src/gromacs/tables/forcetable.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2012,2014,2015,2016,2017 by the GROMACS development team.
   5  * Copyright (c) 2018,2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   6  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   7  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   8  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   9  *
  10  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  11  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  12  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  13  * of the License, or (at your option) any later version.
  14  *
  15  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  16  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  18  * Lesser General Public License for more details.
  19  *
  20  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21  * License along with GROMACS; if not, see
  22  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  23  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  24  *
  25  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  26  * consider that scientific software is very special. Version
  27  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  28  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  29  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  30  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  31  * official version at http://www.gromacs.org.
  32  *
  33  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  34  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  35  */
  36 #ifndef GMX_TABLES_FORCETABLE_H
  37 #define GMX_TABLES_FORCETABLE_H
  38
  39 /*! \libinternal \file
  40  * \brief
  41  * Old routines for table generation (will eventually be replaced)
  42  *
  43  * \inlibraryapi
  44  * \author Erik Lindahl <erik.lindahl@gmail.com>
  45  * \ingroup module_tables
  46  */
  47
  48 #include <cstdio>
  49
  50 #include <memory>
  51
  52 #include "gromacs/mdtypes/fcdata.h"
  53 #include "gromacs/mdtypes/forcerec.h"
  54 #include "gromacs/mdtypes/interaction_const.h"
  55 #include "gromacs/utility/real.h"
  56
  57 /*! \brief Flag to select user tables for make_tables */
  58 #define GMX_MAKETABLES_FORCEUSER (1 << 0)
  59 /*! \brief Flag to only make 1,4 pair tables for make_tables */
  60 #define GMX_MAKETABLES_14ONLY (1 << 1)
  61
  62 /*! \brief Enumerated type to describe the interaction types in a table */
  63 enum
  64 {
  65     etiCOUL, //!< Coulomb
  66     etiLJ6,  //!< Dispersion
  67     etiLJ12, //!< Repulsion
  68     etiNR    //!< Total number of interaction types
  69 };
  70
  71 /*! \brief Function pointer to calculate the grid contribution for coulomb/LJ
  72  *
  73  * Used to tell table_spline3_fill_ewald_lr whether it
  74  * should calculate the grid contribution for electrostatics or LJ.
  75  */
  76 typedef double (*real_space_grid_contribution_computer)(double, double);
  77
  78
  79 /*! \brief Construct tables with the Ewald long-range force interaction
  80  *
  81  * Creates and fills tables of numPoints points with the spacing
  82  * set to 1/tableScaling with the Ewald long-range (mesh) force.
  83  * There are three separate tables with format F, V, FDV0.
  84  * This function interpolates the Ewald mesh potential contribution
  85  * with coefficient beta using a quadratic spline.
  86  * The force is then be interpolated linearly.
  87  *
  88  * \param numPoints     Number of points in the tables
  89  * \param tableScaling  1/spacing, units 1/nm
  90  * \param beta          Ewald splitting parameter, units 1/nm
  91  * \param v_lr          Pointer to function calculating real-space grid contribution
  92  * \returns a set of Ewald correction tables
  93  */
  94 EwaldCorrectionTables generateEwaldCorrectionTables(int    numPoints,
  95                                                     double tableScaling,
  96                                                     real   beta,
  97                                                     real_space_grid_contribution_computer v_lr);
  98
  99 /*! \brief Compute scaling for the Ewald quadratic spline tables.
 100  *
 101  * \param ic                     Pointer to interaction constant structure
 102  * \param generateCoulombTables  Take the spacing for Coulomb Ewald corrections into account
 103  * \param generateVdwTables      Take the spacing for Van der Waals Ewald corrections into account
 104  * \return The scaling factor in units 1/nm
 105  */
 106 real ewald_spline3_table_scale(const interaction_const_t& ic, bool generateCoulombTables, bool generateVdwTables);
 107
 108 /*! \brief Return the real space grid contribution for Ewald
 109  *
 110  *  \param beta  Ewald splitting parameter
 111  *  \param r     Distance for which to calculate the real-space contrib
 112  *  \return      Real space grid contribution for Ewald electrostatics
 113  */
 114 double v_q_ewald_lr(double beta, double r);
 115
 116 /*! \brief Return the real space grid contribution for LJ-Ewald
 117  *
 118  *  \param beta  Ewald splitting parameter
 119  *  \param r     Distance for which to calculate the real-space contrib
 120  *  \return      Real space grid contribution for Ewald Lennard-Jones interaction
 121  */
 122 double v_lj_ewald_lr(double beta, double r);
 123
 124 /*! \brief Return tables for inner loops.
 125  *
 126  * \param fp     Log file pointer
 127  * \param ic     Non-bonded interaction constants
 128  * \param fn     File name from which to read user tables
 129  * \param rtab   Largest interaction distance to tabulate
 130  * \param flags  Flags to select table settings
 131  *
 132  * \return Pointer to inner loop table structure
 133  */
 134 t_forcetable* make_tables(FILE* fp, const interaction_const_t* ic, const char* fn, real rtab, int flags);
 135
 136 /*! \brief Return a table for bonded interactions,
 137  *
 138  * \param  fplog   Pointer to log file
 139  * \param  fn      File name
 140  * \param  angle   Type of angle: bonds 0, angles 1, dihedrals 2
 141  * \return New bonded table datatype
 142  */
 143 bondedtable_t make_bonded_table(FILE* fplog, const char* fn, int angle);
 144
 145 /*! \brief Construct and return tabulated dispersion and repulsion interactions
 146  *
 147  * This table can be used to compute long-range dispersion corrections.
 148  * Returns pointer owning nothing when tabfn=nullptr.
 149  */
 150 std::unique_ptr<t_forcetable>
 151 makeDispersionCorrectionTable(FILE* fp, const interaction_const_t* ic, real rtab, const char* tabfn);
 152
 153 #endif /* GMX_TABLES_FORCETABLE_H */