src/gromacs/selection/tests/toputils.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2013, by the GROMACS development team, led by
   5  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   6  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
   7  * directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Helper routines for constructing topologies for tests.
  38  *
  39  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  40  * \ingroup module_selection
  41  */
  42 #ifndef GMX_SELECTION_TESTS_TOPUTILS_H
  43 #define GMX_SELECTION_TESTS_TOPUTILS_H
  44
  45 #include <vector>
  46
  47 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  48
  49 namespace gmx
  50 {
  51 namespace test
  52 {
  53
  54 class TopologyManager
  55 {
  56     public:
  57         TopologyManager();
  58         ~TopologyManager();
  59
  60         void requestFrame();
  61         void requestVelocities();
  62         void requestForces();
  63
  64         void loadTopology(const char *filename);
  65         void initAtoms(int count);
  66         void initAtomTypes(int count, const char *const types[]);
  67         template <int count>
  68         void initAtomTypes(const char *const (&types)[count])
  69         {
  70             initAtomTypes(count, types);
  71         }
  72         void initUniformResidues(int residueSize);
  73         void initUniformMolecules(int moleculeSize);
  74
  75         t_topology *topology() { return top_; }
  76         t_trxframe *frame() { return frame_; }
  77
  78     private:
  79         t_topology             *top_;
  80         t_trxframe             *frame_;
  81         std::vector<char *>     atomtypes_;
  82 };
  83
  84 } // namespace test
  85 } // namespace gmx
  86
  87 #endif