src/gromacs/tools/compare.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2016, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  38 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  39 #include <config.h>
  40 #endif
  41
  42 #include <math.h>
  43 #include <stdio.h>
  44 #include <string.h>
  45 #include "main.h"
  46 #include "macros.h"
  47 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  48 #include "gromacs/fileio/futil.h"
  49 #include "sysstuff.h"
  50 #include "txtdump.h"
  51 #include "gmx_fatal.h"
  52 #include "names.h"
  53 #include "gromacs/fileio/tpxio.h"
  54 #include "gromacs/fileio/trxio.h"
  55 #include "gromacs/fileio/enxio.h"
  56 #include "mtop_util.h"
  57 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  58
  59 static void cmp_int(FILE *fp, const char *s, int index, int i1, int i2)
  60 {
  61     if (i1 != i2)
  62     {
  63         if (index != -1)
  64         {
  65             fprintf(fp, "%s[%d] (%d - %d)\n", s, index, i1, i2);
  66         }
  67         else
  68         {
  69             fprintf(fp, "%s (%d - %d)\n", s, i1, i2);
  70         }
  71     }
  72 }
  73
  74 static void cmp_int64(FILE *fp, const char *s, gmx_int64_t i1, gmx_int64_t i2)
  75 {
  76     if (i1 != i2)
  77     {
  78         fprintf(fp, "%s (", s);
  79         fprintf(fp, "%"GMX_PRId64, i1);
  80         fprintf(fp, " - ");
  81         fprintf(fp, "%"GMX_PRId64, i2);
  82         fprintf(fp, ")\n");
  83     }
  84 }
  85
  86 static void cmp_us(FILE *fp, const char *s, int index, unsigned short i1, unsigned short i2)
  87 {
  88     if (i1 != i2)
  89     {
  90         if (index != -1)
  91         {
  92             fprintf(fp, "%s[%d] (%u - %u)\n", s, index, i1, i2);
  93         }
  94         else
  95         {
  96             fprintf(fp, "%s (%u - %u)\n", s, i1, i2);
  97         }
  98     }
  99 }
 100
 101 static void cmp_uc(FILE *fp, const char *s, int index, unsigned char i1, unsigned char i2)
 102 {
 103     if (i1 != i2)
 104     {
 105         if (index != -1)
 106         {
 107             fprintf(fp, "%s[%d] (%d - %d)\n", s, index, i1, i2);
 108         }
 109         else
 110         {
 111             fprintf(fp, "%s (%d - %d)\n", s, i1, i2);
 112         }
 113     }
 114 }
 115
 116 static gmx_bool cmp_bool(FILE *fp, const char *s, int index, gmx_bool b1, gmx_bool b2)
 117 {
 118     if (b1)
 119     {
 120         b1 = 1;
 121     }
 122     else
 123     {
 124         b1 = 0;
 125     }
 126     if (b2)
 127     {
 128         b2 = 1;
 129     }
 130     else
 131     {
 132         b2 = 0;
 133     }
 134     if (b1 != b2)
 135     {
 136         if (index != -1)
 137         {
 138             fprintf(fp, "%s[%d] (%s - %s)\n", s, index,
 139                     bool_names[b1], bool_names[b2]);
 140         }
 141         else
 142         {
 143             fprintf(fp, "%s (%s - %s)\n", s,
 144                     bool_names[b1], bool_names[b2]);
 145         }
 146     }
 147     return b1 && b2;
 148 }
 149
 150 static void cmp_str(FILE *fp, const char *s, int index,
 151                     const char *s1, const char *s2)
 152 {
 153     if (strcmp(s1, s2) != 0)
 154     {
 155         if (index != -1)
 156         {
 157             fprintf(fp, "%s[%d] (%s - %s)\n", s, index, s1, s2);
 158         }
 159         else
 160         {
 161             fprintf(fp, "%s (%s - %s)\n", s, s1, s2);
 162         }
 163     }
 164 }
 165
 166 static gmx_bool equal_real(real i1, real i2, real ftol, real abstol)
 167 {
 168     return ( ( 2*fabs(i1 - i2) <= (fabs(i1) + fabs(i2))*ftol ) || fabs(i1-i2) <= abstol );
 169 }
 170
 171 static gmx_bool equal_float(float i1, float i2, float ftol, float abstol)
 172 {
 173     return ( ( 2*fabs(i1 - i2) <= (fabs(i1) + fabs(i2))*ftol ) || fabs(i1-i2) <= abstol );
 174 }
 175
 176 static gmx_bool equal_double(double i1, double i2, real ftol, real abstol)
 177 {
 178     return ( ( 2*fabs(i1 - i2) <= (fabs(i1) + fabs(i2))*ftol ) || fabs(i1-i2) <= abstol );
 179 }
 180
 181 static void
 182 cmp_real(FILE *fp, const char *s, int index, real i1, real i2, real ftol, real abstol)
 183 {
 184     if (!equal_real(i1, i2, ftol, abstol))
 185     {
 186         if (index != -1)
 187         {
 188             fprintf(fp, "%s[%2d] (%e - %e)\n", s, index, i1, i2);
 189         }
 190         else
 191         {
 192             fprintf(fp, "%s (%e - %e)\n", s, i1, i2);
 193         }
 194     }
 195 }
 196
 197 static void
 198 cmp_float(FILE *fp, const char *s, int index, float i1, float i2, float ftol, float abstol)
 199 {
 200     if (!equal_float(i1, i2, ftol, abstol))
 201     {
 202         if (index != -1)
 203         {
 204             fprintf(fp, "%s[%2d] (%e - %e)\n", s, index, i1, i2);
 205         }
 206         else
 207         {
 208             fprintf(fp, "%s (%e - %e)\n", s, i1, i2);
 209         }
 210     }
 211 }
 212
 213
 214
 215 static void
 216 cmp_double(FILE *fp, const char *s, int index, double i1, double i2, double ftol, double abstol)
 217 {
 218     if (!equal_double(i1, i2, ftol, abstol))
 219     {
 220         if (index != -1)
 221         {
 222             fprintf(fp, "%s[%2d] (%16.9e - %16.9e)\n", s, index, i1, i2);
 223         }
 224         else
 225         {
 226             fprintf(fp, "%s (%16.9e - %16.9e)\n", s, i1, i2);
 227         }
 228     }
 229 }
 230
 231 static void cmp_rvec(FILE *fp, const char *s, int index, rvec i1, rvec i2, real ftol, real abstol)
 232 {
 233     if (!equal_real(i1[XX], i2[XX], ftol, abstol) ||
 234         !equal_real(i1[YY], i2[YY], ftol, abstol) ||
 235         !equal_real(i1[ZZ], i2[ZZ], ftol, abstol))
 236     {
 237         if (index != -1)
 238         {
 239             fprintf(fp, "%s[%5d] (%12.5e %12.5e %12.5e) - (%12.5e %12.5e %12.5e)\n",
 240                     s, index, i1[XX], i1[YY], i1[ZZ], i2[XX], i2[YY], i2[ZZ]);
 241         }
 242         else
 243         {
 244             fprintf(fp, "%s (%12.5e %12.5e %12.5e) - (%12.5e %12.5e %12.5e)\n",
 245                     s, i1[XX], i1[YY], i1[ZZ], i2[XX], i2[YY], i2[ZZ]);
 246         }
 247     }
 248 }
 249
 250 static void cmp_ivec(FILE *fp, const char *s, int index, ivec i1, ivec i2)
 251 {
 252     if ((i1[XX] != i2[XX]) || (i1[YY] != i2[YY]) || (i1[ZZ] != i2[ZZ]))
 253     {
 254         if (index != -1)
 255         {
 256             fprintf(fp, "%s[%5d] (%8d,%8d,%8d - %8d,%8d,%8d)\n", s, index,
 257                     i1[XX], i1[YY], i1[ZZ], i2[XX], i2[YY], i2[ZZ]);
 258         }
 259         else
 260         {
 261             fprintf(fp, "%s (%8d,%8d,%8d - %8d,%8d,%8d)\n", s,
 262                     i1[XX], i1[YY], i1[ZZ], i2[XX], i2[YY], i2[ZZ]);
 263         }
 264     }
 265 }
 266
 267 static void cmp_ilist(FILE *fp, int ftype, t_ilist *il1, t_ilist *il2)
 268 {
 269     int  i;
 270     char buf[256];
 271
 272     fprintf(fp, "comparing ilist %s\n", interaction_function[ftype].name);
 273     sprintf(buf, "%s->nr", interaction_function[ftype].name);
 274     cmp_int(fp, buf, -1, il1->nr, il2->nr);
 275     sprintf(buf, "%s->iatoms", interaction_function[ftype].name);
 276     if (((il1->nr > 0) && (!il1->iatoms)) ||
 277         ((il2->nr > 0) && (!il2->iatoms)) ||
 278         ((il1->nr != il2->nr)))
 279     {
 280         fprintf(fp, "Comparing radically different topologies - %s is different\n",
 281                 buf);
 282     }
 283     else
 284     {
 285         for (i = 0; (i < il1->nr); i++)
 286         {
 287             cmp_int(fp, buf, i, il1->iatoms[i], il2->iatoms[i]);
 288         }
 289     }
 290 }
 291
 292 void cmp_iparm(FILE *fp, const char *s, t_functype ft,
 293                t_iparams ip1, t_iparams ip2, real ftol, real abstol)
 294 {
 295     int      i;
 296     gmx_bool bDiff;
 297
 298     bDiff = FALSE;
 299     for (i = 0; i < MAXFORCEPARAM && !bDiff; i++)
 300     {
 301         bDiff = !equal_real(ip1.generic.buf[i], ip2.generic.buf[i], ftol, abstol);
 302     }
 303     if (bDiff)
 304     {
 305         fprintf(fp, "%s1: ", s);
 306         pr_iparams(fp, ft, &ip1);
 307         fprintf(fp, "%s2: ", s);
 308         pr_iparams(fp, ft, &ip2);
 309     }
 310 }
 311
 312 void cmp_iparm_AB(FILE *fp, const char *s, t_functype ft, t_iparams ip1, real ftol, real abstol)
 313 {
 314     int      nrfpA, nrfpB, p0, i;
 315     gmx_bool bDiff;
 316
 317     /* Normally the first parameter is perturbable */
 318     p0    = 0;
 319     nrfpA = interaction_function[ft].nrfpA;
 320     nrfpB = interaction_function[ft].nrfpB;
 321     if (ft == F_PDIHS)
 322     {
 323         nrfpB = 2;
 324     }
 325     else if (interaction_function[ft].flags & IF_TABULATED)
 326     {
 327         /* For tabulated interactions only the second parameter is perturbable */
 328         p0    = 1;
 329         nrfpB = 1;
 330     }
 331     bDiff = FALSE;
 332     for (i = 0; i < nrfpB && !bDiff; i++)
 333     {
 334         bDiff = !equal_real(ip1.generic.buf[p0+i], ip1.generic.buf[nrfpA+i], ftol, abstol);
 335     }
 336     if (bDiff)
 337     {
 338         fprintf(fp, "%s: ", s);
 339         pr_iparams(fp, ft, &ip1);
 340     }
 341 }
 342
 343 static void cmp_cmap(FILE *fp, const gmx_cmap_t *cmap1, const gmx_cmap_t *cmap2, real ftol, real abstol)
 344 {
 345     cmp_int(fp, "cmap ngrid", -1, cmap1->ngrid, cmap2->ngrid);
 346     cmp_int(fp, "cmap grid_spacing", -1, cmap1->grid_spacing, cmap2->grid_spacing);
 347     if (cmap1->ngrid == cmap2->ngrid &&
 348         cmap1->grid_spacing == cmap2->grid_spacing)
 349     {
 350         int g;
 351
 352         for (g = 0; g < cmap1->ngrid; g++)
 353         {
 354             int i;
 355
 356             fprintf(fp, "comparing cmap %d\n", g);
 357
 358             for (i = 0; i < 4*cmap1->grid_spacing*cmap1->grid_spacing; i++)
 359             {
 360                 cmp_real(fp, "", i, cmap1->cmapdata[g].cmap[i], cmap2->cmapdata[g].cmap[i], ftol, abstol);
 361             }
 362         }
 363     }
 364 }
 365
 366 static void cmp_idef(FILE *fp, t_idef *id1, t_idef *id2, real ftol, real abstol)
 367 {
 368     int  i;
 369     char buf1[64], buf2[64];
 370
 371     fprintf(fp, "comparing idef\n");
 372     if (id2)
 373     {
 374         cmp_int(fp, "idef->ntypes", -1, id1->ntypes, id2->ntypes);
 375         cmp_int(fp, "idef->atnr",  -1, id1->atnr, id2->atnr);
 376         for (i = 0; (i < min(id1->ntypes, id2->ntypes)); i++)
 377         {
 378             sprintf(buf1, "idef->functype[%d]", i);
 379             sprintf(buf2, "idef->iparam[%d]", i);
 380             cmp_int(fp, buf1, i, (int)id1->functype[i], (int)id2->functype[i]);
 381             cmp_iparm(fp, buf2, id1->functype[i],
 382                       id1->iparams[i], id2->iparams[i], ftol, abstol);
 383         }
 384         cmp_real(fp, "fudgeQQ", -1, id1->fudgeQQ, id2->fudgeQQ, ftol, abstol);
 385         cmp_cmap(fp, &id1->cmap_grid, &id2->cmap_grid, ftol, abstol);
 386         for (i = 0; (i < F_NRE); i++)
 387         {
 388             cmp_ilist(fp, i, &(id1->il[i]), &(id2->il[i]));
 389         }
 390     }
 391     else
 392     {
 393         for (i = 0; (i < id1->ntypes); i++)
 394         {
 395             cmp_iparm_AB(fp, "idef->iparam", id1->functype[i], id1->iparams[i], ftol, abstol);
 396         }
 397     }
 398 }
 399
 400 static void cmp_block(FILE *fp, t_block *b1, t_block *b2, const char *s)
 401 {
 402     int  i, j, k;
 403     char buf[32];
 404
 405     fprintf(fp, "comparing block %s\n", s);
 406     sprintf(buf, "%s.nr", s);
 407     cmp_int(fp, buf, -1, b1->nr, b2->nr);
 408 }
 409
 410 static void cmp_blocka(FILE *fp, t_blocka *b1, t_blocka *b2, const char *s)
 411 {
 412     int  i, j, k;
 413     char buf[32];
 414
 415     fprintf(fp, "comparing blocka %s\n", s);
 416     sprintf(buf, "%s.nr", s);
 417     cmp_int(fp, buf, -1, b1->nr, b2->nr);
 418     sprintf(buf, "%s.nra", s);
 419     cmp_int(fp, buf, -1, b1->nra, b2->nra);
 420 }
 421
 422 static void cmp_atom(FILE *fp, int index, t_atom *a1, t_atom *a2, real ftol, real abstol)
 423 {
 424     int  i;
 425     char buf[256];
 426
 427     if (a2)
 428     {
 429         cmp_us(fp, "atom.type", index, a1->type, a2->type);
 430         cmp_us(fp, "atom.ptype", index, a1->ptype, a2->ptype);
 431         cmp_int(fp, "atom.resind", index, a1->resind, a2->resind);
 432         cmp_int(fp, "atom.atomnumber", index, a1->atomnumber, a2->atomnumber);
 433         cmp_real(fp, "atom.m", index, a1->m, a2->m, ftol, abstol);
 434         cmp_real(fp, "atom.q", index, a1->q, a2->q, ftol, abstol);
 435         cmp_us(fp, "atom.typeB", index, a1->typeB, a2->typeB);
 436         cmp_real(fp, "atom.mB", index, a1->mB, a2->mB, ftol, abstol);
 437         cmp_real(fp, "atom.qB", index, a1->qB, a2->qB, ftol, abstol);
 438     }
 439     else
 440     {
 441         cmp_us(fp, "atom.type", index, a1->type, a1->typeB);
 442         cmp_real(fp, "atom.m", index, a1->m, a1->mB, ftol, abstol);
 443         cmp_real(fp, "atom.q", index, a1->q, a1->qB, ftol, abstol);
 444     }
 445 }
 446
 447 static void cmp_atoms(FILE *fp, t_atoms *a1, t_atoms *a2, real ftol, real abstol)
 448 {
 449     int i;
 450
 451     fprintf(fp, "comparing atoms\n");
 452
 453     if (a2)
 454     {
 455         cmp_int(fp, "atoms->nr", -1, a1->nr, a2->nr);
 456         for (i = 0; (i < a1->nr); i++)
 457         {
 458             cmp_atom(fp, i, &(a1->atom[i]), &(a2->atom[i]), ftol, abstol);
 459         }
 460     }
 461     else
 462     {
 463         for (i = 0; (i < a1->nr); i++)
 464         {
 465             cmp_atom(fp, i, &(a1->atom[i]), NULL, ftol, abstol);
 466         }
 467     }
 468 }
 469
 470 static void cmp_top(FILE *fp, t_topology *t1, t_topology *t2, real ftol, real abstol)
 471 {
 472     int i;
 473
 474     fprintf(fp, "comparing top\n");
 475     if (t2)
 476     {
 477         cmp_idef(fp, &(t1->idef), &(t2->idef), ftol, abstol);
 478         cmp_atoms(fp, &(t1->atoms), &(t2->atoms), ftol, abstol);
 479         cmp_block(fp, &t1->cgs, &t2->cgs, "cgs");
 480         cmp_block(fp, &t1->mols, &t2->mols, "mols");
 481         cmp_blocka(fp, &t1->excls, &t2->excls, "excls");
 482     }
 483     else
 484     {
 485         cmp_idef(fp, &(t1->idef), NULL, ftol, abstol);
 486         cmp_atoms(fp, &(t1->atoms), NULL, ftol, abstol);
 487     }
 488 }
 489
 490 static void cmp_groups(FILE *fp, gmx_groups_t *g0, gmx_groups_t *g1,
 491                        int natoms0, int natoms1)
 492 {
 493     int  i, j, ndiff;
 494     char buf[32];
 495
 496     fprintf(fp, "comparing groups\n");
 497
 498     for (i = 0; i < egcNR; i++)
 499     {
 500         sprintf(buf, "grps[%d].nr", i);
 501         cmp_int(fp, buf, -1, g0->grps[i].nr, g1->grps[i].nr);
 502         if (g0->grps[i].nr == g1->grps[i].nr)
 503         {
 504             for (j = 0; j < g0->grps[i].nr; j++)
 505             {
 506                 sprintf(buf, "grps[%d].name[%d]", i, j);
 507                 cmp_str(fp, buf, -1,
 508                         *g0->grpname[g0->grps[i].nm_ind[j]],
 509                         *g1->grpname[g1->grps[i].nm_ind[j]]);
 510             }
 511         }
 512         cmp_int(fp, "ngrpnr", i, g0->ngrpnr[i], g1->ngrpnr[i]);
 513         if (g0->ngrpnr[i] == g1->ngrpnr[i] && natoms0 == natoms1 &&
 514             (g0->grpnr[i] != NULL || g1->grpnr[i] != NULL))
 515         {
 516             for (j = 0; j < natoms0; j++)
 517             {
 518                 cmp_int(fp, gtypes[i], j, ggrpnr(g0, i, j), ggrpnr(g1, i, j));
 519             }
 520         }
 521     }
 522     /* We have compared the names in the groups lists,
 523      * so we can skip the grpname list comparison.
 524      */
 525 }
 526
 527 static void cmp_rvecs(FILE *fp, const char *title, int n, rvec x1[], rvec x2[],
 528                       gmx_bool bRMSD, real ftol, real abstol)
 529 {
 530     int    i, m;
 531     double d, ssd;
 532
 533     if (bRMSD)
 534     {
 535         ssd = 0;
 536         for (i = 0; (i < n); i++)
 537         {
 538             for (m = 0; m < DIM; m++)
 539             {
 540                 d    = x1[i][m] - x2[i][m];
 541                 ssd += d*d;
 542             }
 543         }
 544         fprintf(fp, "%s RMSD %g\n", title, sqrt(ssd/n));
 545     }
 546     else
 547     {
 548         for (i = 0; (i < n); i++)
 549         {
 550             cmp_rvec(fp, title, i, x1[i], x2[i], ftol, abstol);
 551         }
 552     }
 553 }
 554
 555
 556 /* Similar to cmp_rvecs, but this routine scales the allowed absolute tolerance
 557  * by the RMS of the force components of x1.
 558  */
 559 static void cmp_rvecs_rmstol(FILE *fp, const char *title, int n, rvec x1[], rvec x2[],
 560                              real ftol, real abstol)
 561 {
 562     int    i, m;
 563     double d;
 564     double ave_x1, rms_x1;
 565
 566     /* It is tricky to compare real values, in particular forces that
 567      * are sums of lots of terms where the final value might be close to 0.0.
 568      * To get a reference magnitude we calculate the RMS value of each
 569      * component in x1, and then set the allowed absolute tolerance to the
 570      * relative tolerance times this RMS magnitude.
 571      */
 572     ave_x1 = 0.0;
 573     for (i = 0; i < n; i++)
 574     {
 575         for (m = 0; m < DIM; m++)
 576         {
 577             ave_x1 += x1[i][m];
 578         }
 579     }
 580     ave_x1 /= n*DIM;
 581
 582     rms_x1 = 0.0;
 583     for (i = 0; (i < n); i++)
 584     {
 585         for (m = 0; m < DIM; m++)
 586         {
 587             d       = x1[i][m] - ave_x1;
 588             rms_x1 += d*d;
 589         }
 590     }
 591     rms_x1 = sqrt(rms_x1/(DIM*n));
 592     /* And now do the actual comparision with a hopefully realistic abstol. */
 593     for (i = 0; (i < n); i++)
 594     {
 595         cmp_rvec(fp, title, i, x1[i], x2[i], ftol, abstol*rms_x1);
 596     }
 597 }
 598
 599 static void cmp_grpopts(FILE *fp, t_grpopts *opt1, t_grpopts *opt2, real ftol, real abstol)
 600 {
 601     int  i, j;
 602     char buf1[256], buf2[256];
 603
 604     cmp_int(fp, "inputrec->grpopts.ngtc", -1,  opt1->ngtc, opt2->ngtc);
 605     cmp_int(fp, "inputrec->grpopts.ngacc", -1, opt1->ngacc, opt2->ngacc);
 606     cmp_int(fp, "inputrec->grpopts.ngfrz", -1, opt1->ngfrz, opt2->ngfrz);
 607     cmp_int(fp, "inputrec->grpopts.ngener", -1, opt1->ngener, opt2->ngener);
 608     for (i = 0; (i < min(opt1->ngtc, opt2->ngtc)); i++)
 609     {
 610         cmp_real(fp, "inputrec->grpopts.nrdf", i, opt1->nrdf[i], opt2->nrdf[i], ftol, abstol);
 611         cmp_real(fp, "inputrec->grpopts.ref_t", i, opt1->ref_t[i], opt2->ref_t[i], ftol, abstol);
 612         cmp_real(fp, "inputrec->grpopts.tau_t", i, opt1->tau_t[i], opt2->tau_t[i], ftol, abstol);
 613         cmp_int(fp, "inputrec->grpopts.annealing", i, opt1->annealing[i], opt2->annealing[i]);
 614         cmp_int(fp, "inputrec->grpopts.anneal_npoints", i,
 615                 opt1->anneal_npoints[i], opt2->anneal_npoints[i]);
 616         if (opt1->anneal_npoints[i] == opt2->anneal_npoints[i])
 617         {
 618             sprintf(buf1, "inputrec->grpopts.anneal_time[%d]", i);
 619             sprintf(buf2, "inputrec->grpopts.anneal_temp[%d]", i);
 620             for (j = 0; j < opt1->anneal_npoints[i]; j++)
 621             {
 622                 cmp_real(fp, buf1, j, opt1->anneal_time[i][j], opt2->anneal_time[i][j], ftol, abstol);
 623                 cmp_real(fp, buf2, j, opt1->anneal_temp[i][j], opt2->anneal_temp[i][j], ftol, abstol);
 624             }
 625         }
 626     }
 627     if (opt1->ngener == opt2->ngener)
 628     {
 629         for (i = 0; i < opt1->ngener; i++)
 630         {
 631             for (j = i; j < opt1->ngener; j++)
 632             {
 633                 sprintf(buf1, "inputrec->grpopts.egp_flags[%d]", i);
 634                 cmp_int(fp, buf1, j,
 635                         opt1->egp_flags[opt1->ngener*i+j],
 636                         opt2->egp_flags[opt1->ngener*i+j]);
 637             }
 638         }
 639     }
 640     for (i = 0; (i < min(opt1->ngacc, opt2->ngacc)); i++)
 641     {
 642         cmp_rvec(fp, "inputrec->grpopts.acc", i, opt1->acc[i], opt2->acc[i], ftol, abstol);
 643     }
 644     for (i = 0; (i < min(opt1->ngfrz, opt2->ngfrz)); i++)
 645     {
 646         cmp_ivec(fp, "inputrec->grpopts.nFreeze", i, opt1->nFreeze[i], opt2->nFreeze[i]);
 647     }
 648 }
 649
 650 static void cmp_cosines(FILE *fp, const char *s, t_cosines c1[DIM], t_cosines c2[DIM], real ftol, real abstol)
 651 {
 652     int  i, m;
 653     char buf[256];
 654
 655     for (m = 0; (m < DIM); m++)
 656     {
 657         sprintf(buf, "inputrec->%s[%d]", s, m);
 658         cmp_int(fp, buf, 0, c1->n, c2->n);
 659         for (i = 0; (i < min(c1->n, c2->n)); i++)
 660         {
 661             cmp_real(fp, buf, i, c1->a[i], c2->a[i], ftol, abstol);
 662             cmp_real(fp, buf, i, c1->phi[i], c2->phi[i], ftol, abstol);
 663         }
 664     }
 665 }
 666 static void cmp_adress(FILE *fp, t_adress *ad1, t_adress *ad2,
 667                        real ftol, real abstol)
 668 {
 669     cmp_int(fp, "ir->adress->type", -1, ad1->type, ad2->type);
 670     cmp_real(fp, "ir->adress->const_wf", -1, ad1->const_wf, ad2->const_wf, ftol, abstol);
 671     cmp_real(fp, "ir->adress->ex_width", -1, ad1->ex_width, ad2->ex_width, ftol, abstol);
 672     cmp_real(fp, "ir->adress->hy_width", -1, ad1->hy_width, ad2->hy_width, ftol, abstol);
 673     cmp_int(fp, "ir->adress->icor", -1, ad1->icor, ad2->icor);
 674     cmp_int(fp, "ir->adress->site", -1, ad1->site, ad2->site);
 675     cmp_rvec(fp, "ir->adress->refs", -1, ad1->refs, ad2->refs, ftol, abstol);
 676     cmp_real(fp, "ir->adress->ex_forcecap", -1, ad1->ex_forcecap, ad2->ex_forcecap, ftol, abstol);
 677 }
 678
 679 static void cmp_pull(FILE *fp)
 680 {
 681     fprintf(fp, "WARNING: Both files use COM pulling, but comparing of the pull struct is not implemented (yet). The pull parameters could be the same or different.\n");
 682 }
 683
 684 static void cmp_simtempvals(FILE *fp, t_simtemp *simtemp1, t_simtemp *simtemp2, int n_lambda, real ftol, real abstol)
 685 {
 686     int i;
 687     cmp_int(fp, "inputrec->simtempvals->eSimTempScale", -1, simtemp1->eSimTempScale, simtemp2->eSimTempScale);
 688     cmp_real(fp, "inputrec->simtempvals->simtemp_high", -1, simtemp1->simtemp_high, simtemp2->simtemp_high, ftol, abstol);
 689     cmp_real(fp, "inputrec->simtempvals->simtemp_low", -1, simtemp1->simtemp_low, simtemp2->simtemp_low, ftol, abstol);
 690     for (i = 0; i < n_lambda; i++)
 691     {
 692         cmp_real(fp, "inputrec->simtempvals->temperatures", -1, simtemp1->temperatures[i], simtemp2->temperatures[i], ftol, abstol);
 693     }
 694 }
 695
 696 static void cmp_expandedvals(FILE *fp, t_expanded *expand1, t_expanded *expand2, int n_lambda, real ftol, real abstol)
 697 {
 698     int i;
 699
 700     cmp_bool(fp, "inputrec->fepvals->bInit_weights", -1, expand1->bInit_weights, expand2->bInit_weights);
 701     cmp_bool(fp, "inputrec->fepvals->bWLoneovert", -1, expand1->bWLoneovert, expand2->bWLoneovert);
 702
 703     for (i = 0; i < n_lambda; i++)
 704     {
 705         cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->init_lambda_weights", -1,
 706                  expand1->init_lambda_weights[i], expand2->init_lambda_weights[i], ftol, abstol);
 707     }
 708
 709     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lambda-stats", -1, expand1->elamstats, expand2->elamstats);
 710     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lambda-mc-move", -1, expand1->elmcmove, expand2->elmcmove);
 711     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lmc-repeats", -1, expand1->lmc_repeats, expand2->lmc_repeats);
 712     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lmc-gibbsdelta", -1, expand1->gibbsdeltalam, expand2->gibbsdeltalam);
 713     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lmc-forced-nstart", -1, expand1->lmc_forced_nstart, expand2->lmc_forced_nstart);
 714     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lambda-weights-equil", -1, expand1->elmceq, expand2->elmceq);
 715     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->,weight-equil-number-all-lambda", -1, expand1->equil_n_at_lam, expand2->equil_n_at_lam);
 716     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->weight-equil-number-samples", -1, expand1->equil_samples, expand2->equil_samples);
 717     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->weight-equil-number-steps", -1, expand1->equil_steps, expand2->equil_steps);
 718     cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->weight-equil-wl-delta", -1, expand1->equil_wl_delta, expand2->equil_wl_delta, ftol, abstol);
 719     cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->weight-equil-count-ratio", -1, expand1->equil_ratio, expand2->equil_ratio, ftol, abstol);
 720     cmp_bool(fp, "inputrec->expandedvals->symmetrized-transition-matrix", -1, expand1->bSymmetrizedTMatrix, expand2->bSymmetrizedTMatrix);
 721     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->nstTij", -1, expand1->nstTij, expand2->nstTij);
 722     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->mininum-var-min", -1, expand1->minvarmin, expand2->minvarmin); /*default is reasonable */
 723     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->weight-c-range", -1, expand1->c_range, expand2->c_range);      /* default is just C=0 */
 724     cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->wl-scale", -1, expand1->wl_scale, expand2->wl_scale, ftol, abstol);
 725     cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->init-wl-delta", -1, expand1->init_wl_delta, expand2->init_wl_delta, ftol, abstol);
 726     cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->wl-ratio", -1, expand1->wl_ratio, expand2->wl_ratio, ftol, abstol);
 727     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->nstexpanded", -1, expand1->nstexpanded, expand2->nstexpanded);
 728     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lmc-seed", -1, expand1->lmc_seed, expand2->lmc_seed);
 729     cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->mc-temperature", -1, expand1->mc_temp, expand2->mc_temp, ftol, abstol);
 730 }
 731
 732 static void cmp_fepvals(FILE *fp, t_lambda *fep1, t_lambda *fep2, real ftol, real abstol)
 733 {
 734     int i, j;
 735     cmp_int(fp, "inputrec->nstdhdl", -1, fep1->nstdhdl, fep2->nstdhdl);
 736     cmp_double(fp, "inputrec->fepvals->init_fep_state", -1, fep1->init_fep_state, fep2->init_fep_state, ftol, abstol);
 737     cmp_double(fp, "inputrec->fepvals->delta_lambda", -1, fep1->delta_lambda, fep2->delta_lambda, ftol, abstol);
 738     cmp_int(fp, "inputrec->fepvals->n_lambda", -1, fep1->n_lambda, fep2->n_lambda);
 739     for (i = 0; i < efptNR; i++)
 740     {
 741         for (j = 0; j < min(fep1->n_lambda, fep2->n_lambda); j++)
 742         {
 743             cmp_double(fp, "inputrec->fepvals->all_lambda", -1, fep1->all_lambda[i][j], fep2->all_lambda[i][j], ftol, abstol);
 744         }
 745     }
 746     cmp_int(fp, "inputrec->fepvals->lambda_neighbors", 1, fep1->lambda_neighbors,
 747             fep2->lambda_neighbors);
 748     cmp_real(fp, "inputrec->fepvals->sc_alpha", -1, fep1->sc_alpha, fep2->sc_alpha, ftol, abstol);
 749     cmp_int(fp, "inputrec->fepvals->sc_power", -1, fep1->sc_power, fep2->sc_power);
 750     cmp_real(fp, "inputrec->fepvals->sc_r_power", -1, fep1->sc_r_power, fep2->sc_r_power, ftol, abstol);
 751     cmp_real(fp, "inputrec->fepvals->sc_sigma", -1, fep1->sc_sigma, fep2->sc_sigma, ftol, abstol);
 752     cmp_int(fp, "inputrec->fepvals->edHdLPrintEnergy", -1, fep1->edHdLPrintEnergy, fep1->edHdLPrintEnergy);
 753     cmp_bool(fp, "inputrec->fepvals->bScCoul", -1, fep1->bScCoul, fep1->bScCoul);
 754     cmp_int(fp, "inputrec->separate_dhdl_file", -1, fep1->separate_dhdl_file, fep2->separate_dhdl_file);
 755     cmp_int(fp, "inputrec->dhdl_derivatives", -1, fep1->dhdl_derivatives, fep2->dhdl_derivatives);
 756     cmp_int(fp, "inputrec->dh_hist_size", -1, fep1->dh_hist_size, fep2->dh_hist_size);
 757     cmp_double(fp, "inputrec->dh_hist_spacing", -1, fep1->dh_hist_spacing, fep2->dh_hist_spacing, ftol, abstol);
 758 }
 759
 760 static void cmp_inputrec(FILE *fp, t_inputrec *ir1, t_inputrec *ir2, real ftol, real abstol)
 761 {
 762     fprintf(fp, "comparing inputrec\n");
 763
 764     /* gcc 2.96 doesnt like these defines at all, but issues a huge list
 765      * of warnings. Maybe it will change in future versions, but for the
 766      * moment I've spelled them out instead. /EL 000820
 767      * #define CIB(s) cmp_int(fp,"inputrec->"#s,0,ir1->##s,ir2->##s)
 768      * #define CII(s) cmp_int(fp,"inputrec->"#s,0,ir1->##s,ir2->##s)
 769      * #define CIR(s) cmp_real(fp,"inputrec->"#s,0,ir1->##s,ir2->##s,ftol)
 770      */
 771     cmp_int(fp, "inputrec->eI", -1, ir1->eI, ir2->eI);
 772     cmp_int64(fp, "inputrec->nsteps", ir1->nsteps, ir2->nsteps);
 773     cmp_int64(fp, "inputrec->init_step", ir1->init_step, ir2->init_step);
 774     cmp_int(fp, "inputrec->simulation_part", -1, ir1->simulation_part, ir2->simulation_part);
 775     cmp_int(fp, "inputrec->ePBC", -1, ir1->ePBC, ir2->ePBC);
 776     cmp_int(fp, "inputrec->bPeriodicMols", -1, ir1->bPeriodicMols, ir2->bPeriodicMols);
 777     cmp_int(fp, "inputrec->cutoff_scheme", -1, ir1->cutoff_scheme, ir2->cutoff_scheme);
 778     cmp_int(fp, "inputrec->ns_type", -1, ir1->ns_type, ir2->ns_type);
 779     cmp_int(fp, "inputrec->nstlist", -1, ir1->nstlist, ir2->nstlist);
 780     cmp_int(fp, "inputrec->nstcomm", -1, ir1->nstcomm, ir2->nstcomm);
 781     cmp_int(fp, "inputrec->comm_mode", -1, ir1->comm_mode, ir2->comm_mode);
 782     cmp_int(fp, "inputrec->nstlog", -1, ir1->nstlog, ir2->nstlog);
 783     cmp_int(fp, "inputrec->nstxout", -1, ir1->nstxout, ir2->nstxout);
 784     cmp_int(fp, "inputrec->nstvout", -1, ir1->nstvout, ir2->nstvout);
 785     cmp_int(fp, "inputrec->nstfout", -1, ir1->nstfout, ir2->nstfout);
 786     cmp_int(fp, "inputrec->nstcalcenergy", -1, ir1->nstcalcenergy, ir2->nstcalcenergy);
 787     cmp_int(fp, "inputrec->nstenergy", -1, ir1->nstenergy, ir2->nstenergy);
 788     cmp_int(fp, "inputrec->nstxout_compressed", -1, ir1->nstxout_compressed, ir2->nstxout_compressed);
 789     cmp_double(fp, "inputrec->init_t", -1, ir1->init_t, ir2->init_t, ftol, abstol);
 790     cmp_double(fp, "inputrec->delta_t", -1, ir1->delta_t, ir2->delta_t, ftol, abstol);
 791     cmp_real(fp, "inputrec->x_compression_precision", -1, ir1->x_compression_precision, ir2->x_compression_precision, ftol, abstol);
 792     cmp_real(fp, "inputrec->fourierspacing", -1, ir1->fourier_spacing, ir2->fourier_spacing, ftol, abstol);
 793     cmp_int(fp, "inputrec->nkx", -1, ir1->nkx, ir2->nkx);
 794     cmp_int(fp, "inputrec->nky", -1, ir1->nky, ir2->nky);
 795     cmp_int(fp, "inputrec->nkz", -1, ir1->nkz, ir2->nkz);
 796     cmp_int(fp, "inputrec->pme_order", -1, ir1->pme_order, ir2->pme_order);
 797     cmp_real(fp, "inputrec->ewald_rtol", -1, ir1->ewald_rtol, ir2->ewald_rtol, ftol, abstol);
 798     cmp_int(fp, "inputrec->ewald_geometry", -1, ir1->ewald_geometry, ir2->ewald_geometry);
 799     cmp_real(fp, "inputrec->epsilon_surface", -1, ir1->epsilon_surface, ir2->epsilon_surface, ftol, abstol);
 800     cmp_int(fp, "inputrec->bContinuation", -1, ir1->bContinuation, ir2->bContinuation);
 801     cmp_int(fp, "inputrec->bShakeSOR", -1, ir1->bShakeSOR, ir2->bShakeSOR);
 802     cmp_int(fp, "inputrec->etc", -1, ir1->etc, ir2->etc);
 803     cmp_int(fp, "inputrec->bPrintNHChains", -1, ir1->bPrintNHChains, ir2->bPrintNHChains);
 804     cmp_int(fp, "inputrec->epc", -1, ir1->epc, ir2->epc);
 805     cmp_int(fp, "inputrec->epct", -1, ir1->epct, ir2->epct);
 806     cmp_real(fp, "inputrec->tau_p", -1, ir1->tau_p, ir2->tau_p, ftol, abstol);
 807     cmp_rvec(fp, "inputrec->ref_p(x)", -1, ir1->ref_p[XX], ir2->ref_p[XX], ftol, abstol);
 808     cmp_rvec(fp, "inputrec->ref_p(y)", -1, ir1->ref_p[YY], ir2->ref_p[YY], ftol, abstol);
 809     cmp_rvec(fp, "inputrec->ref_p(z)", -1, ir1->ref_p[ZZ], ir2->ref_p[ZZ], ftol, abstol);
 810     cmp_rvec(fp, "inputrec->compress(x)", -1, ir1->compress[XX], ir2->compress[XX], ftol, abstol);
 811     cmp_rvec(fp, "inputrec->compress(y)", -1, ir1->compress[YY], ir2->compress[YY], ftol, abstol);
 812     cmp_rvec(fp, "inputrec->compress(z)", -1, ir1->compress[ZZ], ir2->compress[ZZ], ftol, abstol);
 813     cmp_int(fp, "refcoord_scaling", -1, ir1->refcoord_scaling, ir2->refcoord_scaling);
 814     cmp_rvec(fp, "inputrec->posres_com", -1, ir1->posres_com, ir2->posres_com, ftol, abstol);
 815     cmp_rvec(fp, "inputrec->posres_comB", -1, ir1->posres_comB, ir2->posres_comB, ftol, abstol);
 816     cmp_real(fp, "inputrec->verletbuf_tol", -1, ir1->verletbuf_tol, ir2->verletbuf_tol, ftol, abstol);
 817     cmp_real(fp, "inputrec->rlist", -1, ir1->rlist, ir2->rlist, ftol, abstol);
 818     cmp_real(fp, "inputrec->rlistlong", -1, ir1->rlistlong, ir2->rlistlong, ftol, abstol);
 819     cmp_int(fp, "inputrec->nstcalclr", -1, ir1->nstcalclr, ir2->nstcalclr);
 820     cmp_real(fp, "inputrec->rtpi", -1, ir1->rtpi, ir2->rtpi, ftol, abstol);
 821     cmp_int(fp, "inputrec->coulombtype", -1, ir1->coulombtype, ir2->coulombtype);
 822     cmp_int(fp, "inputrec->coulomb_modifier", -1, ir1->coulomb_modifier, ir2->coulomb_modifier);
 823     cmp_real(fp, "inputrec->rcoulomb_switch", -1, ir1->rcoulomb_switch, ir2->rcoulomb_switch, ftol, abstol);
 824     cmp_real(fp, "inputrec->rcoulomb", -1, ir1->rcoulomb, ir2->rcoulomb, ftol, abstol);
 825     cmp_int(fp, "inputrec->vdwtype", -1, ir1->vdwtype, ir2->vdwtype);
 826     cmp_int(fp, "inputrec->vdw_modifier", -1, ir1->vdw_modifier, ir2->vdw_modifier);  cmp_real(fp, "inputrec->rvdw_switch", -1, ir1->rvdw_switch, ir2->rvdw_switch, ftol, abstol);
 827     cmp_real(fp, "inputrec->rvdw", -1, ir1->rvdw, ir2->rvdw, ftol, abstol);
 828     cmp_real(fp, "inputrec->epsilon_r", -1, ir1->epsilon_r, ir2->epsilon_r, ftol, abstol);
 829     cmp_real(fp, "inputrec->epsilon_rf", -1, ir1->epsilon_rf, ir2->epsilon_rf, ftol, abstol);
 830     cmp_real(fp, "inputrec->tabext", -1, ir1->tabext, ir2->tabext, ftol, abstol);
 831     cmp_int(fp, "inputrec->implicit_solvent", -1, ir1->implicit_solvent, ir2->implicit_solvent);
 832     cmp_int(fp, "inputrec->gb_algorithm", -1, ir1->gb_algorithm, ir2->gb_algorithm);
 833     cmp_int(fp, "inputrec->nstgbradii", -1, ir1->nstgbradii, ir2->nstgbradii);
 834     cmp_real(fp, "inputrec->rgbradii", -1, ir1->rgbradii, ir2->rgbradii, ftol, abstol);
 835     cmp_real(fp, "inputrec->gb_saltconc", -1, ir1->gb_saltconc, ir2->gb_saltconc, ftol, abstol);
 836     cmp_real(fp, "inputrec->gb_epsilon_solvent", -1, ir1->gb_epsilon_solvent, ir2->gb_epsilon_solvent, ftol, abstol);
 837     cmp_real(fp, "inputrec->gb_obc_alpha", -1, ir1->gb_obc_alpha, ir2->gb_obc_alpha, ftol, abstol);
 838     cmp_real(fp, "inputrec->gb_obc_beta", -1, ir1->gb_obc_beta, ir2->gb_obc_beta, ftol, abstol);
 839     cmp_real(fp, "inputrec->gb_obc_gamma", -1, ir1->gb_obc_gamma, ir2->gb_obc_gamma, ftol, abstol);
 840     cmp_real(fp, "inputrec->gb_dielectric_offset", -1, ir1->gb_dielectric_offset, ir2->gb_dielectric_offset, ftol, abstol);
 841     cmp_int(fp, "inputrec->sa_algorithm", -1, ir1->sa_algorithm, ir2->sa_algorithm);
 842     cmp_real(fp, "inputrec->sa_surface_tension", -1, ir1->sa_surface_tension, ir2->sa_surface_tension, ftol, abstol);
 843
 844     cmp_int(fp, "inputrec->eDispCorr", -1, ir1->eDispCorr, ir2->eDispCorr);
 845     cmp_real(fp, "inputrec->shake_tol", -1, ir1->shake_tol, ir2->shake_tol, ftol, abstol);
 846     cmp_int(fp, "inputrec->efep", -1, ir1->efep, ir2->efep);
 847     cmp_fepvals(fp, ir1->fepvals, ir2->fepvals, ftol, abstol);
 848     cmp_int(fp, "inputrec->bSimTemp", -1, ir1->bSimTemp, ir2->bSimTemp);
 849     if ((ir1->bSimTemp == ir2->bSimTemp) && (ir1->bSimTemp))
 850     {
 851         cmp_simtempvals(fp, ir1->simtempvals, ir2->simtempvals, min(ir1->fepvals->n_lambda, ir2->fepvals->n_lambda), ftol, abstol);
 852     }
 853     cmp_int(fp, "inputrec->bExpanded", -1, ir1->bExpanded, ir2->bExpanded);
 854     if ((ir1->bExpanded == ir2->bExpanded) && (ir1->bExpanded))
 855     {
 856         cmp_expandedvals(fp, ir1->expandedvals, ir2->expandedvals, min(ir1->fepvals->n_lambda, ir2->fepvals->n_lambda), ftol, abstol);
 857     }
 858     cmp_int(fp, "inputrec->nwall", -1, ir1->nwall, ir2->nwall);
 859     cmp_int(fp, "inputrec->wall_type", -1, ir1->wall_type, ir2->wall_type);
 860     cmp_int(fp, "inputrec->wall_atomtype[0]", -1, ir1->wall_atomtype[0], ir2->wall_atomtype[0]);
 861     cmp_int(fp, "inputrec->wall_atomtype[1]", -1, ir1->wall_atomtype[1], ir2->wall_atomtype[1]);
 862     cmp_real(fp, "inputrec->wall_density[0]", -1, ir1->wall_density[0], ir2->wall_density[0], ftol, abstol);
 863     cmp_real(fp, "inputrec->wall_density[1]", -1, ir1->wall_density[1], ir2->wall_density[1], ftol, abstol);
 864     cmp_real(fp, "inputrec->wall_ewald_zfac", -1, ir1->wall_ewald_zfac, ir2->wall_ewald_zfac, ftol, abstol);
 865
 866     cmp_int(fp, "inputrec->ePull", -1, ir1->ePull, ir2->ePull);
 867     if (ir1->ePull == ir2->ePull && ir1->ePull != epullNO)
 868     {
 869         cmp_pull(fp);
 870     }
 871
 872     cmp_int(fp, "inputrec->eDisre", -1, ir1->eDisre, ir2->eDisre);
 873     cmp_real(fp, "inputrec->dr_fc", -1, ir1->dr_fc, ir2->dr_fc, ftol, abstol);
 874     cmp_int(fp, "inputrec->eDisreWeighting", -1, ir1->eDisreWeighting, ir2->eDisreWeighting);
 875     cmp_int(fp, "inputrec->bDisreMixed", -1, ir1->bDisreMixed, ir2->bDisreMixed);
 876     cmp_int(fp, "inputrec->nstdisreout", -1, ir1->nstdisreout, ir2->nstdisreout);
 877     cmp_real(fp, "inputrec->dr_tau", -1, ir1->dr_tau, ir2->dr_tau, ftol, abstol);
 878     cmp_real(fp, "inputrec->orires_fc", -1, ir1->orires_fc, ir2->orires_fc, ftol, abstol);
 879     cmp_real(fp, "inputrec->orires_tau", -1, ir1->orires_tau, ir2->orires_tau, ftol, abstol);
 880     cmp_int(fp, "inputrec->nstorireout", -1, ir1->nstorireout, ir2->nstorireout);
 881     cmp_real(fp, "inputrec->em_stepsize", -1, ir1->em_stepsize, ir2->em_stepsize, ftol, abstol);
 882     cmp_real(fp, "inputrec->em_tol", -1, ir1->em_tol, ir2->em_tol, ftol, abstol);
 883     cmp_int(fp, "inputrec->niter", -1, ir1->niter, ir2->niter);
 884     cmp_real(fp, "inputrec->fc_stepsize", -1, ir1->fc_stepsize, ir2->fc_stepsize, ftol, abstol);
 885     cmp_int(fp, "inputrec->nstcgsteep", -1, ir1->nstcgsteep, ir2->nstcgsteep);
 886     cmp_int(fp, "inputrec->nbfgscorr", 0, ir1->nbfgscorr, ir2->nbfgscorr);
 887     cmp_int(fp, "inputrec->eConstrAlg", -1, ir1->eConstrAlg, ir2->eConstrAlg);
 888     cmp_int(fp, "inputrec->nProjOrder", -1, ir1->nProjOrder, ir2->nProjOrder);
 889     cmp_real(fp, "inputrec->LincsWarnAngle", -1, ir1->LincsWarnAngle, ir2->LincsWarnAngle, ftol, abstol);
 890     cmp_int(fp, "inputrec->nLincsIter", -1, ir1->nLincsIter, ir2->nLincsIter);
 891     cmp_real(fp, "inputrec->bd_fric", -1, ir1->bd_fric, ir2->bd_fric, ftol, abstol);
 892     cmp_int64(fp, "inputrec->ld_seed", ir1->ld_seed, ir2->ld_seed);
 893     cmp_real(fp, "inputrec->cos_accel", -1, ir1->cos_accel, ir2->cos_accel, ftol, abstol);
 894     cmp_rvec(fp, "inputrec->deform(a)", -1, ir1->deform[XX], ir2->deform[XX], ftol, abstol);
 895     cmp_rvec(fp, "inputrec->deform(b)", -1, ir1->deform[YY], ir2->deform[YY], ftol, abstol);
 896     cmp_rvec(fp, "inputrec->deform(c)", -1, ir1->deform[ZZ], ir2->deform[ZZ], ftol, abstol);
 897
 898
 899     cmp_bool(fp, "ir->bAdress->type", -1, ir1->bAdress, ir2->bAdress);
 900     if (ir1->bAdress && ir2->bAdress)
 901     {
 902         cmp_adress(fp, ir1->adress, ir2->adress, ftol, abstol);
 903     }
 904
 905     cmp_int(fp, "inputrec->userint1", -1, ir1->userint1, ir2->userint1);
 906     cmp_int(fp, "inputrec->userint2", -1, ir1->userint2, ir2->userint2);
 907     cmp_int(fp, "inputrec->userint3", -1, ir1->userint3, ir2->userint3);
 908     cmp_int(fp, "inputrec->userint4", -1, ir1->userint4, ir2->userint4);
 909     cmp_real(fp, "inputrec->userreal1", -1, ir1->userreal1, ir2->userreal1, ftol, abstol);
 910     cmp_real(fp, "inputrec->userreal2", -1, ir1->userreal2, ir2->userreal2, ftol, abstol);
 911     cmp_real(fp, "inputrec->userreal3", -1, ir1->userreal3, ir2->userreal3, ftol, abstol);
 912     cmp_real(fp, "inputrec->userreal4", -1, ir1->userreal4, ir2->userreal4, ftol, abstol);
 913     cmp_grpopts(fp, &(ir1->opts), &(ir2->opts), ftol, abstol);
 914     cmp_cosines(fp, "ex", ir1->ex, ir2->ex, ftol, abstol);
 915     cmp_cosines(fp, "et", ir1->et, ir2->et, ftol, abstol);
 916 }
 917
 918 static void comp_pull_AB(FILE *fp, t_pull *pull, real ftol, real abstol)
 919 {
 920     int i;
 921
 922     for (i = 0; i < pull->ncoord; i++)
 923     {
 924         fprintf(fp, "comparing pull coord %d\n", i);
 925         cmp_real(fp, "pull-coord->k", -1, pull->coord[i].k, pull->coord[i].kB, ftol, abstol);
 926     }
 927 }
 928
 929 static void comp_state(t_state *st1, t_state *st2,
 930                        gmx_bool bRMSD, real ftol, real abstol)
 931 {
 932     int i, j, nc;
 933
 934     fprintf(stdout, "comparing flags\n");
 935     cmp_int(stdout, "flags", -1, st1->flags, st2->flags);
 936     fprintf(stdout, "comparing box\n");
 937     cmp_rvecs(stdout, "box", DIM, st1->box, st2->box, FALSE, ftol, abstol);
 938     fprintf(stdout, "comparing box_rel\n");
 939     cmp_rvecs(stdout, "box_rel", DIM, st1->box_rel, st2->box_rel, FALSE, ftol, abstol);
 940     fprintf(stdout, "comparing boxv\n");
 941     cmp_rvecs(stdout, "boxv", DIM, st1->boxv, st2->boxv, FALSE, ftol, abstol);
 942     if (st1->flags & (1<<estSVIR_PREV))
 943     {
 944         fprintf(stdout, "comparing shake vir_prev\n");
 945         cmp_rvecs_rmstol(stdout, "svir_prev", DIM, st1->svir_prev, st2->svir_prev, ftol, abstol);
 946     }
 947     if (st1->flags & (1<<estFVIR_PREV))
 948     {
 949         fprintf(stdout, "comparing force vir_prev\n");
 950         cmp_rvecs_rmstol(stdout, "fvir_prev", DIM, st1->fvir_prev, st2->fvir_prev, ftol, abstol);
 951     }
 952     if (st1->flags & (1<<estPRES_PREV))
 953     {
 954         fprintf(stdout, "comparing prev_pres\n");
 955         cmp_rvecs_rmstol(stdout, "pres_prev", DIM, st1->pres_prev, st2->pres_prev, ftol, abstol);
 956     }
 957     cmp_int(stdout, "ngtc", -1, st1->ngtc, st2->ngtc);
 958     cmp_int(stdout, "nhchainlength", -1, st1->nhchainlength, st2->nhchainlength);
 959     if (st1->ngtc == st2->ngtc && st1->nhchainlength == st2->nhchainlength)
 960     {
 961         for (i = 0; i < st1->ngtc; i++)
 962         {
 963             nc = i*st1->nhchainlength;
 964             for (j = 0; j < nc; j++)
 965             {
 966                 cmp_real(stdout, "nosehoover_xi",
 967                          i, st1->nosehoover_xi[nc+j], st2->nosehoover_xi[nc+j], ftol, abstol);
 968             }
 969         }
 970     }
 971     cmp_int(stdout, "nnhpres", -1, st1->nnhpres, st2->nnhpres);
 972     if (st1->nnhpres == st2->nnhpres && st1->nhchainlength == st2->nhchainlength)
 973     {
 974         for (i = 0; i < st1->nnhpres; i++)
 975         {
 976             nc = i*st1->nhchainlength;
 977             for (j = 0; j < nc; j++)
 978             {
 979                 cmp_real(stdout, "nosehoover_xi",
 980                          i, st1->nhpres_xi[nc+j], st2->nhpres_xi[nc+j], ftol, abstol);
 981             }
 982         }
 983     }
 984
 985     cmp_int(stdout, "natoms", -1, st1->natoms, st2->natoms);
 986     if (st1->natoms == st2->natoms)
 987     {
 988         if ((st1->flags & (1<<estX)) && (st2->flags & (1<<estX)))
 989         {
 990             fprintf(stdout, "comparing x\n");
 991             cmp_rvecs(stdout, "x", st1->natoms, st1->x, st2->x, bRMSD, ftol, abstol);
 992         }
 993         if ((st1->flags & (1<<estV)) && (st2->flags & (1<<estV)))
 994         {
 995             fprintf(stdout, "comparing v\n");
 996             cmp_rvecs(stdout, "v", st1->natoms, st1->v, st2->v, bRMSD, ftol, abstol);
 997         }
 998     }
 999 }
1000
1001 void comp_tpx(const char *fn1, const char *fn2,
1002               gmx_bool bRMSD, real ftol, real abstol)
1003 {
1004     const char  *ff[2];
1005     t_tpxheader  sh[2];
1006     t_inputrec   ir[2];
1007     t_state      state[2];
1008     gmx_mtop_t   mtop[2];
1009     t_topology   top[2];
1010     int          i;
1011
1012     ff[0] = fn1;
1013     ff[1] = fn2;
1014     for (i = 0; i < (fn2 ? 2 : 1); i++)
1015     {
1016         read_tpx_state(ff[i], &(ir[i]), &state[i], NULL, &(mtop[i]));
1017     }
1018     if (fn2)
1019     {
1020         cmp_inputrec(stdout, &ir[0], &ir[1], ftol, abstol);
1021         /* Convert gmx_mtop_t to t_topology.
1022          * We should implement direct mtop comparison,
1023          * but it might be useful to keep t_topology comparison as an option.
1024          */
1025         top[0] = gmx_mtop_t_to_t_topology(&mtop[0]);
1026         top[1] = gmx_mtop_t_to_t_topology(&mtop[1]);
1027         cmp_top(stdout, &top[0], &top[1], ftol, abstol);
1028         cmp_groups(stdout, &mtop[0].groups, &mtop[1].groups,
1029                    mtop[0].natoms, mtop[1].natoms);
1030         comp_state(&state[0], &state[1], bRMSD, ftol, abstol);
1031     }
1032     else
1033     {
1034         if (ir[0].efep == efepNO)
1035         {
1036             fprintf(stdout, "inputrec->efep = %s\n", efep_names[ir[0].efep]);
1037         }
1038         else
1039         {
1040             if (ir[0].ePull != epullNO)
1041             {
1042                 comp_pull_AB(stdout, ir->pull, ftol, abstol);
1043             }
1044             /* Convert gmx_mtop_t to t_topology.
1045              * We should implement direct mtop comparison,
1046              * but it might be useful to keep t_topology comparison as an option.
1047              */
1048             top[0] = gmx_mtop_t_to_t_topology(&mtop[0]);
1049             cmp_top(stdout, &top[0], NULL, ftol, abstol);
1050         }
1051     }
1052 }
1053
1054 void comp_frame(FILE *fp, t_trxframe *fr1, t_trxframe *fr2,
1055                 gmx_bool bRMSD, real ftol, real abstol)
1056 {
1057     fprintf(fp, "\n");
1058     cmp_int(fp, "flags", -1, fr1->flags, fr2->flags);
1059     cmp_int(fp, "not_ok", -1, fr1->not_ok, fr2->not_ok);
1060     cmp_int(fp, "natoms", -1, fr1->natoms, fr2->natoms);
1061     cmp_real(fp, "t0", -1, fr1->t0, fr2->t0, ftol, abstol);
1062     if (cmp_bool(fp, "bTitle", -1, fr1->bTitle, fr2->bTitle))
1063     {
1064         cmp_str(fp, "title", -1, fr1->title, fr2->title);
1065     }
1066     if (cmp_bool(fp, "bStep", -1, fr1->bStep, fr2->bStep))
1067     {
1068         cmp_int(fp, "step", -1, fr1->step, fr2->step);
1069     }
1070     cmp_int(fp, "step", -1, fr1->step, fr2->step);
1071     if (cmp_bool(fp, "bTime", -1, fr1->bTime, fr2->bTime))
1072     {
1073         cmp_real(fp, "time", -1, fr1->time, fr2->time, ftol, abstol);
1074     }
1075     if (cmp_bool(fp, "bLambda", -1, fr1->bLambda, fr2->bLambda))
1076     {
1077         cmp_real(fp, "lambda", -1, fr1->lambda, fr2->lambda, ftol, abstol);
1078     }
1079     if (cmp_bool(fp, "bAtoms", -1, fr1->bAtoms, fr2->bAtoms))
1080     {
1081         cmp_atoms(fp, fr1->atoms, fr2->atoms, ftol, abstol);
1082     }
1083     if (cmp_bool(fp, "bPrec", -1, fr1->bPrec, fr2->bPrec))
1084     {
1085         cmp_real(fp, "prec", -1, fr1->prec, fr2->prec, ftol, abstol);
1086     }
1087     if (cmp_bool(fp, "bX", -1, fr1->bX, fr2->bX))
1088     {
1089         cmp_rvecs(fp, "x", min(fr1->natoms, fr2->natoms), fr1->x, fr2->x, bRMSD, ftol, abstol);
1090     }
1091     if (cmp_bool(fp, "bV", -1, fr1->bV, fr2->bV))
1092     {
1093         cmp_rvecs(fp, "v", min(fr1->natoms, fr2->natoms), fr1->v, fr2->v, bRMSD, ftol, abstol);
1094     }
1095     if (cmp_bool(fp, "bF", -1, fr1->bF, fr2->bF))
1096     {
1097         if (bRMSD)
1098         {
1099             cmp_rvecs(fp, "f", min(fr1->natoms, fr2->natoms), fr1->f, fr2->f, bRMSD, ftol, abstol);
1100         }
1101         else
1102         {
1103             cmp_rvecs_rmstol(fp, "f", min(fr1->natoms, fr2->natoms), fr1->f, fr2->f, ftol, abstol);
1104         }
1105     }
1106     if (cmp_bool(fp, "bBox", -1, fr1->bBox, fr2->bBox))
1107     {
1108         cmp_rvecs(fp, "box", 3, fr1->box, fr2->box, FALSE, ftol, abstol);
1109     }
1110 }
1111
1112 void comp_trx(const output_env_t oenv, const char *fn1, const char *fn2,
1113               gmx_bool bRMSD, real ftol, real abstol)
1114 {
1115     int          i;
1116     const char  *fn[2];
1117     t_trxframe   fr[2];
1118     t_trxstatus *status[2];
1119     gmx_bool     b[2];
1120
1121     fn[0] = fn1;
1122     fn[1] = fn2;
1123     fprintf(stderr, "Comparing trajectory files %s and %s\n", fn1, fn2);
1124     for (i = 0; i < 2; i++)
1125     {
1126         b[i] = read_first_frame(oenv, &status[i], fn[i], &fr[i], TRX_READ_X|TRX_READ_V|TRX_READ_F);
1127     }
1128
1129     if (b[0] && b[1])
1130     {
1131         do
1132         {
1133             comp_frame(stdout, &(fr[0]), &(fr[1]), bRMSD, ftol, abstol);
1134
1135             for (i = 0; i < 2; i++)
1136             {
1137                 b[i] = read_next_frame(oenv, status[i], &fr[i]);
1138             }
1139         }
1140         while (b[0] && b[1]);
1141
1142         for (i = 0; i < 2; i++)
1143         {
1144             if (b[i] && !b[1-i])
1145             {
1146                 fprintf(stdout, "\nEnd of file on %s but not on %s\n", fn[1-i], fn[i]);
1147             }
1148             close_trj(status[i]);
1149         }
1150     }
1151     if (!b[0] && !b[1])
1152     {
1153         fprintf(stdout, "\nBoth files read correctly\n");
1154     }
1155 }
1156
1157 static real ener_tensor_diag(int n, int *ind1, int *ind2,
1158                              gmx_enxnm_t *enm1,
1159                              int *tensi, int i,
1160                              t_energy e1[], t_energy e2[])
1161 {
1162     int  d1, d2;
1163     int  len;
1164     int  j;
1165     real prod1, prod2;
1166     int  nfound;
1167
1168     d1 = tensi[i]/DIM;
1169     d2 = tensi[i] - d1*DIM;
1170
1171     /* Find the diagonal elements d1 and d2 */
1172     len    = strlen(enm1[ind1[i]].name);
1173     prod1  = 1;
1174     prod2  = 1;
1175     nfound = 0;
1176     for (j = 0; j < n; j++)
1177     {
1178         if (tensi[j] >= 0 &&
1179             strlen(enm1[ind1[j]].name) == len &&
1180             strncmp(enm1[ind1[i]].name, enm1[ind1[j]].name, len-2) == 0 &&
1181             (tensi[j] == d1*DIM+d1 || tensi[j] == d2*DIM+d2))
1182         {
1183             prod1 *= fabs(e1[ind1[j]].e);
1184             prod2 *= fabs(e2[ind2[j]].e);
1185             nfound++;
1186         }
1187     }
1188
1189     if (nfound == 2)
1190     {
1191         return 0.5*(sqrt(prod1) + sqrt(prod2));
1192     }
1193     else
1194     {
1195         return 0;
1196     }
1197 }
1198
1199 static gmx_bool enernm_equal(const char *nm1, const char *nm2)
1200 {
1201     int len1, len2;
1202
1203     len1 = strlen(nm1);
1204     len2 = strlen(nm2);
1205
1206     /* Remove " (bar)" at the end of a name */
1207     if (len1 > 6 && strcmp(nm1+len1-6, " (bar)") == 0)
1208     {
1209         len1 -= 6;
1210     }
1211     if (len2 > 6 && strcmp(nm2+len2-6, " (bar)") == 0)
1212     {
1213         len2 -= 6;
1214     }
1215
1216     return (len1 == len2 && gmx_strncasecmp(nm1, nm2, len1) == 0);
1217 }
1218
1219 static void cmp_energies(FILE *fp, int step1, int step2,
1220                          t_energy e1[], t_energy e2[],
1221                          gmx_enxnm_t *enm1,
1222                          real ftol, real abstol,
1223                          int nre, int *ind1, int *ind2, int maxener)
1224 {
1225     int   i, ii;
1226     int  *tensi, len, d1, d2;
1227     real  ftol_i, abstol_i;
1228
1229     snew(tensi, maxener);
1230     /* Check for tensor elements ending on "-XX", "-XY", ... , "-ZZ" */
1231     for (i = 0; (i < maxener); i++)
1232     {
1233         ii       = ind1[i];
1234         tensi[i] = -1;
1235         len      = strlen(enm1[ii].name);
1236         if (len > 3 && enm1[ii].name[len-3] == '-')
1237         {
1238             d1 = enm1[ii].name[len-2] - 'X';
1239             d2 = enm1[ii].name[len-1] - 'X';
1240             if (d1 >= 0 && d1 < DIM &&
1241                 d2 >= 0 && d2 < DIM)
1242             {
1243                 tensi[i] = d1*DIM + d2;
1244             }
1245         }
1246     }
1247
1248     for (i = 0; (i < maxener); i++)
1249     {
1250         /* Check if this is an off-diagonal tensor element */
1251         if (tensi[i] >= 0 && tensi[i] != 0 && tensi[i] != 4 && tensi[i] != 8)
1252         {
1253             /* Turn on the relative tolerance check (4 is maximum relative diff.) */
1254             ftol_i = 5;
1255             /* Do the relative tolerance through an absolute tolerance times
1256              * the size of diagonal components of the tensor.
1257              */
1258             abstol_i = ftol*ener_tensor_diag(nre, ind1, ind2, enm1, tensi, i, e1, e2);
1259             if (debug)
1260             {
1261                 fprintf(debug, "tensor '%s' val %f diag %f\n",
1262                         enm1[i].name, e1[i].e, abstol_i/ftol);
1263             }
1264             if (abstol_i > 0)
1265             {
1266                 /* We found a diagonal, we need to check with the minimum tolerance */
1267                 abstol_i = min(abstol_i, abstol);
1268             }
1269             else
1270             {
1271                 /* We did not find a diagonal, ignore the relative tolerance check */
1272                 abstol_i = abstol;
1273             }
1274         }
1275         else
1276         {
1277             ftol_i   = ftol;
1278             abstol_i = abstol;
1279         }
1280         if (!equal_real(e1[ind1[i]].e, e2[ind2[i]].e, ftol_i, abstol_i))
1281         {
1282             fprintf(fp, "%-15s  step %3d:  %12g,  step %3d: %12g\n",
1283                     enm1[ind1[i]].name,
1284                     step1, e1[ind1[i]].e,
1285                     step2, e2[ind2[i]].e);
1286         }
1287     }
1288
1289     sfree(tensi);
1290 }
1291
1292 #if 0
1293 static void cmp_disres(t_enxframe *fr1, t_enxframe *fr2, real ftol, real abstol)
1294 {
1295     int  i;
1296     char bav[64], bt[64], bs[22];
1297
1298     cmp_int(stdout, "ndisre", -1, fr1->ndisre, fr2->ndisre);
1299     if ((fr1->ndisre == fr2->ndisre) && (fr1->ndisre > 0))
1300     {
1301         sprintf(bav, "step %s: disre rav", gmx_step_str(fr1->step, bs));
1302         sprintf(bt, "step %s: disre  rt", gmx_step_str(fr1->step, bs));
1303         for (i = 0; (i < fr1->ndisre); i++)
1304         {
1305             cmp_real(stdout, bav, i, fr1->disre_rm3tav[i], fr2->disre_rm3tav[i], ftol, abstol);
1306             cmp_real(stdout, bt, i, fr1->disre_rt[i], fr2->disre_rt[i], ftol, abstol);
1307         }
1308     }
1309 }
1310 #endif
1311
1312 static void cmp_eblocks(t_enxframe *fr1, t_enxframe *fr2, real ftol, real abstol)
1313 {
1314     int  i, j, k;
1315     char buf[64], bs[22];
1316
1317     cmp_int(stdout, "nblock", -1, fr1->nblock, fr2->nblock);
1318     if ((fr1->nblock == fr2->nblock) && (fr1->nblock > 0))
1319     {
1320         for (j = 0; (j < fr1->nblock); j++)
1321         {
1322             t_enxblock *b1, *b2; /* convenience vars */
1323
1324             b1 = &(fr1->block[j]);
1325             b2 = &(fr2->block[j]);
1326
1327             sprintf(buf, "step %s: block[%d]", gmx_step_str(fr1->step, bs), j);
1328             cmp_int(stdout, buf, -1, b1->nsub, b2->nsub);
1329             cmp_int(stdout, buf, -1, b1->id, b2->id);
1330
1331             if ( (b1->nsub == b2->nsub) && (b1->id == b2->id) )
1332             {
1333                 for (i = 0; i < b1->nsub; i++)
1334                 {
1335                     t_enxsubblock *s1, *s2;
1336
1337                     s1 = &(b1->sub[i]);
1338                     s2 = &(b2->sub[i]);
1339
1340                     cmp_int(stdout, buf, -1, (int)s1->type, (int)s2->type);
1341                     cmp_int64(stdout, buf, s1->nr, s2->nr);
1342
1343                     if ((s1->type == s2->type) && (s1->nr == s2->nr))
1344                     {
1345                         switch (s1->type)
1346                         {
1347                             case xdr_datatype_float:
1348                                 for (k = 0; k < s1->nr; k++)
1349                                 {
1350                                     cmp_float(stdout, buf, i,
1351                                               s1->fval[k], s2->fval[k],
1352                                               ftol, abstol);
1353                                 }
1354                                 break;
1355                             case xdr_datatype_double:
1356                                 for (k = 0; k < s1->nr; k++)
1357                                 {
1358                                     cmp_double(stdout, buf, i,
1359                                                s1->dval[k], s2->dval[k],
1360                                                ftol, abstol);
1361                                 }
1362                                 break;
1363                             case xdr_datatype_int:
1364                                 for (k = 0; k < s1->nr; k++)
1365                                 {
1366                                     cmp_int(stdout, buf, i,
1367                                             s1->ival[k], s2->ival[k]);
1368                                 }
1369                                 break;
1370                             case xdr_datatype_int64:
1371                                 for (k = 0; k < s1->nr; k++)
1372                                 {
1373                                     cmp_int64(stdout, buf,
1374                                               s1->lval[k], s2->lval[k]);
1375                                 }
1376                                 break;
1377                             case xdr_datatype_char:
1378                                 for (k = 0; k < s1->nr; k++)
1379                                 {
1380                                     cmp_uc(stdout, buf, i,
1381                                            s1->cval[k], s2->cval[k]);
1382                                 }
1383                                 break;
1384                             case xdr_datatype_string:
1385                                 for (k = 0; k < s1->nr; k++)
1386                                 {
1387                                     cmp_str(stdout, buf, i,
1388                                             s1->sval[k], s2->sval[k]);
1389                                 }
1390                                 break;
1391                             default:
1392                                 gmx_incons("Unknown data type!!");
1393                         }
1394                     }
1395                 }
1396             }
1397         }
1398     }
1399 }
1400
1401 void comp_enx(const char *fn1, const char *fn2, real ftol, real abstol, const char *lastener)
1402 {
1403     int            nre, nre1, nre2, block;
1404     ener_file_t    in1, in2;
1405     int            i, j, maxener, *ind1, *ind2, *have;
1406     char           buf[256];
1407     gmx_enxnm_t   *enm1 = NULL, *enm2 = NULL;
1408     t_enxframe    *fr1, *fr2;
1409     gmx_bool       b1, b2;
1410
1411     fprintf(stdout, "comparing energy file %s and %s\n\n", fn1, fn2);
1412
1413     in1 = open_enx(fn1, "r");
1414     in2 = open_enx(fn2, "r");
1415     do_enxnms(in1, &nre1, &enm1);
1416     do_enxnms(in2, &nre2, &enm2);
1417     if (nre1 != nre2)
1418     {
1419         fprintf(stdout, "There are %d and %d terms in the energy files\n\n",
1420                 nre1, nre2);
1421     }
1422     else
1423     {
1424         fprintf(stdout, "There are %d terms in the energy files\n\n", nre1);
1425     }
1426
1427     snew(ind1, nre1);
1428     snew(ind2, nre2);
1429     snew(have, nre2);
1430     nre = 0;
1431     for (i = 0; i < nre1; i++)
1432     {
1433         for (j = 0; j < nre2; j++)
1434         {
1435             if (enernm_equal(enm1[i].name, enm2[j].name))
1436             {
1437                 ind1[nre] = i;
1438                 ind2[nre] = j;
1439                 have[j]   = 1;
1440                 nre++;
1441                 break;
1442             }
1443         }
1444         if (nre == 0 || ind1[nre-1] != i)
1445         {
1446             cmp_str(stdout, "enm", i, enm1[i].name, "-");
1447         }
1448     }
1449     for (i = 0; i < nre2; i++)
1450     {
1451         if (have[i] == 0)
1452         {
1453             cmp_str(stdout, "enm", i, "-", enm2[i].name);
1454         }
1455     }
1456
1457     maxener = nre;
1458     for (i = 0; i < nre; i++)
1459     {
1460         if ((lastener != NULL) && (strstr(enm1[i].name, lastener) != NULL))
1461         {
1462             maxener = i+1;
1463             break;
1464         }
1465     }
1466
1467     fprintf(stdout, "There are %d terms to compare in the energy files\n\n",
1468             maxener);
1469
1470     for (i = 0; i < maxener; i++)
1471     {
1472         cmp_str(stdout, "unit", i, enm1[ind1[i]].unit, enm2[ind2[i]].unit);
1473     }
1474
1475     snew(fr1, 1);
1476     snew(fr2, 1);
1477     do
1478     {
1479         b1 = do_enx(in1, fr1);
1480         b2 = do_enx(in2, fr2);
1481         if (b1 && !b2)
1482         {
1483             fprintf(stdout, "\nEnd of file on %s but not on %s\n", fn2, fn1);
1484         }
1485         else if (!b1 && b2)
1486         {
1487             fprintf(stdout, "\nEnd of file on %s but not on %s\n", fn1, fn2);
1488         }
1489         else if (!b1 && !b2)
1490         {
1491             fprintf(stdout, "\nFiles read successfully\n");
1492         }
1493         else
1494         {
1495             cmp_real(stdout, "t", -1, fr1->t, fr2->t, ftol, abstol);
1496             cmp_int(stdout, "step", -1, fr1->step, fr2->step);
1497             /* We don't want to print the nre mismatch for every frame */
1498             /* cmp_int(stdout,"nre",-1,fr1->nre,fr2->nre); */
1499             if ((fr1->nre >= nre) && (fr2->nre >= nre))
1500             {
1501                 cmp_energies(stdout, fr1->step, fr1->step, fr1->ener, fr2->ener,
1502                              enm1, ftol, abstol, nre, ind1, ind2, maxener);
1503             }
1504             /*cmp_disres(fr1,fr2,ftol,abstol);*/
1505             cmp_eblocks(fr1, fr2, ftol, abstol);
1506         }
1507     }
1508     while (b1 && b2);
1509
1510     close_enx(in1);
1511     close_enx(in2);
1512
1513     free_enxframe(fr2);
1514     sfree(fr2);
1515     free_enxframe(fr1);
1516     sfree(fr1);
1517 }