src/gromacs/tools/compare.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  38 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  39 #include <config.h>
  40 #endif
  41
  42 #include <math.h>
  43 #include <stdio.h>
  44 #include <string.h>
  45 #include "main.h"
  46 #include "macros.h"
  47 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  48 #include "gromacs/fileio/futil.h"
  49 #include "sysstuff.h"
  50 #include "txtdump.h"
  51 #include "gmx_fatal.h"
  52 #include "names.h"
  53 #include "gromacs/fileio/tpxio.h"
  54 #include "gromacs/fileio/trxio.h"
  55 #include "gromacs/fileio/enxio.h"
  56 #include "mtop_util.h"
  57 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  58
  59 static void cmp_int(FILE *fp, const char *s, int index, int i1, int i2)
  60 {
  61     if (i1 != i2)
  62     {
  63         if (index != -1)
  64         {
  65             fprintf(fp, "%s[%d] (%d - %d)\n", s, index, i1, i2);
  66         }
  67         else
  68         {
  69             fprintf(fp, "%s (%d - %d)\n", s, i1, i2);
  70         }
  71     }
  72 }
  73
  74 static void cmp_int64(FILE *fp, const char *s, gmx_int64_t i1, gmx_int64_t i2)
  75 {
  76     if (i1 != i2)
  77     {
  78         fprintf(fp, "%s (", s);
  79         fprintf(fp, "%"GMX_PRId64, i1);
  80         fprintf(fp, " - ");
  81         fprintf(fp, "%"GMX_PRId64, i2);
  82         fprintf(fp, ")\n");
  83     }
  84 }
  85
  86 static void cmp_us(FILE *fp, const char *s, int index, unsigned short i1, unsigned short i2)
  87 {
  88     if (i1 != i2)
  89     {
  90         if (index != -1)
  91         {
  92             fprintf(fp, "%s[%d] (%u - %u)\n", s, index, i1, i2);
  93         }
  94         else
  95         {
  96             fprintf(fp, "%s (%u - %u)\n", s, i1, i2);
  97         }
  98     }
  99 }
 100
 101 static void cmp_uc(FILE *fp, const char *s, int index, unsigned char i1, unsigned char i2)
 102 {
 103     if (i1 != i2)
 104     {
 105         if (index != -1)
 106         {
 107             fprintf(fp, "%s[%d] (%d - %d)\n", s, index, i1, i2);
 108         }
 109         else
 110         {
 111             fprintf(fp, "%s (%d - %d)\n", s, i1, i2);
 112         }
 113     }
 114 }
 115
 116 static gmx_bool cmp_bool(FILE *fp, const char *s, int index, gmx_bool b1, gmx_bool b2)
 117 {
 118     if (b1)
 119     {
 120         b1 = 1;
 121     }
 122     else
 123     {
 124         b1 = 0;
 125     }
 126     if (b2)
 127     {
 128         b2 = 1;
 129     }
 130     else
 131     {
 132         b2 = 0;
 133     }
 134     if (b1 != b2)
 135     {
 136         if (index != -1)
 137         {
 138             fprintf(fp, "%s[%d] (%s - %s)\n", s, index,
 139                     bool_names[b1], bool_names[b2]);
 140         }
 141         else
 142         {
 143             fprintf(fp, "%s (%s - %s)\n", s,
 144                     bool_names[b1], bool_names[b2]);
 145         }
 146     }
 147     return b1 && b2;
 148 }
 149
 150 static void cmp_str(FILE *fp, const char *s, int index,
 151                     const char *s1, const char *s2)
 152 {
 153     if (strcmp(s1, s2) != 0)
 154     {
 155         if (index != -1)
 156         {
 157             fprintf(fp, "%s[%d] (%s - %s)\n", s, index, s1, s2);
 158         }
 159         else
 160         {
 161             fprintf(fp, "%s (%s - %s)\n", s, s1, s2);
 162         }
 163     }
 164 }
 165
 166 static gmx_bool equal_real(real i1, real i2, real ftol, real abstol)
 167 {
 168     return ( ( 2*fabs(i1 - i2) <= (fabs(i1) + fabs(i2))*ftol ) || fabs(i1-i2) <= abstol );
 169 }
 170
 171 static gmx_bool equal_float(float i1, float i2, float ftol, float abstol)
 172 {
 173     return ( ( 2*fabs(i1 - i2) <= (fabs(i1) + fabs(i2))*ftol ) || fabs(i1-i2) <= abstol );
 174 }
 175
 176 static gmx_bool equal_double(double i1, double i2, real ftol, real abstol)
 177 {
 178     return ( ( 2*fabs(i1 - i2) <= (fabs(i1) + fabs(i2))*ftol ) || fabs(i1-i2) <= abstol );
 179 }
 180
 181 static void
 182 cmp_real(FILE *fp, const char *s, int index, real i1, real i2, real ftol, real abstol)
 183 {
 184     if (!equal_real(i1, i2, ftol, abstol))
 185     {
 186         if (index != -1)
 187         {
 188             fprintf(fp, "%s[%2d] (%e - %e)\n", s, index, i1, i2);
 189         }
 190         else
 191         {
 192             fprintf(fp, "%s (%e - %e)\n", s, i1, i2);
 193         }
 194     }
 195 }
 196
 197 static void
 198 cmp_float(FILE *fp, const char *s, int index, float i1, float i2, float ftol, float abstol)
 199 {
 200     if (!equal_float(i1, i2, ftol, abstol))
 201     {
 202         if (index != -1)
 203         {
 204             fprintf(fp, "%s[%2d] (%e - %e)\n", s, index, i1, i2);
 205         }
 206         else
 207         {
 208             fprintf(fp, "%s (%e - %e)\n", s, i1, i2);
 209         }
 210     }
 211 }
 212
 213
 214
 215 static void
 216 cmp_double(FILE *fp, const char *s, int index, double i1, double i2, double ftol, double abstol)
 217 {
 218     if (!equal_double(i1, i2, ftol, abstol))
 219     {
 220         if (index != -1)
 221         {
 222             fprintf(fp, "%s[%2d] (%16.9e - %16.9e)\n", s, index, i1, i2);
 223         }
 224         else
 225         {
 226             fprintf(fp, "%s (%16.9e - %16.9e)\n", s, i1, i2);
 227         }
 228     }
 229 }
 230
 231 static void cmp_rvec(FILE *fp, const char *s, int index, rvec i1, rvec i2, real ftol, real abstol)
 232 {
 233     if (!equal_real(i1[XX], i2[XX], ftol, abstol) ||
 234         !equal_real(i1[YY], i2[YY], ftol, abstol) ||
 235         !equal_real(i1[ZZ], i2[ZZ], ftol, abstol))
 236     {
 237         if (index != -1)
 238         {
 239             fprintf(fp, "%s[%5d] (%12.5e %12.5e %12.5e) - (%12.5e %12.5e %12.5e)\n",
 240                     s, index, i1[XX], i1[YY], i1[ZZ], i2[XX], i2[YY], i2[ZZ]);
 241         }
 242         else
 243         {
 244             fprintf(fp, "%s (%12.5e %12.5e %12.5e) - (%12.5e %12.5e %12.5e)\n",
 245                     s, i1[XX], i1[YY], i1[ZZ], i2[XX], i2[YY], i2[ZZ]);
 246         }
 247     }
 248 }
 249
 250 static void cmp_ivec(FILE *fp, const char *s, int index, ivec i1, ivec i2)
 251 {
 252     if ((i1[XX] != i2[XX]) || (i1[YY] != i2[YY]) || (i1[ZZ] != i2[ZZ]))
 253     {
 254         if (index != -1)
 255         {
 256             fprintf(fp, "%s[%5d] (%8d,%8d,%8d - %8d,%8d,%8d)\n", s, index,
 257                     i1[XX], i1[YY], i1[ZZ], i2[XX], i2[YY], i2[ZZ]);
 258         }
 259         else
 260         {
 261             fprintf(fp, "%s (%8d,%8d,%8d - %8d,%8d,%8d)\n", s,
 262                     i1[XX], i1[YY], i1[ZZ], i2[XX], i2[YY], i2[ZZ]);
 263         }
 264     }
 265 }
 266
 267 static void cmp_ilist(FILE *fp, int ftype, t_ilist *il1, t_ilist *il2)
 268 {
 269     int  i;
 270     char buf[256];
 271
 272     fprintf(fp, "comparing ilist %s\n", interaction_function[ftype].name);
 273     sprintf(buf, "%s->nr", interaction_function[ftype].name);
 274     cmp_int(fp, buf, -1, il1->nr, il2->nr);
 275     sprintf(buf, "%s->iatoms", interaction_function[ftype].name);
 276     if (((il1->nr > 0) && (!il1->iatoms)) ||
 277         ((il2->nr > 0) && (!il2->iatoms)) ||
 278         ((il1->nr != il2->nr)))
 279     {
 280         fprintf(fp, "Comparing radically different topologies - %s is different\n",
 281                 buf);
 282     }
 283     else
 284     {
 285         for (i = 0; (i < il1->nr); i++)
 286         {
 287             cmp_int(fp, buf, i, il1->iatoms[i], il2->iatoms[i]);
 288         }
 289     }
 290 }
 291
 292 void cmp_iparm(FILE *fp, const char *s, t_functype ft,
 293                t_iparams ip1, t_iparams ip2, real ftol, real abstol)
 294 {
 295     int      i;
 296     gmx_bool bDiff;
 297
 298     bDiff = FALSE;
 299     for (i = 0; i < MAXFORCEPARAM && !bDiff; i++)
 300     {
 301         bDiff = !equal_real(ip1.generic.buf[i], ip2.generic.buf[i], ftol, abstol);
 302     }
 303     if (bDiff)
 304     {
 305         fprintf(fp, "%s1: ", s);
 306         pr_iparams(fp, ft, &ip1);
 307         fprintf(fp, "%s2: ", s);
 308         pr_iparams(fp, ft, &ip2);
 309     }
 310 }
 311
 312 void cmp_iparm_AB(FILE *fp, const char *s, t_functype ft, t_iparams ip1, real ftol, real abstol)
 313 {
 314     int      nrfpA, nrfpB, p0, i;
 315     gmx_bool bDiff;
 316
 317     /* Normally the first parameter is perturbable */
 318     p0    = 0;
 319     nrfpA = interaction_function[ft].nrfpA;
 320     nrfpB = interaction_function[ft].nrfpB;
 321     if (ft == F_PDIHS)
 322     {
 323         nrfpB = 2;
 324     }
 325     else if (interaction_function[ft].flags & IF_TABULATED)
 326     {
 327         /* For tabulated interactions only the second parameter is perturbable */
 328         p0    = 1;
 329         nrfpB = 1;
 330     }
 331     bDiff = FALSE;
 332     for (i = 0; i < nrfpB && !bDiff; i++)
 333     {
 334         bDiff = !equal_real(ip1.generic.buf[p0+i], ip1.generic.buf[nrfpA+i], ftol, abstol);
 335     }
 336     if (bDiff)
 337     {
 338         fprintf(fp, "%s: ", s);
 339         pr_iparams(fp, ft, &ip1);
 340     }
 341 }
 342
 343 static void cmp_idef(FILE *fp, t_idef *id1, t_idef *id2, real ftol, real abstol)
 344 {
 345     int  i;
 346     char buf1[64], buf2[64];
 347
 348     fprintf(fp, "comparing idef\n");
 349     if (id2)
 350     {
 351         cmp_int(fp, "idef->ntypes", -1, id1->ntypes, id2->ntypes);
 352         cmp_int(fp, "idef->atnr",  -1, id1->atnr, id2->atnr);
 353         for (i = 0; (i < min(id1->ntypes, id2->ntypes)); i++)
 354         {
 355             sprintf(buf1, "idef->functype[%d]", i);
 356             sprintf(buf2, "idef->iparam[%d]", i);
 357             cmp_int(fp, buf1, i, (int)id1->functype[i], (int)id2->functype[i]);
 358             cmp_iparm(fp, buf2, id1->functype[i],
 359                       id1->iparams[i], id2->iparams[i], ftol, abstol);
 360         }
 361         cmp_real(fp, "fudgeQQ", -1, id1->fudgeQQ, id2->fudgeQQ, ftol, abstol);
 362         for (i = 0; (i < F_NRE); i++)
 363         {
 364             cmp_ilist(fp, i, &(id1->il[i]), &(id2->il[i]));
 365         }
 366     }
 367     else
 368     {
 369         for (i = 0; (i < id1->ntypes); i++)
 370         {
 371             cmp_iparm_AB(fp, "idef->iparam", id1->functype[i], id1->iparams[i], ftol, abstol);
 372         }
 373     }
 374 }
 375
 376 static void cmp_block(FILE *fp, t_block *b1, t_block *b2, const char *s)
 377 {
 378     int  i, j, k;
 379     char buf[32];
 380
 381     fprintf(fp, "comparing block %s\n", s);
 382     sprintf(buf, "%s.nr", s);
 383     cmp_int(fp, buf, -1, b1->nr, b2->nr);
 384 }
 385
 386 static void cmp_blocka(FILE *fp, t_blocka *b1, t_blocka *b2, const char *s)
 387 {
 388     int  i, j, k;
 389     char buf[32];
 390
 391     fprintf(fp, "comparing blocka %s\n", s);
 392     sprintf(buf, "%s.nr", s);
 393     cmp_int(fp, buf, -1, b1->nr, b2->nr);
 394     sprintf(buf, "%s.nra", s);
 395     cmp_int(fp, buf, -1, b1->nra, b2->nra);
 396 }
 397
 398 static void cmp_atom(FILE *fp, int index, t_atom *a1, t_atom *a2, real ftol, real abstol)
 399 {
 400     int  i;
 401     char buf[256];
 402
 403     if (a2)
 404     {
 405         cmp_us(fp, "atom.type", index, a1->type, a2->type);
 406         cmp_us(fp, "atom.ptype", index, a1->ptype, a2->ptype);
 407         cmp_int(fp, "atom.resind", index, a1->resind, a2->resind);
 408         cmp_int(fp, "atom.atomnumber", index, a1->atomnumber, a2->atomnumber);
 409         cmp_real(fp, "atom.m", index, a1->m, a2->m, ftol, abstol);
 410         cmp_real(fp, "atom.q", index, a1->q, a2->q, ftol, abstol);
 411         cmp_us(fp, "atom.typeB", index, a1->typeB, a2->typeB);
 412         cmp_real(fp, "atom.mB", index, a1->mB, a2->mB, ftol, abstol);
 413         cmp_real(fp, "atom.qB", index, a1->qB, a2->qB, ftol, abstol);
 414     }
 415     else
 416     {
 417         cmp_us(fp, "atom.type", index, a1->type, a1->typeB);
 418         cmp_real(fp, "atom.m", index, a1->m, a1->mB, ftol, abstol);
 419         cmp_real(fp, "atom.q", index, a1->q, a1->qB, ftol, abstol);
 420     }
 421 }
 422
 423 static void cmp_atoms(FILE *fp, t_atoms *a1, t_atoms *a2, real ftol, real abstol)
 424 {
 425     int i;
 426
 427     fprintf(fp, "comparing atoms\n");
 428
 429     if (a2)
 430     {
 431         cmp_int(fp, "atoms->nr", -1, a1->nr, a2->nr);
 432         for (i = 0; (i < a1->nr); i++)
 433         {
 434             cmp_atom(fp, i, &(a1->atom[i]), &(a2->atom[i]), ftol, abstol);
 435         }
 436     }
 437     else
 438     {
 439         for (i = 0; (i < a1->nr); i++)
 440         {
 441             cmp_atom(fp, i, &(a1->atom[i]), NULL, ftol, abstol);
 442         }
 443     }
 444 }
 445
 446 static void cmp_top(FILE *fp, t_topology *t1, t_topology *t2, real ftol, real abstol)
 447 {
 448     int i;
 449
 450     fprintf(fp, "comparing top\n");
 451     if (t2)
 452     {
 453         cmp_idef(fp, &(t1->idef), &(t2->idef), ftol, abstol);
 454         cmp_atoms(fp, &(t1->atoms), &(t2->atoms), ftol, abstol);
 455         cmp_block(fp, &t1->cgs, &t2->cgs, "cgs");
 456         cmp_block(fp, &t1->mols, &t2->mols, "mols");
 457         cmp_blocka(fp, &t1->excls, &t2->excls, "excls");
 458     }
 459     else
 460     {
 461         cmp_idef(fp, &(t1->idef), NULL, ftol, abstol);
 462         cmp_atoms(fp, &(t1->atoms), NULL, ftol, abstol);
 463     }
 464 }
 465
 466 static void cmp_groups(FILE *fp, gmx_groups_t *g0, gmx_groups_t *g1,
 467                        int natoms0, int natoms1)
 468 {
 469     int  i, j, ndiff;
 470     char buf[32];
 471
 472     fprintf(fp, "comparing groups\n");
 473
 474     for (i = 0; i < egcNR; i++)
 475     {
 476         sprintf(buf, "grps[%d].nr", i);
 477         cmp_int(fp, buf, -1, g0->grps[i].nr, g1->grps[i].nr);
 478         if (g0->grps[i].nr == g1->grps[i].nr)
 479         {
 480             for (j = 0; j < g0->grps[i].nr; j++)
 481             {
 482                 sprintf(buf, "grps[%d].name[%d]", i, j);
 483                 cmp_str(fp, buf, -1,
 484                         *g0->grpname[g0->grps[i].nm_ind[j]],
 485                         *g1->grpname[g1->grps[i].nm_ind[j]]);
 486             }
 487         }
 488         cmp_int(fp, "ngrpnr", i, g0->ngrpnr[i], g1->ngrpnr[i]);
 489         if (g0->ngrpnr[i] == g1->ngrpnr[i] && natoms0 == natoms1 &&
 490             (g0->grpnr[i] != NULL || g1->grpnr[i] != NULL))
 491         {
 492             for (j = 0; j < natoms0; j++)
 493             {
 494                 cmp_int(fp, gtypes[i], j, ggrpnr(g0, i, j), ggrpnr(g1, i, j));
 495             }
 496         }
 497     }
 498     /* We have compared the names in the groups lists,
 499      * so we can skip the grpname list comparison.
 500      */
 501 }
 502
 503 static void cmp_rvecs(FILE *fp, const char *title, int n, rvec x1[], rvec x2[],
 504                       gmx_bool bRMSD, real ftol, real abstol)
 505 {
 506     int    i, m;
 507     double d, ssd;
 508
 509     if (bRMSD)
 510     {
 511         ssd = 0;
 512         for (i = 0; (i < n); i++)
 513         {
 514             for (m = 0; m < DIM; m++)
 515             {
 516                 d    = x1[i][m] - x2[i][m];
 517                 ssd += d*d;
 518             }
 519         }
 520         fprintf(fp, "%s RMSD %g\n", title, sqrt(ssd/n));
 521     }
 522     else
 523     {
 524         for (i = 0; (i < n); i++)
 525         {
 526             cmp_rvec(fp, title, i, x1[i], x2[i], ftol, abstol);
 527         }
 528     }
 529 }
 530
 531
 532 /* Similar to cmp_rvecs, but this routine scales the allowed absolute tolerance
 533  * by the RMS of the force components of x1.
 534  */
 535 static void cmp_rvecs_rmstol(FILE *fp, const char *title, int n, rvec x1[], rvec x2[],
 536                              real ftol, real abstol)
 537 {
 538     int    i, m;
 539     double d;
 540     double ave_x1, rms_x1;
 541
 542     /* It is tricky to compare real values, in particular forces that
 543      * are sums of lots of terms where the final value might be close to 0.0.
 544      * To get a reference magnitude we calculate the RMS value of each
 545      * component in x1, and then set the allowed absolute tolerance to the
 546      * relative tolerance times this RMS magnitude.
 547      */
 548     ave_x1 = 0.0;
 549     for (i = 0; i < n; i++)
 550     {
 551         for (m = 0; m < DIM; m++)
 552         {
 553             ave_x1 += x1[i][m];
 554         }
 555     }
 556     ave_x1 /= n*DIM;
 557
 558     rms_x1 = 0.0;
 559     for (i = 0; (i < n); i++)
 560     {
 561         for (m = 0; m < DIM; m++)
 562         {
 563             d       = x1[i][m] - ave_x1;
 564             rms_x1 += d*d;
 565         }
 566     }
 567     rms_x1 = sqrt(rms_x1/(DIM*n));
 568     /* And now do the actual comparision with a hopefully realistic abstol. */
 569     for (i = 0; (i < n); i++)
 570     {
 571         cmp_rvec(fp, title, i, x1[i], x2[i], ftol, abstol*rms_x1);
 572     }
 573 }
 574
 575 static void cmp_grpopts(FILE *fp, t_grpopts *opt1, t_grpopts *opt2, real ftol, real abstol)
 576 {
 577     int  i, j;
 578     char buf1[256], buf2[256];
 579
 580     cmp_int(fp, "inputrec->grpopts.ngtc", -1,  opt1->ngtc, opt2->ngtc);
 581     cmp_int(fp, "inputrec->grpopts.ngacc", -1, opt1->ngacc, opt2->ngacc);
 582     cmp_int(fp, "inputrec->grpopts.ngfrz", -1, opt1->ngfrz, opt2->ngfrz);
 583     cmp_int(fp, "inputrec->grpopts.ngener", -1, opt1->ngener, opt2->ngener);
 584     for (i = 0; (i < min(opt1->ngtc, opt2->ngtc)); i++)
 585     {
 586         cmp_real(fp, "inputrec->grpopts.nrdf", i, opt1->nrdf[i], opt2->nrdf[i], ftol, abstol);
 587         cmp_real(fp, "inputrec->grpopts.ref_t", i, opt1->ref_t[i], opt2->ref_t[i], ftol, abstol);
 588         cmp_real(fp, "inputrec->grpopts.tau_t", i, opt1->tau_t[i], opt2->tau_t[i], ftol, abstol);
 589         cmp_int(fp, "inputrec->grpopts.annealing", i, opt1->annealing[i], opt2->annealing[i]);
 590         cmp_int(fp, "inputrec->grpopts.anneal_npoints", i,
 591                 opt1->anneal_npoints[i], opt2->anneal_npoints[i]);
 592         if (opt1->anneal_npoints[i] == opt2->anneal_npoints[i])
 593         {
 594             sprintf(buf1, "inputrec->grpopts.anneal_time[%d]", i);
 595             sprintf(buf2, "inputrec->grpopts.anneal_temp[%d]", i);
 596             for (j = 0; j < opt1->anneal_npoints[i]; j++)
 597             {
 598                 cmp_real(fp, buf1, j, opt1->anneal_time[i][j], opt2->anneal_time[i][j], ftol, abstol);
 599                 cmp_real(fp, buf2, j, opt1->anneal_temp[i][j], opt2->anneal_temp[i][j], ftol, abstol);
 600             }
 601         }
 602     }
 603     if (opt1->ngener == opt2->ngener)
 604     {
 605         for (i = 0; i < opt1->ngener; i++)
 606         {
 607             for (j = i; j < opt1->ngener; j++)
 608             {
 609                 sprintf(buf1, "inputrec->grpopts.egp_flags[%d]", i);
 610                 cmp_int(fp, buf1, j,
 611                         opt1->egp_flags[opt1->ngener*i+j],
 612                         opt2->egp_flags[opt1->ngener*i+j]);
 613             }
 614         }
 615     }
 616     for (i = 0; (i < min(opt1->ngacc, opt2->ngacc)); i++)
 617     {
 618         cmp_rvec(fp, "inputrec->grpopts.acc", i, opt1->acc[i], opt2->acc[i], ftol, abstol);
 619     }
 620     for (i = 0; (i < min(opt1->ngfrz, opt2->ngfrz)); i++)
 621     {
 622         cmp_ivec(fp, "inputrec->grpopts.nFreeze", i, opt1->nFreeze[i], opt2->nFreeze[i]);
 623     }
 624 }
 625
 626 static void cmp_cosines(FILE *fp, const char *s, t_cosines c1[DIM], t_cosines c2[DIM], real ftol, real abstol)
 627 {
 628     int  i, m;
 629     char buf[256];
 630
 631     for (m = 0; (m < DIM); m++)
 632     {
 633         sprintf(buf, "inputrec->%s[%d]", s, m);
 634         cmp_int(fp, buf, 0, c1->n, c2->n);
 635         for (i = 0; (i < min(c1->n, c2->n)); i++)
 636         {
 637             cmp_real(fp, buf, i, c1->a[i], c2->a[i], ftol, abstol);
 638             cmp_real(fp, buf, i, c1->phi[i], c2->phi[i], ftol, abstol);
 639         }
 640     }
 641 }
 642 static void cmp_adress(FILE *fp, t_adress *ad1, t_adress *ad2,
 643                        real ftol, real abstol)
 644 {
 645     cmp_int(fp, "ir->adress->type", -1, ad1->type, ad2->type);
 646     cmp_real(fp, "ir->adress->const_wf", -1, ad1->const_wf, ad2->const_wf, ftol, abstol);
 647     cmp_real(fp, "ir->adress->ex_width", -1, ad1->ex_width, ad2->ex_width, ftol, abstol);
 648     cmp_real(fp, "ir->adress->hy_width", -1, ad1->hy_width, ad2->hy_width, ftol, abstol);
 649     cmp_int(fp, "ir->adress->icor", -1, ad1->icor, ad2->icor);
 650     cmp_int(fp, "ir->adress->site", -1, ad1->site, ad2->site);
 651     cmp_rvec(fp, "ir->adress->refs", -1, ad1->refs, ad2->refs, ftol, abstol);
 652     cmp_real(fp, "ir->adress->ex_forcecap", -1, ad1->ex_forcecap, ad2->ex_forcecap, ftol, abstol);
 653 }
 654
 655 static void cmp_pull(FILE *fp)
 656 {
 657     fprintf(fp, "WARNING: Both files use COM pulling, but comparing of the pull struct is not implemented (yet). The pull parameters could be the same or different.\n");
 658 }
 659
 660 static void cmp_simtempvals(FILE *fp, t_simtemp *simtemp1, t_simtemp *simtemp2, int n_lambda, real ftol, real abstol)
 661 {
 662     int i;
 663     cmp_int(fp, "inputrec->simtempvals->eSimTempScale", -1, simtemp1->eSimTempScale, simtemp2->eSimTempScale);
 664     cmp_real(fp, "inputrec->simtempvals->simtemp_high", -1, simtemp1->simtemp_high, simtemp2->simtemp_high, ftol, abstol);
 665     cmp_real(fp, "inputrec->simtempvals->simtemp_low", -1, simtemp1->simtemp_low, simtemp2->simtemp_low, ftol, abstol);
 666     for (i = 0; i < n_lambda; i++)
 667     {
 668         cmp_real(fp, "inputrec->simtempvals->temperatures", -1, simtemp1->temperatures[i], simtemp2->temperatures[i], ftol, abstol);
 669     }
 670 }
 671
 672 static void cmp_expandedvals(FILE *fp, t_expanded *expand1, t_expanded *expand2, int n_lambda, real ftol, real abstol)
 673 {
 674     int i;
 675
 676     cmp_bool(fp, "inputrec->fepvals->bInit_weights", -1, expand1->bInit_weights, expand2->bInit_weights);
 677     cmp_bool(fp, "inputrec->fepvals->bWLoneovert", -1, expand1->bWLoneovert, expand2->bWLoneovert);
 678
 679     for (i = 0; i < n_lambda; i++)
 680     {
 681         cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->init_lambda_weights", -1,
 682                  expand1->init_lambda_weights[i], expand2->init_lambda_weights[i], ftol, abstol);
 683     }
 684
 685     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lambda-stats", -1, expand1->elamstats, expand2->elamstats);
 686     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lambda-mc-move", -1, expand1->elmcmove, expand2->elmcmove);
 687     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lmc-repeats", -1, expand1->lmc_repeats, expand2->lmc_repeats);
 688     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lmc-gibbsdelta", -1, expand1->gibbsdeltalam, expand2->gibbsdeltalam);
 689     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lmc-forced-nstart", -1, expand1->lmc_forced_nstart, expand2->lmc_forced_nstart);
 690     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lambda-weights-equil", -1, expand1->elmceq, expand2->elmceq);
 691     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->,weight-equil-number-all-lambda", -1, expand1->equil_n_at_lam, expand2->equil_n_at_lam);
 692     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->weight-equil-number-samples", -1, expand1->equil_samples, expand2->equil_samples);
 693     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->weight-equil-number-steps", -1, expand1->equil_steps, expand2->equil_steps);
 694     cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->weight-equil-wl-delta", -1, expand1->equil_wl_delta, expand2->equil_wl_delta, ftol, abstol);
 695     cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->weight-equil-count-ratio", -1, expand1->equil_ratio, expand2->equil_ratio, ftol, abstol);
 696     cmp_bool(fp, "inputrec->expandedvals->symmetrized-transition-matrix", -1, expand1->bSymmetrizedTMatrix, expand2->bSymmetrizedTMatrix);
 697     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->nstTij", -1, expand1->nstTij, expand2->nstTij);
 698     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->mininum-var-min", -1, expand1->minvarmin, expand2->minvarmin); /*default is reasonable */
 699     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->weight-c-range", -1, expand1->c_range, expand2->c_range);      /* default is just C=0 */
 700     cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->wl-scale", -1, expand1->wl_scale, expand2->wl_scale, ftol, abstol);
 701     cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->init-wl-delta", -1, expand1->init_wl_delta, expand2->init_wl_delta, ftol, abstol);
 702     cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->wl-ratio", -1, expand1->wl_ratio, expand2->wl_ratio, ftol, abstol);
 703     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->nstexpanded", -1, expand1->nstexpanded, expand2->nstexpanded);
 704     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lmc-seed", -1, expand1->lmc_seed, expand2->lmc_seed);
 705     cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->mc-temperature", -1, expand1->mc_temp, expand2->mc_temp, ftol, abstol);
 706 }
 707
 708 static void cmp_fepvals(FILE *fp, t_lambda *fep1, t_lambda *fep2, real ftol, real abstol)
 709 {
 710     int i, j;
 711     cmp_int(fp, "inputrec->nstdhdl", -1, fep1->nstdhdl, fep2->nstdhdl);
 712     cmp_double(fp, "inputrec->fepvals->init_fep_state", -1, fep1->init_fep_state, fep2->init_fep_state, ftol, abstol);
 713     cmp_double(fp, "inputrec->fepvals->delta_lambda", -1, fep1->delta_lambda, fep2->delta_lambda, ftol, abstol);
 714     cmp_int(fp, "inputrec->fepvals->n_lambda", -1, fep1->n_lambda, fep2->n_lambda);
 715     for (i = 0; i < efptNR; i++)
 716     {
 717         for (j = 0; j < min(fep1->n_lambda, fep2->n_lambda); j++)
 718         {
 719             cmp_double(fp, "inputrec->fepvals->all_lambda", -1, fep1->all_lambda[i][j], fep2->all_lambda[i][j], ftol, abstol);
 720         }
 721     }
 722     cmp_int(fp, "inputrec->fepvals->lambda_neighbors", 1, fep1->lambda_neighbors,
 723             fep2->lambda_neighbors);
 724     cmp_real(fp, "inputrec->fepvals->sc_alpha", -1, fep1->sc_alpha, fep2->sc_alpha, ftol, abstol);
 725     cmp_int(fp, "inputrec->fepvals->sc_power", -1, fep1->sc_power, fep2->sc_power);
 726     cmp_real(fp, "inputrec->fepvals->sc_r_power", -1, fep1->sc_r_power, fep2->sc_r_power, ftol, abstol);
 727     cmp_real(fp, "inputrec->fepvals->sc_sigma", -1, fep1->sc_sigma, fep2->sc_sigma, ftol, abstol);
 728     cmp_int(fp, "inputrec->fepvals->edHdLPrintEnergy", -1, fep1->edHdLPrintEnergy, fep1->edHdLPrintEnergy);
 729     cmp_bool(fp, "inputrec->fepvals->bScCoul", -1, fep1->bScCoul, fep1->bScCoul);
 730     cmp_int(fp, "inputrec->separate_dhdl_file", -1, fep1->separate_dhdl_file, fep2->separate_dhdl_file);
 731     cmp_int(fp, "inputrec->dhdl_derivatives", -1, fep1->dhdl_derivatives, fep2->dhdl_derivatives);
 732     cmp_int(fp, "inputrec->dh_hist_size", -1, fep1->dh_hist_size, fep2->dh_hist_size);
 733     cmp_double(fp, "inputrec->dh_hist_spacing", -1, fep1->dh_hist_spacing, fep2->dh_hist_spacing, ftol, abstol);
 734 }
 735
 736 static void cmp_inputrec(FILE *fp, t_inputrec *ir1, t_inputrec *ir2, real ftol, real abstol)
 737 {
 738     fprintf(fp, "comparing inputrec\n");
 739
 740     /* gcc 2.96 doesnt like these defines at all, but issues a huge list
 741      * of warnings. Maybe it will change in future versions, but for the
 742      * moment I've spelled them out instead. /EL 000820
 743      * #define CIB(s) cmp_int(fp,"inputrec->"#s,0,ir1->##s,ir2->##s)
 744      * #define CII(s) cmp_int(fp,"inputrec->"#s,0,ir1->##s,ir2->##s)
 745      * #define CIR(s) cmp_real(fp,"inputrec->"#s,0,ir1->##s,ir2->##s,ftol)
 746      */
 747     cmp_int(fp, "inputrec->eI", -1, ir1->eI, ir2->eI);
 748     cmp_int64(fp, "inputrec->nsteps", ir1->nsteps, ir2->nsteps);
 749     cmp_int64(fp, "inputrec->init_step", ir1->init_step, ir2->init_step);
 750     cmp_int(fp, "inputrec->simulation_part", -1, ir1->simulation_part, ir2->simulation_part);
 751     cmp_int(fp, "inputrec->ePBC", -1, ir1->ePBC, ir2->ePBC);
 752     cmp_int(fp, "inputrec->bPeriodicMols", -1, ir1->bPeriodicMols, ir2->bPeriodicMols);
 753     cmp_int(fp, "inputrec->cutoff_scheme", -1, ir1->cutoff_scheme, ir2->cutoff_scheme);
 754     cmp_int(fp, "inputrec->ns_type", -1, ir1->ns_type, ir2->ns_type);
 755     cmp_int(fp, "inputrec->nstlist", -1, ir1->nstlist, ir2->nstlist);
 756     cmp_int(fp, "inputrec->nstcomm", -1, ir1->nstcomm, ir2->nstcomm);
 757     cmp_int(fp, "inputrec->comm_mode", -1, ir1->comm_mode, ir2->comm_mode);
 758     cmp_int(fp, "inputrec->nstlog", -1, ir1->nstlog, ir2->nstlog);
 759     cmp_int(fp, "inputrec->nstxout", -1, ir1->nstxout, ir2->nstxout);
 760     cmp_int(fp, "inputrec->nstvout", -1, ir1->nstvout, ir2->nstvout);
 761     cmp_int(fp, "inputrec->nstfout", -1, ir1->nstfout, ir2->nstfout);
 762     cmp_int(fp, "inputrec->nstcalcenergy", -1, ir1->nstcalcenergy, ir2->nstcalcenergy);
 763     cmp_int(fp, "inputrec->nstenergy", -1, ir1->nstenergy, ir2->nstenergy);
 764     cmp_int(fp, "inputrec->nstxout_compressed", -1, ir1->nstxout_compressed, ir2->nstxout_compressed);
 765     cmp_double(fp, "inputrec->init_t", -1, ir1->init_t, ir2->init_t, ftol, abstol);
 766     cmp_double(fp, "inputrec->delta_t", -1, ir1->delta_t, ir2->delta_t, ftol, abstol);
 767     cmp_real(fp, "inputrec->x_compression_precision", -1, ir1->x_compression_precision, ir2->x_compression_precision, ftol, abstol);
 768     cmp_real(fp, "inputrec->fourierspacing", -1, ir1->fourier_spacing, ir2->fourier_spacing, ftol, abstol);
 769     cmp_int(fp, "inputrec->nkx", -1, ir1->nkx, ir2->nkx);
 770     cmp_int(fp, "inputrec->nky", -1, ir1->nky, ir2->nky);
 771     cmp_int(fp, "inputrec->nkz", -1, ir1->nkz, ir2->nkz);
 772     cmp_int(fp, "inputrec->pme_order", -1, ir1->pme_order, ir2->pme_order);
 773     cmp_real(fp, "inputrec->ewald_rtol", -1, ir1->ewald_rtol, ir2->ewald_rtol, ftol, abstol);
 774     cmp_int(fp, "inputrec->ewald_geometry", -1, ir1->ewald_geometry, ir2->ewald_geometry);
 775     cmp_real(fp, "inputrec->epsilon_surface", -1, ir1->epsilon_surface, ir2->epsilon_surface, ftol, abstol);
 776     cmp_int(fp, "inputrec->bContinuation", -1, ir1->bContinuation, ir2->bContinuation);
 777     cmp_int(fp, "inputrec->bShakeSOR", -1, ir1->bShakeSOR, ir2->bShakeSOR);
 778     cmp_int(fp, "inputrec->etc", -1, ir1->etc, ir2->etc);
 779     cmp_int(fp, "inputrec->bPrintNHChains", -1, ir1->bPrintNHChains, ir2->bPrintNHChains);
 780     cmp_int(fp, "inputrec->epc", -1, ir1->epc, ir2->epc);
 781     cmp_int(fp, "inputrec->epct", -1, ir1->epct, ir2->epct);
 782     cmp_real(fp, "inputrec->tau_p", -1, ir1->tau_p, ir2->tau_p, ftol, abstol);
 783     cmp_rvec(fp, "inputrec->ref_p(x)", -1, ir1->ref_p[XX], ir2->ref_p[XX], ftol, abstol);
 784     cmp_rvec(fp, "inputrec->ref_p(y)", -1, ir1->ref_p[YY], ir2->ref_p[YY], ftol, abstol);
 785     cmp_rvec(fp, "inputrec->ref_p(z)", -1, ir1->ref_p[ZZ], ir2->ref_p[ZZ], ftol, abstol);
 786     cmp_rvec(fp, "inputrec->compress(x)", -1, ir1->compress[XX], ir2->compress[XX], ftol, abstol);
 787     cmp_rvec(fp, "inputrec->compress(y)", -1, ir1->compress[YY], ir2->compress[YY], ftol, abstol);
 788     cmp_rvec(fp, "inputrec->compress(z)", -1, ir1->compress[ZZ], ir2->compress[ZZ], ftol, abstol);
 789     cmp_int(fp, "refcoord_scaling", -1, ir1->refcoord_scaling, ir2->refcoord_scaling);
 790     cmp_rvec(fp, "inputrec->posres_com", -1, ir1->posres_com, ir2->posres_com, ftol, abstol);
 791     cmp_rvec(fp, "inputrec->posres_comB", -1, ir1->posres_comB, ir2->posres_comB, ftol, abstol);
 792     cmp_real(fp, "inputrec->verletbuf_tol", -1, ir1->verletbuf_tol, ir2->verletbuf_tol, ftol, abstol);
 793     cmp_real(fp, "inputrec->rlist", -1, ir1->rlist, ir2->rlist, ftol, abstol);
 794     cmp_real(fp, "inputrec->rlistlong", -1, ir1->rlistlong, ir2->rlistlong, ftol, abstol);
 795     cmp_int(fp, "inputrec->nstcalclr", -1, ir1->nstcalclr, ir2->nstcalclr);
 796     cmp_real(fp, "inputrec->rtpi", -1, ir1->rtpi, ir2->rtpi, ftol, abstol);
 797     cmp_int(fp, "inputrec->coulombtype", -1, ir1->coulombtype, ir2->coulombtype);
 798     cmp_int(fp, "inputrec->coulomb_modifier", -1, ir1->coulomb_modifier, ir2->coulomb_modifier);
 799     cmp_real(fp, "inputrec->rcoulomb_switch", -1, ir1->rcoulomb_switch, ir2->rcoulomb_switch, ftol, abstol);
 800     cmp_real(fp, "inputrec->rcoulomb", -1, ir1->rcoulomb, ir2->rcoulomb, ftol, abstol);
 801     cmp_int(fp, "inputrec->vdwtype", -1, ir1->vdwtype, ir2->vdwtype);
 802     cmp_int(fp, "inputrec->vdw_modifier", -1, ir1->vdw_modifier, ir2->vdw_modifier);  cmp_real(fp, "inputrec->rvdw_switch", -1, ir1->rvdw_switch, ir2->rvdw_switch, ftol, abstol);
 803     cmp_real(fp, "inputrec->rvdw", -1, ir1->rvdw, ir2->rvdw, ftol, abstol);
 804     cmp_real(fp, "inputrec->epsilon_r", -1, ir1->epsilon_r, ir2->epsilon_r, ftol, abstol);
 805     cmp_real(fp, "inputrec->epsilon_rf", -1, ir1->epsilon_rf, ir2->epsilon_rf, ftol, abstol);
 806     cmp_real(fp, "inputrec->tabext", -1, ir1->tabext, ir2->tabext, ftol, abstol);
 807     cmp_int(fp, "inputrec->implicit_solvent", -1, ir1->implicit_solvent, ir2->implicit_solvent);
 808     cmp_int(fp, "inputrec->gb_algorithm", -1, ir1->gb_algorithm, ir2->gb_algorithm);
 809     cmp_int(fp, "inputrec->nstgbradii", -1, ir1->nstgbradii, ir2->nstgbradii);
 810     cmp_real(fp, "inputrec->rgbradii", -1, ir1->rgbradii, ir2->rgbradii, ftol, abstol);
 811     cmp_real(fp, "inputrec->gb_saltconc", -1, ir1->gb_saltconc, ir2->gb_saltconc, ftol, abstol);
 812     cmp_real(fp, "inputrec->gb_epsilon_solvent", -1, ir1->gb_epsilon_solvent, ir2->gb_epsilon_solvent, ftol, abstol);
 813     cmp_real(fp, "inputrec->gb_obc_alpha", -1, ir1->gb_obc_alpha, ir2->gb_obc_alpha, ftol, abstol);
 814     cmp_real(fp, "inputrec->gb_obc_beta", -1, ir1->gb_obc_beta, ir2->gb_obc_beta, ftol, abstol);
 815     cmp_real(fp, "inputrec->gb_obc_gamma", -1, ir1->gb_obc_gamma, ir2->gb_obc_gamma, ftol, abstol);
 816     cmp_real(fp, "inputrec->gb_dielectric_offset", -1, ir1->gb_dielectric_offset, ir2->gb_dielectric_offset, ftol, abstol);
 817     cmp_int(fp, "inputrec->sa_algorithm", -1, ir1->sa_algorithm, ir2->sa_algorithm);
 818     cmp_real(fp, "inputrec->sa_surface_tension", -1, ir1->sa_surface_tension, ir2->sa_surface_tension, ftol, abstol);
 819
 820     cmp_int(fp, "inputrec->eDispCorr", -1, ir1->eDispCorr, ir2->eDispCorr);
 821     cmp_real(fp, "inputrec->shake_tol", -1, ir1->shake_tol, ir2->shake_tol, ftol, abstol);
 822     cmp_int(fp, "inputrec->efep", -1, ir1->efep, ir2->efep);
 823     cmp_fepvals(fp, ir1->fepvals, ir2->fepvals, ftol, abstol);
 824     cmp_int(fp, "inputrec->bSimTemp", -1, ir1->bSimTemp, ir2->bSimTemp);
 825     if ((ir1->bSimTemp == ir2->bSimTemp) && (ir1->bSimTemp))
 826     {
 827         cmp_simtempvals(fp, ir1->simtempvals, ir2->simtempvals, min(ir1->fepvals->n_lambda, ir2->fepvals->n_lambda), ftol, abstol);
 828     }
 829     cmp_int(fp, "inputrec->bExpanded", -1, ir1->bExpanded, ir2->bExpanded);
 830     if ((ir1->bExpanded == ir2->bExpanded) && (ir1->bExpanded))
 831     {
 832         cmp_expandedvals(fp, ir1->expandedvals, ir2->expandedvals, min(ir1->fepvals->n_lambda, ir2->fepvals->n_lambda), ftol, abstol);
 833     }
 834     cmp_int(fp, "inputrec->nwall", -1, ir1->nwall, ir2->nwall);
 835     cmp_int(fp, "inputrec->wall_type", -1, ir1->wall_type, ir2->wall_type);
 836     cmp_int(fp, "inputrec->wall_atomtype[0]", -1, ir1->wall_atomtype[0], ir2->wall_atomtype[0]);
 837     cmp_int(fp, "inputrec->wall_atomtype[1]", -1, ir1->wall_atomtype[1], ir2->wall_atomtype[1]);
 838     cmp_real(fp, "inputrec->wall_density[0]", -1, ir1->wall_density[0], ir2->wall_density[0], ftol, abstol);
 839     cmp_real(fp, "inputrec->wall_density[1]", -1, ir1->wall_density[1], ir2->wall_density[1], ftol, abstol);
 840     cmp_real(fp, "inputrec->wall_ewald_zfac", -1, ir1->wall_ewald_zfac, ir2->wall_ewald_zfac, ftol, abstol);
 841
 842     cmp_int(fp, "inputrec->ePull", -1, ir1->ePull, ir2->ePull);
 843     if (ir1->ePull == ir2->ePull && ir1->ePull != epullNO)
 844     {
 845         cmp_pull(fp);
 846     }
 847
 848     cmp_int(fp, "inputrec->eDisre", -1, ir1->eDisre, ir2->eDisre);
 849     cmp_real(fp, "inputrec->dr_fc", -1, ir1->dr_fc, ir2->dr_fc, ftol, abstol);
 850     cmp_int(fp, "inputrec->eDisreWeighting", -1, ir1->eDisreWeighting, ir2->eDisreWeighting);
 851     cmp_int(fp, "inputrec->bDisreMixed", -1, ir1->bDisreMixed, ir2->bDisreMixed);
 852     cmp_int(fp, "inputrec->nstdisreout", -1, ir1->nstdisreout, ir2->nstdisreout);
 853     cmp_real(fp, "inputrec->dr_tau", -1, ir1->dr_tau, ir2->dr_tau, ftol, abstol);
 854     cmp_real(fp, "inputrec->orires_fc", -1, ir1->orires_fc, ir2->orires_fc, ftol, abstol);
 855     cmp_real(fp, "inputrec->orires_tau", -1, ir1->orires_tau, ir2->orires_tau, ftol, abstol);
 856     cmp_int(fp, "inputrec->nstorireout", -1, ir1->nstorireout, ir2->nstorireout);
 857     cmp_real(fp, "inputrec->em_stepsize", -1, ir1->em_stepsize, ir2->em_stepsize, ftol, abstol);
 858     cmp_real(fp, "inputrec->em_tol", -1, ir1->em_tol, ir2->em_tol, ftol, abstol);
 859     cmp_int(fp, "inputrec->niter", -1, ir1->niter, ir2->niter);
 860     cmp_real(fp, "inputrec->fc_stepsize", -1, ir1->fc_stepsize, ir2->fc_stepsize, ftol, abstol);
 861     cmp_int(fp, "inputrec->nstcgsteep", -1, ir1->nstcgsteep, ir2->nstcgsteep);
 862     cmp_int(fp, "inputrec->nbfgscorr", 0, ir1->nbfgscorr, ir2->nbfgscorr);
 863     cmp_int(fp, "inputrec->eConstrAlg", -1, ir1->eConstrAlg, ir2->eConstrAlg);
 864     cmp_int(fp, "inputrec->nProjOrder", -1, ir1->nProjOrder, ir2->nProjOrder);
 865     cmp_real(fp, "inputrec->LincsWarnAngle", -1, ir1->LincsWarnAngle, ir2->LincsWarnAngle, ftol, abstol);
 866     cmp_int(fp, "inputrec->nLincsIter", -1, ir1->nLincsIter, ir2->nLincsIter);
 867     cmp_real(fp, "inputrec->bd_fric", -1, ir1->bd_fric, ir2->bd_fric, ftol, abstol);
 868     cmp_int64(fp, "inputrec->ld_seed", ir1->ld_seed, ir2->ld_seed);
 869     cmp_real(fp, "inputrec->cos_accel", -1, ir1->cos_accel, ir2->cos_accel, ftol, abstol);
 870     cmp_rvec(fp, "inputrec->deform(a)", -1, ir1->deform[XX], ir2->deform[XX], ftol, abstol);
 871     cmp_rvec(fp, "inputrec->deform(b)", -1, ir1->deform[YY], ir2->deform[YY], ftol, abstol);
 872     cmp_rvec(fp, "inputrec->deform(c)", -1, ir1->deform[ZZ], ir2->deform[ZZ], ftol, abstol);
 873
 874
 875     cmp_bool(fp, "ir->bAdress->type", -1, ir1->bAdress, ir2->bAdress);
 876     if (ir1->bAdress && ir2->bAdress)
 877     {
 878         cmp_adress(fp, ir1->adress, ir2->adress, ftol, abstol);
 879     }
 880
 881     cmp_int(fp, "inputrec->userint1", -1, ir1->userint1, ir2->userint1);
 882     cmp_int(fp, "inputrec->userint2", -1, ir1->userint2, ir2->userint2);
 883     cmp_int(fp, "inputrec->userint3", -1, ir1->userint3, ir2->userint3);
 884     cmp_int(fp, "inputrec->userint4", -1, ir1->userint4, ir2->userint4);
 885     cmp_real(fp, "inputrec->userreal1", -1, ir1->userreal1, ir2->userreal1, ftol, abstol);
 886     cmp_real(fp, "inputrec->userreal2", -1, ir1->userreal2, ir2->userreal2, ftol, abstol);
 887     cmp_real(fp, "inputrec->userreal3", -1, ir1->userreal3, ir2->userreal3, ftol, abstol);
 888     cmp_real(fp, "inputrec->userreal4", -1, ir1->userreal4, ir2->userreal4, ftol, abstol);
 889     cmp_grpopts(fp, &(ir1->opts), &(ir2->opts), ftol, abstol);
 890     cmp_cosines(fp, "ex", ir1->ex, ir2->ex, ftol, abstol);
 891     cmp_cosines(fp, "et", ir1->et, ir2->et, ftol, abstol);
 892 }
 893
 894 static void comp_pull_AB(FILE *fp, t_pull *pull, real ftol, real abstol)
 895 {
 896     int i;
 897
 898     for (i = 0; i < pull->ncoord; i++)
 899     {
 900         fprintf(fp, "comparing pull coord %d\n", i);
 901         cmp_real(fp, "pull-coord->k", -1, pull->coord[i].k, pull->coord[i].kB, ftol, abstol);
 902     }
 903 }
 904
 905 static void comp_state(t_state *st1, t_state *st2,
 906                        gmx_bool bRMSD, real ftol, real abstol)
 907 {
 908     int i, j, nc;
 909
 910     fprintf(stdout, "comparing flags\n");
 911     cmp_int(stdout, "flags", -1, st1->flags, st2->flags);
 912     fprintf(stdout, "comparing box\n");
 913     cmp_rvecs(stdout, "box", DIM, st1->box, st2->box, FALSE, ftol, abstol);
 914     fprintf(stdout, "comparing box_rel\n");
 915     cmp_rvecs(stdout, "box_rel", DIM, st1->box_rel, st2->box_rel, FALSE, ftol, abstol);
 916     fprintf(stdout, "comparing boxv\n");
 917     cmp_rvecs(stdout, "boxv", DIM, st1->boxv, st2->boxv, FALSE, ftol, abstol);
 918     if (st1->flags & (1<<estSVIR_PREV))
 919     {
 920         fprintf(stdout, "comparing shake vir_prev\n");
 921         cmp_rvecs_rmstol(stdout, "svir_prev", DIM, st1->svir_prev, st2->svir_prev, ftol, abstol);
 922     }
 923     if (st1->flags & (1<<estFVIR_PREV))
 924     {
 925         fprintf(stdout, "comparing force vir_prev\n");
 926         cmp_rvecs_rmstol(stdout, "fvir_prev", DIM, st1->fvir_prev, st2->fvir_prev, ftol, abstol);
 927     }
 928     if (st1->flags & (1<<estPRES_PREV))
 929     {
 930         fprintf(stdout, "comparing prev_pres\n");
 931         cmp_rvecs_rmstol(stdout, "pres_prev", DIM, st1->pres_prev, st2->pres_prev, ftol, abstol);
 932     }
 933     cmp_int(stdout, "ngtc", -1, st1->ngtc, st2->ngtc);
 934     cmp_int(stdout, "nhchainlength", -1, st1->nhchainlength, st2->nhchainlength);
 935     if (st1->ngtc == st2->ngtc && st1->nhchainlength == st2->nhchainlength)
 936     {
 937         for (i = 0; i < st1->ngtc; i++)
 938         {
 939             nc = i*st1->nhchainlength;
 940             for (j = 0; j < nc; j++)
 941             {
 942                 cmp_real(stdout, "nosehoover_xi",
 943                          i, st1->nosehoover_xi[nc+j], st2->nosehoover_xi[nc+j], ftol, abstol);
 944             }
 945         }
 946     }
 947     cmp_int(stdout, "nnhpres", -1, st1->nnhpres, st2->nnhpres);
 948     if (st1->nnhpres == st2->nnhpres && st1->nhchainlength == st2->nhchainlength)
 949     {
 950         for (i = 0; i < st1->nnhpres; i++)
 951         {
 952             nc = i*st1->nhchainlength;
 953             for (j = 0; j < nc; j++)
 954             {
 955                 cmp_real(stdout, "nosehoover_xi",
 956                          i, st1->nhpres_xi[nc+j], st2->nhpres_xi[nc+j], ftol, abstol);
 957             }
 958         }
 959     }
 960
 961     cmp_int(stdout, "natoms", -1, st1->natoms, st2->natoms);
 962     if (st1->natoms == st2->natoms)
 963     {
 964         if ((st1->flags & (1<<estX)) && (st2->flags & (1<<estX)))
 965         {
 966             fprintf(stdout, "comparing x\n");
 967             cmp_rvecs(stdout, "x", st1->natoms, st1->x, st2->x, bRMSD, ftol, abstol);
 968         }
 969         if ((st1->flags & (1<<estV)) && (st2->flags & (1<<estV)))
 970         {
 971             fprintf(stdout, "comparing v\n");
 972             cmp_rvecs(stdout, "v", st1->natoms, st1->v, st2->v, bRMSD, ftol, abstol);
 973         }
 974     }
 975 }
 976
 977 void comp_tpx(const char *fn1, const char *fn2,
 978               gmx_bool bRMSD, real ftol, real abstol)
 979 {
 980     const char  *ff[2];
 981     t_tpxheader  sh[2];
 982     t_inputrec   ir[2];
 983     t_state      state[2];
 984     gmx_mtop_t   mtop[2];
 985     t_topology   top[2];
 986     int          i;
 987
 988     ff[0] = fn1;
 989     ff[1] = fn2;
 990     for (i = 0; i < (fn2 ? 2 : 1); i++)
 991     {
 992         read_tpx_state(ff[i], &(ir[i]), &state[i], NULL, &(mtop[i]));
 993     }
 994     if (fn2)
 995     {
 996         cmp_inputrec(stdout, &ir[0], &ir[1], ftol, abstol);
 997         /* Convert gmx_mtop_t to t_topology.
 998          * We should implement direct mtop comparison,
 999          * but it might be useful to keep t_topology comparison as an option.
1000          */
1001         top[0] = gmx_mtop_t_to_t_topology(&mtop[0]);
1002         top[1] = gmx_mtop_t_to_t_topology(&mtop[1]);
1003         cmp_top(stdout, &top[0], &top[1], ftol, abstol);
1004         cmp_groups(stdout, &mtop[0].groups, &mtop[1].groups,
1005                    mtop[0].natoms, mtop[1].natoms);
1006         comp_state(&state[0], &state[1], bRMSD, ftol, abstol);
1007     }
1008     else
1009     {
1010         if (ir[0].efep == efepNO)
1011         {
1012             fprintf(stdout, "inputrec->efep = %s\n", efep_names[ir[0].efep]);
1013         }
1014         else
1015         {
1016             if (ir[0].ePull != epullNO)
1017             {
1018                 comp_pull_AB(stdout, ir->pull, ftol, abstol);
1019             }
1020             /* Convert gmx_mtop_t to t_topology.
1021              * We should implement direct mtop comparison,
1022              * but it might be useful to keep t_topology comparison as an option.
1023              */
1024             top[0] = gmx_mtop_t_to_t_topology(&mtop[0]);
1025             cmp_top(stdout, &top[0], NULL, ftol, abstol);
1026         }
1027     }
1028 }
1029
1030 void comp_frame(FILE *fp, t_trxframe *fr1, t_trxframe *fr2,
1031                 gmx_bool bRMSD, real ftol, real abstol)
1032 {
1033     fprintf(fp, "\n");
1034     cmp_int(fp, "flags", -1, fr1->flags, fr2->flags);
1035     cmp_int(fp, "not_ok", -1, fr1->not_ok, fr2->not_ok);
1036     cmp_int(fp, "natoms", -1, fr1->natoms, fr2->natoms);
1037     cmp_real(fp, "t0", -1, fr1->t0, fr2->t0, ftol, abstol);
1038     if (cmp_bool(fp, "bTitle", -1, fr1->bTitle, fr2->bTitle))
1039     {
1040         cmp_str(fp, "title", -1, fr1->title, fr2->title);
1041     }
1042     if (cmp_bool(fp, "bStep", -1, fr1->bStep, fr2->bStep))
1043     {
1044         cmp_int(fp, "step", -1, fr1->step, fr2->step);
1045     }
1046     cmp_int(fp, "step", -1, fr1->step, fr2->step);
1047     if (cmp_bool(fp, "bTime", -1, fr1->bTime, fr2->bTime))
1048     {
1049         cmp_real(fp, "time", -1, fr1->time, fr2->time, ftol, abstol);
1050     }
1051     if (cmp_bool(fp, "bLambda", -1, fr1->bLambda, fr2->bLambda))
1052     {
1053         cmp_real(fp, "lambda", -1, fr1->lambda, fr2->lambda, ftol, abstol);
1054     }
1055     if (cmp_bool(fp, "bAtoms", -1, fr1->bAtoms, fr2->bAtoms))
1056     {
1057         cmp_atoms(fp, fr1->atoms, fr2->atoms, ftol, abstol);
1058     }
1059     if (cmp_bool(fp, "bPrec", -1, fr1->bPrec, fr2->bPrec))
1060     {
1061         cmp_real(fp, "prec", -1, fr1->prec, fr2->prec, ftol, abstol);
1062     }
1063     if (cmp_bool(fp, "bX", -1, fr1->bX, fr2->bX))
1064     {
1065         cmp_rvecs(fp, "x", min(fr1->natoms, fr2->natoms), fr1->x, fr2->x, bRMSD, ftol, abstol);
1066     }
1067     if (cmp_bool(fp, "bV", -1, fr1->bV, fr2->bV))
1068     {
1069         cmp_rvecs(fp, "v", min(fr1->natoms, fr2->natoms), fr1->v, fr2->v, bRMSD, ftol, abstol);
1070     }
1071     if (cmp_bool(fp, "bF", -1, fr1->bF, fr2->bF))
1072     {
1073         if (bRMSD)
1074         {
1075             cmp_rvecs(fp, "f", min(fr1->natoms, fr2->natoms), fr1->f, fr2->f, bRMSD, ftol, abstol);
1076         }
1077         else
1078         {
1079             cmp_rvecs_rmstol(fp, "f", min(fr1->natoms, fr2->natoms), fr1->f, fr2->f, ftol, abstol);
1080         }
1081     }
1082     if (cmp_bool(fp, "bBox", -1, fr1->bBox, fr2->bBox))
1083     {
1084         cmp_rvecs(fp, "box", 3, fr1->box, fr2->box, FALSE, ftol, abstol);
1085     }
1086 }
1087
1088 void comp_trx(const output_env_t oenv, const char *fn1, const char *fn2,
1089               gmx_bool bRMSD, real ftol, real abstol)
1090 {
1091     int          i;
1092     const char  *fn[2];
1093     t_trxframe   fr[2];
1094     t_trxstatus *status[2];
1095     gmx_bool     b[2];
1096
1097     fn[0] = fn1;
1098     fn[1] = fn2;
1099     fprintf(stderr, "Comparing trajectory files %s and %s\n", fn1, fn2);
1100     for (i = 0; i < 2; i++)
1101     {
1102         b[i] = read_first_frame(oenv, &status[i], fn[i], &fr[i], TRX_READ_X|TRX_READ_V|TRX_READ_F);
1103     }
1104
1105     if (b[0] && b[1])
1106     {
1107         do
1108         {
1109             comp_frame(stdout, &(fr[0]), &(fr[1]), bRMSD, ftol, abstol);
1110
1111             for (i = 0; i < 2; i++)
1112             {
1113                 b[i] = read_next_frame(oenv, status[i], &fr[i]);
1114             }
1115         }
1116         while (b[0] && b[1]);
1117
1118         for (i = 0; i < 2; i++)
1119         {
1120             if (b[i] && !b[1-i])
1121             {
1122                 fprintf(stdout, "\nEnd of file on %s but not on %s\n", fn[1-i], fn[i]);
1123             }
1124             close_trj(status[i]);
1125         }
1126     }
1127     if (!b[0] && !b[1])
1128     {
1129         fprintf(stdout, "\nBoth files read correctly\n");
1130     }
1131 }
1132
1133 static real ener_tensor_diag(int n, int *ind1, int *ind2,
1134                              gmx_enxnm_t *enm1,
1135                              int *tensi, int i,
1136                              t_energy e1[], t_energy e2[])
1137 {
1138     int  d1, d2;
1139     int  len;
1140     int  j;
1141     real prod1, prod2;
1142     int  nfound;
1143
1144     d1 = tensi[i]/DIM;
1145     d2 = tensi[i] - d1*DIM;
1146
1147     /* Find the diagonal elements d1 and d2 */
1148     len    = strlen(enm1[ind1[i]].name);
1149     prod1  = 1;
1150     prod2  = 1;
1151     nfound = 0;
1152     for (j = 0; j < n; j++)
1153     {
1154         if (tensi[j] >= 0 &&
1155             strlen(enm1[ind1[j]].name) == len &&
1156             strncmp(enm1[ind1[i]].name, enm1[ind1[j]].name, len-2) == 0 &&
1157             (tensi[j] == d1*DIM+d1 || tensi[j] == d2*DIM+d2))
1158         {
1159             prod1 *= fabs(e1[ind1[j]].e);
1160             prod2 *= fabs(e2[ind2[j]].e);
1161             nfound++;
1162         }
1163     }
1164
1165     if (nfound == 2)
1166     {
1167         return 0.5*(sqrt(prod1) + sqrt(prod2));
1168     }
1169     else
1170     {
1171         return 0;
1172     }
1173 }
1174
1175 static gmx_bool enernm_equal(const char *nm1, const char *nm2)
1176 {
1177     int len1, len2;
1178
1179     len1 = strlen(nm1);
1180     len2 = strlen(nm2);
1181
1182     /* Remove " (bar)" at the end of a name */
1183     if (len1 > 6 && strcmp(nm1+len1-6, " (bar)") == 0)
1184     {
1185         len1 -= 6;
1186     }
1187     if (len2 > 6 && strcmp(nm2+len2-6, " (bar)") == 0)
1188     {
1189         len2 -= 6;
1190     }
1191
1192     return (len1 == len2 && gmx_strncasecmp(nm1, nm2, len1) == 0);
1193 }
1194
1195 static void cmp_energies(FILE *fp, int step1, int step2,
1196                          t_energy e1[], t_energy e2[],
1197                          gmx_enxnm_t *enm1,
1198                          real ftol, real abstol,
1199                          int nre, int *ind1, int *ind2, int maxener)
1200 {
1201     int   i, ii;
1202     int  *tensi, len, d1, d2;
1203     real  ftol_i, abstol_i;
1204
1205     snew(tensi, maxener);
1206     /* Check for tensor elements ending on "-XX", "-XY", ... , "-ZZ" */
1207     for (i = 0; (i < maxener); i++)
1208     {
1209         ii       = ind1[i];
1210         tensi[i] = -1;
1211         len      = strlen(enm1[ii].name);
1212         if (len > 3 && enm1[ii].name[len-3] == '-')
1213         {
1214             d1 = enm1[ii].name[len-2] - 'X';
1215             d2 = enm1[ii].name[len-1] - 'X';
1216             if (d1 >= 0 && d1 < DIM &&
1217                 d2 >= 0 && d2 < DIM)
1218             {
1219                 tensi[i] = d1*DIM + d2;
1220             }
1221         }
1222     }
1223
1224     for (i = 0; (i < maxener); i++)
1225     {
1226         /* Check if this is an off-diagonal tensor element */
1227         if (tensi[i] >= 0 && tensi[i] != 0 && tensi[i] != 4 && tensi[i] != 8)
1228         {
1229             /* Turn on the relative tolerance check (4 is maximum relative diff.) */
1230             ftol_i = 5;
1231             /* Do the relative tolerance through an absolute tolerance times
1232              * the size of diagonal components of the tensor.
1233              */
1234             abstol_i = ftol*ener_tensor_diag(nre, ind1, ind2, enm1, tensi, i, e1, e2);
1235             if (debug)
1236             {
1237                 fprintf(debug, "tensor '%s' val %f diag %f\n",
1238                         enm1[i].name, e1[i].e, abstol_i/ftol);
1239             }
1240             if (abstol_i > 0)
1241             {
1242                 /* We found a diagonal, we need to check with the minimum tolerance */
1243                 abstol_i = min(abstol_i, abstol);
1244             }
1245             else
1246             {
1247                 /* We did not find a diagonal, ignore the relative tolerance check */
1248                 abstol_i = abstol;
1249             }
1250         }
1251         else
1252         {
1253             ftol_i   = ftol;
1254             abstol_i = abstol;
1255         }
1256         if (!equal_real(e1[ind1[i]].e, e2[ind2[i]].e, ftol_i, abstol_i))
1257         {
1258             fprintf(fp, "%-15s  step %3d:  %12g,  step %3d: %12g\n",
1259                     enm1[ind1[i]].name,
1260                     step1, e1[ind1[i]].e,
1261                     step2, e2[ind2[i]].e);
1262         }
1263     }
1264
1265     sfree(tensi);
1266 }
1267
1268 #if 0
1269 static void cmp_disres(t_enxframe *fr1, t_enxframe *fr2, real ftol, real abstol)
1270 {
1271     int  i;
1272     char bav[64], bt[64], bs[22];
1273
1274     cmp_int(stdout, "ndisre", -1, fr1->ndisre, fr2->ndisre);
1275     if ((fr1->ndisre == fr2->ndisre) && (fr1->ndisre > 0))
1276     {
1277         sprintf(bav, "step %s: disre rav", gmx_step_str(fr1->step, bs));
1278         sprintf(bt, "step %s: disre  rt", gmx_step_str(fr1->step, bs));
1279         for (i = 0; (i < fr1->ndisre); i++)
1280         {
1281             cmp_real(stdout, bav, i, fr1->disre_rm3tav[i], fr2->disre_rm3tav[i], ftol, abstol);
1282             cmp_real(stdout, bt, i, fr1->disre_rt[i], fr2->disre_rt[i], ftol, abstol);
1283         }
1284     }
1285 }
1286 #endif
1287
1288 static void cmp_eblocks(t_enxframe *fr1, t_enxframe *fr2, real ftol, real abstol)
1289 {
1290     int  i, j, k;
1291     char buf[64], bs[22];
1292
1293     cmp_int(stdout, "nblock", -1, fr1->nblock, fr2->nblock);
1294     if ((fr1->nblock == fr2->nblock) && (fr1->nblock > 0))
1295     {
1296         for (j = 0; (j < fr1->nblock); j++)
1297         {
1298             t_enxblock *b1, *b2; /* convenience vars */
1299
1300             b1 = &(fr1->block[j]);
1301             b2 = &(fr2->block[j]);
1302
1303             sprintf(buf, "step %s: block[%d]", gmx_step_str(fr1->step, bs), j);
1304             cmp_int(stdout, buf, -1, b1->nsub, b2->nsub);
1305             cmp_int(stdout, buf, -1, b1->id, b2->id);
1306
1307             if ( (b1->nsub == b2->nsub) && (b1->id == b2->id) )
1308             {
1309                 for (i = 0; i < b1->nsub; i++)
1310                 {
1311                     t_enxsubblock *s1, *s2;
1312
1313                     s1 = &(b1->sub[i]);
1314                     s2 = &(b2->sub[i]);
1315
1316                     cmp_int(stdout, buf, -1, (int)s1->type, (int)s2->type);
1317                     cmp_int64(stdout, buf, s1->nr, s2->nr);
1318
1319                     if ((s1->type == s2->type) && (s1->nr == s2->nr))
1320                     {
1321                         switch (s1->type)
1322                         {
1323                             case xdr_datatype_float:
1324                                 for (k = 0; k < s1->nr; k++)
1325                                 {
1326                                     cmp_float(stdout, buf, i,
1327                                               s1->fval[k], s2->fval[k],
1328                                               ftol, abstol);
1329                                 }
1330                                 break;
1331                             case xdr_datatype_double:
1332                                 for (k = 0; k < s1->nr; k++)
1333                                 {
1334                                     cmp_double(stdout, buf, i,
1335                                                s1->dval[k], s2->dval[k],
1336                                                ftol, abstol);
1337                                 }
1338                                 break;
1339                             case xdr_datatype_int:
1340                                 for (k = 0; k < s1->nr; k++)
1341                                 {
1342                                     cmp_int(stdout, buf, i,
1343                                             s1->ival[k], s2->ival[k]);
1344                                 }
1345                                 break;
1346                             case xdr_datatype_int64:
1347                                 for (k = 0; k < s1->nr; k++)
1348                                 {
1349                                     cmp_int64(stdout, buf,
1350                                               s1->lval[k], s2->lval[k]);
1351                                 }
1352                                 break;
1353                             case xdr_datatype_char:
1354                                 for (k = 0; k < s1->nr; k++)
1355                                 {
1356                                     cmp_uc(stdout, buf, i,
1357                                            s1->cval[k], s2->cval[k]);
1358                                 }
1359                                 break;
1360                             case xdr_datatype_string:
1361                                 for (k = 0; k < s1->nr; k++)
1362                                 {
1363                                     cmp_str(stdout, buf, i,
1364                                             s1->sval[k], s2->sval[k]);
1365                                 }
1366                                 break;
1367                             default:
1368                                 gmx_incons("Unknown data type!!");
1369                         }
1370                     }
1371                 }
1372             }
1373         }
1374     }
1375 }
1376
1377 void comp_enx(const char *fn1, const char *fn2, real ftol, real abstol, const char *lastener)
1378 {
1379     int            nre, nre1, nre2, block;
1380     ener_file_t    in1, in2;
1381     int            i, j, maxener, *ind1, *ind2, *have;
1382     char           buf[256];
1383     gmx_enxnm_t   *enm1 = NULL, *enm2 = NULL;
1384     t_enxframe    *fr1, *fr2;
1385     gmx_bool       b1, b2;
1386
1387     fprintf(stdout, "comparing energy file %s and %s\n\n", fn1, fn2);
1388
1389     in1 = open_enx(fn1, "r");
1390     in2 = open_enx(fn2, "r");
1391     do_enxnms(in1, &nre1, &enm1);
1392     do_enxnms(in2, &nre2, &enm2);
1393     if (nre1 != nre2)
1394     {
1395         fprintf(stdout, "There are %d and %d terms in the energy files\n\n",
1396                 nre1, nre2);
1397     }
1398     else
1399     {
1400         fprintf(stdout, "There are %d terms in the energy files\n\n", nre1);
1401     }
1402
1403     snew(ind1, nre1);
1404     snew(ind2, nre2);
1405     snew(have, nre2);
1406     nre = 0;
1407     for (i = 0; i < nre1; i++)
1408     {
1409         for (j = 0; j < nre2; j++)
1410         {
1411             if (enernm_equal(enm1[i].name, enm2[j].name))
1412             {
1413                 ind1[nre] = i;
1414                 ind2[nre] = j;
1415                 have[j]   = 1;
1416                 nre++;
1417                 break;
1418             }
1419         }
1420         if (nre == 0 || ind1[nre-1] != i)
1421         {
1422             cmp_str(stdout, "enm", i, enm1[i].name, "-");
1423         }
1424     }
1425     for (i = 0; i < nre2; i++)
1426     {
1427         if (have[i] == 0)
1428         {
1429             cmp_str(stdout, "enm", i, "-", enm2[i].name);
1430         }
1431     }
1432
1433     maxener = nre;
1434     for (i = 0; i < nre; i++)
1435     {
1436         if ((lastener != NULL) && (strstr(enm1[i].name, lastener) != NULL))
1437         {
1438             maxener = i+1;
1439             break;
1440         }
1441     }
1442
1443     fprintf(stdout, "There are %d terms to compare in the energy files\n\n",
1444             maxener);
1445
1446     for (i = 0; i < maxener; i++)
1447     {
1448         cmp_str(stdout, "unit", i, enm1[ind1[i]].unit, enm2[ind2[i]].unit);
1449     }
1450
1451     snew(fr1, 1);
1452     snew(fr2, 1);
1453     do
1454     {
1455         b1 = do_enx(in1, fr1);
1456         b2 = do_enx(in2, fr2);
1457         if (b1 && !b2)
1458         {
1459             fprintf(stdout, "\nEnd of file on %s but not on %s\n", fn2, fn1);
1460         }
1461         else if (!b1 && b2)
1462         {
1463             fprintf(stdout, "\nEnd of file on %s but not on %s\n", fn1, fn2);
1464         }
1465         else if (!b1 && !b2)
1466         {
1467             fprintf(stdout, "\nFiles read successfully\n");
1468         }
1469         else
1470         {
1471             cmp_real(stdout, "t", -1, fr1->t, fr2->t, ftol, abstol);
1472             cmp_int(stdout, "step", -1, fr1->step, fr2->step);
1473             /* We don't want to print the nre mismatch for every frame */
1474             /* cmp_int(stdout,"nre",-1,fr1->nre,fr2->nre); */
1475             if ((fr1->nre >= nre) && (fr2->nre >= nre))
1476             {
1477                 cmp_energies(stdout, fr1->step, fr1->step, fr1->ener, fr2->ener,
1478                              enm1, ftol, abstol, nre, ind1, ind2, maxener);
1479             }
1480             /*cmp_disres(fr1,fr2,ftol,abstol);*/
1481             cmp_eblocks(fr1, fr2, ftol, abstol);
1482         }
1483     }
1484     while (b1 && b2);
1485
1486     close_enx(in1);
1487     close_enx(in2);
1488
1489     free_enxframe(fr2);
1490     sfree(fr2);
1491     free_enxframe(fr1);
1492     sfree(fr1);
1493 }