
 366     {
 367         for (i = 0; (i < id1->ntypes); i++)
 368         {
 369             cmp_iparm_AB(fp, "idef->iparam", id1->functype[i], id1->iparams[i], ftol, abstol);
 370         }
 371     }
 372 }
 373
 374 static void cmp_block(FILE *fp, t_block *b1, t_block *b2, const char *s)
 375 {
 376     int  i, j, k;
 377     char buf[32];
 378
 379     fprintf(fp, "comparing block %s\n", s);
 380     sprintf(buf, "%s.nr", s);
 381     cmp_int(fp, buf, -1, b1->nr, b2->nr);
 382 }
 383
 384 static void cmp_blocka(FILE *fp, t_blocka *b1, t_blocka *b2, const char *s)
 385 {
 386     int  i, j, k;
 387     char buf[32];
 388
 389     fprintf(fp, "comparing blocka %s\n", s);
 390     sprintf(buf, "%s.nr", s);
 391     cmp_int(fp, buf, -1, b1->nr, b2->nr);
 392     sprintf(buf, "%s.nra", s);
 393     cmp_int(fp, buf, -1, b1->nra, b2->nra);
 394 }
 395
 396 static void cmp_atom(FILE *fp, int index, t_atom *a1, t_atom *a2, real ftol, real abstol)
 397 {
 398     int  i;
 399     char buf[256];
 400
 401     if (a2)
 402     {
 403         cmp_us(fp, "atom.type", index, a1->type, a2->type);
 404         cmp_us(fp, "atom.ptype", index, a1->ptype, a2->ptype);
 405         cmp_int(fp, "atom.resind", index, a1->resind, a2->resind);
 406         cmp_int(fp, "atom.atomnumber", index, a1->atomnumber, a2->atomnumber);
 407         cmp_real(fp, "atom.m", index, a1->m, a2->m, ftol, abstol);
 408         cmp_real(fp, "atom.q", index, a1->q, a2->q, ftol, abstol);
 409         cmp_us(fp, "atom.typeB", index, a1->typeB, a2->typeB);
 410         cmp_real(fp, "atom.mB", index, a1->mB, a2->mB, ftol, abstol);
 411         cmp_real(fp, "atom.qB", index, a1->qB, a2->qB, ftol, abstol);
 412     }
 413     else
 414     {
 415         cmp_us(fp, "atom.type", index, a1->type, a1->typeB);
 416         cmp_real(fp, "atom.m", index, a1->m, a1->mB, ftol, abstol);
 417         cmp_real(fp, "atom.q", index, a1->q, a1->qB, ftol, abstol);
 418     }
 419 }
 420
 421 static void cmp_atoms(FILE *fp, t_atoms *a1, t_atoms *a2, real ftol, real abstol)
 422 {
 423     int i;
 424
 425     fprintf(fp, "comparing atoms\n");
 426
 427     if (a2)
 428     {
 429         cmp_int(fp, "atoms->nr", -1, a1->nr, a2->nr);
 430         for (i = 0; (i < a1->nr); i++)
 431         {
 432             cmp_atom(fp, i, &(a1->atom[i]), &(a2->atom[i]), ftol, abstol);
 433         }
 434     }
 435     else
 436     {
 437         for (i = 0; (i < a1->nr); i++)
 438         {
 439             cmp_atom(fp, i, &(a1->atom[i]), NULL, ftol, abstol);
 440         }
 441     }
 442 }
 443
 444 static void cmp_top(FILE *fp, t_topology *t1, t_topology *t2, real ftol, real abstol)
 445 {
 446     int i;
 447
 448     fprintf(fp, "comparing top\n");
 449     if (t2)
 450     {
 451         cmp_idef(fp, &(t1->idef), &(t2->idef), ftol, abstol);
 452         cmp_atoms(fp, &(t1->atoms), &(t2->atoms), ftol, abstol);
 453         cmp_block(fp, &t1->cgs, &t2->cgs, "cgs");
 454         cmp_block(fp, &t1->mols, &t2->mols, "mols");
 455         cmp_blocka(fp, &t1->excls, &t2->excls, "excls");
 456     }
 457     else
 458     {
 459         cmp_idef(fp, &(t1->idef), NULL, ftol, abstol);
 460         cmp_atoms(fp, &(t1->atoms), NULL, ftol, abstol);
 461     }
 462 }
 463
 464 static void cmp_groups(FILE *fp, gmx_groups_t *g0, gmx_groups_t *g1,
 465                        int natoms0, int natoms1)
 466 {
 467     int  i, j, ndiff;
 468     char buf[32];
 469
 470     fprintf(fp, "comparing groups\n");
 471
 472     for (i = 0; i < egcNR; i++)
 473     {
 474         sprintf(buf, "grps[%d].nr", i);
 475         cmp_int(fp, buf, -1, g0->grps[i].nr, g1->grps[i].nr);
 476         if (g0->grps[i].nr == g1->grps[i].nr)
 477         {
 478             for (j = 0; j < g0->grps[i].nr; j++)
 479             {
 480                 sprintf(buf, "grps[%d].name[%d]", i, j);
 481                 cmp_str(fp, buf, -1,
 482                         *g0->grpname[g0->grps[i].nm_ind[j]],
 483                         *g1->grpname[g1->grps[i].nm_ind[j]]);
 484             }
 485         }
 486         cmp_int(fp, "ngrpnr", i, g0->ngrpnr[i], g1->ngrpnr[i]);
 487         if (g0->ngrpnr[i] == g1->ngrpnr[i] && natoms0 == natoms1 &&
 488             (g0->grpnr[i] != NULL || g1->grpnr[i] != NULL))
 489         {
 490             for (j = 0; j < natoms0; j++)
 491             {
 492                 cmp_int(fp, gtypes[i], j, ggrpnr(g0, i, j), ggrpnr(g1, i, j));
 493             }
 494         }
 495     }
 496     /* We have compared the names in the groups lists,
 497      * so we can skip the grpname list comparison.
 498      */
 499 }
 500
 501 static void cmp_rvecs(FILE *fp, const char *title, int n, rvec x1[], rvec x2[],
 502                       gmx_bool bRMSD, real ftol, real abstol)
 503 {
 504     int    i, m;
 505     double d, ssd;
 506
 507     if (bRMSD)
 508     {
 509         ssd = 0;
 510         for (i = 0; (i < n); i++)
 511         {
 512             for (m = 0; m < DIM; m++)
 513             {
 514                 d    = x1[i][m] - x2[i][m];
 515                 ssd += d*d;
 516             }
 517         }
 518         fprintf(fp, "%s RMSD %g\n", title, sqrt(ssd/n));
 519     }
 520     else
 521     {
 522         for (i = 0; (i < n); i++)
 523         {
 524             cmp_rvec(fp, title, i, x1[i], x2[i], ftol, abstol);
 525         }
 526     }
 527 }
 528
 529
 530 /* Similar to cmp_rvecs, but this routine scales the allowed absolute tolerance
 531  * by the RMS of the force components of x1.
 532  */
 533 static void cmp_rvecs_rmstol(FILE *fp, const char *title, int n, rvec x1[], rvec x2[],
 534                              real ftol, real abstol)
 535 {
 536     int    i, m;
 537     double d;
 538     double ave_x1, rms_x1;
 539
 540     /* It is tricky to compare real values, in particular forces that
 541      * are sums of lots of terms where the final value might be close to 0.0.
 542      * To get a reference magnitude we calculate the RMS value of each
 543      * component in x1, and then set the allowed absolute tolerance to the
 544      * relative tolerance times this RMS magnitude.
 545      */
 546     ave_x1 = 0.0;
 547     for (i = 0; i < n; i++)
 548     {
 549         for (m = 0; m < DIM; m++)
 550         {
 551             ave_x1 += x1[i][m];
 552         }
 553     }
 554     ave_x1 /= n*DIM;
 555
 556     rms_x1 = 0.0;
 557     for (i = 0; (i < n); i++)
 558     {
 559         for (m = 0; m < DIM; m++)
 560         {
 561             d       = x1[i][m] - ave_x1;
 562             rms_x1 += d*d;
 563         }
 564     }
 565     rms_x1 = sqrt(rms_x1/(DIM*n));
 566     /* And now do the actual comparision with a hopefully realistic abstol. */
 567     for (i = 0; (i < n); i++)
 568     {
 569         cmp_rvec(fp, title, i, x1[i], x2[i], ftol, abstol*rms_x1);
 570     }
 571 }
 572
 573 static void cmp_grpopts(FILE *fp, t_grpopts *opt1, t_grpopts *opt2, real ftol, real abstol)
 574 {
 575     int  i, j;
 576     char buf1[256], buf2[256];
 577
 578     cmp_int(fp, "inputrec->grpopts.ngtc", -1,  opt1->ngtc, opt2->ngtc);
 579     cmp_int(fp, "inputrec->grpopts.ngacc", -1, opt1->ngacc, opt2->ngacc);
 580     cmp_int(fp, "inputrec->grpopts.ngfrz", -1, opt1->ngfrz, opt2->ngfrz);
 581     cmp_int(fp, "inputrec->grpopts.ngener", -1, opt1->ngener, opt2->ngener);
 582     for (i = 0; (i < min(opt1->ngtc, opt2->ngtc)); i++)
 583     {
 584         cmp_real(fp, "inputrec->grpopts.nrdf", i, opt1->nrdf[i], opt2->nrdf[i], ftol, abstol);
 585         cmp_real(fp, "inputrec->grpopts.ref_t", i, opt1->ref_t[i], opt2->ref_t[i], ftol, abstol);
 586         cmp_real(fp, "inputrec->grpopts.tau_t", i, opt1->tau_t[i], opt2->tau_t[i], ftol, abstol);
 587         cmp_int(fp, "inputrec->grpopts.annealing", i, opt1->annealing[i], opt2->annealing[i]);
 588         cmp_int(fp, "inputrec->grpopts.anneal_npoints", i,
 589                 opt1->anneal_npoints[i], opt2->anneal_npoints[i]);
 590         if (opt1->anneal_npoints[i] == opt2->anneal_npoints[i])
 591         {
 592             sprintf(buf1, "inputrec->grpopts.anneal_time[%d]", i);
 593             sprintf(buf2, "inputrec->grpopts.anneal_temp[%d]", i);
 594             for (j = 0; j < opt1->anneal_npoints[i]; j++)
 595             {
 596                 cmp_real(fp, buf1, j, opt1->anneal_time[i][j], opt2->anneal_time[i][j], ftol, abstol);
 597                 cmp_real(fp, buf2, j, opt1->anneal_temp[i][j], opt2->anneal_temp[i][j], ftol, abstol);
 598             }
 599         }
 600     }
 601     if (opt1->ngener == opt2->ngener)
 602     {
 603         for (i = 0; i < opt1->ngener; i++)
 604         {
 605             for (j = i; j < opt1->ngener; j++)
 606             {
 607                 sprintf(buf1, "inputrec->grpopts.egp_flags[%d]", i);
 608                 cmp_int(fp, buf1, j,
 609                         opt1->egp_flags[opt1->ngener*i+j],
 610                         opt2->egp_flags[opt1->ngener*i+j]);
 611             }
 612         }
 613     }
 614     for (i = 0; (i < min(opt1->ngacc, opt2->ngacc)); i++)
 615     {
 616         cmp_rvec(fp, "inputrec->grpopts.acc", i, opt1->acc[i], opt2->acc[i], ftol, abstol);
 617     }
 618     for (i = 0; (i < min(opt1->ngfrz, opt2->ngfrz)); i++)
 619     {
 620         cmp_ivec(fp, "inputrec->grpopts.nFreeze", i, opt1->nFreeze[i], opt2->nFreeze[i]);
 621     }
 622 }
 623
 624 static void cmp_cosines(FILE *fp, const char *s, t_cosines c1[DIM], t_cosines c2[DIM], real ftol, real abstol)
 625 {
 626     int  i, m;
 627     char buf[256];
 628
 629     for (m = 0; (m < DIM); m++)
 630     {
 631         sprintf(buf, "inputrec->%s[%d]", s, m);
 632         cmp_int(fp, buf, 0, c1->n, c2->n);
 633         for (i = 0; (i < min(c1->n, c2->n)); i++)
 634         {
 635             cmp_real(fp, buf, i, c1->a[i], c2->a[i], ftol, abstol);
 636             cmp_real(fp, buf, i, c1->phi[i], c2->phi[i], ftol, abstol);
 637         }
 638     }
 639 }
 640 static void cmp_adress(FILE *fp, t_adress *ad1, t_adress *ad2,
 641                        real ftol, real abstol)
 642 {
 643     cmp_int(fp, "ir->adress->type", -1, ad1->type, ad2->type);
 644     cmp_real(fp, "ir->adress->const_wf", -1, ad1->const_wf, ad2->const_wf, ftol, abstol);
 645     cmp_real(fp, "ir->adress->ex_width", -1, ad1->ex_width, ad2->ex_width, ftol, abstol);
 646     cmp_real(fp, "ir->adress->hy_width", -1, ad1->hy_width, ad2->hy_width, ftol, abstol);
 647     cmp_int(fp, "ir->adress->icor", -1, ad1->icor, ad2->icor);
 648     cmp_int(fp, "ir->adress->site", -1, ad1->site, ad2->site);
 649     cmp_rvec(fp, "ir->adress->refs", -1, ad1->refs, ad2->refs, ftol, abstol);
 650     cmp_real(fp, "ir->adress->ex_forcecap", -1, ad1->ex_forcecap, ad2->ex_forcecap, ftol, abstol);
 651 }
 652
 653 static void cmp_pull(FILE *fp)
 654 {
 655     fprintf(fp, "WARNING: Both files use COM pulling, but comparing of the pull struct is not implemented (yet). The pull parameters could be the same or different.\n");
 656 }
 657
 658 static void cmp_simtempvals(FILE *fp, t_simtemp *simtemp1, t_simtemp *simtemp2, int n_lambda, real ftol, real abstol)
 659 {
 660     int i;
 661     cmp_int(fp, "inputrec->simtempvals->eSimTempScale", -1, simtemp1->eSimTempScale, simtemp2->eSimTempScale);
 662     cmp_real(fp, "inputrec->simtempvals->simtemp_high", -1, simtemp1->simtemp_high, simtemp2->simtemp_high, ftol, abstol);
 663     cmp_real(fp, "inputrec->simtempvals->simtemp_low", -1, simtemp1->simtemp_low, simtemp2->simtemp_low, ftol, abstol);
 664     for (i = 0; i < n_lambda; i++)
 665     {
 666         cmp_real(fp, "inputrec->simtempvals->temperatures", -1, simtemp1->temperatures[i], simtemp2->temperatures[i], ftol, abstol);
 667     }
 668 }
 669
 670 static void cmp_expandedvals(FILE *fp, t_expanded *expand1, t_expanded *expand2, int n_lambda, real ftol, real abstol)
 671 {
 672     int i;
 673
 674     cmp_bool(fp, "inputrec->fepvals->bInit_weights", -1, expand1->bInit_weights, expand2->bInit_weights);
 675     cmp_bool(fp, "inputrec->fepvals->bWLoneovert", -1, expand1->bWLoneovert, expand2->bWLoneovert);
 676
 677     for (i = 0; i < n_lambda; i++)
 678     {
 679         cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->init_lambda_weights", -1,
 680                  expand1->init_lambda_weights[i], expand2->init_lambda_weights[i], ftol, abstol);
 681     }
 682
 683     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lambda-stats", -1, expand1->elamstats, expand2->elamstats);
 684     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lambda-mc-move", -1, expand1->elmcmove, expand2->elmcmove);
 685     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lmc-repeats", -1, expand1->lmc_repeats, expand2->lmc_repeats);
 686     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lmc-gibbsdelta", -1, expand1->gibbsdeltalam, expand2->gibbsdeltalam);
 687     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lmc-forced-nstart", -1, expand1->lmc_forced_nstart, expand2->lmc_forced_nstart);
 688     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lambda-weights-equil", -1, expand1->elmceq, expand2->elmceq);
 689     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->,weight-equil-number-all-lambda", -1, expand1->equil_n_at_lam, expand2->equil_n_at_lam);
 690     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->weight-equil-number-samples", -1, expand1->equil_samples, expand2->equil_samples);
 691     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->weight-equil-number-steps", -1, expand1->equil_steps, expand2->equil_steps);
 692     cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->weight-equil-wl-delta", -1, expand1->equil_wl_delta, expand2->equil_wl_delta, ftol, abstol);
 693     cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->weight-equil-count-ratio", -1, expand1->equil_ratio, expand2->equil_ratio, ftol, abstol);
 694     cmp_bool(fp, "inputrec->expandedvals->symmetrized-transition-matrix", -1, expand1->bSymmetrizedTMatrix, expand2->bSymmetrizedTMatrix);
 695     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->nstTij", -1, expand1->nstTij, expand2->nstTij);
 696     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->mininum-var-min", -1, expand1->minvarmin, expand2->minvarmin); /*default is reasonable */
 697     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->weight-c-range", -1, expand1->c_range, expand2->c_range);      /* default is just C=0 */
 698     cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->wl-scale", -1, expand1->wl_scale, expand2->wl_scale, ftol, abstol);
 699     cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->init-wl-delta", -1, expand1->init_wl_delta, expand2->init_wl_delta, ftol, abstol);
 700     cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->wl-ratio", -1, expand1->wl_ratio, expand2->wl_ratio, ftol, abstol);
 701     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->nstexpanded", -1, expand1->nstexpanded, expand2->nstexpanded);
 702     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lmc-seed", -1, expand1->lmc_seed, expand2->lmc_seed);
 703     cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->mc-temperature", -1, expand1->mc_temp, expand2->mc_temp, ftol, abstol);
 704 }
 705
 706 static void cmp_fepvals(FILE *fp, t_lambda *fep1, t_lambda *fep2, real ftol, real abstol)
 707 {
 708     int i, j;
 709     cmp_int(fp, "inputrec->nstdhdl", -1, fep1->nstdhdl, fep2->nstdhdl);
 710     cmp_double(fp, "inputrec->fepvals->init_fep_state", -1, fep1->init_fep_state, fep2->init_fep_state, ftol, abstol);
 711     cmp_double(fp, "inputrec->fepvals->delta_lambda", -1, fep1->delta_lambda, fep2->delta_lambda, ftol, abstol);
 712     cmp_int(fp, "inputrec->fepvals->n_lambda", -1, fep1->n_lambda, fep2->n_lambda);
 713     for (i = 0; i < efptNR; i++)
 714     {
 715         for (j = 0; j < min(fep1->n_lambda, fep2->n_lambda); j++)
 716         {
 717             cmp_double(fp, "inputrec->fepvals->all_lambda", -1, fep1->all_lambda[i][j], fep2->all_lambda[i][j], ftol, abstol);
 718         }
 719     }
 720     cmp_int(fp, "inputrec->fepvals->lambda_neighbors", 1, fep1->lambda_neighbors,
 721             fep2->lambda_neighbors);
 722     cmp_real(fp, "inputrec->fepvals->sc_alpha", -1, fep1->sc_alpha, fep2->sc_alpha, ftol, abstol);
 723     cmp_int(fp, "inputrec->fepvals->sc_power", -1, fep1->sc_power, fep2->sc_power);
 724     cmp_real(fp, "inputrec->fepvals->sc_r_power", -1, fep1->sc_r_power, fep2->sc_r_power, ftol, abstol);
 725     cmp_real(fp, "inputrec->fepvals->sc_sigma", -1, fep1->sc_sigma, fep2->sc_sigma, ftol, abstol);
 726     cmp_bool(fp, "inputrec->fepvals->bPrintEnergy", -1, fep1->bPrintEnergy, fep1->bPrintEnergy);
 727     cmp_bool(fp, "inputrec->fepvals->bScCoul", -1, fep1->bScCoul, fep1->bScCoul);
 728     cmp_int(fp, "inputrec->separate_dhdl_file", -1, fep1->separate_dhdl_file, fep2->separate_dhdl_file);
 729     cmp_int(fp, "inputrec->dhdl_derivatives", -1, fep1->dhdl_derivatives, fep2->dhdl_derivatives);
 730     cmp_int(fp, "inputrec->dh_hist_size", -1, fep1->dh_hist_size, fep2->dh_hist_size);
 731     cmp_double(fp, "inputrec->dh_hist_spacing", -1, fep1->dh_hist_spacing, fep2->dh_hist_spacing, ftol, abstol);
 732 }
 733
 734 static void cmp_inputrec(FILE *fp, t_inputrec *ir1, t_inputrec *ir2, real ftol, real abstol)
 735 {
 736     fprintf(fp, "comparing inputrec\n");
 737
 738     /* gcc 2.96 doesnt like these defines at all, but issues a huge list
 739      * of warnings. Maybe it will change in future versions, but for the
 740      * moment I've spelled them out instead. /EL 000820
 741      * #define CIB(s) cmp_int(fp,"inputrec->"#s,0,ir1->##s,ir2->##s)
 742      * #define CII(s) cmp_int(fp,"inputrec->"#s,0,ir1->##s,ir2->##s)
 743      * #define CIR(s) cmp_real(fp,"inputrec->"#s,0,ir1->##s,ir2->##s,ftol)
 744      */
 745     cmp_int(fp, "inputrec->eI", -1, ir1->eI, ir2->eI);
 746     cmp_int64(fp, "inputrec->nsteps", ir1->nsteps, ir2->nsteps);
 747     cmp_int64(fp, "inputrec->init_step", ir1->init_step, ir2->init_step);
 748     cmp_int(fp, "inputrec->simulation_part", -1, ir1->simulation_part, ir2->simulation_part);
 749     cmp_int(fp, "inputrec->ePBC", -1, ir1->ePBC, ir2->ePBC);
 750     cmp_int(fp, "inputrec->bPeriodicMols", -1, ir1->bPeriodicMols, ir2->bPeriodicMols);
 751     cmp_int(fp, "inputrec->cutoff_scheme", -1, ir1->cutoff_scheme, ir2->cutoff_scheme);
 752     cmp_int(fp, "inputrec->ns_type", -1, ir1->ns_type, ir2->ns_type);
 753     cmp_int(fp, "inputrec->nstlist", -1, ir1->nstlist, ir2->nstlist);
 754     cmp_int(fp, "inputrec->ndelta", -1, ir1->ndelta, ir2->ndelta);
 755     cmp_int(fp, "inputrec->nstcomm", -1, ir1->nstcomm, ir2->nstcomm);
 756     cmp_int(fp, "inputrec->comm_mode", -1, ir1->comm_mode, ir2->comm_mode);
 757     cmp_int(fp, "inputrec->nstcheckpoint", -1, ir1->nstcheckpoint, ir2->nstcheckpoint);
 758     cmp_int(fp, "inputrec->nstlog", -1, ir1->nstlog, ir2->nstlog);
 759     cmp_int(fp, "inputrec->nstxout", -1, ir1->nstxout, ir2->nstxout);
 760     cmp_int(fp, "inputrec->nstvout", -1, ir1->nstvout, ir2->nstvout);
 761     cmp_int(fp, "inputrec->nstfout", -1, ir1->nstfout, ir2->nstfout);
 762     cmp_int(fp, "inputrec->nstcalcenergy", -1, ir1->nstcalcenergy, ir2->nstcalcenergy);
 763     cmp_int(fp, "inputrec->nstenergy", -1, ir1->nstenergy, ir2->nstenergy);
 764     cmp_int(fp, "inputrec->nstxout_compressed", -1, ir1->nstxout_compressed, ir2->nstxout_compressed);
 765     cmp_double(fp, "inputrec->init_t", -1, ir1->init_t, ir2->init_t, ftol, abstol);
 766     cmp_double(fp, "inputrec->delta_t", -1, ir1->delta_t, ir2->delta_t, ftol, abstol);
 767     cmp_real(fp, "inputrec->x_compression_precision", -1, ir1->x_compression_precision, ir2->x_compression_precision, ftol, abstol);
 768     cmp_real(fp, "inputrec->fourierspacing", -1, ir1->fourier_spacing, ir2->fourier_spacing, ftol, abstol);
 769     cmp_int(fp, "inputrec->nkx", -1, ir1->nkx, ir2->nkx);
 770     cmp_int(fp, "inputrec->nky", -1, ir1->nky, ir2->nky);
 771     cmp_int(fp, "inputrec->nkz", -1, ir1->nkz, ir2->nkz);
 772     cmp_int(fp, "inputrec->pme_order", -1, ir1->pme_order, ir2->pme_order);
 773     cmp_real(fp, "inputrec->ewald_rtol", -1, ir1->ewald_rtol, ir2->ewald_rtol, ftol, abstol);
 774     cmp_int(fp, "inputrec->ewald_geometry", -1, ir1->ewald_geometry, ir2->ewald_geometry);
 775     cmp_real(fp, "inputrec->epsilon_surface", -1, ir1->epsilon_surface, ir2->epsilon_surface, ftol, abstol);
 776     cmp_int(fp, "inputrec->bOptFFT", -1, ir1->bOptFFT, ir2->bOptFFT);
 777     cmp_int(fp, "inputrec->bContinuation", -1, ir1->bContinuation, ir2->bContinuation);
 778     cmp_int(fp, "inputrec->bShakeSOR", -1, ir1->bShakeSOR, ir2->bShakeSOR);
 779     cmp_int(fp, "inputrec->etc", -1, ir1->etc, ir2->etc);
 780     cmp_int(fp, "inputrec->bPrintNHChains", -1, ir1->bPrintNHChains, ir2->bPrintNHChains);
 781     cmp_int(fp, "inputrec->epc", -1, ir1->epc, ir2->epc);
 782     cmp_int(fp, "inputrec->epct", -1, ir1->epct, ir2->epct);
 783     cmp_real(fp, "inputrec->tau_p", -1, ir1->tau_p, ir2->tau_p, ftol, abstol);
 784     cmp_rvec(fp, "inputrec->ref_p(x)", -1, ir1->ref_p[XX], ir2->ref_p[XX], ftol, abstol);
 785     cmp_rvec(fp, "inputrec->ref_p(y)", -1, ir1->ref_p[YY], ir2->ref_p[YY], ftol, abstol);
 786     cmp_rvec(fp, "inputrec->ref_p(z)", -1, ir1->ref_p[ZZ], ir2->ref_p[ZZ], ftol, abstol);
 787     cmp_rvec(fp, "inputrec->compress(x)", -1, ir1->compress[XX], ir2->compress[XX], ftol, abstol);
 788     cmp_rvec(fp, "inputrec->compress(y)", -1, ir1->compress[YY], ir2->compress[YY], ftol, abstol);
 789     cmp_rvec(fp, "inputrec->compress(z)", -1, ir1->compress[ZZ], ir2->compress[ZZ], ftol, abstol);
 790     cmp_int(fp, "refcoord_scaling", -1, ir1->refcoord_scaling, ir2->refcoord_scaling);
 791     cmp_rvec(fp, "inputrec->posres_com", -1, ir1->posres_com, ir2->posres_com, ftol, abstol);
 792     cmp_rvec(fp, "inputrec->posres_comB", -1, ir1->posres_comB, ir2->posres_comB, ftol, abstol);
 793     cmp_real(fp, "inputrec->verletbuf_tol", -1, ir1->verletbuf_tol, ir2->verletbuf_tol, ftol, abstol);
 794     cmp_real(fp, "inputrec->rlist", -1, ir1->rlist, ir2->rlist, ftol, abstol);
 795     cmp_real(fp, "inputrec->rlistlong", -1, ir1->rlistlong, ir2->rlistlong, ftol, abstol);
 796     cmp_int(fp, "inputrec->nstcalclr", -1, ir1->nstcalclr, ir2->nstcalclr);
 797     cmp_real(fp, "inputrec->rtpi", -1, ir1->rtpi, ir2->rtpi, ftol, abstol);
 798     cmp_int(fp, "inputrec->coulombtype", -1, ir1->coulombtype, ir2->coulombtype);
 799     cmp_int(fp, "inputrec->coulomb_modifier", -1, ir1->coulomb_modifier, ir2->coulomb_modifier);
 800     cmp_real(fp, "inputrec->rcoulomb_switch", -1, ir1->rcoulomb_switch, ir2->rcoulomb_switch, ftol, abstol);
 801     cmp_real(fp, "inputrec->rcoulomb", -1, ir1->rcoulomb, ir2->rcoulomb, ftol, abstol);
 802     cmp_int(fp, "inputrec->vdwtype", -1, ir1->vdwtype, ir2->vdwtype);
 803     cmp_int(fp, "inputrec->vdw_modifier", -1, ir1->vdw_modifier, ir2->vdw_modifier);  cmp_real(fp, "inputrec->rvdw_switch", -1, ir1->rvdw_switch, ir2->rvdw_switch, ftol, abstol);
 804     cmp_real(fp, "inputrec->rvdw", -1, ir1->rvdw, ir2->rvdw, ftol, abstol);
 805     cmp_real(fp, "inputrec->epsilon_r", -1, ir1->epsilon_r, ir2->epsilon_r, ftol, abstol);
 806     cmp_real(fp, "inputrec->epsilon_rf", -1, ir1->epsilon_rf, ir2->epsilon_rf, ftol, abstol);
 807     cmp_real(fp, "inputrec->tabext", -1, ir1->tabext, ir2->tabext, ftol, abstol);
 808     cmp_int(fp, "inputrec->implicit_solvent", -1, ir1->implicit_solvent, ir2->implicit_solvent);
 809     cmp_int(fp, "inputrec->gb_algorithm", -1, ir1->gb_algorithm, ir2->gb_algorithm);
 810     cmp_int(fp, "inputrec->nstgbradii", -1, ir1->nstgbradii, ir2->nstgbradii);
 811     cmp_real(fp, "inputrec->rgbradii", -1, ir1->rgbradii, ir2->rgbradii, ftol, abstol);
 812     cmp_real(fp, "inputrec->gb_saltconc", -1, ir1->gb_saltconc, ir2->gb_saltconc, ftol, abstol);
 813     cmp_real(fp, "inputrec->gb_epsilon_solvent", -1, ir1->gb_epsilon_solvent, ir2->gb_epsilon_solvent, ftol, abstol);
 814     cmp_real(fp, "inputrec->gb_obc_alpha", -1, ir1->gb_obc_alpha, ir2->gb_obc_alpha, ftol, abstol);
 815     cmp_real(fp, "inputrec->gb_obc_beta", -1, ir1->gb_obc_beta, ir2->gb_obc_beta, ftol, abstol);
 816     cmp_real(fp, "inputrec->gb_obc_gamma", -1, ir1->gb_obc_gamma, ir2->gb_obc_gamma, ftol, abstol);
 817     cmp_real(fp, "inputrec->gb_dielectric_offset", -1, ir1->gb_dielectric_offset, ir2->gb_dielectric_offset, ftol, abstol);
 818     cmp_int(fp, "inputrec->sa_algorithm", -1, ir1->sa_algorithm, ir2->sa_algorithm);
 819     cmp_real(fp, "inputrec->sa_surface_tension", -1, ir1->sa_surface_tension, ir2->sa_surface_tension, ftol, abstol);
 820
 821     cmp_int(fp, "inputrec->eDispCorr", -1, ir1->eDispCorr, ir2->eDispCorr);
 822     cmp_real(fp, "inputrec->shake_tol", -1, ir1->shake_tol, ir2->shake_tol, ftol, abstol);
 823     cmp_int(fp, "inputrec->efep", -1, ir1->efep, ir2->efep);
 824     cmp_fepvals(fp, ir1->fepvals, ir2->fepvals, ftol, abstol);
 825     cmp_int(fp, "inputrec->bSimTemp", -1, ir1->bSimTemp, ir2->bSimTemp);
 826     if ((ir1->bSimTemp == ir2->bSimTemp) && (ir1->bSimTemp))
 827     {
 828         cmp_simtempvals(fp, ir1->simtempvals, ir2->simtempvals, min(ir1->fepvals->n_lambda, ir2->fepvals->n_lambda), ftol, abstol);
 829     }
 830     cmp_int(fp, "inputrec->bExpanded", -1, ir1->bExpanded, ir2->bExpanded);
 831     if ((ir1->bExpanded == ir2->bExpanded) && (ir1->bExpanded))
 832     {
 833         cmp_expandedvals(fp, ir1->expandedvals, ir2->expandedvals, min(ir1->fepvals->n_lambda, ir2->fepvals->n_lambda), ftol, abstol);
 834     }
 835     cmp_int(fp, "inputrec->nwall", -1, ir1->nwall, ir2->nwall);
 836     cmp_int(fp, "inputrec->wall_type", -1, ir1->wall_type, ir2->wall_type);
 837     cmp_int(fp, "inputrec->wall_atomtype[0]", -1, ir1->wall_atomtype[0], ir2->wall_atomtype[0]);
 838     cmp_int(fp, "inputrec->wall_atomtype[1]", -1, ir1->wall_atomtype[1], ir2->wall_atomtype[1]);
 839     cmp_real(fp, "inputrec->wall_density[0]", -1, ir1->wall_density[0], ir2->wall_density[0], ftol, abstol);
 840     cmp_real(fp, "inputrec->wall_density[1]", -1, ir1->wall_density[1], ir2->wall_density[1], ftol, abstol);
 841     cmp_real(fp, "inputrec->wall_ewald_zfac", -1, ir1->wall_ewald_zfac, ir2->wall_ewald_zfac, ftol, abstol);
 842
 843     cmp_int(fp, "inputrec->ePull", -1, ir1->ePull, ir2->ePull);
 844     if (ir1->ePull == ir2->ePull && ir1->ePull != epullNO)
 845     {
 846         cmp_pull(fp);
 847     }
 848
 849     cmp_int(fp, "inputrec->eDisre", -1, ir1->eDisre, ir2->eDisre);
 850     cmp_real(fp, "inputrec->dr_fc", -1, ir1->dr_fc, ir2->dr_fc, ftol, abstol);
 851     cmp_int(fp, "inputrec->eDisreWeighting", -1, ir1->eDisreWeighting, ir2->eDisreWeighting);
 852     cmp_int(fp, "inputrec->bDisreMixed", -1, ir1->bDisreMixed, ir2->bDisreMixed);
 853     cmp_int(fp, "inputrec->nstdisreout", -1, ir1->nstdisreout, ir2->nstdisreout);
 854     cmp_real(fp, "inputrec->dr_tau", -1, ir1->dr_tau, ir2->dr_tau, ftol, abstol);
 855     cmp_real(fp, "inputrec->orires_fc", -1, ir1->orires_fc, ir2->orires_fc, ftol, abstol);
 856     cmp_real(fp, "inputrec->orires_tau", -1, ir1->orires_tau, ir2->orires_tau, ftol, abstol);
 857     cmp_int(fp, "inputrec->nstorireout", -1, ir1->nstorireout, ir2->nstorireout);
 858     cmp_real(fp, "inputrec->dihre_fc", -1, ir1->dihre_fc, ir2->dihre_fc, ftol, abstol);
 859     cmp_real(fp, "inputrec->em_stepsize", -1, ir1->em_stepsize, ir2->em_stepsize, ftol, abstol);
 860     cmp_real(fp, "inputrec->em_tol", -1, ir1->em_tol, ir2->em_tol, ftol, abstol);
 861     cmp_int(fp, "inputrec->niter", -1, ir1->niter, ir2->niter);
 862     cmp_real(fp, "inputrec->fc_stepsize", -1, ir1->fc_stepsize, ir2->fc_stepsize, ftol, abstol);
 863     cmp_int(fp, "inputrec->nstcgsteep", -1, ir1->nstcgsteep, ir2->nstcgsteep);
 864     cmp_int(fp, "inputrec->nbfgscorr", 0, ir1->nbfgscorr, ir2->nbfgscorr);
 865     cmp_int(fp, "inputrec->eConstrAlg", -1, ir1->eConstrAlg, ir2->eConstrAlg);
 866     cmp_int(fp, "inputrec->nProjOrder", -1, ir1->nProjOrder, ir2->nProjOrder);
 867     cmp_real(fp, "inputrec->LincsWarnAngle", -1, ir1->LincsWarnAngle, ir2->LincsWarnAngle, ftol, abstol);
 868     cmp_int(fp, "inputrec->nLincsIter", -1, ir1->nLincsIter, ir2->nLincsIter);
 869     cmp_real(fp, "inputrec->bd_fric", -1, ir1->bd_fric, ir2->bd_fric, ftol, abstol);
 870     cmp_int64(fp, "inputrec->ld_seed", ir1->ld_seed, ir2->ld_seed);
 871     cmp_real(fp, "inputrec->cos_accel", -1, ir1->cos_accel, ir2->cos_accel, ftol, abstol);
 872     cmp_rvec(fp, "inputrec->deform(a)", -1, ir1->deform[XX], ir2->deform[XX], ftol, abstol);
 873     cmp_rvec(fp, "inputrec->deform(b)", -1, ir1->deform[YY], ir2->deform[YY], ftol, abstol);
 874     cmp_rvec(fp, "inputrec->deform(c)", -1, ir1->deform[ZZ], ir2->deform[ZZ], ftol, abstol);
 875
 876
 877     cmp_bool(fp, "ir->bAdress->type", -1, ir1->bAdress, ir2->bAdress);
 878     if (ir1->bAdress && ir2->bAdress)
 879     {
 880         cmp_adress(fp, ir1->adress, ir2->adress, ftol, abstol);
 881     }
 882
 883     cmp_int(fp, "inputrec->userint1", -1, ir1->userint1, ir2->userint1);
 884     cmp_int(fp, "inputrec->userint2", -1, ir1->userint2, ir2->userint2);
 885     cmp_int(fp, "inputrec->userint3", -1, ir1->userint3, ir2->userint3);
 886     cmp_int(fp, "inputrec->userint4", -1, ir1->userint4, ir2->userint4);
 887     cmp_real(fp, "inputrec->userreal1", -1, ir1->userreal1, ir2->userreal1, ftol, abstol);
 888     cmp_real(fp, "inputrec->userreal2", -1, ir1->userreal2, ir2->userreal2, ftol, abstol);
 889     cmp_real(fp, "inputrec->userreal3", -1, ir1->userreal3, ir2->userreal3, ftol, abstol);
 890     cmp_real(fp, "inputrec->userreal4", -1, ir1->userreal4, ir2->userreal4, ftol, abstol);
 891     cmp_grpopts(fp, &(ir1->opts), &(ir2->opts), ftol, abstol);
 892     cmp_cosines(fp, "ex", ir1->ex, ir2->ex, ftol, abstol);
 893     cmp_cosines(fp, "et", ir1->et, ir2->et, ftol, abstol);
 894 }
 895
 896 static void comp_pull_AB(FILE *fp, t_pull *pull, real ftol, real abstol)
 897 {
 898     int i;
 899
 900     for (i = 0; i < pull->ncoord; i++)
 901     {
 902         fprintf(fp, "comparing pull coord %d\n", i);
 903         cmp_real(fp, "pull-coord->k", -1, pull->coord[i].k, pull->coord[i].kB, ftol, abstol);
 904     }
 905 }
 906
 907 static void comp_state(t_state *st1, t_state *st2,
 908                        gmx_bool bRMSD, real ftol, real abstol)
 909 {
 910     int i, j, nc;
 911
 912     fprintf(stdout, "comparing flags\n");
 913     cmp_int(stdout, "flags", -1, st1->flags, st2->flags);
 914     fprintf(stdout, "comparing box\n");
 915     cmp_rvecs(stdout, "box", DIM, st1->box, st2->box, FALSE, ftol, abstol);
 916     fprintf(stdout, "comparing box_rel\n");
 917     cmp_rvecs(stdout, "box_rel", DIM, st1->box_rel, st2->box_rel, FALSE, ftol, abstol);
 918     fprintf(stdout, "comparing boxv\n");
 919     cmp_rvecs(stdout, "boxv", DIM, st1->boxv, st2->boxv, FALSE, ftol, abstol);
 920     if (st1->flags & (1<<estSVIR_PREV))
 921     {
 922         fprintf(stdout, "comparing shake vir_prev\n");
 923         cmp_rvecs_rmstol(stdout, "svir_prev", DIM, st1->svir_prev, st2->svir_prev, ftol, abstol);
 924     }
 925     if (st1->flags & (1<<estFVIR_PREV))
 926     {
 927         fprintf(stdout, "comparing force vir_prev\n");
 928         cmp_rvecs_rmstol(stdout, "fvir_prev", DIM, st1->fvir_prev, st2->fvir_prev, ftol, abstol);
 929     }
 930     if (st1->flags & (1<<estPRES_PREV))
 931     {
 932         fprintf(stdout, "comparing prev_pres\n");
 933         cmp_rvecs_rmstol(stdout, "pres_prev", DIM, st1->pres_prev, st2->pres_prev, ftol, abstol);
 934     }
 935     cmp_int(stdout, "ngtc", -1, st1->ngtc, st2->ngtc);
 936     cmp_int(stdout, "nhchainlength", -1, st1->nhchainlength, st2->nhchainlength);
 937     if (st1->ngtc == st2->ngtc && st1->nhchainlength == st2->nhchainlength)
 938     {
 939         for (i = 0; i < st1->ngtc; i++)
 940         {
 941             nc = i*st1->nhchainlength;
 942             for (j = 0; j < nc; j++)
 943             {
 944                 cmp_real(stdout, "nosehoover_xi",
 945                          i, st1->nosehoover_xi[nc+j], st2->nosehoover_xi[nc+j], ftol, abstol);
 946             }
 947         }
 948     }
 949     cmp_int(stdout, "nnhpres", -1, st1->nnhpres, st2->nnhpres);
 950     if (st1->nnhpres == st2->nnhpres && st1->nhchainlength == st2->nhchainlength)
 951     {
 952         for (i = 0; i < st1->nnhpres; i++)
 953         {
 954             nc = i*st1->nhchainlength;
 955             for (j = 0; j < nc; j++)
 956             {
 957                 cmp_real(stdout, "nosehoover_xi",
 958                          i, st1->nhpres_xi[nc+j], st2->nhpres_xi[nc+j], ftol, abstol);
 959             }
 960         }
 961     }
 962
 963     cmp_int(stdout, "natoms", -1, st1->natoms, st2->natoms);
 964     if (st1->natoms == st2->natoms)
 965     {
 966         if ((st1->flags & (1<<estX)) && (st2->flags & (1<<estX)))
 967         {
 968             fprintf(stdout, "comparing x\n");
 969             cmp_rvecs(stdout, "x", st1->natoms, st1->x, st2->x, bRMSD, ftol, abstol);
 970         }
 971         if ((st1->flags & (1<<estV)) && (st2->flags & (1<<estV)))
 972         {
 973             fprintf(stdout, "comparing v\n");
 974             cmp_rvecs(stdout, "v", st1->natoms, st1->v, st2->v, bRMSD, ftol, abstol);
 975         }
 976     }
 977 }
 978
 979 void comp_tpx(const char *fn1, const char *fn2,
 980               gmx_bool bRMSD, real ftol, real abstol)
 981 {
 982     const char  *ff[2];
 983     t_tpxheader  sh[2];
 984     t_inputrec   ir[2];
 985     t_state      state[2];
 986     gmx_mtop_t   mtop[2];
 987     t_topology   top[2];
 988     int          i;
 989
 990     ff[0] = fn1;
 991     ff[1] = fn2;
 992     for (i = 0; i < (fn2 ? 2 : 1); i++)
 993     {
 994         read_tpx_state(ff[i], &(ir[i]), &state[i], NULL, &(mtop[i]));
 995     }
 996     if (fn2)
 997     {
 998         cmp_inputrec(stdout, &ir[0], &ir[1], ftol, abstol);
 999         /* Convert gmx_mtop_t to t_topology.
1000          * We should implement direct mtop comparison,
1001          * but it might be useful to keep t_topology comparison as an option.
1002          */
1003         top[0] = gmx_mtop_t_to_t_topology(&mtop[0]);
1004         top[1] = gmx_mtop_t_to_t_topology(&mtop[1]);
1005         cmp_top(stdout, &top[0], &top[1], ftol, abstol);
1006         cmp_groups(stdout, &mtop[0].groups, &mtop[1].groups,
1007                    mtop[0].natoms, mtop[1].natoms);
1008         comp_state(&state[0], &state[1], bRMSD, ftol, abstol);
1009     }
1010     else
1011     {
1012         if (ir[0].efep == efepNO)
1013         {
1014             fprintf(stdout, "inputrec->efep = %s\n", efep_names[ir[0].efep]);
1015         }
1016         else
1017         {
1018             if (ir[0].ePull != epullNO)
1019             {
1020                 comp_pull_AB(stdout, ir->pull, ftol, abstol);
1021             }
1022             /* Convert gmx_mtop_t to t_topology.
1023              * We should implement direct mtop comparison,
1024              * but it might be useful to keep t_topology comparison as an option.
1025              */
1026             top[0] = gmx_mtop_t_to_t_topology(&mtop[0]);
1027             cmp_top(stdout, &top[0], NULL, ftol, abstol);
1028         }
1029     }
1030 }
1031
1032 void comp_frame(FILE *fp, t_trxframe *fr1, t_trxframe *fr2,
1033                 gmx_bool bRMSD, real ftol, real abstol)
1034 {
1035     fprintf(fp, "\n");
1036     cmp_int(fp, "flags", -1, fr1->flags, fr2->flags);
1037     cmp_int(fp, "not_ok", -1, fr1->not_ok, fr2->not_ok);
1038     cmp_int(fp, "natoms", -1, fr1->natoms, fr2->natoms);
1039     cmp_real(fp, "t0", -1, fr1->t0, fr2->t0, ftol, abstol);
1040     if (cmp_bool(fp, "bTitle", -1, fr1->bTitle, fr2->bTitle))
1041     {
1042         cmp_str(fp, "title", -1, fr1->title, fr2->title);
1043     }
1044     if (cmp_bool(fp, "bStep", -1, fr1->bStep, fr2->bStep))
1045     {
1046         cmp_int(fp, "step", -1, fr1->step, fr2->step);
1047     }
1048     cmp_int(fp, "step", -1, fr1->step, fr2->step);
1049     if (cmp_bool(fp, "bTime", -1, fr1->bTime, fr2->bTime))
1050     {
1051         cmp_real(fp, "time", -1, fr1->time, fr2->time, ftol, abstol);
1052     }
1053     if (cmp_bool(fp, "bLambda", -1, fr1->bLambda, fr2->bLambda))
1054     {
1055         cmp_real(fp, "lambda", -1, fr1->lambda, fr2->lambda, ftol, abstol);
1056     }
1057     if (cmp_bool(fp, "bAtoms", -1, fr1->bAtoms, fr2->bAtoms))
1058     {
1059         cmp_atoms(fp, fr1->atoms, fr2->atoms, ftol, abstol);
1060     }
1061     if (cmp_bool(fp, "bPrec", -1, fr1->bPrec, fr2->bPrec))
1062     {
1063         cmp_real(fp, "prec", -1, fr1->prec, fr2->prec, ftol, abstol);
1064     }
1065     if (cmp_bool(fp, "bX", -1, fr1->bX, fr2->bX))
1066     {
1067         cmp_rvecs(fp, "x", min(fr1->natoms, fr2->natoms), fr1->x, fr2->x, bRMSD, ftol, abstol);
1068     }
1069     if (cmp_bool(fp, "bV", -1, fr1->bV, fr2->bV))
1070     {
1071         cmp_rvecs(fp, "v", min(fr1->natoms, fr2->natoms), fr1->v, fr2->v, bRMSD, ftol, abstol);
1072     }
1073     if (cmp_bool(fp, "bF", -1, fr1->bF, fr2->bF))
1074     {
1075         cmp_rvecs_rmstol(fp, "f", min(fr1->natoms, fr2->natoms), fr1->f, fr2->f, ftol, abstol);
1076     }
1077     if (cmp_bool(fp, "bBox", -1, fr1->bBox, fr2->bBox))
1078     {
1079         cmp_rvecs(fp, "box", 3, fr1->box, fr2->box, FALSE, ftol, abstol);
1080     }
1081 }
1082
1083 void comp_trx(const output_env_t oenv, const char *fn1, const char *fn2,
1084               gmx_bool bRMSD, real ftol, real abstol)
1085 {
1086     int          i;
1087     const char  *fn[2];
1088     t_trxframe   fr[2];
1089     t_trxstatus *status[2];
1090     gmx_bool     b[2];
1091
1092     fn[0] = fn1;
1093     fn[1] = fn2;
1094     fprintf(stderr, "Comparing trajectory files %s and %s\n", fn1, fn2);
1095     for (i = 0; i < 2; i++)
1096     {
1097         b[i] = read_first_frame(oenv, &status[i], fn[i], &fr[i], TRX_READ_X|TRX_READ_V|TRX_READ_F);
1098     }
1099
1100     if (b[0] && b[1])
1101     {
1102         do
1103         {
1104             comp_frame(stdout, &(fr[0]), &(fr[1]), bRMSD, ftol, abstol);
1105
1106             for (i = 0; i < 2; i++)
1107             {
1108                 b[i] = read_next_frame(oenv, status[i], &fr[i]);
1109             }
1110         }
1111         while (b[0] && b[1]);
1112
1113         for (i = 0; i < 2; i++)
1114         {
1115             if (b[i] && !b[1-i])
1116             {
1117                 fprintf(stdout, "\nEnd of file on %s but not on %s\n", fn[1-i], fn[i]);
1118             }
1119             close_trj(status[i]);
1120         }
1121     }
1122     if (!b[0] && !b[1])
1123     {
1124         fprintf(stdout, "\nBoth files read correctly\n");
1125     }
1126 }
1127
1128 static real ener_tensor_diag(int n, int *ind1, int *ind2,
1129                              gmx_enxnm_t *enm1,
1130                              int *tensi, int i,
1131                              t_energy e1[], t_energy e2[])
1132 {
1133     int  d1, d2;
1134     int  len;
1135     int  j;
1136     real prod1, prod2;
1137     int  nfound;
1138
1139     d1 = tensi[i]/DIM;
1140     d2 = tensi[i] - d1*DIM;
1141
1142     /* Find the diagonal elements d1 and d2 */
1143     len    = strlen(enm1[ind1[i]].name);
1144     prod1  = 1;
1145     prod2  = 1;
1146     nfound = 0;
1147     for (j = 0; j < n; j++)
1148     {
1149         if (tensi[j] >= 0 &&
1150             strlen(enm1[ind1[j]].name) == len &&
1151             strncmp(enm1[ind1[i]].name, enm1[ind1[j]].name, len-2) == 0 &&
1152             (tensi[j] == d1*DIM+d1 || tensi[j] == d2*DIM+d2))
1153         {
1154             prod1 *= fabs(e1[ind1[j]].e);
1155             prod2 *= fabs(e2[ind2[j]].e);
1156             nfound++;
1157         }
1158     }
1159
1160     if (nfound == 2)
1161     {
1162         return 0.5*(sqrt(prod1) + sqrt(prod2));
1163     }
1164     else
1165     {
1166         return 0;
1167     }
1168 }
1169
1170 static gmx_bool enernm_equal(const char *nm1, const char *nm2)
1171 {
1172     int len1, len2;
1173
1174     len1 = strlen(nm1);
1175     len2 = strlen(nm2);
1176
1177     /* Remove " (bar)" at the end of a name */
1178     if (len1 > 6 && strcmp(nm1+len1-6, " (bar)") == 0)
1179     {
1180         len1 -= 6;
1181     }
1182     if (len2 > 6 && strcmp(nm2+len2-6, " (bar)") == 0)
1183     {
1184         len2 -= 6;
1185     }
1186
1187     return (len1 == len2 && gmx_strncasecmp(nm1, nm2, len1) == 0);
1188 }
1189
1190 static void cmp_energies(FILE *fp, int step1, int step2,
1191                          t_energy e1[], t_energy e2[],
1192                          gmx_enxnm_t *enm1,
1193                          real ftol, real abstol,
1194                          int nre, int *ind1, int *ind2, int maxener)
1195 {
1196     int   i, ii;
1197     int  *tensi, len, d1, d2;
1198     real  ftol_i, abstol_i;
1199
1200     snew(tensi, maxener);
1201     /* Check for tensor elements ending on "-XX", "-XY", ... , "-ZZ" */
1202     for (i = 0; (i < maxener); i++)
1203     {
1204         ii       = ind1[i];
1205         tensi[i] = -1;
1206         len      = strlen(enm1[ii].name);
1207         if (len > 3 && enm1[ii].name[len-3] == '-')
1208         {
1209             d1 = enm1[ii].name[len-2] - 'X';
1210             d2 = enm1[ii].name[len-1] - 'X';
1211             if (d1 >= 0 && d1 < DIM &&
1212                 d2 >= 0 && d2 < DIM)
1213             {
1214                 tensi[i] = d1*DIM + d2;
1215             }
1216         }
1217     }
1218
1219     for (i = 0; (i < maxener); i++)
1220     {
1221         /* Check if this is an off-diagonal tensor element */
1222         if (tensi[i] >= 0 && tensi[i] != 0 && tensi[i] != 4 && tensi[i] != 8)
1223         {
1224             /* Turn on the relative tolerance check (4 is maximum relative diff.) */
1225             ftol_i = 5;
1226             /* Do the relative tolerance through an absolute tolerance times
1227              * the size of diagonal components of the tensor.
1228              */
1229             abstol_i = ftol*ener_tensor_diag(nre, ind1, ind2, enm1, tensi, i, e1, e2);
1230             if (debug)
1231             {
1232                 fprintf(debug, "tensor '%s' val %f diag %f\n",
1233                         enm1[i].name, e1[i].e, abstol_i/ftol);
1234             }
1235             if (abstol_i > 0)
1236             {
1237                 /* We found a diagonal, we need to check with the minimum tolerance */
1238                 abstol_i = min(abstol_i, abstol);
1239             }
1240             else
1241             {
1242                 /* We did not find a diagonal, ignore the relative tolerance check */
1243                 abstol_i = abstol;
1244             }
1245         }
1246         else
1247         {
1248             ftol_i   = ftol;
1249             abstol_i = abstol;
1250         }
1251         if (!equal_real(e1[ind1[i]].e, e2[ind2[i]].e, ftol_i, abstol_i))
1252         {
1253             fprintf(fp, "%-15s  step %3d:  %12g,  step %3d: %12g\n",
1254                     enm1[ind1[i]].name,
1255                     step1, e1[ind1[i]].e,
1256                     step2, e2[ind2[i]].e);
1257         }
1258     }
1259
1260     sfree(tensi);
1261 }
1262
1263 #if 0
1264 static void cmp_disres(t_enxframe *fr1, t_enxframe *fr2, real ftol, real abstol)
1265 {
1266     int  i;
1267     char bav[64], bt[64], bs[22];
1268
1269     cmp_int(stdout, "ndisre", -1, fr1->ndisre, fr2->ndisre);
1270     if ((fr1->ndisre == fr2->ndisre) && (fr1->ndisre > 0))
1271     {
1272         sprintf(bav, "step %s: disre rav", gmx_step_str(fr1->step, bs));
1273         sprintf(bt, "step %s: disre  rt", gmx_step_str(fr1->step, bs));
1274         for (i = 0; (i < fr1->ndisre); i++)
1275         {
1276             cmp_real(stdout, bav, i, fr1->disre_rm3tav[i], fr2->disre_rm3tav[i], ftol, abstol);
1277             cmp_real(stdout, bt, i, fr1->disre_rt[i], fr2->disre_rt[i], ftol, abstol);
1278         }
1279     }
1280 }
1281 #endif
1282
1283 static void cmp_eblocks(t_enxframe *fr1, t_enxframe *fr2, real ftol, real abstol)
1284 {
1285     int  i, j, k;
1286     char buf[64], bs[22];
1287
1288     cmp_int(stdout, "nblock", -1, fr1->nblock, fr2->nblock);
1289     if ((fr1->nblock == fr2->nblock) && (fr1->nblock > 0))
1290     {
1291         for (j = 0; (j < fr1->nblock); j++)
1292         {
1293             t_enxblock *b1, *b2; /* convenience vars */
1294
1295             b1 = &(fr1->block[j]);
1296             b2 = &(fr2->block[j]);
1297
1298             sprintf(buf, "step %s: block[%d]", gmx_step_str(fr1->step, bs), j);
1299             cmp_int(stdout, buf, -1, b1->nsub, b2->nsub);
1300             cmp_int(stdout, buf, -1, b1->id, b2->id);
1301
1302             if ( (b1->nsub == b2->nsub) && (b1->id == b2->id) )
1303             {
1304                 for (i = 0; i < b1->nsub; i++)
1305                 {
1306                     t_enxsubblock *s1, *s2;
1307
1308                     s1 = &(b1->sub[i]);
1309                     s2 = &(b2->sub[i]);
1310
1311                     cmp_int(stdout, buf, -1, (int)s1->type, (int)s2->type);
1312                     cmp_int64(stdout, buf, s1->nr, s2->nr);
1313
1314                     if ((s1->type == s2->type) && (s1->nr == s2->nr))
1315                     {
1316                         switch (s1->type)
1317                         {
1318                             case xdr_datatype_float:
1319                                 for (k = 0; k < s1->nr; k++)
1320                                 {
1321                                     cmp_float(stdout, buf, i,
1322                                               s1->fval[k], s2->fval[k],
1323                                               ftol, abstol);
1324                                 }
1325                                 break;
1326                             case xdr_datatype_double:
1327                                 for (k = 0; k < s1->nr; k++)
1328                                 {
1329                                     cmp_double(stdout, buf, i,
1330                                                s1->dval[k], s2->dval[k],
1331                                                ftol, abstol);
1332                                 }
1333                                 break;
1334                             case xdr_datatype_int:
1335                                 for (k = 0; k < s1->nr; k++)
1336                                 {
1337                                     cmp_int(stdout, buf, i,
1338                                             s1->ival[k], s2->ival[k]);
1339                                 }
1340                                 break;
1341                             case xdr_datatype_int64:
1342                                 for (k = 0; k < s1->nr; k++)
1343                                 {
1344                                     cmp_int64(stdout, buf,
1345                                               s1->lval[k], s2->lval[k]);
1346                                 }
1347                                 break;
1348                             case xdr_datatype_char:
1349                                 for (k = 0; k < s1->nr; k++)
1350                                 {
1351                                     cmp_uc(stdout, buf, i,
1352                                            s1->cval[k], s2->cval[k]);
1353                                 }
1354                                 break;
1355                             case xdr_datatype_string:
1356                                 for (k = 0; k < s1->nr; k++)
1357                                 {
1358                                     cmp_str(stdout, buf, i,
1359                                             s1->sval[k], s2->sval[k]);
1360                                 }
1361                                 break;
1362                             default:
1363                                 gmx_incons("Unknown data type!!");
1364                         }
1365                     }
1366                 }
1367             }
1368         }
1369     }
1370 }
1371
1372 void comp_enx(const char *fn1, const char *fn2, real ftol, real abstol, const char *lastener)
1373 {
1374     int            nre, nre1, nre2, block;
1375     ener_file_t    in1, in2;
1376     int            i, j, maxener, *ind1, *ind2, *have;
1377     char           buf[256];
1378     gmx_enxnm_t   *enm1 = NULL, *enm2 = NULL;
1379     t_enxframe    *fr1, *fr2;
1380     gmx_bool       b1, b2;
1381
1382     fprintf(stdout, "comparing energy file %s and %s\n\n", fn1, fn2);
1383
1384     in1 = open_enx(fn1, "r");
1385     in2 = open_enx(fn2, "r");
1386     do_enxnms(in1, &nre1, &enm1);
1387     do_enxnms(in2, &nre2, &enm2);
1388     if (nre1 != nre2)
1389     {
1390         fprintf(stdout, "There are %d and %d terms in the energy files\n\n",
1391                 nre1, nre2);
1392     }
1393     else
1394     {
1395         fprintf(stdout, "There are %d terms in the energy files\n\n", nre1);
1396     }
1397
1398     snew(ind1, nre1);
1399     snew(ind2, nre2);
1400     snew(have, nre2);
1401     nre = 0;
1402     for (i = 0; i < nre1; i++)
1403     {
1404         for (j = 0; j < nre2; j++)
1405         {
1406             if (enernm_equal(enm1[i].name, enm2[j].name))
1407             {
1408                 ind1[nre] = i;
1409                 ind2[nre] = j;
1410                 have[j]   = 1;
1411                 nre++;
1412                 break;
1413             }
1414         }
1415         if (nre == 0 || ind1[nre-1] != i)
1416         {
1417             cmp_str(stdout, "enm", i, enm1[i].name, "-");
1418         }
1419     }
1420     for (i = 0; i < nre2; i++)
1421     {
1422         if (have[i] == 0)
1423         {
1424             cmp_str(stdout, "enm", i, "-", enm2[i].name);
1425         }
1426     }
1427
1428     maxener = nre;
1429     for (i = 0; i < nre; i++)
1430     {
1431         if ((lastener != NULL) && (strstr(enm1[i].name, lastener) != NULL))
1432         {
1433             maxener = i+1;
1434             break;
1435         }
1436     }
1437
1438     fprintf(stdout, "There are %d terms to compare in the energy files\n\n",
1439             maxener);
1440
1441     for (i = 0; i < maxener; i++)
1442     {
1443         cmp_str(stdout, "unit", i, enm1[ind1[i]].unit, enm2[ind2[i]].unit);
1444     }
1445
1446     snew(fr1, 1);
1447     snew(fr2, 1);
1448     do
1449     {
1450         b1 = do_enx(in1, fr1);
1451         b2 = do_enx(in2, fr2);
1452         if (b1 && !b2)
1453         {
1454             fprintf(stdout, "\nEnd of file on %s but not on %s\n", fn2, fn1);
1455         }
1456         else if (!b1 && b2)
1457         {
1458             fprintf(stdout, "\nEnd of file on %s but not on %s\n", fn1, fn2);
1459         }
1460         else if (!b1 && !b2)
1461         {
1462             fprintf(stdout, "\nFiles read successfully\n");
1463         }
1464         else
1465         {
1466             cmp_real(stdout, "t", -1, fr1->t, fr2->t, ftol, abstol);
1467             cmp_int(stdout, "step", -1, fr1->step, fr2->step);
1468             /* We don't want to print the nre mismatch for every frame */
1469             /* cmp_int(stdout,"nre",-1,fr1->nre,fr2->nre); */
1470             if ((fr1->nre >= nre) && (fr2->nre >= nre))
1471             {
1472                 cmp_energies(stdout, fr1->step, fr1->step, fr1->ener, fr2->ener,
1473                              enm1, ftol, abstol, nre, ind1, ind2, maxener);
1474             }
1475             /*cmp_disres(fr1,fr2,ftol,abstol);*/
1476             cmp_eblocks(fr1, fr2, ftol, abstol);
1477         }
1478     }
1479     while (b1 && b2);
1480
1481     close_enx(in1);
1482     close_enx(in2);
1483
1484     free_enxframe(fr2);
1485     sfree(fr2);
1486     free_enxframe(fr1);
1487     sfree(fr1);
1488 }