src/gromacs/tables/quadraticsplinetable.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2016,2017,2018,2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 /*! \internal \file
  37  * \brief
  38  * Implements classes for quadratic spline table functions
  39  *
  40  * \author Erik Lindahl <erik.lindahl@gmail.com>
  41  * \ingroup module_tables
  42  */
  43 #include "gmxpre.h"
  44
  45 #include "quadraticsplinetable.h"
  46
  47 #include <cmath>
  48
  49 #include <algorithm>
  50 #include <functional>
  51 #include <initializer_list>
  52 #include <utility>
  53 #include <vector>
  54
  55 #include "gromacs/tables/tableinput.h"
  56 #include "gromacs/utility/alignedallocator.h"
  57 #include "gromacs/utility/arrayref.h"
  58 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
  59 #include "gromacs/utility/real.h"
  60
  61 #include "splineutil.h"
  62
  63 namespace gmx
  64 {
  65
  66 namespace
  67 {
  68
  69 /*! \brief Construct the data for a single quadratic table from analytical functions
  70  *
  71  * \param[in]  function             Analytical function
  72  * \param[in]  derivative           Analytical derivative
  73  * \param[in]  range                Upper/lower limit of region to tabulate
  74  * \param[in]  spacing              Distance between table points
  75  * \param[out] functionTableData    Output table with function data
  76  * \param[out] derivativeTableData  OUtput table with (adjusted) derivative data
  77  */
  78 void fillSingleQuadraticSplineTableData(const std::function<double(double)>& function,
  79                                         const std::function<double(double)>& derivative,
  80                                         const std::pair<real, real>&         range,
  81                                         double                               spacing,
  82                                         std::vector<real>*                   functionTableData,
  83                                         std::vector<real>*                   derivativeTableData)
  84 {
  85     std::size_t endIndex = static_cast<std::size_t>(range.second / spacing + 2);
  86
  87     functionTableData->resize(endIndex);
  88     derivativeTableData->resize(endIndex);
  89
  90     double      maxMagnitude      = 0.0001 * GMX_REAL_MAX;
  91     bool        functionIsInRange = true;
  92     std::size_t lastIndexInRange  = endIndex - 1;
  93
  94     for (int i = endIndex - 1; i >= 0; i--)
  95     {
  96         double x = i * spacing;
  97         double tmpFunctionValue;
  98         double tmpDerivativeValue;
  99
 100         if (range.first > 0 && i == 0)
 101         {
 102             // Avoid x==0 if it is not in the range, since it can lead to
 103             // singularities even if the value for i==1 was within or required magnitude
 104             functionIsInRange = false;
 105         }
 106
 107         if (functionIsInRange)
 108         {
 109             tmpFunctionValue = function(x);
 110
 111             // Calculate third derivative term (2nd derivative of the derivative)
 112             // Make sure we stay in range. In practice this means we use one-sided
 113             // interpolation at the interval endpoints (indentical to an offset for 3-point formula)
 114             const double h = std::pow(GMX_DOUBLE_EPS, 0.25);
 115             double       y = std::min(std::max(x, range.first + h), range.second - h);
 116             double       thirdDerivativeValue =
 117                     (derivative(y + h) - 2.0 * derivative(y) + derivative(y - h)) / (h * h);
 118
 119             tmpDerivativeValue = derivative(x) - spacing * spacing * thirdDerivativeValue / 12.0;
 120
 121             if (std::abs(tmpFunctionValue) > maxMagnitude || std::abs(tmpDerivativeValue) > maxMagnitude)
 122             {
 123                 functionIsInRange = false; // Once this happens, it never resets to true again
 124             }
 125         }
 126
 127         if (functionIsInRange)
 128         {
 129             (*functionTableData)[i]   = tmpFunctionValue;
 130             (*derivativeTableData)[i] = tmpDerivativeValue;
 131             lastIndexInRange--;
 132         }
 133         else
 134         {
 135             // Once the function or derivative (more likely) has reached very large values,
 136             // we simply make a linear function from the last in-range value of the derivative.
 137             double lastIndexFunction   = (*functionTableData)[lastIndexInRange];
 138             double lastIndexDerivative = (*derivativeTableData)[lastIndexInRange];
 139             (*functionTableData)[i] =
 140                     lastIndexFunction + lastIndexDerivative * (i - lastIndexInRange) * spacing;
 141             (*derivativeTableData)[i] = lastIndexDerivative;
 142         }
 143     }
 144 }
 145
 146
 147 /*! \brief Construct the data for a single quadratic table from vector data
 148  *
 149  * \param[in]  function             Input vector with function data
 150  * \param[in]  derivative           Input vector with derivative data
 151  * \param[in]  inputSpacing         Distance between points in input vectors
 152  * \param[in]  range                Upper/lower limit of region to tabulate
 153  * \param[in]  spacing              Distance between table points
 154  * \param[out] functionTableData    Output table with function data
 155  * \param[out] derivativeTableData  OUtput table with (adjusted) derivative data
 156  */
 157 void fillSingleQuadraticSplineTableData(ArrayRef<const double>       function,
 158                                         ArrayRef<const double>       derivative,
 159                                         double                       inputSpacing,
 160                                         const std::pair<real, real>& range,
 161                                         double                       spacing,
 162                                         std::vector<real>*           functionTableData,
 163                                         std::vector<real>*           derivativeTableData)
 164 {
 165     std::size_t endIndex = static_cast<std::size_t>(range.second / spacing + 2);
 166
 167     functionTableData->resize(endIndex);
 168     derivativeTableData->resize(endIndex);
 169
 170     std::vector<double> thirdDerivative(internal::vectorSecondDerivative(derivative, inputSpacing));
 171
 172     double maxMagnitude      = 0.0001 * GMX_REAL_MAX;
 173     bool   functionIsInRange = true;
 174     int    lastIndexInRange  = static_cast<int>(endIndex) - 1;
 175
 176     for (int i = lastIndexInRange; i >= 0; i--)
 177     {
 178         double x = i * spacing;
 179         double tmpFunctionValue;
 180         double tmpDerivativeValue;
 181
 182         if (range.first > 0 && i == 0)
 183         {
 184             // Avoid x==0 if it is not in the range, since it can lead to
 185             // singularities even if the value for i==1 was within or required magnitude
 186             functionIsInRange = false;
 187         }
 188
 189         if (functionIsInRange)
 190         {
 191             // Step 1: Interpolate the function value at x from input table.
 192             double inputXTab  = x / inputSpacing;
 193             int    inputIndex = static_cast<std::size_t>(inputXTab);
 194             double inputEps   = inputXTab - inputIndex;
 195
 196             // Linear interpolation of input derivative and third derivative
 197             double thirdDerivativeValue = (1.0 - inputEps) * thirdDerivative[inputIndex]
 198                                           + inputEps * thirdDerivative[inputIndex + 1];
 199             double derivativeValue =
 200                     (1.0 - inputEps) * derivative[inputIndex] + inputEps * derivative[inputIndex + 1];
 201
 202             // Quadratic interpolation for function value
 203             tmpFunctionValue = function[inputIndex]
 204                                + 0.5 * (derivative[inputIndex] + derivativeValue) * inputEps * inputSpacing;
 205             tmpDerivativeValue = derivativeValue - spacing * spacing * thirdDerivativeValue / 12.0;
 206
 207             if (std::abs(tmpFunctionValue) > maxMagnitude || std::abs(tmpDerivativeValue) > maxMagnitude)
 208             {
 209                 functionIsInRange = false; // Once this happens, it never resets to true again
 210             }
 211         }
 212
 213         if (functionIsInRange)
 214         {
 215             (*functionTableData)[i]   = tmpFunctionValue;
 216             (*derivativeTableData)[i] = tmpDerivativeValue;
 217             lastIndexInRange--;
 218         }
 219         else
 220         {
 221             // Once the function or derivative (more likely) has reached very large values,
 222             // we simply make a linear function from the last in-range value of the derivative.
 223             GMX_ASSERT(lastIndexInRange >= 0, "Array index is unexpectedly negative.");
 224             double lastIndexFunction   = (*functionTableData)[lastIndexInRange];
 225             double lastIndexDerivative = (*derivativeTableData)[lastIndexInRange];
 226             (*functionTableData)[i] =
 227                     lastIndexFunction + lastIndexDerivative * (i - lastIndexInRange) * spacing;
 228             (*derivativeTableData)[i] = lastIndexDerivative;
 229         }
 230     }
 231 }
 232
 233 /*! \brief Create merged DDFZ vector from function & derivative data
 234  *
 235  *  \param functionTableData     Function values
 236  *  \param derivativeTableData   Derivative values. We have already subtracted the
 237  *                               small third derivative component when calling this
 238  *                               function, but in practice it is just an arbitrary
 239  *                               vector here.
 240  *  \param ddfzTableData         Vector four times longer, filled with
 241  *                               the derivative, the difference to the next derivative
 242  *                               point, the function value, and zero.
 243  *
 244  *  \throws If the vector lengths do not match.
 245  */
 246 void fillDdfzTableData(const std::vector<real>& functionTableData,
 247                        const std::vector<real>& derivativeTableData,
 248                        std::vector<real>*       ddfzTableData)
 249 {
 250     GMX_ASSERT(functionTableData.size() == derivativeTableData.size(),
 251                "Mismatching vector lengths");
 252
 253     std::size_t points = functionTableData.size();
 254
 255     ddfzTableData->resize(4 * points);
 256
 257     for (std::size_t i = 0; i < points; i++)
 258     {
 259         (*ddfzTableData)[4 * i] = derivativeTableData[i];
 260
 261         double nextDerivative = (i < functionTableData.size() - 1) ? derivativeTableData[i + 1] : 0.0;
 262
 263         (*ddfzTableData)[4 * i + 1] = nextDerivative - derivativeTableData[i];
 264         (*ddfzTableData)[4 * i + 2] = functionTableData[i];
 265         (*ddfzTableData)[4 * i + 3] = 0.0;
 266     }
 267 }
 268
 269 } // namespace
 270
 271
 272 const real QuadraticSplineTable::defaultTolerance = 10.0 * GMX_FLOAT_EPS;
 273
 274
 275 QuadraticSplineTable::QuadraticSplineTable(std::initializer_list<AnalyticalSplineTableInput> analyticalInputList,
 276                                            const std::pair<real, real>&                      range,
 277                                            real tolerance) :
 278     numFuncInTable_(analyticalInputList.size()),
 279     range_(range)
 280 {
 281     // Sanity check on input values
 282     if (range_.first < 0.0 || (range_.second - range_.first) < 0.001)
 283     {
 284         GMX_THROW(InvalidInputError(
 285                 "Range to tabulate cannot include negative values and must span at least 0.001"));
 286     }
 287
 288     if (tolerance < GMX_REAL_EPS)
 289     {
 290         GMX_THROW(ToleranceError("Table tolerance cannot be smaller than GMX_REAL_EPS"));
 291     }
 292
 293     double minQuotient = GMX_REAL_MAX;
 294
 295     // loop over all functions to find smallest spacing
 296     for (const auto& thisFuncInput : analyticalInputList)
 297     {
 298         try
 299         {
 300             internal::throwUnlessDerivativeIsConsistentWithFunction(
 301                     thisFuncInput.function, thisFuncInput.derivative, range_);
 302         }
 303         catch (gmx::GromacsException& ex)
 304         {
 305             ex.prependContext("Error generating quadratic spline table for function '"
 306                               + thisFuncInput.desc + "'");
 307             throw;
 308         }
 309         // Calculate the required table spacing h. The error we make with linear interpolation
 310         // of the derivative will be described by the third-derivative correction term.
 311         // This means we can compute the required spacing as h = sqrt(12*tolerance*min(f'/f''')),
 312         // where f'/f''' is the first and third derivative of the function, respectively.
 313
 314         double thisMinQuotient = internal::findSmallestQuotientOfFunctionAndSecondDerivative(
 315                 thisFuncInput.derivative, range_);
 316
 317         minQuotient = std::min(minQuotient, thisMinQuotient);
 318     }
 319
 320     double spacing = std::sqrt(12.0 * tolerance * minQuotient);
 321
 322     halfSpacing_ = 0.5 * spacing;
 323     tableScale_  = 1.0 / spacing;
 324
 325     if (range_.second * tableScale_ > 1e6)
 326     {
 327         GMX_THROW(
 328                 ToleranceError("Over a million points would be required for table; decrease range "
 329                                "or increase tolerance"));
 330     }
 331
 332     // Loop over all tables again.
 333     // Here we create the actual table for each function, and then
 334     // combine them into a multiplexed table function.
 335     std::size_t funcIndex = 0;
 336
 337     for (const auto& thisFuncInput : analyticalInputList)
 338     {
 339         try
 340         {
 341             std::vector<real> tmpFuncTableData;
 342             std::vector<real> tmpDerTableData;
 343             std::vector<real> tmpDdfzTableData;
 344
 345             fillSingleQuadraticSplineTableData(thisFuncInput.function, thisFuncInput.derivative,
 346                                                range_, spacing, &tmpFuncTableData, &tmpDerTableData);
 347
 348             fillDdfzTableData(tmpFuncTableData, tmpDerTableData, &tmpDdfzTableData);
 349
 350             internal::fillMultiplexedTableData(tmpDerTableData, &derivativeMultiTableData_, 1,
 351                                                numFuncInTable_, funcIndex);
 352
 353             internal::fillMultiplexedTableData(tmpDdfzTableData, &ddfzMultiTableData_, 4,
 354                                                numFuncInTable_, funcIndex);
 355
 356             funcIndex++;
 357         }
 358         catch (gmx::GromacsException& ex)
 359         {
 360             ex.prependContext("Error generating quadratic spline table for function '"
 361                               + thisFuncInput.desc + "'");
 362             throw;
 363         }
 364     }
 365 }
 366
 367
 368 QuadraticSplineTable::QuadraticSplineTable(std::initializer_list<NumericalSplineTableInput> numericalInputList,
 369                                            const std::pair<real, real>&                     range,
 370                                            real tolerance) :
 371     numFuncInTable_(numericalInputList.size()),
 372     range_(range)
 373 {
 374     // Sanity check on input values
 375     if (range.first < 0.0 || (range.second - range.first) < 0.001)
 376     {
 377         GMX_THROW(InvalidInputError(
 378                 "Range to tabulate cannot include negative values and must span at least 0.001"));
 379     }
 380
 381     if (tolerance < GMX_REAL_EPS)
 382     {
 383         GMX_THROW(ToleranceError("Table tolerance cannot be smaller than GMX_REAL_EPS"));
 384     }
 385
 386     double minQuotient = GMX_REAL_MAX;
 387
 388     // loop over all functions to find smallest spacing
 389     for (auto thisFuncInput : numericalInputList)
 390     {
 391         try
 392         {
 393             // We do not yet know what the margin is, but we need to test that we at least cover
 394             // the requested range before starting to calculate derivatives
 395             if (thisFuncInput.function.size() < range_.second / thisFuncInput.spacing + 1)
 396             {
 397                 GMX_THROW(
 398                         InconsistentInputError("Table input vectors must cover requested range, "
 399                                                "and a margin beyond the upper endpoint"));
 400             }
 401
 402             if (thisFuncInput.function.size() != thisFuncInput.derivative.size())
 403             {
 404                 GMX_THROW(InconsistentInputError(
 405                         "Function and derivative vectors have different lengths"));
 406             }
 407
 408             internal::throwUnlessDerivativeIsConsistentWithFunction(
 409                     thisFuncInput.function, thisFuncInput.derivative, thisFuncInput.spacing, range_);
 410         }
 411         catch (gmx::GromacsException& ex)
 412         {
 413             ex.prependContext("Error generating quadratic spline table for function '"
 414                               + thisFuncInput.desc + "'");
 415             throw;
 416         }
 417         // Calculate the required table spacing h. The error we make with linear interpolation
 418         // of the derivative will be described by the third-derivative correction term.
 419         // This means we can compute the required spacing as h = sqrt(12*tolerance*min(f'/f''')),
 420         // where f'/f''' is the first and third derivative of the function, respectively.
 421         // Since we already have an analytical form of the derivative, we reduce the numerical
 422         // errors by calculating the quotient of the function and second derivative of the
 423         // input-derivative-analytical function instead.
 424
 425         double thisMinQuotient = internal::findSmallestQuotientOfFunctionAndSecondDerivative(
 426                 thisFuncInput.derivative, thisFuncInput.spacing, range_);
 427
 428         minQuotient = std::min(minQuotient, thisMinQuotient);
 429     }
 430
 431     double spacing = std::sqrt(12.0 * tolerance * minQuotient);
 432
 433     halfSpacing_ = 0.5 * spacing;
 434     tableScale_  = 1.0 / spacing;
 435
 436     if (range_.second * tableScale_ > 1e6)
 437     {
 438         GMX_THROW(
 439                 ToleranceError("Requested tolerance would require over a million points in table"));
 440     }
 441
 442     // Loop over all tables again.
 443     // Here we create the actual table for each function, and then
 444     // combine them into a multiplexed table function.
 445     std::size_t funcIndex = 0;
 446
 447     for (auto thisFuncInput : numericalInputList)
 448     {
 449         try
 450         {
 451             if (spacing < thisFuncInput.spacing)
 452             {
 453                 GMX_THROW(
 454                         ToleranceError("Input vector spacing cannot achieve tolerance requested"));
 455             }
 456
 457             std::vector<real> tmpFuncTableData;
 458             std::vector<real> tmpDerTableData;
 459             std::vector<real> tmpDdfzTableData;
 460
 461             fillSingleQuadraticSplineTableData(thisFuncInput.function, thisFuncInput.derivative,
 462                                                thisFuncInput.spacing, range, spacing,
 463                                                &tmpFuncTableData, &tmpDerTableData);
 464
 465             fillDdfzTableData(tmpFuncTableData, tmpDerTableData, &tmpDdfzTableData);
 466
 467             internal::fillMultiplexedTableData(tmpDerTableData, &derivativeMultiTableData_, 1,
 468                                                numFuncInTable_, funcIndex);
 469
 470             internal::fillMultiplexedTableData(tmpDdfzTableData, &ddfzMultiTableData_, 4,
 471                                                numFuncInTable_, funcIndex);
 472
 473             funcIndex++;
 474         }
 475         catch (gmx::GromacsException& ex)
 476         {
 477             ex.prependContext("Error generating quadratic spline table for function '"
 478                               + thisFuncInput.desc + "'");
 479             throw;
 480         }
 481     }
 482 }
 483
 484 } // namespace gmx