src/gromacs/tools/compare.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  38 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  39 #include <config.h>
  40 #endif
  41
  42 #include <math.h>
  43 #include <stdio.h>
  44 #include <string.h>
  45 #include "macros.h"
  46 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  47 #include "gromacs/fileio/futil.h"
  48 #include "sysstuff.h"
  49 #include "txtdump.h"
  50 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  51 #include "names.h"
  52 #include "gromacs/fileio/tpxio.h"
  53 #include "gromacs/fileio/trxio.h"
  54 #include "gromacs/fileio/enxio.h"
  55 #include "mtop_util.h"
  56 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  57
  58 static void cmp_int(FILE *fp, const char *s, int index, int i1, int i2)
  59 {
  60     if (i1 != i2)
  61     {
  62         if (index != -1)
  63         {
  64             fprintf(fp, "%s[%d] (%d - %d)\n", s, index, i1, i2);
  65         }
  66         else
  67         {
  68             fprintf(fp, "%s (%d - %d)\n", s, i1, i2);
  69         }
  70     }
  71 }
  72
  73 static void cmp_int64(FILE *fp, const char *s, gmx_int64_t i1, gmx_int64_t i2)
  74 {
  75     if (i1 != i2)
  76     {
  77         fprintf(fp, "%s (", s);
  78         fprintf(fp, "%"GMX_PRId64, i1);
  79         fprintf(fp, " - ");
  80         fprintf(fp, "%"GMX_PRId64, i2);
  81         fprintf(fp, ")\n");
  82     }
  83 }
  84
  85 static void cmp_us(FILE *fp, const char *s, int index, unsigned short i1, unsigned short i2)
  86 {
  87     if (i1 != i2)
  88     {
  89         if (index != -1)
  90         {
  91             fprintf(fp, "%s[%d] (%u - %u)\n", s, index, i1, i2);
  92         }
  93         else
  94         {
  95             fprintf(fp, "%s (%u - %u)\n", s, i1, i2);
  96         }
  97     }
  98 }
  99
 100 static void cmp_uc(FILE *fp, const char *s, int index, unsigned char i1, unsigned char i2)
 101 {
 102     if (i1 != i2)
 103     {
 104         if (index != -1)
 105         {
 106             fprintf(fp, "%s[%d] (%d - %d)\n", s, index, i1, i2);
 107         }
 108         else
 109         {
 110             fprintf(fp, "%s (%d - %d)\n", s, i1, i2);
 111         }
 112     }
 113 }
 114
 115 static gmx_bool cmp_bool(FILE *fp, const char *s, int index, gmx_bool b1, gmx_bool b2)
 116 {
 117     if (b1)
 118     {
 119         b1 = 1;
 120     }
 121     else
 122     {
 123         b1 = 0;
 124     }
 125     if (b2)
 126     {
 127         b2 = 1;
 128     }
 129     else
 130     {
 131         b2 = 0;
 132     }
 133     if (b1 != b2)
 134     {
 135         if (index != -1)
 136         {
 137             fprintf(fp, "%s[%d] (%s - %s)\n", s, index,
 138                     bool_names[b1], bool_names[b2]);
 139         }
 140         else
 141         {
 142             fprintf(fp, "%s (%s - %s)\n", s,
 143                     bool_names[b1], bool_names[b2]);
 144         }
 145     }
 146     return b1 && b2;
 147 }
 148
 149 static void cmp_str(FILE *fp, const char *s, int index,
 150                     const char *s1, const char *s2)
 151 {
 152     if (strcmp(s1, s2) != 0)
 153     {
 154         if (index != -1)
 155         {
 156             fprintf(fp, "%s[%d] (%s - %s)\n", s, index, s1, s2);
 157         }
 158         else
 159         {
 160             fprintf(fp, "%s (%s - %s)\n", s, s1, s2);
 161         }
 162     }
 163 }
 164
 165 static gmx_bool equal_real(real i1, real i2, real ftol, real abstol)
 166 {
 167     return ( ( 2*fabs(i1 - i2) <= (fabs(i1) + fabs(i2))*ftol ) || fabs(i1-i2) <= abstol );
 168 }
 169
 170 static gmx_bool equal_float(float i1, float i2, float ftol, float abstol)
 171 {
 172     return ( ( 2*fabs(i1 - i2) <= (fabs(i1) + fabs(i2))*ftol ) || fabs(i1-i2) <= abstol );
 173 }
 174
 175 static gmx_bool equal_double(double i1, double i2, real ftol, real abstol)
 176 {
 177     return ( ( 2*fabs(i1 - i2) <= (fabs(i1) + fabs(i2))*ftol ) || fabs(i1-i2) <= abstol );
 178 }
 179
 180 static void
 181 cmp_real(FILE *fp, const char *s, int index, real i1, real i2, real ftol, real abstol)
 182 {
 183     if (!equal_real(i1, i2, ftol, abstol))
 184     {
 185         if (index != -1)
 186         {
 187             fprintf(fp, "%s[%2d] (%e - %e)\n", s, index, i1, i2);
 188         }
 189         else
 190         {
 191             fprintf(fp, "%s (%e - %e)\n", s, i1, i2);
 192         }
 193     }
 194 }
 195
 196 static void
 197 cmp_float(FILE *fp, const char *s, int index, float i1, float i2, float ftol, float abstol)
 198 {
 199     if (!equal_float(i1, i2, ftol, abstol))
 200     {
 201         if (index != -1)
 202         {
 203             fprintf(fp, "%s[%2d] (%e - %e)\n", s, index, i1, i2);
 204         }
 205         else
 206         {
 207             fprintf(fp, "%s (%e - %e)\n", s, i1, i2);
 208         }
 209     }
 210 }
 211
 212
 213
 214 static void
 215 cmp_double(FILE *fp, const char *s, int index, double i1, double i2, double ftol, double abstol)
 216 {
 217     if (!equal_double(i1, i2, ftol, abstol))
 218     {
 219         if (index != -1)
 220         {
 221             fprintf(fp, "%s[%2d] (%16.9e - %16.9e)\n", s, index, i1, i2);
 222         }
 223         else
 224         {
 225             fprintf(fp, "%s (%16.9e - %16.9e)\n", s, i1, i2);
 226         }
 227     }
 228 }
 229
 230 static void cmp_rvec(FILE *fp, const char *s, int index, rvec i1, rvec i2, real ftol, real abstol)
 231 {
 232     if (!equal_real(i1[XX], i2[XX], ftol, abstol) ||
 233         !equal_real(i1[YY], i2[YY], ftol, abstol) ||
 234         !equal_real(i1[ZZ], i2[ZZ], ftol, abstol))
 235     {
 236         if (index != -1)
 237         {
 238             fprintf(fp, "%s[%5d] (%12.5e %12.5e %12.5e) - (%12.5e %12.5e %12.5e)\n",
 239                     s, index, i1[XX], i1[YY], i1[ZZ], i2[XX], i2[YY], i2[ZZ]);
 240         }
 241         else
 242         {
 243             fprintf(fp, "%s (%12.5e %12.5e %12.5e) - (%12.5e %12.5e %12.5e)\n",
 244                     s, i1[XX], i1[YY], i1[ZZ], i2[XX], i2[YY], i2[ZZ]);
 245         }
 246     }
 247 }
 248
 249 static void cmp_ivec(FILE *fp, const char *s, int index, ivec i1, ivec i2)
 250 {
 251     if ((i1[XX] != i2[XX]) || (i1[YY] != i2[YY]) || (i1[ZZ] != i2[ZZ]))
 252     {
 253         if (index != -1)
 254         {
 255             fprintf(fp, "%s[%5d] (%8d,%8d,%8d - %8d,%8d,%8d)\n", s, index,
 256                     i1[XX], i1[YY], i1[ZZ], i2[XX], i2[YY], i2[ZZ]);
 257         }
 258         else
 259         {
 260             fprintf(fp, "%s (%8d,%8d,%8d - %8d,%8d,%8d)\n", s,
 261                     i1[XX], i1[YY], i1[ZZ], i2[XX], i2[YY], i2[ZZ]);
 262         }
 263     }
 264 }
 265
 266 static void cmp_ilist(FILE *fp, int ftype, t_ilist *il1, t_ilist *il2)
 267 {
 268     int  i;
 269     char buf[256];
 270
 271     fprintf(fp, "comparing ilist %s\n", interaction_function[ftype].name);
 272     sprintf(buf, "%s->nr", interaction_function[ftype].name);
 273     cmp_int(fp, buf, -1, il1->nr, il2->nr);
 274     sprintf(buf, "%s->iatoms", interaction_function[ftype].name);
 275     if (((il1->nr > 0) && (!il1->iatoms)) ||
 276         ((il2->nr > 0) && (!il2->iatoms)) ||
 277         ((il1->nr != il2->nr)))
 278     {
 279         fprintf(fp, "Comparing radically different topologies - %s is different\n",
 280                 buf);
 281     }
 282     else
 283     {
 284         for (i = 0; (i < il1->nr); i++)
 285         {
 286             cmp_int(fp, buf, i, il1->iatoms[i], il2->iatoms[i]);
 287         }
 288     }
 289 }
 290
 291 void cmp_iparm(FILE *fp, const char *s, t_functype ft,
 292                t_iparams ip1, t_iparams ip2, real ftol, real abstol)
 293 {
 294     int      i;
 295     gmx_bool bDiff;
 296
 297     bDiff = FALSE;
 298     for (i = 0; i < MAXFORCEPARAM && !bDiff; i++)
 299     {
 300         bDiff = !equal_real(ip1.generic.buf[i], ip2.generic.buf[i], ftol, abstol);
 301     }
 302     if (bDiff)
 303     {
 304         fprintf(fp, "%s1: ", s);
 305         pr_iparams(fp, ft, &ip1);
 306         fprintf(fp, "%s2: ", s);
 307         pr_iparams(fp, ft, &ip2);
 308     }
 309 }
 310
 311 void cmp_iparm_AB(FILE *fp, const char *s, t_functype ft, t_iparams ip1, real ftol, real abstol)
 312 {
 313     int      nrfpA, nrfpB, p0, i;
 314     gmx_bool bDiff;
 315
 316     /* Normally the first parameter is perturbable */
 317     p0    = 0;
 318     nrfpA = interaction_function[ft].nrfpA;
 319     nrfpB = interaction_function[ft].nrfpB;
 320     if (ft == F_PDIHS)
 321     {
 322         nrfpB = 2;
 323     }
 324     else if (interaction_function[ft].flags & IF_TABULATED)
 325     {
 326         /* For tabulated interactions only the second parameter is perturbable */
 327         p0    = 1;
 328         nrfpB = 1;
 329     }
 330     bDiff = FALSE;
 331     for (i = 0; i < nrfpB && !bDiff; i++)
 332     {
 333         bDiff = !equal_real(ip1.generic.buf[p0+i], ip1.generic.buf[nrfpA+i], ftol, abstol);
 334     }
 335     if (bDiff)
 336     {
 337         fprintf(fp, "%s: ", s);
 338         pr_iparams(fp, ft, &ip1);
 339     }
 340 }
 341
 342 static void cmp_idef(FILE *fp, t_idef *id1, t_idef *id2, real ftol, real abstol)
 343 {
 344     int  i;
 345     char buf1[64], buf2[64];
 346
 347     fprintf(fp, "comparing idef\n");
 348     if (id2)
 349     {
 350         cmp_int(fp, "idef->ntypes", -1, id1->ntypes, id2->ntypes);
 351         cmp_int(fp, "idef->atnr",  -1, id1->atnr, id2->atnr);
 352         for (i = 0; (i < min(id1->ntypes, id2->ntypes)); i++)
 353         {
 354             sprintf(buf1, "idef->functype[%d]", i);
 355             sprintf(buf2, "idef->iparam[%d]", i);
 356             cmp_int(fp, buf1, i, (int)id1->functype[i], (int)id2->functype[i]);
 357             cmp_iparm(fp, buf2, id1->functype[i],
 358                       id1->iparams[i], id2->iparams[i], ftol, abstol);
 359         }
 360         cmp_real(fp, "fudgeQQ", -1, id1->fudgeQQ, id2->fudgeQQ, ftol, abstol);
 361         for (i = 0; (i < F_NRE); i++)
 362         {
 363             cmp_ilist(fp, i, &(id1->il[i]), &(id2->il[i]));
 364         }
 365     }
 366     else
 367     {
 368         for (i = 0; (i < id1->ntypes); i++)
 369         {
 370             cmp_iparm_AB(fp, "idef->iparam", id1->functype[i], id1->iparams[i], ftol, abstol);
 371         }
 372     }
 373 }
 374
 375 static void cmp_block(FILE *fp, t_block *b1, t_block *b2, const char *s)
 376 {
 377     int  i, j, k;
 378     char buf[32];
 379
 380     fprintf(fp, "comparing block %s\n", s);
 381     sprintf(buf, "%s.nr", s);
 382     cmp_int(fp, buf, -1, b1->nr, b2->nr);
 383 }
 384
 385 static void cmp_blocka(FILE *fp, t_blocka *b1, t_blocka *b2, const char *s)
 386 {
 387     int  i, j, k;
 388     char buf[32];
 389
 390     fprintf(fp, "comparing blocka %s\n", s);
 391     sprintf(buf, "%s.nr", s);
 392     cmp_int(fp, buf, -1, b1->nr, b2->nr);
 393     sprintf(buf, "%s.nra", s);
 394     cmp_int(fp, buf, -1, b1->nra, b2->nra);
 395 }
 396
 397 static void cmp_atom(FILE *fp, int index, t_atom *a1, t_atom *a2, real ftol, real abstol)
 398 {
 399     int  i;
 400     char buf[256];
 401
 402     if (a2)
 403     {
 404         cmp_us(fp, "atom.type", index, a1->type, a2->type);
 405         cmp_us(fp, "atom.ptype", index, a1->ptype, a2->ptype);
 406         cmp_int(fp, "atom.resind", index, a1->resind, a2->resind);
 407         cmp_int(fp, "atom.atomnumber", index, a1->atomnumber, a2->atomnumber);
 408         cmp_real(fp, "atom.m", index, a1->m, a2->m, ftol, abstol);
 409         cmp_real(fp, "atom.q", index, a1->q, a2->q, ftol, abstol);
 410         cmp_us(fp, "atom.typeB", index, a1->typeB, a2->typeB);
 411         cmp_real(fp, "atom.mB", index, a1->mB, a2->mB, ftol, abstol);
 412         cmp_real(fp, "atom.qB", index, a1->qB, a2->qB, ftol, abstol);
 413     }
 414     else
 415     {
 416         cmp_us(fp, "atom.type", index, a1->type, a1->typeB);
 417         cmp_real(fp, "atom.m", index, a1->m, a1->mB, ftol, abstol);
 418         cmp_real(fp, "atom.q", index, a1->q, a1->qB, ftol, abstol);
 419     }
 420 }
 421
 422 static void cmp_atoms(FILE *fp, t_atoms *a1, t_atoms *a2, real ftol, real abstol)
 423 {
 424     int i;
 425
 426     fprintf(fp, "comparing atoms\n");
 427
 428     if (a2)
 429     {
 430         cmp_int(fp, "atoms->nr", -1, a1->nr, a2->nr);
 431         for (i = 0; (i < a1->nr); i++)
 432         {
 433             cmp_atom(fp, i, &(a1->atom[i]), &(a2->atom[i]), ftol, abstol);
 434         }
 435     }
 436     else
 437     {
 438         for (i = 0; (i < a1->nr); i++)
 439         {
 440             cmp_atom(fp, i, &(a1->atom[i]), NULL, ftol, abstol);
 441         }
 442     }
 443 }
 444
 445 static void cmp_top(FILE *fp, t_topology *t1, t_topology *t2, real ftol, real abstol)
 446 {
 447     int i;
 448
 449     fprintf(fp, "comparing top\n");
 450     if (t2)
 451     {
 452         cmp_idef(fp, &(t1->idef), &(t2->idef), ftol, abstol);
 453         cmp_atoms(fp, &(t1->atoms), &(t2->atoms), ftol, abstol);
 454         cmp_block(fp, &t1->cgs, &t2->cgs, "cgs");
 455         cmp_block(fp, &t1->mols, &t2->mols, "mols");
 456         cmp_blocka(fp, &t1->excls, &t2->excls, "excls");
 457     }
 458     else
 459     {
 460         cmp_idef(fp, &(t1->idef), NULL, ftol, abstol);
 461         cmp_atoms(fp, &(t1->atoms), NULL, ftol, abstol);
 462     }
 463 }
 464
 465 static void cmp_groups(FILE *fp, gmx_groups_t *g0, gmx_groups_t *g1,
 466                        int natoms0, int natoms1)
 467 {
 468     int  i, j, ndiff;
 469     char buf[32];
 470
 471     fprintf(fp, "comparing groups\n");
 472
 473     for (i = 0; i < egcNR; i++)
 474     {
 475         sprintf(buf, "grps[%d].nr", i);
 476         cmp_int(fp, buf, -1, g0->grps[i].nr, g1->grps[i].nr);
 477         if (g0->grps[i].nr == g1->grps[i].nr)
 478         {
 479             for (j = 0; j < g0->grps[i].nr; j++)
 480             {
 481                 sprintf(buf, "grps[%d].name[%d]", i, j);
 482                 cmp_str(fp, buf, -1,
 483                         *g0->grpname[g0->grps[i].nm_ind[j]],
 484                         *g1->grpname[g1->grps[i].nm_ind[j]]);
 485             }
 486         }
 487         cmp_int(fp, "ngrpnr", i, g0->ngrpnr[i], g1->ngrpnr[i]);
 488         if (g0->ngrpnr[i] == g1->ngrpnr[i] && natoms0 == natoms1 &&
 489             (g0->grpnr[i] != NULL || g1->grpnr[i] != NULL))
 490         {
 491             for (j = 0; j < natoms0; j++)
 492             {
 493                 cmp_int(fp, gtypes[i], j, ggrpnr(g0, i, j), ggrpnr(g1, i, j));
 494             }
 495         }
 496     }
 497     /* We have compared the names in the groups lists,
 498      * so we can skip the grpname list comparison.
 499      */
 500 }
 501
 502 static void cmp_rvecs(FILE *fp, const char *title, int n, rvec x1[], rvec x2[],
 503                       gmx_bool bRMSD, real ftol, real abstol)
 504 {
 505     int    i, m;
 506     double d, ssd;
 507
 508     if (bRMSD)
 509     {
 510         ssd = 0;
 511         for (i = 0; (i < n); i++)
 512         {
 513             for (m = 0; m < DIM; m++)
 514             {
 515                 d    = x1[i][m] - x2[i][m];
 516                 ssd += d*d;
 517             }
 518         }
 519         fprintf(fp, "%s RMSD %g\n", title, sqrt(ssd/n));
 520     }
 521     else
 522     {
 523         for (i = 0; (i < n); i++)
 524         {
 525             cmp_rvec(fp, title, i, x1[i], x2[i], ftol, abstol);
 526         }
 527     }
 528 }
 529
 530
 531 /* Similar to cmp_rvecs, but this routine scales the allowed absolute tolerance
 532  * by the RMS of the force components of x1.
 533  */
 534 static void cmp_rvecs_rmstol(FILE *fp, const char *title, int n, rvec x1[], rvec x2[],
 535                              real ftol, real abstol)
 536 {
 537     int    i, m;
 538     double d;
 539     double ave_x1, rms_x1;
 540
 541     /* It is tricky to compare real values, in particular forces that
 542      * are sums of lots of terms where the final value might be close to 0.0.
 543      * To get a reference magnitude we calculate the RMS value of each
 544      * component in x1, and then set the allowed absolute tolerance to the
 545      * relative tolerance times this RMS magnitude.
 546      */
 547     ave_x1 = 0.0;
 548     for (i = 0; i < n; i++)
 549     {
 550         for (m = 0; m < DIM; m++)
 551         {
 552             ave_x1 += x1[i][m];
 553         }
 554     }
 555     ave_x1 /= n*DIM;
 556
 557     rms_x1 = 0.0;
 558     for (i = 0; (i < n); i++)
 559     {
 560         for (m = 0; m < DIM; m++)
 561         {
 562             d       = x1[i][m] - ave_x1;
 563             rms_x1 += d*d;
 564         }
 565     }
 566     rms_x1 = sqrt(rms_x1/(DIM*n));
 567     /* And now do the actual comparision with a hopefully realistic abstol. */
 568     for (i = 0; (i < n); i++)
 569     {
 570         cmp_rvec(fp, title, i, x1[i], x2[i], ftol, abstol*rms_x1);
 571     }
 572 }
 573
 574 static void cmp_grpopts(FILE *fp, t_grpopts *opt1, t_grpopts *opt2, real ftol, real abstol)
 575 {
 576     int  i, j;
 577     char buf1[256], buf2[256];
 578
 579     cmp_int(fp, "inputrec->grpopts.ngtc", -1,  opt1->ngtc, opt2->ngtc);
 580     cmp_int(fp, "inputrec->grpopts.ngacc", -1, opt1->ngacc, opt2->ngacc);
 581     cmp_int(fp, "inputrec->grpopts.ngfrz", -1, opt1->ngfrz, opt2->ngfrz);
 582     cmp_int(fp, "inputrec->grpopts.ngener", -1, opt1->ngener, opt2->ngener);
 583     for (i = 0; (i < min(opt1->ngtc, opt2->ngtc)); i++)
 584     {
 585         cmp_real(fp, "inputrec->grpopts.nrdf", i, opt1->nrdf[i], opt2->nrdf[i], ftol, abstol);
 586         cmp_real(fp, "inputrec->grpopts.ref_t", i, opt1->ref_t[i], opt2->ref_t[i], ftol, abstol);
 587         cmp_real(fp, "inputrec->grpopts.tau_t", i, opt1->tau_t[i], opt2->tau_t[i], ftol, abstol);
 588         cmp_int(fp, "inputrec->grpopts.annealing", i, opt1->annealing[i], opt2->annealing[i]);
 589         cmp_int(fp, "inputrec->grpopts.anneal_npoints", i,
 590                 opt1->anneal_npoints[i], opt2->anneal_npoints[i]);
 591         if (opt1->anneal_npoints[i] == opt2->anneal_npoints[i])
 592         {
 593             sprintf(buf1, "inputrec->grpopts.anneal_time[%d]", i);
 594             sprintf(buf2, "inputrec->grpopts.anneal_temp[%d]", i);
 595             for (j = 0; j < opt1->anneal_npoints[i]; j++)
 596             {
 597                 cmp_real(fp, buf1, j, opt1->anneal_time[i][j], opt2->anneal_time[i][j], ftol, abstol);
 598                 cmp_real(fp, buf2, j, opt1->anneal_temp[i][j], opt2->anneal_temp[i][j], ftol, abstol);
 599             }
 600         }
 601     }
 602     if (opt1->ngener == opt2->ngener)
 603     {
 604         for (i = 0; i < opt1->ngener; i++)
 605         {
 606             for (j = i; j < opt1->ngener; j++)
 607             {
 608                 sprintf(buf1, "inputrec->grpopts.egp_flags[%d]", i);
 609                 cmp_int(fp, buf1, j,
 610                         opt1->egp_flags[opt1->ngener*i+j],
 611                         opt2->egp_flags[opt1->ngener*i+j]);
 612             }
 613         }
 614     }
 615     for (i = 0; (i < min(opt1->ngacc, opt2->ngacc)); i++)
 616     {
 617         cmp_rvec(fp, "inputrec->grpopts.acc", i, opt1->acc[i], opt2->acc[i], ftol, abstol);
 618     }
 619     for (i = 0; (i < min(opt1->ngfrz, opt2->ngfrz)); i++)
 620     {
 621         cmp_ivec(fp, "inputrec->grpopts.nFreeze", i, opt1->nFreeze[i], opt2->nFreeze[i]);
 622     }
 623 }
 624
 625 static void cmp_cosines(FILE *fp, const char *s, t_cosines c1[DIM], t_cosines c2[DIM], real ftol, real abstol)
 626 {
 627     int  i, m;
 628     char buf[256];
 629
 630     for (m = 0; (m < DIM); m++)
 631     {
 632         sprintf(buf, "inputrec->%s[%d]", s, m);
 633         cmp_int(fp, buf, 0, c1->n, c2->n);
 634         for (i = 0; (i < min(c1->n, c2->n)); i++)
 635         {
 636             cmp_real(fp, buf, i, c1->a[i], c2->a[i], ftol, abstol);
 637             cmp_real(fp, buf, i, c1->phi[i], c2->phi[i], ftol, abstol);
 638         }
 639     }
 640 }
 641 static void cmp_adress(FILE *fp, t_adress *ad1, t_adress *ad2,
 642                        real ftol, real abstol)
 643 {
 644     cmp_int(fp, "ir->adress->type", -1, ad1->type, ad2->type);
 645     cmp_real(fp, "ir->adress->const_wf", -1, ad1->const_wf, ad2->const_wf, ftol, abstol);
 646     cmp_real(fp, "ir->adress->ex_width", -1, ad1->ex_width, ad2->ex_width, ftol, abstol);
 647     cmp_real(fp, "ir->adress->hy_width", -1, ad1->hy_width, ad2->hy_width, ftol, abstol);
 648     cmp_int(fp, "ir->adress->icor", -1, ad1->icor, ad2->icor);
 649     cmp_int(fp, "ir->adress->site", -1, ad1->site, ad2->site);
 650     cmp_rvec(fp, "ir->adress->refs", -1, ad1->refs, ad2->refs, ftol, abstol);
 651     cmp_real(fp, "ir->adress->ex_forcecap", -1, ad1->ex_forcecap, ad2->ex_forcecap, ftol, abstol);
 652 }
 653
 654 static void cmp_pull(FILE *fp)
 655 {
 656     fprintf(fp, "WARNING: Both files use COM pulling, but comparing of the pull struct is not implemented (yet). The pull parameters could be the same or different.\n");
 657 }
 658
 659 static void cmp_simtempvals(FILE *fp, t_simtemp *simtemp1, t_simtemp *simtemp2, int n_lambda, real ftol, real abstol)
 660 {
 661     int i;
 662     cmp_int(fp, "inputrec->simtempvals->eSimTempScale", -1, simtemp1->eSimTempScale, simtemp2->eSimTempScale);
 663     cmp_real(fp, "inputrec->simtempvals->simtemp_high", -1, simtemp1->simtemp_high, simtemp2->simtemp_high, ftol, abstol);
 664     cmp_real(fp, "inputrec->simtempvals->simtemp_low", -1, simtemp1->simtemp_low, simtemp2->simtemp_low, ftol, abstol);
 665     for (i = 0; i < n_lambda; i++)
 666     {
 667         cmp_real(fp, "inputrec->simtempvals->temperatures", -1, simtemp1->temperatures[i], simtemp2->temperatures[i], ftol, abstol);
 668     }
 669 }
 670
 671 static void cmp_expandedvals(FILE *fp, t_expanded *expand1, t_expanded *expand2, int n_lambda, real ftol, real abstol)
 672 {
 673     int i;
 674
 675     cmp_bool(fp, "inputrec->fepvals->bInit_weights", -1, expand1->bInit_weights, expand2->bInit_weights);
 676     cmp_bool(fp, "inputrec->fepvals->bWLoneovert", -1, expand1->bWLoneovert, expand2->bWLoneovert);
 677
 678     for (i = 0; i < n_lambda; i++)
 679     {
 680         cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->init_lambda_weights", -1,
 681                  expand1->init_lambda_weights[i], expand2->init_lambda_weights[i], ftol, abstol);
 682     }
 683
 684     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lambda-stats", -1, expand1->elamstats, expand2->elamstats);
 685     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lambda-mc-move", -1, expand1->elmcmove, expand2->elmcmove);
 686     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lmc-repeats", -1, expand1->lmc_repeats, expand2->lmc_repeats);
 687     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lmc-gibbsdelta", -1, expand1->gibbsdeltalam, expand2->gibbsdeltalam);
 688     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lmc-forced-nstart", -1, expand1->lmc_forced_nstart, expand2->lmc_forced_nstart);
 689     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lambda-weights-equil", -1, expand1->elmceq, expand2->elmceq);
 690     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->,weight-equil-number-all-lambda", -1, expand1->equil_n_at_lam, expand2->equil_n_at_lam);
 691     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->weight-equil-number-samples", -1, expand1->equil_samples, expand2->equil_samples);
 692     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->weight-equil-number-steps", -1, expand1->equil_steps, expand2->equil_steps);
 693     cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->weight-equil-wl-delta", -1, expand1->equil_wl_delta, expand2->equil_wl_delta, ftol, abstol);
 694     cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->weight-equil-count-ratio", -1, expand1->equil_ratio, expand2->equil_ratio, ftol, abstol);
 695     cmp_bool(fp, "inputrec->expandedvals->symmetrized-transition-matrix", -1, expand1->bSymmetrizedTMatrix, expand2->bSymmetrizedTMatrix);
 696     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->nstTij", -1, expand1->nstTij, expand2->nstTij);
 697     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->mininum-var-min", -1, expand1->minvarmin, expand2->minvarmin); /*default is reasonable */
 698     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->weight-c-range", -1, expand1->c_range, expand2->c_range);      /* default is just C=0 */
 699     cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->wl-scale", -1, expand1->wl_scale, expand2->wl_scale, ftol, abstol);
 700     cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->init-wl-delta", -1, expand1->init_wl_delta, expand2->init_wl_delta, ftol, abstol);
 701     cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->wl-ratio", -1, expand1->wl_ratio, expand2->wl_ratio, ftol, abstol);
 702     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->nstexpanded", -1, expand1->nstexpanded, expand2->nstexpanded);
 703     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lmc-seed", -1, expand1->lmc_seed, expand2->lmc_seed);
 704     cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->mc-temperature", -1, expand1->mc_temp, expand2->mc_temp, ftol, abstol);
 705 }
 706
 707 static void cmp_fepvals(FILE *fp, t_lambda *fep1, t_lambda *fep2, real ftol, real abstol)
 708 {
 709     int i, j;
 710     cmp_int(fp, "inputrec->nstdhdl", -1, fep1->nstdhdl, fep2->nstdhdl);
 711     cmp_double(fp, "inputrec->fepvals->init_fep_state", -1, fep1->init_fep_state, fep2->init_fep_state, ftol, abstol);
 712     cmp_double(fp, "inputrec->fepvals->delta_lambda", -1, fep1->delta_lambda, fep2->delta_lambda, ftol, abstol);
 713     cmp_int(fp, "inputrec->fepvals->n_lambda", -1, fep1->n_lambda, fep2->n_lambda);
 714     for (i = 0; i < efptNR; i++)
 715     {
 716         for (j = 0; j < min(fep1->n_lambda, fep2->n_lambda); j++)
 717         {
 718             cmp_double(fp, "inputrec->fepvals->all_lambda", -1, fep1->all_lambda[i][j], fep2->all_lambda[i][j], ftol, abstol);
 719         }
 720     }
 721     cmp_int(fp, "inputrec->fepvals->lambda_neighbors", 1, fep1->lambda_neighbors,
 722             fep2->lambda_neighbors);
 723     cmp_real(fp, "inputrec->fepvals->sc_alpha", -1, fep1->sc_alpha, fep2->sc_alpha, ftol, abstol);
 724     cmp_int(fp, "inputrec->fepvals->sc_power", -1, fep1->sc_power, fep2->sc_power);
 725     cmp_real(fp, "inputrec->fepvals->sc_r_power", -1, fep1->sc_r_power, fep2->sc_r_power, ftol, abstol);
 726     cmp_real(fp, "inputrec->fepvals->sc_sigma", -1, fep1->sc_sigma, fep2->sc_sigma, ftol, abstol);
 727     cmp_bool(fp, "inputrec->fepvals->bPrintEnergy", -1, fep1->bPrintEnergy, fep1->bPrintEnergy);
 728     cmp_bool(fp, "inputrec->fepvals->bScCoul", -1, fep1->bScCoul, fep1->bScCoul);
 729     cmp_int(fp, "inputrec->separate_dhdl_file", -1, fep1->separate_dhdl_file, fep2->separate_dhdl_file);
 730     cmp_int(fp, "inputrec->dhdl_derivatives", -1, fep1->dhdl_derivatives, fep2->dhdl_derivatives);
 731     cmp_int(fp, "inputrec->dh_hist_size", -1, fep1->dh_hist_size, fep2->dh_hist_size);
 732     cmp_double(fp, "inputrec->dh_hist_spacing", -1, fep1->dh_hist_spacing, fep2->dh_hist_spacing, ftol, abstol);
 733 }
 734
 735 static void cmp_inputrec(FILE *fp, t_inputrec *ir1, t_inputrec *ir2, real ftol, real abstol)
 736 {
 737     fprintf(fp, "comparing inputrec\n");
 738
 739     /* gcc 2.96 doesnt like these defines at all, but issues a huge list
 740      * of warnings. Maybe it will change in future versions, but for the
 741      * moment I've spelled them out instead. /EL 000820
 742      * #define CIB(s) cmp_int(fp,"inputrec->"#s,0,ir1->##s,ir2->##s)
 743      * #define CII(s) cmp_int(fp,"inputrec->"#s,0,ir1->##s,ir2->##s)
 744      * #define CIR(s) cmp_real(fp,"inputrec->"#s,0,ir1->##s,ir2->##s,ftol)
 745      */
 746     cmp_int(fp, "inputrec->eI", -1, ir1->eI, ir2->eI);
 747     cmp_int64(fp, "inputrec->nsteps", ir1->nsteps, ir2->nsteps);
 748     cmp_int64(fp, "inputrec->init_step", ir1->init_step, ir2->init_step);
 749     cmp_int(fp, "inputrec->simulation_part", -1, ir1->simulation_part, ir2->simulation_part);
 750     cmp_int(fp, "inputrec->ePBC", -1, ir1->ePBC, ir2->ePBC);
 751     cmp_int(fp, "inputrec->bPeriodicMols", -1, ir1->bPeriodicMols, ir2->bPeriodicMols);
 752     cmp_int(fp, "inputrec->cutoff_scheme", -1, ir1->cutoff_scheme, ir2->cutoff_scheme);
 753     cmp_int(fp, "inputrec->ns_type", -1, ir1->ns_type, ir2->ns_type);
 754     cmp_int(fp, "inputrec->nstlist", -1, ir1->nstlist, ir2->nstlist);
 755     cmp_int(fp, "inputrec->ndelta", -1, ir1->ndelta, ir2->ndelta);
 756     cmp_int(fp, "inputrec->nstcomm", -1, ir1->nstcomm, ir2->nstcomm);
 757     cmp_int(fp, "inputrec->comm_mode", -1, ir1->comm_mode, ir2->comm_mode);
 758     cmp_int(fp, "inputrec->nstcheckpoint", -1, ir1->nstcheckpoint, ir2->nstcheckpoint);
 759     cmp_int(fp, "inputrec->nstlog", -1, ir1->nstlog, ir2->nstlog);
 760     cmp_int(fp, "inputrec->nstxout", -1, ir1->nstxout, ir2->nstxout);
 761     cmp_int(fp, "inputrec->nstvout", -1, ir1->nstvout, ir2->nstvout);
 762     cmp_int(fp, "inputrec->nstfout", -1, ir1->nstfout, ir2->nstfout);
 763     cmp_int(fp, "inputrec->nstcalcenergy", -1, ir1->nstcalcenergy, ir2->nstcalcenergy);
 764     cmp_int(fp, "inputrec->nstenergy", -1, ir1->nstenergy, ir2->nstenergy);
 765     cmp_int(fp, "inputrec->nstxout_compressed", -1, ir1->nstxout_compressed, ir2->nstxout_compressed);
 766     cmp_double(fp, "inputrec->init_t", -1, ir1->init_t, ir2->init_t, ftol, abstol);
 767     cmp_double(fp, "inputrec->delta_t", -1, ir1->delta_t, ir2->delta_t, ftol, abstol);
 768     cmp_real(fp, "inputrec->x_compression_precision", -1, ir1->x_compression_precision, ir2->x_compression_precision, ftol, abstol);
 769     cmp_real(fp, "inputrec->fourierspacing", -1, ir1->fourier_spacing, ir2->fourier_spacing, ftol, abstol);
 770     cmp_int(fp, "inputrec->nkx", -1, ir1->nkx, ir2->nkx);
 771     cmp_int(fp, "inputrec->nky", -1, ir1->nky, ir2->nky);
 772     cmp_int(fp, "inputrec->nkz", -1, ir1->nkz, ir2->nkz);
 773     cmp_int(fp, "inputrec->pme_order", -1, ir1->pme_order, ir2->pme_order);
 774     cmp_real(fp, "inputrec->ewald_rtol", -1, ir1->ewald_rtol, ir2->ewald_rtol, ftol, abstol);
 775     cmp_int(fp, "inputrec->ewald_geometry", -1, ir1->ewald_geometry, ir2->ewald_geometry);
 776     cmp_real(fp, "inputrec->epsilon_surface", -1, ir1->epsilon_surface, ir2->epsilon_surface, ftol, abstol);
 777     cmp_int(fp, "inputrec->bOptFFT", -1, ir1->bOptFFT, ir2->bOptFFT);
 778     cmp_int(fp, "inputrec->bContinuation", -1, ir1->bContinuation, ir2->bContinuation);
 779     cmp_int(fp, "inputrec->bShakeSOR", -1, ir1->bShakeSOR, ir2->bShakeSOR);
 780     cmp_int(fp, "inputrec->etc", -1, ir1->etc, ir2->etc);
 781     cmp_int(fp, "inputrec->bPrintNHChains", -1, ir1->bPrintNHChains, ir2->bPrintNHChains);
 782     cmp_int(fp, "inputrec->epc", -1, ir1->epc, ir2->epc);
 783     cmp_int(fp, "inputrec->epct", -1, ir1->epct, ir2->epct);
 784     cmp_real(fp, "inputrec->tau_p", -1, ir1->tau_p, ir2->tau_p, ftol, abstol);
 785     cmp_rvec(fp, "inputrec->ref_p(x)", -1, ir1->ref_p[XX], ir2->ref_p[XX], ftol, abstol);
 786     cmp_rvec(fp, "inputrec->ref_p(y)", -1, ir1->ref_p[YY], ir2->ref_p[YY], ftol, abstol);
 787     cmp_rvec(fp, "inputrec->ref_p(z)", -1, ir1->ref_p[ZZ], ir2->ref_p[ZZ], ftol, abstol);
 788     cmp_rvec(fp, "inputrec->compress(x)", -1, ir1->compress[XX], ir2->compress[XX], ftol, abstol);
 789     cmp_rvec(fp, "inputrec->compress(y)", -1, ir1->compress[YY], ir2->compress[YY], ftol, abstol);
 790     cmp_rvec(fp, "inputrec->compress(z)", -1, ir1->compress[ZZ], ir2->compress[ZZ], ftol, abstol);
 791     cmp_int(fp, "refcoord_scaling", -1, ir1->refcoord_scaling, ir2->refcoord_scaling);
 792     cmp_rvec(fp, "inputrec->posres_com", -1, ir1->posres_com, ir2->posres_com, ftol, abstol);
 793     cmp_rvec(fp, "inputrec->posres_comB", -1, ir1->posres_comB, ir2->posres_comB, ftol, abstol);
 794     cmp_real(fp, "inputrec->verletbuf_tol", -1, ir1->verletbuf_tol, ir2->verletbuf_tol, ftol, abstol);
 795     cmp_real(fp, "inputrec->rlist", -1, ir1->rlist, ir2->rlist, ftol, abstol);
 796     cmp_real(fp, "inputrec->rlistlong", -1, ir1->rlistlong, ir2->rlistlong, ftol, abstol);
 797     cmp_int(fp, "inputrec->nstcalclr", -1, ir1->nstcalclr, ir2->nstcalclr);
 798     cmp_real(fp, "inputrec->rtpi", -1, ir1->rtpi, ir2->rtpi, ftol, abstol);
 799     cmp_int(fp, "inputrec->coulombtype", -1, ir1->coulombtype, ir2->coulombtype);
 800     cmp_int(fp, "inputrec->coulomb_modifier", -1, ir1->coulomb_modifier, ir2->coulomb_modifier);
 801     cmp_real(fp, "inputrec->rcoulomb_switch", -1, ir1->rcoulomb_switch, ir2->rcoulomb_switch, ftol, abstol);
 802     cmp_real(fp, "inputrec->rcoulomb", -1, ir1->rcoulomb, ir2->rcoulomb, ftol, abstol);
 803     cmp_int(fp, "inputrec->vdwtype", -1, ir1->vdwtype, ir2->vdwtype);
 804     cmp_int(fp, "inputrec->vdw_modifier", -1, ir1->vdw_modifier, ir2->vdw_modifier);  cmp_real(fp, "inputrec->rvdw_switch", -1, ir1->rvdw_switch, ir2->rvdw_switch, ftol, abstol);
 805     cmp_real(fp, "inputrec->rvdw", -1, ir1->rvdw, ir2->rvdw, ftol, abstol);
 806     cmp_real(fp, "inputrec->epsilon_r", -1, ir1->epsilon_r, ir2->epsilon_r, ftol, abstol);
 807     cmp_real(fp, "inputrec->epsilon_rf", -1, ir1->epsilon_rf, ir2->epsilon_rf, ftol, abstol);
 808     cmp_real(fp, "inputrec->tabext", -1, ir1->tabext, ir2->tabext, ftol, abstol);
 809     cmp_int(fp, "inputrec->implicit_solvent", -1, ir1->implicit_solvent, ir2->implicit_solvent);
 810     cmp_int(fp, "inputrec->gb_algorithm", -1, ir1->gb_algorithm, ir2->gb_algorithm);
 811     cmp_int(fp, "inputrec->nstgbradii", -1, ir1->nstgbradii, ir2->nstgbradii);
 812     cmp_real(fp, "inputrec->rgbradii", -1, ir1->rgbradii, ir2->rgbradii, ftol, abstol);
 813     cmp_real(fp, "inputrec->gb_saltconc", -1, ir1->gb_saltconc, ir2->gb_saltconc, ftol, abstol);
 814     cmp_real(fp, "inputrec->gb_epsilon_solvent", -1, ir1->gb_epsilon_solvent, ir2->gb_epsilon_solvent, ftol, abstol);
 815     cmp_real(fp, "inputrec->gb_obc_alpha", -1, ir1->gb_obc_alpha, ir2->gb_obc_alpha, ftol, abstol);
 816     cmp_real(fp, "inputrec->gb_obc_beta", -1, ir1->gb_obc_beta, ir2->gb_obc_beta, ftol, abstol);
 817     cmp_real(fp, "inputrec->gb_obc_gamma", -1, ir1->gb_obc_gamma, ir2->gb_obc_gamma, ftol, abstol);
 818     cmp_real(fp, "inputrec->gb_dielectric_offset", -1, ir1->gb_dielectric_offset, ir2->gb_dielectric_offset, ftol, abstol);
 819     cmp_int(fp, "inputrec->sa_algorithm", -1, ir1->sa_algorithm, ir2->sa_algorithm);
 820     cmp_real(fp, "inputrec->sa_surface_tension", -1, ir1->sa_surface_tension, ir2->sa_surface_tension, ftol, abstol);
 821
 822     cmp_int(fp, "inputrec->eDispCorr", -1, ir1->eDispCorr, ir2->eDispCorr);
 823     cmp_real(fp, "inputrec->shake_tol", -1, ir1->shake_tol, ir2->shake_tol, ftol, abstol);
 824     cmp_int(fp, "inputrec->efep", -1, ir1->efep, ir2->efep);
 825     cmp_fepvals(fp, ir1->fepvals, ir2->fepvals, ftol, abstol);
 826     cmp_int(fp, "inputrec->bSimTemp", -1, ir1->bSimTemp, ir2->bSimTemp);
 827     if ((ir1->bSimTemp == ir2->bSimTemp) && (ir1->bSimTemp))
 828     {
 829         cmp_simtempvals(fp, ir1->simtempvals, ir2->simtempvals, min(ir1->fepvals->n_lambda, ir2->fepvals->n_lambda), ftol, abstol);
 830     }
 831     cmp_int(fp, "inputrec->bExpanded", -1, ir1->bExpanded, ir2->bExpanded);
 832     if ((ir1->bExpanded == ir2->bExpanded) && (ir1->bExpanded))
 833     {
 834         cmp_expandedvals(fp, ir1->expandedvals, ir2->expandedvals, min(ir1->fepvals->n_lambda, ir2->fepvals->n_lambda), ftol, abstol);
 835     }
 836     cmp_int(fp, "inputrec->nwall", -1, ir1->nwall, ir2->nwall);
 837     cmp_int(fp, "inputrec->wall_type", -1, ir1->wall_type, ir2->wall_type);
 838     cmp_int(fp, "inputrec->wall_atomtype[0]", -1, ir1->wall_atomtype[0], ir2->wall_atomtype[0]);
 839     cmp_int(fp, "inputrec->wall_atomtype[1]", -1, ir1->wall_atomtype[1], ir2->wall_atomtype[1]);
 840     cmp_real(fp, "inputrec->wall_density[0]", -1, ir1->wall_density[0], ir2->wall_density[0], ftol, abstol);
 841     cmp_real(fp, "inputrec->wall_density[1]", -1, ir1->wall_density[1], ir2->wall_density[1], ftol, abstol);
 842     cmp_real(fp, "inputrec->wall_ewald_zfac", -1, ir1->wall_ewald_zfac, ir2->wall_ewald_zfac, ftol, abstol);
 843
 844     cmp_int(fp, "inputrec->ePull", -1, ir1->ePull, ir2->ePull);
 845     if (ir1->ePull == ir2->ePull && ir1->ePull != epullNO)
 846     {
 847         cmp_pull(fp);
 848     }
 849
 850     cmp_int(fp, "inputrec->eDisre", -1, ir1->eDisre, ir2->eDisre);
 851     cmp_real(fp, "inputrec->dr_fc", -1, ir1->dr_fc, ir2->dr_fc, ftol, abstol);
 852     cmp_int(fp, "inputrec->eDisreWeighting", -1, ir1->eDisreWeighting, ir2->eDisreWeighting);
 853     cmp_int(fp, "inputrec->bDisreMixed", -1, ir1->bDisreMixed, ir2->bDisreMixed);
 854     cmp_int(fp, "inputrec->nstdisreout", -1, ir1->nstdisreout, ir2->nstdisreout);
 855     cmp_real(fp, "inputrec->dr_tau", -1, ir1->dr_tau, ir2->dr_tau, ftol, abstol);
 856     cmp_real(fp, "inputrec->orires_fc", -1, ir1->orires_fc, ir2->orires_fc, ftol, abstol);
 857     cmp_real(fp, "inputrec->orires_tau", -1, ir1->orires_tau, ir2->orires_tau, ftol, abstol);
 858     cmp_int(fp, "inputrec->nstorireout", -1, ir1->nstorireout, ir2->nstorireout);
 859     cmp_real(fp, "inputrec->dihre_fc", -1, ir1->dihre_fc, ir2->dihre_fc, ftol, abstol);
 860     cmp_real(fp, "inputrec->em_stepsize", -1, ir1->em_stepsize, ir2->em_stepsize, ftol, abstol);
 861     cmp_real(fp, "inputrec->em_tol", -1, ir1->em_tol, ir2->em_tol, ftol, abstol);
 862     cmp_int(fp, "inputrec->niter", -1, ir1->niter, ir2->niter);
 863     cmp_real(fp, "inputrec->fc_stepsize", -1, ir1->fc_stepsize, ir2->fc_stepsize, ftol, abstol);
 864     cmp_int(fp, "inputrec->nstcgsteep", -1, ir1->nstcgsteep, ir2->nstcgsteep);
 865     cmp_int(fp, "inputrec->nbfgscorr", 0, ir1->nbfgscorr, ir2->nbfgscorr);
 866     cmp_int(fp, "inputrec->eConstrAlg", -1, ir1->eConstrAlg, ir2->eConstrAlg);
 867     cmp_int(fp, "inputrec->nProjOrder", -1, ir1->nProjOrder, ir2->nProjOrder);
 868     cmp_real(fp, "inputrec->LincsWarnAngle", -1, ir1->LincsWarnAngle, ir2->LincsWarnAngle, ftol, abstol);
 869     cmp_int(fp, "inputrec->nLincsIter", -1, ir1->nLincsIter, ir2->nLincsIter);
 870     cmp_real(fp, "inputrec->bd_fric", -1, ir1->bd_fric, ir2->bd_fric, ftol, abstol);
 871     cmp_int64(fp, "inputrec->ld_seed", ir1->ld_seed, ir2->ld_seed);
 872     cmp_real(fp, "inputrec->cos_accel", -1, ir1->cos_accel, ir2->cos_accel, ftol, abstol);
 873     cmp_rvec(fp, "inputrec->deform(a)", -1, ir1->deform[XX], ir2->deform[XX], ftol, abstol);
 874     cmp_rvec(fp, "inputrec->deform(b)", -1, ir1->deform[YY], ir2->deform[YY], ftol, abstol);
 875     cmp_rvec(fp, "inputrec->deform(c)", -1, ir1->deform[ZZ], ir2->deform[ZZ], ftol, abstol);
 876
 877
 878     cmp_bool(fp, "ir->bAdress->type", -1, ir1->bAdress, ir2->bAdress);
 879     if (ir1->bAdress && ir2->bAdress)
 880     {
 881         cmp_adress(fp, ir1->adress, ir2->adress, ftol, abstol);
 882     }
 883
 884     cmp_int(fp, "inputrec->userint1", -1, ir1->userint1, ir2->userint1);
 885     cmp_int(fp, "inputrec->userint2", -1, ir1->userint2, ir2->userint2);
 886     cmp_int(fp, "inputrec->userint3", -1, ir1->userint3, ir2->userint3);
 887     cmp_int(fp, "inputrec->userint4", -1, ir1->userint4, ir2->userint4);
 888     cmp_real(fp, "inputrec->userreal1", -1, ir1->userreal1, ir2->userreal1, ftol, abstol);
 889     cmp_real(fp, "inputrec->userreal2", -1, ir1->userreal2, ir2->userreal2, ftol, abstol);
 890     cmp_real(fp, "inputrec->userreal3", -1, ir1->userreal3, ir2->userreal3, ftol, abstol);
 891     cmp_real(fp, "inputrec->userreal4", -1, ir1->userreal4, ir2->userreal4, ftol, abstol);
 892     cmp_grpopts(fp, &(ir1->opts), &(ir2->opts), ftol, abstol);
 893     cmp_cosines(fp, "ex", ir1->ex, ir2->ex, ftol, abstol);
 894     cmp_cosines(fp, "et", ir1->et, ir2->et, ftol, abstol);
 895 }
 896
 897 static void comp_pull_AB(FILE *fp, t_pull *pull, real ftol, real abstol)
 898 {
 899     int i;
 900
 901     for (i = 0; i < pull->ncoord; i++)
 902     {
 903         fprintf(fp, "comparing pull coord %d\n", i);
 904         cmp_real(fp, "pull-coord->k", -1, pull->coord[i].k, pull->coord[i].kB, ftol, abstol);
 905     }
 906 }
 907
 908 static void comp_state(t_state *st1, t_state *st2,
 909                        gmx_bool bRMSD, real ftol, real abstol)
 910 {
 911     int i, j, nc;
 912
 913     fprintf(stdout, "comparing flags\n");
 914     cmp_int(stdout, "flags", -1, st1->flags, st2->flags);
 915     fprintf(stdout, "comparing box\n");
 916     cmp_rvecs(stdout, "box", DIM, st1->box, st2->box, FALSE, ftol, abstol);
 917     fprintf(stdout, "comparing box_rel\n");
 918     cmp_rvecs(stdout, "box_rel", DIM, st1->box_rel, st2->box_rel, FALSE, ftol, abstol);
 919     fprintf(stdout, "comparing boxv\n");
 920     cmp_rvecs(stdout, "boxv", DIM, st1->boxv, st2->boxv, FALSE, ftol, abstol);
 921     if (st1->flags & (1<<estSVIR_PREV))
 922     {
 923         fprintf(stdout, "comparing shake vir_prev\n");
 924         cmp_rvecs_rmstol(stdout, "svir_prev", DIM, st1->svir_prev, st2->svir_prev, ftol, abstol);
 925     }
 926     if (st1->flags & (1<<estFVIR_PREV))
 927     {
 928         fprintf(stdout, "comparing force vir_prev\n");
 929         cmp_rvecs_rmstol(stdout, "fvir_prev", DIM, st1->fvir_prev, st2->fvir_prev, ftol, abstol);
 930     }
 931     if (st1->flags & (1<<estPRES_PREV))
 932     {
 933         fprintf(stdout, "comparing prev_pres\n");
 934         cmp_rvecs_rmstol(stdout, "pres_prev", DIM, st1->pres_prev, st2->pres_prev, ftol, abstol);
 935     }
 936     cmp_int(stdout, "ngtc", -1, st1->ngtc, st2->ngtc);
 937     cmp_int(stdout, "nhchainlength", -1, st1->nhchainlength, st2->nhchainlength);
 938     if (st1->ngtc == st2->ngtc && st1->nhchainlength == st2->nhchainlength)
 939     {
 940         for (i = 0; i < st1->ngtc; i++)
 941         {
 942             nc = i*st1->nhchainlength;
 943             for (j = 0; j < nc; j++)
 944             {
 945                 cmp_real(stdout, "nosehoover_xi",
 946                          i, st1->nosehoover_xi[nc+j], st2->nosehoover_xi[nc+j], ftol, abstol);
 947             }
 948         }
 949     }
 950     cmp_int(stdout, "nnhpres", -1, st1->nnhpres, st2->nnhpres);
 951     if (st1->nnhpres == st2->nnhpres && st1->nhchainlength == st2->nhchainlength)
 952     {
 953         for (i = 0; i < st1->nnhpres; i++)
 954         {
 955             nc = i*st1->nhchainlength;
 956             for (j = 0; j < nc; j++)
 957             {
 958                 cmp_real(stdout, "nosehoover_xi",
 959                          i, st1->nhpres_xi[nc+j], st2->nhpres_xi[nc+j], ftol, abstol);
 960             }
 961         }
 962     }
 963
 964     cmp_int(stdout, "natoms", -1, st1->natoms, st2->natoms);
 965     if (st1->natoms == st2->natoms)
 966     {
 967         if ((st1->flags & (1<<estX)) && (st2->flags & (1<<estX)))
 968         {
 969             fprintf(stdout, "comparing x\n");
 970             cmp_rvecs(stdout, "x", st1->natoms, st1->x, st2->x, bRMSD, ftol, abstol);
 971         }
 972         if ((st1->flags & (1<<estV)) && (st2->flags & (1<<estV)))
 973         {
 974             fprintf(stdout, "comparing v\n");
 975             cmp_rvecs(stdout, "v", st1->natoms, st1->v, st2->v, bRMSD, ftol, abstol);
 976         }
 977     }
 978 }
 979
 980 void comp_tpx(const char *fn1, const char *fn2,
 981               gmx_bool bRMSD, real ftol, real abstol)
 982 {
 983     const char  *ff[2];
 984     t_tpxheader  sh[2];
 985     t_inputrec   ir[2];
 986     t_state      state[2];
 987     gmx_mtop_t   mtop[2];
 988     t_topology   top[2];
 989     int          i;
 990
 991     ff[0] = fn1;
 992     ff[1] = fn2;
 993     for (i = 0; i < (fn2 ? 2 : 1); i++)
 994     {
 995         read_tpx_state(ff[i], &(ir[i]), &state[i], NULL, &(mtop[i]));
 996     }
 997     if (fn2)
 998     {
 999         cmp_inputrec(stdout, &ir[0], &ir[1], ftol, abstol);
1000         /* Convert gmx_mtop_t to t_topology.
1001          * We should implement direct mtop comparison,
1002          * but it might be useful to keep t_topology comparison as an option.
1003          */
1004         top[0] = gmx_mtop_t_to_t_topology(&mtop[0]);
1005         top[1] = gmx_mtop_t_to_t_topology(&mtop[1]);
1006         cmp_top(stdout, &top[0], &top[1], ftol, abstol);
1007         cmp_groups(stdout, &mtop[0].groups, &mtop[1].groups,
1008                    mtop[0].natoms, mtop[1].natoms);
1009         comp_state(&state[0], &state[1], bRMSD, ftol, abstol);
1010     }
1011     else
1012     {
1013         if (ir[0].efep == efepNO)
1014         {
1015             fprintf(stdout, "inputrec->efep = %s\n", efep_names[ir[0].efep]);
1016         }
1017         else
1018         {
1019             if (ir[0].ePull != epullNO)
1020             {
1021                 comp_pull_AB(stdout, ir->pull, ftol, abstol);
1022             }
1023             /* Convert gmx_mtop_t to t_topology.
1024              * We should implement direct mtop comparison,
1025              * but it might be useful to keep t_topology comparison as an option.
1026              */
1027             top[0] = gmx_mtop_t_to_t_topology(&mtop[0]);
1028             cmp_top(stdout, &top[0], NULL, ftol, abstol);
1029         }
1030     }
1031 }
1032
1033 void comp_frame(FILE *fp, t_trxframe *fr1, t_trxframe *fr2,
1034                 gmx_bool bRMSD, real ftol, real abstol)
1035 {
1036     fprintf(fp, "\n");
1037     cmp_int(fp, "flags", -1, fr1->flags, fr2->flags);
1038     cmp_int(fp, "not_ok", -1, fr1->not_ok, fr2->not_ok);
1039     cmp_int(fp, "natoms", -1, fr1->natoms, fr2->natoms);
1040     cmp_real(fp, "t0", -1, fr1->t0, fr2->t0, ftol, abstol);
1041     if (cmp_bool(fp, "bTitle", -1, fr1->bTitle, fr2->bTitle))
1042     {
1043         cmp_str(fp, "title", -1, fr1->title, fr2->title);
1044     }
1045     if (cmp_bool(fp, "bStep", -1, fr1->bStep, fr2->bStep))
1046     {
1047         cmp_int(fp, "step", -1, fr1->step, fr2->step);
1048     }
1049     cmp_int(fp, "step", -1, fr1->step, fr2->step);
1050     if (cmp_bool(fp, "bTime", -1, fr1->bTime, fr2->bTime))
1051     {
1052         cmp_real(fp, "time", -1, fr1->time, fr2->time, ftol, abstol);
1053     }
1054     if (cmp_bool(fp, "bLambda", -1, fr1->bLambda, fr2->bLambda))
1055     {
1056         cmp_real(fp, "lambda", -1, fr1->lambda, fr2->lambda, ftol, abstol);
1057     }
1058     if (cmp_bool(fp, "bAtoms", -1, fr1->bAtoms, fr2->bAtoms))
1059     {
1060         cmp_atoms(fp, fr1->atoms, fr2->atoms, ftol, abstol);
1061     }
1062     if (cmp_bool(fp, "bPrec", -1, fr1->bPrec, fr2->bPrec))
1063     {
1064         cmp_real(fp, "prec", -1, fr1->prec, fr2->prec, ftol, abstol);
1065     }
1066     if (cmp_bool(fp, "bX", -1, fr1->bX, fr2->bX))
1067     {
1068         cmp_rvecs(fp, "x", min(fr1->natoms, fr2->natoms), fr1->x, fr2->x, bRMSD, ftol, abstol);
1069     }
1070     if (cmp_bool(fp, "bV", -1, fr1->bV, fr2->bV))
1071     {
1072         cmp_rvecs(fp, "v", min(fr1->natoms, fr2->natoms), fr1->v, fr2->v, bRMSD, ftol, abstol);
1073     }
1074     if (cmp_bool(fp, "bF", -1, fr1->bF, fr2->bF))
1075     {
1076         cmp_rvecs_rmstol(fp, "f", min(fr1->natoms, fr2->natoms), fr1->f, fr2->f, ftol, abstol);
1077     }
1078     if (cmp_bool(fp, "bBox", -1, fr1->bBox, fr2->bBox))
1079     {
1080         cmp_rvecs(fp, "box", 3, fr1->box, fr2->box, FALSE, ftol, abstol);
1081     }
1082 }
1083
1084 void comp_trx(const output_env_t oenv, const char *fn1, const char *fn2,
1085               gmx_bool bRMSD, real ftol, real abstol)
1086 {
1087     int          i;
1088     const char  *fn[2];
1089     t_trxframe   fr[2];
1090     t_trxstatus *status[2];
1091     gmx_bool     b[2];
1092
1093     fn[0] = fn1;
1094     fn[1] = fn2;
1095     fprintf(stderr, "Comparing trajectory files %s and %s\n", fn1, fn2);
1096     for (i = 0; i < 2; i++)
1097     {
1098         b[i] = read_first_frame(oenv, &status[i], fn[i], &fr[i], TRX_READ_X|TRX_READ_V|TRX_READ_F);
1099     }
1100
1101     if (b[0] && b[1])
1102     {
1103         do
1104         {
1105             comp_frame(stdout, &(fr[0]), &(fr[1]), bRMSD, ftol, abstol);
1106
1107             for (i = 0; i < 2; i++)
1108             {
1109                 b[i] = read_next_frame(oenv, status[i], &fr[i]);
1110             }
1111         }
1112         while (b[0] && b[1]);
1113
1114         for (i = 0; i < 2; i++)
1115         {
1116             if (b[i] && !b[1-i])
1117             {
1118                 fprintf(stdout, "\nEnd of file on %s but not on %s\n", fn[1-i], fn[i]);
1119             }
1120             close_trj(status[i]);
1121         }
1122     }
1123     if (!b[0] && !b[1])
1124     {
1125         fprintf(stdout, "\nBoth files read correctly\n");
1126     }
1127 }
1128
1129 static real ener_tensor_diag(int n, int *ind1, int *ind2,
1130                              gmx_enxnm_t *enm1,
1131                              int *tensi, int i,
1132                              t_energy e1[], t_energy e2[])
1133 {
1134     int  d1, d2;
1135     int  len;
1136     int  j;
1137     real prod1, prod2;
1138     int  nfound;
1139
1140     d1 = tensi[i]/DIM;
1141     d2 = tensi[i] - d1*DIM;
1142
1143     /* Find the diagonal elements d1 and d2 */
1144     len    = strlen(enm1[ind1[i]].name);
1145     prod1  = 1;
1146     prod2  = 1;
1147     nfound = 0;
1148     for (j = 0; j < n; j++)
1149     {
1150         if (tensi[j] >= 0 &&
1151             strlen(enm1[ind1[j]].name) == len &&
1152             strncmp(enm1[ind1[i]].name, enm1[ind1[j]].name, len-2) == 0 &&
1153             (tensi[j] == d1*DIM+d1 || tensi[j] == d2*DIM+d2))
1154         {
1155             prod1 *= fabs(e1[ind1[j]].e);
1156             prod2 *= fabs(e2[ind2[j]].e);
1157             nfound++;
1158         }
1159     }
1160
1161     if (nfound == 2)
1162     {
1163         return 0.5*(sqrt(prod1) + sqrt(prod2));
1164     }
1165     else
1166     {
1167         return 0;
1168     }
1169 }
1170
1171 static gmx_bool enernm_equal(const char *nm1, const char *nm2)
1172 {
1173     int len1, len2;
1174
1175     len1 = strlen(nm1);
1176     len2 = strlen(nm2);
1177
1178     /* Remove " (bar)" at the end of a name */
1179     if (len1 > 6 && strcmp(nm1+len1-6, " (bar)") == 0)
1180     {
1181         len1 -= 6;
1182     }
1183     if (len2 > 6 && strcmp(nm2+len2-6, " (bar)") == 0)
1184     {
1185         len2 -= 6;
1186     }
1187
1188     return (len1 == len2 && gmx_strncasecmp(nm1, nm2, len1) == 0);
1189 }
1190
1191 static void cmp_energies(FILE *fp, int step1, int step2,
1192                          t_energy e1[], t_energy e2[],
1193                          gmx_enxnm_t *enm1,
1194                          real ftol, real abstol,
1195                          int nre, int *ind1, int *ind2, int maxener)
1196 {
1197     int   i, ii;
1198     int  *tensi, len, d1, d2;
1199     real  ftol_i, abstol_i;
1200
1201     snew(tensi, maxener);
1202     /* Check for tensor elements ending on "-XX", "-XY", ... , "-ZZ" */
1203     for (i = 0; (i < maxener); i++)
1204     {
1205         ii       = ind1[i];
1206         tensi[i] = -1;
1207         len      = strlen(enm1[ii].name);
1208         if (len > 3 && enm1[ii].name[len-3] == '-')
1209         {
1210             d1 = enm1[ii].name[len-2] - 'X';
1211             d2 = enm1[ii].name[len-1] - 'X';
1212             if (d1 >= 0 && d1 < DIM &&
1213                 d2 >= 0 && d2 < DIM)
1214             {
1215                 tensi[i] = d1*DIM + d2;
1216             }
1217         }
1218     }
1219
1220     for (i = 0; (i < maxener); i++)
1221     {
1222         /* Check if this is an off-diagonal tensor element */
1223         if (tensi[i] >= 0 && tensi[i] != 0 && tensi[i] != 4 && tensi[i] != 8)
1224         {
1225             /* Turn on the relative tolerance check (4 is maximum relative diff.) */
1226             ftol_i = 5;
1227             /* Do the relative tolerance through an absolute tolerance times
1228              * the size of diagonal components of the tensor.
1229              */
1230             abstol_i = ftol*ener_tensor_diag(nre, ind1, ind2, enm1, tensi, i, e1, e2);
1231             if (debug)
1232             {
1233                 fprintf(debug, "tensor '%s' val %f diag %f\n",
1234                         enm1[i].name, e1[i].e, abstol_i/ftol);
1235             }
1236             if (abstol_i > 0)
1237             {
1238                 /* We found a diagonal, we need to check with the minimum tolerance */
1239                 abstol_i = min(abstol_i, abstol);
1240             }
1241             else
1242             {
1243                 /* We did not find a diagonal, ignore the relative tolerance check */
1244                 abstol_i = abstol;
1245             }
1246         }
1247         else
1248         {
1249             ftol_i   = ftol;
1250             abstol_i = abstol;
1251         }
1252         if (!equal_real(e1[ind1[i]].e, e2[ind2[i]].e, ftol_i, abstol_i))
1253         {
1254             fprintf(fp, "%-15s  step %3d:  %12g,  step %3d: %12g\n",
1255                     enm1[ind1[i]].name,
1256                     step1, e1[ind1[i]].e,
1257                     step2, e2[ind2[i]].e);
1258         }
1259     }
1260
1261     sfree(tensi);
1262 }
1263
1264 #if 0
1265 static void cmp_disres(t_enxframe *fr1, t_enxframe *fr2, real ftol, real abstol)
1266 {
1267     int  i;
1268     char bav[64], bt[64], bs[22];
1269
1270     cmp_int(stdout, "ndisre", -1, fr1->ndisre, fr2->ndisre);
1271     if ((fr1->ndisre == fr2->ndisre) && (fr1->ndisre > 0))
1272     {
1273         sprintf(bav, "step %s: disre rav", gmx_step_str(fr1->step, bs));
1274         sprintf(bt, "step %s: disre  rt", gmx_step_str(fr1->step, bs));
1275         for (i = 0; (i < fr1->ndisre); i++)
1276         {
1277             cmp_real(stdout, bav, i, fr1->disre_rm3tav[i], fr2->disre_rm3tav[i], ftol, abstol);
1278             cmp_real(stdout, bt, i, fr1->disre_rt[i], fr2->disre_rt[i], ftol, abstol);
1279         }
1280     }
1281 }
1282 #endif
1283
1284 static void cmp_eblocks(t_enxframe *fr1, t_enxframe *fr2, real ftol, real abstol)
1285 {
1286     int  i, j, k;
1287     char buf[64], bs[22];
1288
1289     cmp_int(stdout, "nblock", -1, fr1->nblock, fr2->nblock);
1290     if ((fr1->nblock == fr2->nblock) && (fr1->nblock > 0))
1291     {
1292         for (j = 0; (j < fr1->nblock); j++)
1293         {
1294             t_enxblock *b1, *b2; /* convenience vars */
1295
1296             b1 = &(fr1->block[j]);
1297             b2 = &(fr2->block[j]);
1298
1299             sprintf(buf, "step %s: block[%d]", gmx_step_str(fr1->step, bs), j);
1300             cmp_int(stdout, buf, -1, b1->nsub, b2->nsub);
1301             cmp_int(stdout, buf, -1, b1->id, b2->id);
1302
1303             if ( (b1->nsub == b2->nsub) && (b1->id == b2->id) )
1304             {
1305                 for (i = 0; i < b1->nsub; i++)
1306                 {
1307                     t_enxsubblock *s1, *s2;
1308
1309                     s1 = &(b1->sub[i]);
1310                     s2 = &(b2->sub[i]);
1311
1312                     cmp_int(stdout, buf, -1, (int)s1->type, (int)s2->type);
1313                     cmp_int64(stdout, buf, s1->nr, s2->nr);
1314
1315                     if ((s1->type == s2->type) && (s1->nr == s2->nr))
1316                     {
1317                         switch (s1->type)
1318                         {
1319                             case xdr_datatype_float:
1320                                 for (k = 0; k < s1->nr; k++)
1321                                 {
1322                                     cmp_float(stdout, buf, i,
1323                                               s1->fval[k], s2->fval[k],
1324                                               ftol, abstol);
1325                                 }
1326                                 break;
1327                             case xdr_datatype_double:
1328                                 for (k = 0; k < s1->nr; k++)
1329                                 {
1330                                     cmp_double(stdout, buf, i,
1331                                                s1->dval[k], s2->dval[k],
1332                                                ftol, abstol);
1333                                 }
1334                                 break;
1335                             case xdr_datatype_int:
1336                                 for (k = 0; k < s1->nr; k++)
1337                                 {
1338                                     cmp_int(stdout, buf, i,
1339                                             s1->ival[k], s2->ival[k]);
1340                                 }
1341                                 break;
1342                             case xdr_datatype_int64:
1343                                 for (k = 0; k < s1->nr; k++)
1344                                 {
1345                                     cmp_int64(stdout, buf,
1346                                               s1->lval[k], s2->lval[k]);
1347                                 }
1348                                 break;
1349                             case xdr_datatype_char:
1350                                 for (k = 0; k < s1->nr; k++)
1351                                 {
1352                                     cmp_uc(stdout, buf, i,
1353                                            s1->cval[k], s2->cval[k]);
1354                                 }
1355                                 break;
1356                             case xdr_datatype_string:
1357                                 for (k = 0; k < s1->nr; k++)
1358                                 {
1359                                     cmp_str(stdout, buf, i,
1360                                             s1->sval[k], s2->sval[k]);
1361                                 }
1362                                 break;
1363                             default:
1364                                 gmx_incons("Unknown data type!!");
1365                         }
1366                     }
1367                 }
1368             }
1369         }
1370     }
1371 }
1372
1373 void comp_enx(const char *fn1, const char *fn2, real ftol, real abstol, const char *lastener)
1374 {
1375     int            nre, nre1, nre2, block;
1376     ener_file_t    in1, in2;
1377     int            i, j, maxener, *ind1, *ind2, *have;
1378     char           buf[256];
1379     gmx_enxnm_t   *enm1 = NULL, *enm2 = NULL;
1380     t_enxframe    *fr1, *fr2;
1381     gmx_bool       b1, b2;
1382
1383     fprintf(stdout, "comparing energy file %s and %s\n\n", fn1, fn2);
1384
1385     in1 = open_enx(fn1, "r");
1386     in2 = open_enx(fn2, "r");
1387     do_enxnms(in1, &nre1, &enm1);
1388     do_enxnms(in2, &nre2, &enm2);
1389     if (nre1 != nre2)
1390     {
1391         fprintf(stdout, "There are %d and %d terms in the energy files\n\n",
1392                 nre1, nre2);
1393     }
1394     else
1395     {
1396         fprintf(stdout, "There are %d terms in the energy files\n\n", nre1);
1397     }
1398
1399     snew(ind1, nre1);
1400     snew(ind2, nre2);
1401     snew(have, nre2);
1402     nre = 0;
1403     for (i = 0; i < nre1; i++)
1404     {
1405         for (j = 0; j < nre2; j++)
1406         {
1407             if (enernm_equal(enm1[i].name, enm2[j].name))
1408             {
1409                 ind1[nre] = i;
1410                 ind2[nre] = j;
1411                 have[j]   = 1;
1412                 nre++;
1413                 break;
1414             }
1415         }
1416         if (nre == 0 || ind1[nre-1] != i)
1417         {
1418             cmp_str(stdout, "enm", i, enm1[i].name, "-");
1419         }
1420     }
1421     for (i = 0; i < nre2; i++)
1422     {
1423         if (have[i] == 0)
1424         {
1425             cmp_str(stdout, "enm", i, "-", enm2[i].name);
1426         }
1427     }
1428
1429     maxener = nre;
1430     for (i = 0; i < nre; i++)
1431     {
1432         if ((lastener != NULL) && (strstr(enm1[i].name, lastener) != NULL))
1433         {
1434             maxener = i+1;
1435             break;
1436         }
1437     }
1438
1439     fprintf(stdout, "There are %d terms to compare in the energy files\n\n",
1440             maxener);
1441
1442     for (i = 0; i < maxener; i++)
1443     {
1444         cmp_str(stdout, "unit", i, enm1[ind1[i]].unit, enm2[ind2[i]].unit);
1445     }
1446
1447     snew(fr1, 1);
1448     snew(fr2, 1);
1449     do
1450     {
1451         b1 = do_enx(in1, fr1);
1452         b2 = do_enx(in2, fr2);
1453         if (b1 && !b2)
1454         {
1455             fprintf(stdout, "\nEnd of file on %s but not on %s\n", fn2, fn1);
1456         }
1457         else if (!b1 && b2)
1458         {
1459             fprintf(stdout, "\nEnd of file on %s but not on %s\n", fn1, fn2);
1460         }
1461         else if (!b1 && !b2)
1462         {
1463             fprintf(stdout, "\nFiles read successfully\n");
1464         }
1465         else
1466         {
1467             cmp_real(stdout, "t", -1, fr1->t, fr2->t, ftol, abstol);
1468             cmp_int(stdout, "step", -1, fr1->step, fr2->step);
1469             /* We don't want to print the nre mismatch for every frame */
1470             /* cmp_int(stdout,"nre",-1,fr1->nre,fr2->nre); */
1471             if ((fr1->nre >= nre) && (fr2->nre >= nre))
1472             {
1473                 cmp_energies(stdout, fr1->step, fr1->step, fr1->ener, fr2->ener,
1474                              enm1, ftol, abstol, nre, ind1, ind2, maxener);
1475             }
1476             /*cmp_disres(fr1,fr2,ftol,abstol);*/
1477             cmp_eblocks(fr1, fr2, ftol, abstol);
1478         }
1479     }
1480     while (b1 && b2);
1481
1482     close_enx(in1);
1483     close_enx(in2);
1484
1485     free_enxframe(fr2);
1486     sfree(fr2);
1487     free_enxframe(fr1);
1488     sfree(fr1);
1489 }